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Évaluation des modèles de prévision COVID-19 : succès et défis

Une analyse des prévisions de cas de COVID-19 et de leur impact sur les décisions de santé publique.

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Prédire comment les maladies, comme COVID-19, vont se propager est super important pour planifier les réponses aux épidémies. Ce boulot implique de rassembler des infos provenant de différents efforts de prévision pour diverses maladies, genre la grippe et Ebola. Des chercheurs de différents domaines, y compris des universitaires et des agences gouvernementales, ont bossé ensemble pour créer des outils de prédiction des cas et des décès liés à COVID-19. Un des outils, c'est le COVID-19 Forecast Hub, qui a commencé à suivre les Prévisions en avril 2020.

L'idée principale derrière ces prévisions, c'est que prédire le nombre de cas de COVID-19 peut aider à gérer les ressources et informer les décisions de santé publique. Comme les cas confirmés montrent les premiers signes d'infection, ils peuvent être plus utiles pour la planification que les chiffres de décès, qui mettent plus de temps à être comptabilisés. Les prévisions ont rassemblé des infos de tout le pays, y compris des comtés, des états et au niveau national.

Collecte de cas et prévisions

Entre juillet 2020 et décembre 2021, des prévisions de cas de COVID-19 ont été collectées de plus de 67 équipes à travers le pays. Ces équipes ont soumis plus de 14 millions de prévisions pour différentes zones, y compris des comtés et des états. Le but était de trouver des motifs et d'améliorer la Précision de ces prévisions.

Les équipes ont été évaluées en fonction du nombre de lieux pour lesquels elles ont fourni des prévisions, de la durée de leurs Prédictions, et si elles répondaient à certains critères. Les Données ont montré que 64,8 % des prévisions soumises étaient incluses dans l'analyse.

Importance de la précision

La précision est cruciale car des prévisions incorrectes peuvent mener à de mauvaises décisions sur l'allocation des ressources et des politiques. Ça peut éroder la confiance du public dans les institutions de santé. Donc, les chercheurs ont fait des évaluations en temps réel des prévisions pour mesurer leur fiabilité. Un des indicateurs utilisés était la couverture de l'intervalle de prédiction, qui aide à déterminer si les prévisions capturaient correctement les chiffres réels de cas.

Malheureusement, beaucoup de prévisions n'ont pas atteint le niveau de précision attendu. Par exemple, la fiabilité des prévisions de cas a chuté de manière significative pendant certaines périodes. Alors que la situation de COVID-19 changeait rapidement, particulièrement pendant la vague hivernale de 2020-2021, les prévisions montraient une précision bien inférieure aux attentes.

Évaluation de la performance des prévisions

Les chercheurs se sont spécifiquement penchés sur la performance des prévisions de cas de COVID-19 du COVID-19 Forecast Hub. Ils voulaient voir dans quelle mesure les prédictions correspondaient aux cas réellement rapportés. L'analyse a inclus près de 10 millions de prévisions individuelles collectées dans différentes régions des États-Unis.

En gros, ils ont découvert que bien que certaines équipes aient fourni de meilleures prévisions que d'autres, beaucoup de Modèles étaient moins précis que le modèle le plus simple utilisé comme référence. Le modèle de référence prévoyait simplement les cas futurs en se basant sur les rapports de la semaine précédente. Les modèles avec des algorithmes plus complexes avaient souvent des performances plus faibles que prévu, surtout quand ils faisaient des prévisions à des échelles géographiques plus petites.

Variabilité des performances

La performance des prévisions variait énormément selon la zone et la période. Par exemple, les prévisions faites début 2021 étaient généralement plus précises que celles faites plus tard dans l'année. Les chercheurs ont noté que les prévisions étaient meilleures pendant les périodes stables et pires pendant les périodes de changement rapide ou de fortes augmentations de cas.

Les équipes ont aussi fait face à des défis à cause des variations dans la manière dont les cas étaient rapportés. Certains états révisaient leurs chiffres fréquemment, rendant difficile le maintien de l'exactitude des prévisions. Des analyses de sensibilité ont été menées pour examiner comment les points de données extrêmes affectaient la performance des modèles.

Défis dans la prévision

Plusieurs défis ont rendu la prévision des cas de COVID-19 difficile. D'abord, les cas confirmés ne sont pas toujours les meilleurs indicateurs de transmission, surtout parce qu'il y a souvent un délai entre le moment où une personne est infectée et le moment où son cas est rapporté. En plus, les modèles variaient énormément en compétence selon les phases de l'épidémie.

La performance des prévisions dépendait de la phase épidémique. En général, les modèles fonctionnaient mieux quand les cas étaient stables et moins précisément quand les cas augmentaient ou diminuaient fortement. Cette incohérence suggère que de prendre en compte la phase de l'épidémie pourrait être bénéfique.

Surcharge de confiance dans les prévisions

Beaucoup de modèles de prévision affichaient un pattern de surconfiance. Ils projetaient un résultat beaucoup plus certain que ce qui était justifié, surtout pendant les périodes de changement rapide. Par exemple, alors que le modèle de référence prédisait des tendances plates, il a surpassé de nombreux modèles plus complexes qui n'étaient pas capables de tenir compte des fluctuations des chiffres de cas de manière adéquate.

Certaines méthodes de prévision intégraient auparavant un degré de doute plus élevé, ce qui pouvait aider à atténuer la surconfiance. Cependant, beaucoup de modèles peinaient encore à fournir des prévisions précises, surtout dans les phases cruciales du début d'une épidémie où les données en temps réel sont essentielles pour la prise de décision.

Besoin de prévisions localisées

Des prévisions locales précises sont plus importantes que jamais alors que les individus et les communautés cherchent des conseils. Cependant, les prévisions avaient généralement moins bien fonctionné à des échelles locales comparées à des juridictions plus larges. Néanmoins, avoir des données localisées pourrait améliorer les réponses. Du coup, il y a un besoin de modèles qui prennent en compte les dynamiques locales.

Améliorer les prévisions locales nécessite de comprendre les patterns de transmission et les comportements spécifiques aux régions. Ça pourrait impliquer de rassembler des données à des niveaux plus granulaires, comme se concentrer sur des comtés voisins ou des centres urbains, pour s'assurer que les décisions de santé publique se basent sur les infos les plus pertinentes.

Conclusion et futures directions

L'analyse a révélé d'importantes limites dans les prévisions de cas de COVID-19. Bien que certains modèles étaient assez sophistiqués, leur performance était souvent en deçà des attentes. Les modèles d'ensemble, qui combinent les sorties de plusieurs modèles, ont montré du potentiel, certains surpassant des prévisions plus simples dans certaines conditions.

À l'avenir, la recherche continue et la collaboration entre les équipes est cruciale pour améliorer les modèles de prédiction. Il sera essentiel de développer des méthodologies qui peuvent mieux tenir compte des complexités de la transmission des maladies et des dynamiques variables des épidémies. En améliorant la précision des prévisions, les professionnels de la santé publique peuvent prendre des décisions mieux informées, ce qui mènera à des stratégies de gestion des maladies plus efficaces.

Les efforts devraient se concentrer sur le perfectionnement de la manière dont les prévisions sont créées et évaluées, en utilisant des données historiques pour analyser ce qui a fonctionné, ce qui n'a pas fonctionné, et pourquoi. S'attaquer à ces défis fournira des insights critiques pour les futures épidémies et pourrait être bénéfique pour la gestion d'autres maladies infectieuses aussi.

En résumé, la prévision pour COVID-19 a révélé beaucoup de choses sur les forces et les faiblesses des divers modèles. En apprenant de ces expériences, les chercheurs espèrent créer de meilleurs prédicteurs qui peuvent guider des réponses de santé publique efficaces.

Source originale

Titre: Challenges of COVID-19 Case Forecasting in the US, 2020-2021

Résumé: During the COVID-19 pandemic, forecasting COVID-19 trends to support planning and response was a priority for scientists and decision makers alike. In the United States, COVID-19 forecasting was coordinated by a large group of universities, companies, and government entities led by the Centers for Disease Control and Prevention and the US COVID-19 Forecast Hub (https://covid19forecasthub.org). We evaluated approximately 9.7 million forecasts of weekly state-level COVID-19 cases for predictions 1-4 weeks into the future submitted by 24 teams from August 2020 to December 2021. We assessed coverage of central prediction intervals and weighted interval scores (WIS), adjusting for missing forecasts relative to a baseline forecast, and used a Gaussian generalized estimating equation (GEE) model to evaluate differences in skill across epidemic phases that were defined by the effective reproduction number. Overall, we found high variation in skill across individual models, with ensemble-based forecasts outperforming other approaches. Forecast skill relative to the baseline was generally higher for larger jurisdictions (e.g., states compared to counties). Over time, forecasts generally performed worst in periods of rapid changes in reported cases (either in increasing or decreasing epidemic phases) with 95% prediction interval coverage dropping below 50% during the growth phases of the winter 2020, Delta, and Omicron waves. Ideally, case forecasts could serve as a leading indicator of changes in transmission dynamics. However, while most COVID-19 case forecasts outperformed a naive baseline model, even the most accurate case forecasts were unreliable in key phases. Further research could improve forecasts of leading indicators, like COVID-19 cases, by leveraging additional real-time data, addressing performance across phases, improving the characterization of forecast confidence, and ensuring that forecasts were coherent across spatial scales. In the meantime, it is critical for forecast users to appreciate current limitations and use a broad set of indicators to inform pandemic-related decision making. Author SummaryAs SARS-CoV-2 began to spread throughout the world in early 2020, modelers played a critical role in predicting how the epidemic could take shape. Short-term forecasts of epidemic outcomes (for example, infections, cases, hospitalizations, or deaths) provided useful information to support pandemic planning, resource allocation, and intervention. Yet, infectious disease forecasting is still a nascent science, and the reliability of different types of forecasts is unclear. We retrospectively evaluated COVID-19 case forecasts, which were often unreliable. For example, forecasts did not anticipate the speed of increase in cases in early winter 2020. This analysis provides insights on specific problems that could be addressed in future research to improve forecasts and their use. Identifying the strengths and weaknesses of forecasts is critical to improving forecasting for current and future public health responses.

Auteurs: Velma Lopez, E. Y. Cramer, R. Pagano, J. M. Drake, E. B. O'Dea, B. P. Linas, T. Ayer, J. Xiao, M. Adee, J. Chhatwal, M. A. Ladd, P. P. Mueller, O. O. Dalgic, J. Bracher, T. Gneiting, A. Mühlemann, J. Niemi, R. L. Evan, M. Zorn, Y. Huang, Y. Wang, A. Gerding, A. Stark, D. Jayawardena, K. Le, N. Wattanachit, A. H. Kanji, A. J. Castro Rivadeneira, S. Pei, J. Shaman, T. K. Yamana, X. Li, G. Wang, L. Gao, Z. Gu, M. Kim, L. Wang, S. Yu, D. J. Wilson, S. R. Tarasewicz, B. Suchoski, S. Stage, H. Gurung, S. Baccam, M. Marshall, L. Gardner, S Jindal

Dernière mise à jour: 2023-06-04 00:00:00

Langue: English

Source URL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.05.30.23290732

Source PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.05.30.23290732.full.pdf

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