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Avancées dans le diagnostic de la schizophrénie grâce à l'apprentissage automatique

Des recherches montrent des promesses avec des tests sanguins et l'apprentissage automatique pour un diagnostic de la schizophrénie plus rapide.

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La schizophrénie est une condition de santé mentale sérieuse qui impacte la façon dont une personne pense, ressent et se comporte. Les gens atteints de schizophrénie peuvent vivre des ruptures avec la réalité, souvent appelées psychose. Ce trouble n'est pas seulement une question de problèmes d'humeur ou de comportement ; il influence profondément la manière dont les individus se comprennent eux-mêmes et le monde qui les entoure.

Impact sur la santé

Les personnes diagnostiquées avec la schizophrénie ont un risque plus élevé de mort prématurée, notamment à cause des maladies cardiaques et du suicide. C'est préoccupant parce que ça montre qu'il y a besoin d'interventions efficaces et rapides. La schizophrénie est assez courante, touchant environ 0,2 % à 0,4 % de la population mondiale, prouvant qu'elle peut toucher n'importe qui, peu importe son origine ou sa culture.

Défis dans le diagnostic

Un des principaux défis pour traiter la schizophrénie est le temps qu'il faut pour obtenir un diagnostic correct. Actuellement, le diagnostic de la schizophrénie dépend de l'évaluation d'un psychologue. Cela peut entraîner des retards, car les symptômes doivent persister pendant au moins six mois pour obtenir un diagnostic formel. Des retards dans le traitement peuvent causer des symptômes plus graves et une incapacité prolongée. On pense qu'un diagnostic et un traitement rapides peuvent mener à de meilleurs résultats.

Solutions potentielles

Les chercheurs explorent l'utilisation de Tests sanguins pour soutenir et accélérer le diagnostic de la schizophrénie. Ils étudient des changements au niveau moléculaire, comme certains modèles d'Expression génétique, qui pourraient être liés au trouble. Des études précédentes ont suggéré que l'examen de l'expression génétique dans les échantillons de sang peut donner des indications sur la schizophrénie et mener à des biomarqueurs prometteurs.

Le rôle de l'Apprentissage automatique

Les avancées technologiques ont ouvert de nouvelles voies pour identifier des marqueurs qui peuvent aider au diagnostic des troubles mentaux. L'apprentissage automatique, une branche de l'intelligence artificielle, a montré son potentiel à analyser des données d'expression génétique pour identifier des marqueurs qui pourraient aider à différencier la schizophrénie d'autres conditions.

Actuellement, beaucoup d'approches utilisant l'apprentissage automatique reposent sur des ensembles de données publiques existants. Cependant, de nombreuses études ne valident pas leurs résultats avec de nouveaux ensembles de données séparés, ce qui est essentiel pour garantir la fiabilité de tout modèle prédictif.

L'étude de recherche

Dans cette étude, les scientifiques visaient à développer une collection d'outils d'apprentissage automatique pour classifier des échantillons de personnes atteintes de schizophrénie. Ils ont rassemblé des données provenant de diverses ressources publiques et se sont concentrés sur les données d'expression génétique à partir d'échantillons de sang.

Collecte de données

Les chercheurs ont identifié des ensembles de données pertinents contenant des informations sur l'expression génétique liée à la schizophrénie. Ils ont exclu les études qui ne fournissaient pas de données brutes ou celles qui incluaient différents types de cellules ou d'autres facteurs qui pourraient fausser les résultats. L'objectif était de se concentrer uniquement sur les données d'expression génétique du sang périphérique qui se rapportent directement à la schizophrénie.

Traitement des données

Les données collectées ont été soigneusement traitées pour éviter toute erreur ou biais. Cela impliquait de nettoyer et de normaliser les données pour s'assurer qu'elles reflètent avec précision les processus biologiques sous-jacents. Les chercheurs ont ensuite identifié des ensembles de données aberrants, garantissant des données fiables et cohérentes pour l'analyse.

Construction des modèles

Les chercheurs ont utilisé une méthode appelée analyse de l'expression génique différentielle pour sélectionner des gènes clés qui pourraient aider à distinguer entre la schizophrénie et les individus non affectés. Ils ont construit différents modèles d'apprentissage automatique pour tester leur capacité à prédire la présence de la schizophrénie sur la base des données d'expression génétique.

Les modèles ont été construits en utilisant deux techniques principales : les machines à vecteurs de support et l'analyse prédictive pour les microarrays. Ils ont choisi les modèles les plus performants pour former un ensemble, ce qui signifie qu'ils ont combiné leurs prédictions pour améliorer l'exactitude et réduire les faux positifs.

Évaluation des modèles

Pour déterminer l'efficacité des modèles, les chercheurs ont évalué leur performance en fonction de la précision de leurs prédictions. Ils ont comparé les résultats du modèle d'ensemble avec ceux des modèles individuels pour voir si l'approche d'ensemble menait à une meilleure précision dans l'identification de la schizophrénie.

L'analyse fonctionnelle des gènes identifiés a révélé des informations sur des processus biologiques spécifiques qui pourraient être impactés chez les individus atteints de schizophrénie. Les chercheurs ont trouvé que certains gènes étaient liés aux réponses immunitaires, ce qui pourrait être essentiel pour comprendre comment le trouble affecte le corps.

Test des modèles

Pour valider les résultats, les chercheurs ont mené une étude cas-témoin avec des participants diagnostiqués avec la schizophrénie. Ils ont examiné leurs échantillons de sang et utilisé le séquençage de l'ARN pour obtenir des données supplémentaires. Les résultats ont aidé à valider les modèles d'apprentissage automatique et à démontrer leur capacité à classifier efficacement les échantillons.

Malgré quelques défis, le modèle d'ensemble a montré du potentiel, avec un bon niveau de précision pour identifier la schizophrénie à partir des données des échantillons de sang. Cela suggère qu'avec des tests appropriés et des ajustements, les modèles pourraient potentiellement aider à développer des tests diagnostiques simples à l'avenir.

Implications pour la recherche future

Les résultats de cette étude soulignent le potentiel de l'utilisation de l'apprentissage automatique dans le diagnostic de la schizophrénie. La combinaison de tests sanguins et d'analyses avancées pourrait ouvrir la voie à des Diagnostics plus rapides, ce qui est vital pour améliorer les résultats des patients et réduire la stigmatisation souvent associée aux troubles mentaux.

Bien que les résultats initiaux soient encourageants, d'autres études sont nécessaires pour renforcer les méthodes utilisées et confirmer leur efficacité à travers différentes populations. Les efforts futurs devraient se concentrer sur l'amélioration de la précision des modèles et l'exploration de facteurs supplémentaires qui pourraient influencer l'expression génétique.

Conclusion

La schizophrénie est une condition de santé mentale complexe et sévère qui nécessite une intervention rapide et efficace. L'étude a démontré que l'utilisation de tests sanguins, combinée à des techniques d'apprentissage automatique, pourrait mener à de meilleures méthodes diagnostiques. En se concentrant sur les données d'expression génétique, les chercheurs peuvent développer des outils qui aident à identifier la schizophrénie de manière plus précise et rapide, offrant ainsi de l'espoir pour une meilleure gestion de ce trouble difficile.

Source originale

Titre: Ensemble learning for higher diagnostic precision in schizophrenia using peripheral blood gene expression profile.

Résumé: The need for molecular biomarkers for schizophrenia has been well recognized. Peripheral blood gene expression profiling and machine learning (ML) tools have recently become popular for biomarker discovery. The stigmatization associated with schizophrenia advocates the need for diagnostic models with higher precision. In this study, we propose a strategy to develop higher-precision ML models using ensemble learning. We performed a meta-analysis using peripheral blood expression microarray data. The ML models, support vector machines (SVM), and prediction analysis for microarrays (PAM) were developed using differentially expressed genes as features. The ensemble of SVM-radial and PAM predicted test samples with a precision of 81.33% (SD: 0.078). The precision of the ensemble model was significantly higher than SVM-radial (63.83%, SD: 0.081) and PAM (66.89%, SD: 0.097). The feature genes identified were enriched for biological processes such as response to stress, response to stimulus, regulation of the immune system, and metabolism of organic nitrogen compounds. The network analysis of feature genes identified PRF1, GZMB, IL2RB, ITGAL, and IL2RG as hub genes. Additionally, the ensemble model developed using microarray data classified the RNA-Sequencing samples with moderately high precision (72.00%, SD: 0.08). The pipeline developed in this study allows the prediction of a single microarray and RNA-Sequencing sample. In summary, this study developed robust models for clinical application and suggested ensemble learning for higher diagnostic precision in psychiatric disorders. Research highlightsO_LIEnsemble learning of Support Vector Machines (SVM) and Prediction Analysis for Microarrays (PAM) algorithms classified schizophrenia samples with higher precision. C_LIO_LIThe pipeline developed in this analysis produced robust models with the ability to classify single microarray sample. C_LIO_LICross-platform validation of ensemble model using RNA-Sequencing data resulted in high precision. C_LI Graphical abstract O_FIG O_LINKSMALLFIG WIDTH=200 HEIGHT=93 SRC="FIGDIR/small/23285788v2_ufig1.gif" ALT="Figure 1"> View larger version (19K): [email protected]@16e9461org.highwire.dtl.DTLVardef@cf8394org.highwire.dtl.DTLVardef@1c785a8_HPS_FORMAT_FIGEXP M_FIG C_FIG Blood based SCZ diagnosis using ensemble learning for higher precision

Auteurs: Satyajeet Khare, V. V. Wagh, S. Agrawal, S. Purohit, T. Pachpor, L. Narlikar, V. Paralikar

Dernière mise à jour: 2023-05-26 00:00:00

Langue: English

Source URL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.02.11.23285788

Source PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.02.11.23285788.full.pdf

Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Changements: Ce résumé a été créé avec l'aide de l'IA et peut contenir des inexactitudes. Pour obtenir des informations précises, veuillez vous référer aux documents sources originaux dont les liens figurent ici.

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