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Adattarsi nel Tempo: Il Percorso Sorprendente dell'Evoluzione del Lievito

La ricerca mostra come il lievito si adatta attraverso cambiamenti iniziali e successivi nelle caratteristiche.

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Gli organismi cambiano nel tempo per adattarsi all'ambiente. Questo processo si chiama Adattamento. Quando avvengono questi cambiamenti, devono migliorare certe caratteristiche senza danneggiarne altre. Gli scienziati credono che piccole modifiche in poche caratteristiche portino a risultati migliori rispetto a grandi cambiamenti in molte. Questa idea è stata supportata da modelli al computer che studiano come gli organismi si adattano.

Sorprendentemente, studi su organismi microscopici come i microbi raccontano una storia diversa. Questi studi spesso scoprono che le prime adattamenti possono derivare da singoli cambiamenti che aumentano notevolmente il successo dell'organismo. Infatti, molti di questi cambiamenti aiutano più caratteristiche contemporaneamente, il che contraddice ciò che gli scienziati pensavano dovesse succedere.

Per capire meglio questo, i ricercatori hanno esaminato come funzionano le prime adattamenti, specialmente nei lieviti. I lieviti sono spesso usati negli esperimenti perché crescono rapidamente e hanno una genetica semplice. L'obiettivo era vedere se i cambiamenti potessero migliorare più caratteristiche insieme o se le adattamenti successive si concentrassero su una sola caratteristica alla volta.

Le Basi dell'Adattamento

Quando gli organismi si adattano, affrontano un problema difficile. Devono trovare cambiamenti che li aiutino a sopravvivere e riprodursi senza causare danno. Ad esempio, se un cambiamento aiuta un lievito a crescere più velocemente, non dovrebbe rallentare la sua capacità di riprodursi. Teoricamente, cambiamenti piccoli che colpiscono poche caratteristiche importanti sono preferibili.

Tuttavia, nel mondo reale, specialmente negli esperimenti di evoluzione microbica, singoli cambiamenti offrono spesso vantaggi enormi. Questi cambiamenti possono far crescere i lieviti meglio in contesti in cui faticano per le risorse.

Pleiotropia e il suo Ruolo

La pleiotropia è il termine usato per descrivere quando un cambiamento influenza molte caratteristiche. Le prime adattamenti nei lieviti spesso mostrano pleiotropia, dove una mutazione può migliorare la capacità di un lievito di fermentare zuccheri e respirare sui sottoprodotti. Questo porta alla domanda se questa pleiotropia sia tipica o solo un'eccezione insolita vista nel primo passo dell'adattamento.

Gli scienziati sono stati curiosi di vedere se le adattamenti successive avrebbero continuato a migliorare più caratteristiche o se avrebbero iniziato a concentrarsi su una sola, nota come adattamento modulare. L'adattamento modulare significa che un cambiamento migliora solo una specifica prestazione senza influenzare le altre.

L'Approccio Esperimentale

Per rispondere a queste domande, i ricercatori hanno esaminato da vicino diverse ceppi di lievito che si erano adattati in ambienti controllati. Si sono concentrati sui lieviti che avevano subito due cicli di adattamento. Il primo ciclo ha coinvolto mutazioni che hanno permesso ai lieviti di crescere meglio con zuccheri limitati. Per il secondo ciclo, volevano vedere se i lieviti avrebbero continuato a migliorare sia nella Fermentazione degli zuccheri che nella Respirazione o se si sarebbero spostati verso una sola caratteristica.

Negli studi, gli scienziati hanno eseguito più esperimenti, isolando molti Mutanti di lievito da questi due passaggi di adattamento per analizzare come ciascun mutante si comportava in termini di crescita.

Fasi di Crescita del Lievito

Quando i lieviti vengono cresciuti con zuccheri limitati, attraversano diverse fasi di crescita. La prima fase si chiama fase di lag, in cui si adattano al nuovo ambiente. La seconda fase è la fermentazione, dove i lieviti convertono gli zuccheri in etanolo. Dopo che lo zucchero è consumato, passano alla respirazione, usando i sottoprodotti della fermentazione. Infine, entrano nella fase stazionaria, dove sopravvivono senza una fonte di carbonio.

Capire come queste fasi di crescita interagiscono è importante per vedere come le adattamenti influenzano le prestazioni dei lieviti nel complesso.

Confronto delle Mutazioni Adattative

I ricercatori hanno esaminato le prestazioni dei mutanti di lievito durante queste fasi di crescita. Hanno confrontato i mutanti adattativi del primo passo con quelli del secondo passo. È diventato chiaro che mentre molti mutanti del primo passo miglioravano sia nella fermentazione che nella respirazione, i mutanti del secondo passo tendevano a mostrare un bias verso il miglioramento delle prestazioni di respirazione.

I numeri mostravano che solo circa un terzo di questi mutanti del secondo passo migliorava in entrambe le fasi di crescita, rispetto a oltre l'85% dei mutanti del primo passo. Questo cambiamento suggeriva una tendenza a allontanarsi dalla pleiotropia verso l'adattamento modulare man mano che l'evoluzione continua.

Cambiamenti delle Prestazioni

Uno degli esiti affascinanti dell'esperimento è stato che molti mutanti del secondo passo che miglioravano le prestazioni di respirazione spesso lo facevano a scapito delle prestazioni di fermentazione. Questo indica che man mano che gli adattamenti progrediscono, gli organismi diventano più specializzati piuttosto che generalizzati.

Inoltre, quei mutanti che si concentravano solo sulla respirazione tendevano a migliorare di più durante la fase stazionaria. Questo suggerisce un uso dell'energia più efficiente, permettendo loro di prosperare nelle condizioni che affrontavano.

Cambiamenti Genetici nei Mutanti del Secondo Passo

Man mano che i ricercatori esaminavano più a fondo i cambiamenti genetici, scoprirono che le mutazioni del secondo passo coinvolgevano percorsi diversi da quelli identificati nel primo passo. Le mutazioni del primo passo colpivano principalmente i percorsi di rilevamento dei nutrienti responsabili della rilevazione degli zuccheri. Tuttavia, le mutazioni del secondo passo erano più focalizzate sulle funzioni mitocondriali, che si collegano direttamente alla respirazione.

Nei lieviti, le mutazioni nei geni legati al metabolismo degli zuccheri e alla produzione di energia erano particolarmente comuni. Questo spostamento negli obiettivi genetici indicava che man mano che gli organismi si adattano ulteriormente, si concentrano su funzioni più specifiche piuttosto che migliorare in modo generale molte caratteristiche.

Implicazioni dei Risultati

I risultati suggeriscono che le prime adattamenti consentono miglioramenti rapidi in più caratteristiche. Questi cambiamenti possono avere grandi effetti a causa della natura interconnessa dei percorsi metabolici. Una volta ottimizzati questi percorsi, le adattamenti successive arrivano a un punto in cui i miglioramenti in un'area limitano i progressi in altre.

Questo può spiegare perché gli organismi più avanzati sembrano evolversi attraverso piccoli cambiamenti specializzati piuttosto che grandi adattamenti complessivi. Le fasi iniziali di adattamento forniscono scorciatoie che portano a vantaggi significativi, mentre le fasi successive sono vincolate dal quadro genetico esistente.

Conclusione

In sintesi, questa ricerca fa luce sulla complessità dell'adattamento negli organismi. L'interazione tra varie caratteristiche evidenzia come le prime mutazioni possano aiutare notevolmente un organismo a prosperare. Tuttavia, man mano che l'evoluzione continua, l'attenzione tende a spostarsi su miglioramenti più mirati.

Capire questi modelli di adattamento non solo offre un'idea del processo evolutivo, ma rivela anche le complessità di come gli organismi interagiscono con i loro ambienti e utilizzano gli strumenti genetici che possiedono. Lo studio dei lieviti come organismo modello continua a fornire preziose intuizioni sui meccanismi dell'evoluzione, sottolineando la necessità di considerare sia le connessioni tra le caratteristiche che i vincoli genetici che plasmare i risultati evolutivi.

Comprendendo meglio questi processi, gli scienziati possono ottenere informazioni sulle regole generali della biologia, offrendo una visione più chiara di come la vita sulla Terra continua ad adattarsi ed evolversi nel tempo.

Fonte originale

Titolo: A shift from pleiotropic to modular adaptation revealed by a high-resolution two-step adaptive walk

Estratto: Evolution by natural selection is expected to be a slow and gradual process. In particular, the mutations that drive evolution are predicted to be small and modular, incrementally improving a small number of traits. However, adaptive mutations identified early in microbial evolution experiments, cancer, and other systems often provide substantial fitness gains and pleiotropically improve multiple traits at once. We asked whether such pleiotropically adaptive mutations are common throughout adaptation or are instead a rare feature of early steps in evolution that tend to target key signaling pathways. To do so, we conducted barcoded second-step evolution experiments initiated from five first-step mutations identified from a prior yeast evolution experiment. We then isolated hundreds of second-step mutations from these evolution experiments, measured their fitness and performance in several growth phases, and conducted whole-genome sequencing of the second-step clones. Here, we found that while the vast majority of mutants isolated from the first-step of evolution in this condition show patterns of pleiotropic adaptation - improving both performance in fermentation and respiration growth phases - second-step mutations show a shift towards modular adaptation, mostly improving respiration performance and only rarely improving fermentation performance. We also identified a shift in the molecular basis of adaptation from genes in cellular signaling pathways towards genes involved in respiration and mitochondrial function. Our results suggest that the genes in cellular signaling pathways are particularly capable of providing large, adaptively pleiotropic benefits to the organism due to their ability to coherently affect many phenotypes at once. As such, these genes may serve as the source of pleiotropic adaptation in the early stages of evolution, and once these become exhausted, organisms then adapt more gradually, acquiring smaller, more modular mutations.

Autori: Grant Kinsler, Y. Li, G. J. Sherlock, D. Petrov

Ultimo aggiornamento: 2024-04-18 00:00:00

Lingua: English

URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.17.589938

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.17.589938.full.pdf

Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Modifiche: Questa sintesi è stata creata con l'assistenza di AI e potrebbe presentare delle imprecisioni. Per informazioni accurate, consultare i documenti originali collegati qui.

Si ringrazia biorxiv per l'utilizzo della sua interoperabilità ad accesso aperto.

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