Nouvelles perspectives sur le suivi des plaquettes et la formation de caillots
Des chercheurs mettent au point des méthodes pour suivre les plaquettes et étudier la formation de caillots en temps réel.
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Table des matières
- Le besoin d'automatisation
- Deep Learning pour un meilleur Suivi
- Comment les expériences ont été réalisées
- Imagerie de haute qualité
- Validation de la méthode de deep learning
- Suivi des plaquettes dans le temps
- Comparaison des différentes conditions
- Résultats et implications
- Conclusion
- Source originale
- Liens de référence
Au cours des dix dernières années, les scientifiques ont vraiment amélioré notre manière de voir et de comprendre comment les Caillots sanguins se forment en observant de toutes petites parties du sang appelées Plaquettes. Ces plaquettes sont super importantes parce qu'elles aident à arrêter les saignements en s'agglutinant. De nouvelles techniques d'Imagerie nous permettent de voir ces plaquettes en action, à la fois chez des animaux vivants et en laboratoire.
Cependant, même avec ces méthodes d'imagerie avancées, il est encore difficile de savoir exactement combien de plaquettes il y a et comment elles se comportent avec le temps. Les techniques précédentes qui essayaient de suivre les plaquettes ne pouvaient fonctionner qu'avec quelques-unes à la fois, ce qui signifie qu'on perdait beaucoup d'infos utiles. Pour vraiment comprendre comment les plaquettes agissent dans un caillot, il faut suivre beaucoup de plaquettes automatiquement.
Le besoin d'automatisation
Une des premières tentatives pour utiliser des méthodes automatiques pour compter les plaquettes a été faite par des chercheurs qui ont utilisé une technique de traitement d'image traditionnelle appelée méthode de la différence de gaussiennes (DoG). Ils ont découvert que compter les plaquettes donne de meilleures infos sur la formation des caillots que de mesurer juste leur luminosité. Mais la méthode DoG a ses problèmes et ça ne marche pas bien quand les images changent beaucoup.
Lors d'essais avec des animaux vivants, les chercheurs ont trouvé que les méthodes traditionnelles échouaient souvent quand les conditions changeaient. Ils pensaient que l'utilisation de méthodes d'apprentissage automatique serait plus efficace pour suivre les plaquettes de manière fiable.
Deep Learning pour un meilleur Suivi
Le deep learning est une forme d'apprentissage automatique qui aide les ordinateurs à apprendre à identifier des objets dans les images. Cette méthode a montré de super résultats pour identifier les plaquettes dans des images 2D, mais elle n'avait pas encore été testée dans des images 3D jusqu'à présent. Les nouvelles méthodes peuvent gérer des données avec beaucoup de bruit, ce qui est souvent un problème en imagerie scientifique. Une fois les plaquettes reconnues dans chaque image, elles peuvent être suivies au fil du temps.
Les chercheurs ont créé un nouveau système qui utilise le deep learning pour analyser des images 3D de plaquettes. Ce système peut automatiquement trouver et suivre de nombreuses plaquettes individuelles, ce qui facilite la compréhension de leur comportement lors de la formation du caillot dans différentes conditions.
Comment les expériences ont été réalisées
Dans ces études, ils ont utilisé des techniques spéciales pour observer comment les plaquettes agissent à la fois chez des animaux vivants et dans des expériences contrôlées en labo. Tous les tests sur les animaux ont été approuvés par les comités d'éthique concernés. Pour les tests sur les vivants, des souris ont reçu des injections spéciales pour marquer un petit pourcentage de leurs plaquettes.
Pour les tests en laboratoire, du sang de souris a été préparé rapidement avec des manipulations soignées pour garder les plaquettes en bonne santé pour l'étude. Du sang humain a également été collecté auprès de volontaires, assurant ainsi que toutes les normes éthiques étaient respectées. Dans les deux cas, des chambres spéciales ont été utilisées pour imiter l'écoulement sanguin et étudier comment les plaquettes réagissaient en se déplaçant sur des surfaces qui les font coller ensemble, comme le collagène.
Imagerie de haute qualité
Un système d'imagerie avancé a ensuite été utilisé pour visualiser ces plaquettes. Ce système captura des images rapidement, permettant aux chercheurs d'observer comment les plaquettes se déplaçaient et changeaient avec le temps. Les chercheurs ont pris plusieurs images à différentes profondeurs, créant une vue 3D des plaquettes à l'intérieur des vaisseaux sanguins.
Avant d'utiliser les méthodes de deep learning, les chercheurs se sont assurés d'avoir des données précises pour entraîner leurs algorithmes. Ils ont corrigé les erreurs initiales dans les images pour créer des étiquettes précises pour les plaquettes.
Validation de la méthode de deep learning
Pour confirmer que leur nouveau système de deep learning fonctionnait bien, les chercheurs ont comparé ses résultats à ceux obtenus par des scientifiques formés identifiant manuellement les plaquettes. Ils ont trouvé que leur nouvelle méthode reconnaissait les plaquettes avec précision, même dans des conditions difficiles. Le système pouvait séparer clairement les plaquettes, même dans des cas où les méthodes traditionnelles avaient du mal.
Les chercheurs ont aussi mis la méthode de deep learning à l'épreuve dans des situations où les images étaient moins claires à cause du bruit. Le système de deep learning a beaucoup mieux performé que les méthodes traditionnelles, réussissant à trouver les plaquettes avec précision.
Suivi des plaquettes dans le temps
Une fois les plaquettes identifiées, ils ont utilisé un logiciel spécialisé pour suivre chaque plaquette à travers plusieurs points dans le temps. Ce logiciel de suivi permet aux chercheurs de voir le mouvement des plaquettes pendant le processus de formation du caillot. Comme il peut y avoir des milliers de plaquettes dans une image, le suivi peut être compliqué.
Pour aider à valider la précision de leur suivi, les chercheurs ont développé des outils permettant à d'autres de vérifier facilement la qualité du suivi. Ils ont échantillonné certaines des plaquettes suivies et vérifié les erreurs, comme les plaquettes mal identifiées. Ils ont trouvé que les taux d'erreur étaient très bas, la plupart du suivi étant précis.
Comparaison des différentes conditions
En utilisant ce nouveau flux de travail, les chercheurs ont pu comparer comment les plaquettes se comportent dans des conditions vivantes par rapport à des environnements de laboratoire contrôlés. Ils ont découvert que les plaquettes chez les animaux vivants formaient des caillots plus rapidement et plus denses comparées à celles des expériences en laboratoire. De plus, les plaquettes dans les animaux vivants montraient un mouvement plus dynamique que celles en laboratoire.
Suivre les plaquettes dans des conditions de laboratoire a également permis aux chercheurs de recueillir plus de données sur la façon dont les plaquettes réagissaient en étant forcées à se déplacer sur des surfaces qui les font coller. Ils pouvaient mesurer la vitesse de déplacement des plaquettes, la densité des caillots et comment la forme des plaquettes changeait avec le temps.
Résultats et implications
Les chercheurs ont découvert que les plaquettes chez les animaux vivants non seulement se déplaçaient plus vite, mais montraient aussi des formes différentes comparées aux études de laboratoire. Ces différences pourraient être dues aux signaux naturels présents dans les systèmes vivants qui sont absents dans les conditions de laboratoire.
Le logiciel et les méthodes développés peuvent fournir des données riches sur le comportement des plaquettes dans différentes situations. Cela permet une meilleure compréhension de la formation des caillots sanguins et comment ils pourraient être influencés par des médicaments ou d'autres traitements. L'équipe vise à améliorer encore leur logiciel, en accueillant les contributions d'autres scientifiques.
Conclusion
En conclusion, une nouvelle méthode a été établie pour trouver et suivre avec précision les plaquettes pendant la formation des caillots. Cette technique peut fournir des informations claires sur comment la coagulation du sang se produit, ce qui est essentiel pour développer de meilleurs traitements pour les troubles liés à la coagulation. Le logiciel développé est disponible pour que d'autres l'utilisent, permettant aux scientifiques d'explorer les rôles des plaquettes dans divers contextes médicaux. Ce travail ouvre de nouvelles voies pour comprendre comment fonctionnent les caillots sanguins, tant en santé qu’en maladie.
Titre: Finding and Following: A deep learning-based pipeline for tracking platelets during thrombus formation in vivo and ex vivo
Résumé: The last decade has seen increasing use of advanced imaging techniques in platelet research. However, there has been a lag in the development of image analysis methods, leaving much of the information trapped in images. Herein, we present a robust analytical pipeline for finding and following individual platelets over time in growing thrombi. Our pipeline covers four steps: detection, tracking, estimation of tracking accuracy, and quantification of platelet metrics. We detect platelets using a deep learning network for image segmentation, which we validated with proofreading by multiple experts. We then track platelets using a standard particle tracking algorithm and validate the tracks with custom image sampling -- essential when following platelets within a dense thrombus. We show that our pipeline is more accurate than previously described methods. To demonstrate the utility of our analytical platform, we use it to show that in vivo thrombus formation is much faster than that ex vivo. Furthermore, platelets in vivo exhibit less passive movement in the direction of blood flow. Our tools are free and open source and written in the popular and user-friendly Python programming language. They empower researchers to accurately find and follow platelets in fluorescence microscopy experiments.x Plain language summaryIn this paper we describe computational tools to find and follow individual platelets in blood clots recorded with fluorescence microscopy. Our tools work in a diverse range of conditions, both in living animals and in artificial flow chamber models of thrombosis. Our work uses deep learning methods to achieve excellent accuracy. We also provide tools for visualising data and estimating error rates, so you dont have to just trust the output. Our workflow measures platelet density, shape, and speed, which we use to demonstrate differences in the kinetics of clotting in living vessels versus a synthetic environment. The tools we wrote are open source, written in the popular Python programming language, and freely available to all. We hope they will be of use to other platelet researchers.
Auteurs: Juan Nunez-Iglesias, A. S. McGovern, P. Larsson, V. Tarlac, N. Setiabakti, L. Shabani Mashcool, J. R. Hamilton, N. Boknäs
Dernière mise à jour: 2024-02-08 00:00:00
Langue: English
Source URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.10.02.560609
Source PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.10.02.560609.full.pdf
Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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