Presentiamo il MorbidGenes Panel per la Diagnosi Genetica

Una diagnosi genetica precoce e precisa può portare a risultati di salute migliori per le persone e può anche far risparmiare soldi al sistema sanitario. Con l'aumento del sequenziamento dell'esoma nei laboratori per diagnosticare malattie rare, c'è un bisogno cruciale di avere una lista aggiornata e affidabile di geni importanti per la diagnosi.

#Sfide nei Pannelli Genici

Attualmente, ci sono pannelli specifici per malattie che sovrappongono i dati dell'esoma, ma possono mancare geni importanti. Questo succede perché tenere questi pannelli aggiornati richiede molto tempo e impegno. Alcuni geni sono legati a più malattie, il che significa che devono essere inclusi in molti pannelli, aumentando ulteriormente il carico di lavoro. Solo i laboratori più grandi o le piattaforme che raccolgono informazioni da molti contributor possono gestire efficacemente questo lavoro di curazione, mentre i laboratori più piccoli spesso non riescono a stare al passo.

Nella pratica, sembra che usare pannelli più piccoli e ben organizzati possa funzionare nei processi diagnostici per condizioni specifiche. Tuttavia, dovrebbe esserci anche un pannello più ampio che includa tutti i geni con qualche prova di causare malattie. Questo è particolarmente vero per le malattie che possono coinvolgere molti geni diversi.

#Risorse Esistenti

Ci sono già liste complete di geni rilevanti per la diagnosi, come il pannello Mendeliome di PanelApp Australia. Sono iniziati recenti sforzi per allineare i legami gene-malattia tra i laboratori diagnostici, ma restano comunque indietro nel mantenere aggiornate le liste dei geni. La ricerca mostra grandi differenze nei risultati quando si confrontano i rapporti dell'esoma da vari laboratori, evidenziando la necessità di un approccio coerente.

È stato creato un nuovo sistema per la selezione dei geni per questi pannelli, ma non riesce a tenere il passo con i cambiamenti nel tempo e potrebbe perdere nuove varianti man mano che emergono nuove evidenze. Questo vuoto ha motivato la creazione di una nuova lista, chiamata MorbidGenes Panel, che mira a includere geni rilevanti basati su una varietà di fonti.

#Come Funziona il MorbidGenes Panel

Per raccogliere tutti i geni con qualche prova di causare malattie, i dati vengono raccolti ogni mese da vari database pubblici, come OMIM, ClinVar, HGMD, PanelApp e GenCC. I disturbi neuro-sviluppamentali sono motivi comuni per il test genetico, quindi è incluso anche un database esperto chiamato SysNDD.

I geni vengono valutati in base alle Prove disponibili e vengono aggiunti al pannello se soddisfano almeno uno dei vari criteri. Ad esempio, un gene è incluso se ha una malattia associata in OMIM o se ci sono abbastanza varianti patogene elencate in ClinVar o HGMD. Il pannello MorbidGenes viene costantemente aggiornato, permettendo agli utenti di accedere e filtrare la lista secondo le proprie esigenze.

#Caratteristiche del MorbidGenes Panel

Attualmente, ci sono circa 4.960 geni nel MorbidGenes Panel, con una media di 12 nuovi geni aggiunti ogni mese. Il pannello assegna un punteggio a ciascun gene, riflettendo quanto sia sostenuta l'evidenza tra diversi database. Molti geni hanno un forte supporto da più fonti, garantendo la loro affidabilità.

Notabilmente, ci sono 733 geni nel pannello che sono supportati solo da una fonte. Alcuni di questi potrebbero avere voci molto recenti in OMIM che mancano di un supporto più ampio, mentre altri potrebbero basarsi su studi vecchi con prove limitate. Ci sono anche un certo numero di geni che hanno uno stato forte in PanelApp ma mancano di voci corrispondenti in altri database.

#Vantaggi per i Laboratori Diagnostici

Il MorbidGenes Panel è uno strumento utile per i laboratori diagnostici fornendo una lista aggiornata di geni rilevanti per i test. Anche se ci sono liste curate manualmente come il pannello Mendeliome che sono preziose, mantenerle richiede molto impegno e spesso implica un grande team di revisori.

Condividere informazioni sui legami gene-malattia attraverso piattaforme globali è importante, ma questi sforzi spesso mancano della profondità e del dettaglio richiesti per aggiornamenti tempestivi nel processo diagnostico. Poiché GenCC non genera nuove evidenze, non aggiunge geni unici al pannello MorbidGenes, ma fornisce comunque panoramiche utili sui dati esistenti.

#Limitazioni e Considerazioni

Un limite nell'uso del MorbidGenes Panel è che potrebbe non fornire informazioni dettagliate sui singoli rapporti gene-malattia, a differenza di pannelli più curati. Tuttavia, l'obiettivo del MorbidGenes Panel non è sostituire queste liste di riferimento, ma agire come risorsa iniziale per identificare rapidamente geni clinicamente importanti per uso diagnostico.

Applicando il MorbidGenes Panel in scenari pratici, i laboratori possono ridurre il numero di varianti da valutare da circa 60.000 a circa 20.000 per ogni esoma. Questo aiuta ad eliminare geni irrilevanti dalla considerazione. C'è un riconoscimento che il pannello potrebbe ancora includere geni classificati erroneamente come rilevanti a causa di informazioni obsolete.

L'approccio adottato qui è stato mantenere la logica semplice per includere geni, minimizzando la necessità di controlli manuali. Pertanto, geni che avevano prove minime potrebbero ancora essere inclusi se corrispondevano a criteri specifici. In definitiva, è essenziale che ogni caso venga valutato singolarmente per decidere quali varianti debbano essere segnalate.

#Importanza di Diverse Fonti di Dati

Avere una vasta gamma di fonti di dati è cruciale per garantire che nessun gene importante venga trascurato. Questo è particolarmente significativo per i pannelli curati a mano, poiché alcuni geni potrebbero essere riconosciuti come rilevanti solo in un specifico database. Aggiornamenti regolari sono anche importanti poiché nuovi geni causanti malattie vengono sempre identificati.

Più di 130 nuovi geni sono stati aggiunti al MorbidGenes Panel in un solo anno, evidenziando l'importanza di aggiornare regolarmente queste liste. Includere geni con prove minime è altrettanto cruciale quanto mantenere aggiornati i test diagnostici. Entrambi questi elementi possono essere gestiti in modo efficace utilizzando il MorbidGenes Panel.

#Conclusione

Il MorbidGenes Panel mira a fornire un elenco esteso di geni rilevanti per la diagnosi, utilizzando una logica semplice che riduce il carico di lavoro per la curazione. Questo consente aggiornamenti più rapidi e accesso tempestivo ai dati. Il pannello è già stato utilizzato in un grande centro medico, con migliaia di rapporti genetici generati ogni anno.

La collaborazione all'interno della comunità genetica è incoraggiata per garantire che ci siano più relazioni gene-malattia disponibili nei database pubblici. Questo aiuterà ad aumentare il numero di geni clinicamente significativi nei pannelli automatizzati, beneficiando complessivamente i processi diagnostici.