Avanzamenti nella resistenza alle malattie di pesche e albicocche
La ricerca si concentra sul migliorare la resistenza di pesche e albicocche alle malattie tramite la genetica.
Morgane Roth, M. Serrie, V. Segura, A. Blanc, L. Brun, N. Dlalah, F. Gilles, L. Heurtevin, M. Le-Pans, V. Signoret, S. Viret, J.-M. Audergon, B. Quilot
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Indice
- Miglioramento Genetico delle piante
- Studi di Associazione su Genoma (GWAS)
- Obiettivi della ricerca
- Metodologia
- Risultati sulle prestazioni delle piante
- Contributi genetici alla risposta alle malattie
- Identificazione delle regioni genetiche chiave
- Risposte specifiche dell'ambiente
- Comprendere l'interazione tra genetica e ambiente
- Strategie future per la selezione
- Conclusione
- Fonte originale
- Link di riferimento
Le piante affrontano varie sfide da Parassiti e Malattie, che possono danneggiare seriamente la produzione agricola. Queste minacce provengono da tanti organismi, tra cui virus, batteri, funghi e insetti. Per proteggere le piante e garantire un’agricoltura sostenibile, gli scienziati stanno lavorando su modi per ridurre la vulnerabilità delle piante a questi agenti nocivi.
Un metodo efficace è migliorare la genetica delle piante. Ci sono due modi principali in cui le piante possono resistere alle malattie: prevenendo direttamente la malattia (Resistenza) o minimizzando il danno causato anche se non fermano completamente la malattia (Tolleranza). Incrociare piante con forte resistenza o tolleranza a queste minacce è particolarmente importante per le colture perenni, come pesche e albicocche, dato che ci vuole tempo per farle crescere e produrre frutti.
Genetico delle piante
MiglioramentoNegli ultimi anni, i ricercatori hanno spostato la loro attenzione verso l'uso di caratteri genetici che coinvolgono più geni invece di affidarsi alla resistenza di un singolo gene, che può rompersi facilmente. Usando molti fattori genetici, gli scienziati sperano di creare varietà di piante che forniscano una migliore protezione a lungo termine contro le malattie. Combinare tratti di resistenza forte con tratti che permettano la tolleranza potrebbe portare a difese plantali ancora più efficaci.
Inoltre, alcune varietà di piante hanno mostrato resistenza naturale o tolleranza alle malattie. Per esempio, alcuni parenti selvatici delle pesche portano geni che possono aiutare a resistere a parassiti e patogeni. Questa diversità genetica offre l’opportunità di trovare nuovi modi per migliorare le colture coltivate.
Studi di Associazione su Genoma (GWAS)
Gli Studi di Associazione su Genoma (GWAS) sono una tecnica che aiuta a identificare quali parti del genoma contribuiscono a determinati tratti, inclusa la resistenza alle malattie. Analizzando un gran numero di marcatori genetici all'interno di diverse piante, i ricercatori possono trovare connessioni tra tratti specifici e variazioni genetiche.
Tuttavia, identificare questi tratti genetici può essere complicato perché come le piante rispondono alle malattie può variare a seconda delle condizioni ambientali. Ad esempio, come una pianta reagisce a una malattia potrebbe cambiare da un luogo all'altro o da un anno all'altro. Per capire meglio queste variazioni, gli scienziati conducono Prove Multi-Ambientali (MET), dove testano le stesse piante in diverse località o anni per vedere come reagiscono a parassiti e malattie.
Obiettivi della ricerca
L'obiettivo principale di questa ricerca è capire i fattori genetici che permettono a pesche e albicocche di resistere a parassiti e malattie in vari ambienti. Gli scienziati intendono raccogliere e analizzare dati su come diverse varietà di pesche e albicocche si comportano contro queste sfide. In particolare, vogliono vedere come l'genetica delle piante e i fattori ambientali interagiscono e influenzano le difese delle piante.
Metodologia
Per condurre questo studio, i ricercatori hanno creato banche dati contenenti informazioni su come diverse varietà di pesche e albicocche hanno risposto a vari parassiti e malattie in diversi frutteti nel sud-est della Francia. Le malattie e i parassiti specifici monitorati includevano arricciamento delle foglie, muffa polverosa e vari attacchi.
Hanno misurato due fattori principali: il danno massimo causato dai parassiti (Max) e l'impatto complessivo della malattia nel tempo (AUDPC). Monitorando queste misurazioni per più stagioni, i ricercatori hanno potuto valutare come ogni varietà si comportava in diverse condizioni.
Risultati sulle prestazioni delle piante
Valutando i dati, i ricercatori hanno trovato una grande diversità nel modo in cui le diverse varietà di pesche e albicocche hanno risposto alle malattie. Alcune piante hanno mostrato differenze considerevoli nel tempo e in diverse località. I punteggi di danno massimo e le metriche complessive sull'impatto delle malattie hanno fornito utili informazioni su come ogni varietà ha reagito alle sfide.
Guardando a malattie specifiche, alcune hanno mostrato maggiore coerenza nel modo in cui le piante hanno reagito in diversi ambienti, mentre altre variavano notevolmente. Ad esempio, l'arricciamento delle foglie nelle pesche ha mostrato una risposta stabile attraverso diverse località. Al contrario, altre malattie, come l'attacco alla fioritura nelle albicocche, hanno mostrato risposte variabili a seconda delle condizioni ambientali.
Contributi genetici alla risposta alle malattie
I ricercatori hanno usato modelli statistici per analizzare quanto della variazione nella risposta alle malattie potesse essere attribuita al genotipo delle piante. Hanno scoperto che la composizione genetica delle piante influenzava significativamente le loro prestazioni contro le malattie. Tuttavia, i fattori ambientali hanno anche giocato un ruolo cruciale nel plasmare queste risposte.
Attraverso la loro analisi, i ricercatori hanno identificato diversi tipi di influenze genetiche: effetti additivi e non additivi. Gli effetti additivi si verificano quando l'effetto combinato di più geni migliora un tratto, mentre gli effetti non additivi coinvolgono interazioni tra geni che possono migliorare o ridurre l'efficacia di un tratto.
Identificazione delle regioni genetiche chiave
Dopo aver condotto il GWAS, i ricercatori hanno tracciato le principali regioni genetiche legate alla resistenza e tolleranza alle malattie sia nelle pesche che nelle albicocche. Hanno trovato diverse di queste regioni associate a tratti di resistenza forte.
Questa mappatura ha rivelato un totale di centinaia di marcatori genetici legati a malattie specifiche. Alcuni di questi marcatori erano unici per determinate ambienti, evidenziando l'importanza del contesto nella selezione per la resistenza alle malattie.
Risposte specifiche dell'ambiente
Nella loro analisi, i ricercatori hanno identificato vari QTL (loci di carattere quantitativo) specifici per determinati ambienti. Questo significa che alcuni tratti genetici erano più efficaci in alcune località rispetto ad altre. Ad esempio, un QTL associato all'arricciamento delle foglie delle pesche è stato trovato in modo coerente in diversi ambienti, mentre altri, come quelli relativi all'attacco alla fioritura delle albicocche, erano più specifici per l'ambiente.
Questa variabilità suggerisce che i programmi di selezione dovrebbero considerare non solo i tratti genetici delle piante, ma anche le specifiche condizioni ambientali che affronteranno. Modificare le strategie di selezione per tenere conto delle condizioni locali potrebbe ottimizzare la resilienza delle piante contro parassiti e malattie.
Comprendere l'interazione tra genetica e ambiente
Un punto fondamentale emerso da questa ricerca è il ruolo significativo dell'interazione tra genetica e fattori ambientali. I ricercatori hanno notato che molti dei tratti di resistenza alle malattie erano più influenzati dalla specifica località in cui le piante venivano coltivate piuttosto che da fattori genetici alone.
Capire questa interazione è cruciale per sviluppare strategie di selezione efficaci. Suggerisce che i selezionatori devono considerare sia la genetica che l'ambiente quando scelgono quali piante coltivare e propagare.
Strategie future per la selezione
Sulla base dei risultati, i ricercatori propongono diverse strategie per i futuri programmi di selezione. Sottolineano l'importanza di creare varietà di piante che possano adattarsi ai specifici parassiti e malattie prevalenti nelle loro regioni di crescita. Questo potrebbe comportare l'uso di tecniche genomiche avanzate per selezionare tratti genetici specifici che forniscano resistenza o tolleranza agli stress ambientali.
Inoltre, i ricercatori raccomandano di continuare a utilizzare prove multi-ambientali per perfezionare la comprensione di come le piante si comportano in diverse condizioni. Fare in modo che ciò possa aiutare i selezionatori a sviluppare varietà di colture più resilienti che possano resistere alle sfide poste da parassiti e malattie.
Conclusione
Questa ricerca fa luce sulle complesse interazioni tra genetica delle piante, fattori ambientali e resistenza alle malattie. Identificando marcatori genetici chiave e comprendendo come interagiscono con specifici ambienti, gli scienziati aprono la strada per sviluppare varietà di pesche e albicocche più resilienti.
Gli sforzi per selezionare la resistenza alle malattie devono integrare la conoscenza sia della genetica che delle condizioni ambientali. Questo approccio olistico porterà infine a una gestione delle colture migliorata e pratiche agricole sostenibili che possono affrontare le sfide continue poste da parassiti e malattie nel settore agricolo.
Titolo: Investigating the genetic architecture of biotic stress response in stone fruit tree orchards under natural infections with a multi-environment GWAS approach
Estratto: The mapping and introduction of sustainable plant immunity to pests and diseases in fruit tree is still a major challenge in modern breeding. This study aims at deciphering the genetic architecture underlying resistance or tolerance across environments for major pests and diseases in peach (P. persica) and apricot (P. armeniaca). We set up a multi-environment trial (MET) approach by studying two core collections of 206 peach and 150 apricot accessions deployed under low phytosanitary conditions in respectively three and two environmentally contrasted locations in South-East of France. To capture the complex dynamics of pest and disease spread in naturally infected orchards, visual scoring of symptoms was repeated within and between 3 years, for five and two pests and diseases respectively for peach and apricot, resulting in the maximum of damage score and the AUDPC. These traits were used as phenotypic inputs in our genome-wide association studies (GWAS) strategy, and leading to the identification of: i) non-additive genotype-phenotype associations, ii) environment-shared QTLs iii) environment-specific QTLs, and iv) interactive QTLs which changes in direction ( antagonist) or intensity ( differential) according to the environment. By conducting GWAS with multiple methods, we successfully identified a total of 60 high confidence QTLs, leading to the identification of 87 candidate genes, the majority belonging to the Leucine-rich repeat containing receptors (LRR-CRs) family gene. Finally, we provided a comparative analysis of our results on peach and apricot, two closely related species. The present results contribute to the development of genomics-assisted breeding to improve biotic resilience in Prunus varieties.
Autori: Morgane Roth, M. Serrie, V. Segura, A. Blanc, L. Brun, N. Dlalah, F. Gilles, L. Heurtevin, M. Le-Pans, V. Signoret, S. Viret, J.-M. Audergon, B. Quilot
Ultimo aggiornamento: 2024-10-17 00:00:00
Lingua: English
URL di origine: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.15.618428
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.15.618428.full.pdf
Licenza: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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