Avancées dans le tri des pics avec PseudoSort
De nouvelles méthodes améliorent l'analyse de l'activité neuronale en neurosciences.
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Table des matières
- Défis dans la recherche neuronale
- Importance du tri des spikes
- Apprentissage automatique dans le tri des spikes
- Introduction de PseudoSort
- Examen de la protéine TAU et de l'activité neuronale
- Résultats des expériences avec MEA et patch clamp
- Analyse des changements d'activité neuronale
- Avantages de PseudoSort dans diverses recherches
- Prochaines étapes dans la recherche
- Conclusion
- Source originale
Les Réseaux de microélectrodes, ou MEAs, sont des outils avancés utilisés dans la recherche en neurosciences. Ils permettent aux scientifiques de surveiller l'activité de nombreux neurones en même temps. C'est important parce que ça aide les chercheurs à étudier comment les neurones communiquent entre eux dans le temps. Contrairement à d'autres méthodes qui peuvent être invasives ou qui ne permettent que des enregistrements courts, les MEAs offrent un moyen d'enregistrer le comportement des neurones de manière non invasive. Cette technologie est utile pour rassembler une large gamme d'informations, améliorant notre connaissance des fonctions cérébrales.
Défis dans la recherche neuronale
Même avec les avantages des MEAs, il y a encore des difficultés à analyser les données qu'ils produisent. Un des principaux défis est de savoir comment interpréter correctement les signaux enregistrés par les électrodes. Comme chaque électrode peut capter des signaux provenant de plusieurs neurones, les données deviennent complexes et peuvent être difficiles à analyser. De plus, différentes sources de bruit peuvent interférer avec les données, rendant difficile l'identification exacte de quel neurone émet un signal particulier. Ces problèmes peuvent freiner à la fois la recherche fondamentale sur le cerveau et le développement de thérapies pour les maladies neurologiques.
Importance du tri des spikes
Un élément clé de l'analyse des données des MEAs est un processus appelé tri des spikes. C'est là que les scientifiques essaient d'identifier quels spikes (ou potentiels d'action) appartiennent à quels neurones. Chaque neurone produit des signaux uniques, et trier ces signaux avec précision est crucial pour comprendre comment les neurones fonctionnent à la fois normalement et dans des états pathologiques. Malheureusement, il y a des limitations dans les méthodes actuelles de tri des spikes, comme des problèmes de précision et d'évolutivité, surtout lorsqu'il s'agit de nombreux neurones.
Apprentissage automatique dans le tri des spikes
Les techniques d'apprentissage automatique (ML) ont émergé comme une solution potentielle pour améliorer le tri des spikes. Ces techniques peuvent gérer de grandes quantités de données et identifier des motifs complexes dans les signaux neuronaux. Récemment, plusieurs approches basées sur le ML ont montré des résultats prometteurs pour améliorer la précision du tri des spikes. Ces approches peuvent traiter les données plus rapidement et de manière plus fiable que les méthodes traditionnelles.
Introduction de PseudoSort
Une nouvelle méthode prometteuse s'appelle PseudoSort. Cette approche innovante utilise l'apprentissage automatique pour tirer parti de l'apprentissage auto-supervisé et de l'augmentation des données. Les caractéristiques uniques de PseudoSort aident à améliorer la précision du tri à travers un processus itératif qui s'ajuste à mesure que plus de données sont analysées. C'est particulièrement bénéfique pour traiter de grands ensembles de données, car cela peut apprendre efficacement à partir de celles-ci, offrant des résultats plus fiables pour identifier l'activité neuronale.
Examen de la protéine TAU et de l'activité neuronale
Les chercheurs examinent aussi les effets d'une protéine appelée Tau sur les neurones. Tau est souvent associée à des maladies neurodégénératives, comme la maladie d'Alzheimer. Dans des études, des neurones hippocampiques primaires ont été exposés à Tau pour voir comment cela pouvait affecter leurs capacités de signalisation. Les résultats ont indiqué que des concentrations plus faibles de Tau pouvaient entraîner des perturbations dans la signalisation neuronale, surtout lorsque une stimulation électrique était appliquée aux cellules.
Résultats des expériences avec MEA et patch clamp
En comparant les résultats des études, on a trouvé que les neurones traités avec Tau avaient une réponse différente par rapport aux neurones non traités. Par exemple, Tau semblait réduire l'activité des neurones qui normalement réagiraient bien à la stimulation. De plus, des expériences impliquant le patch clamp, qui examine des neurones uniques, ont corroboré ces résultats, indiquant que Tau pouvait réduire les niveaux de courant induits par la stimulation.
Analyse des changements d'activité neuronale
En utilisant PseudoSort, les chercheurs ont pu analyser les différents effets du traitement par Tau au niveau des neurones individuels. Les résultats ont montré que tous les neurones ne réagissaient pas de la même manière à Tau, ce qui est significatif car cela permet une compréhension plus détaillée de comment Tau impacte différents types de neurones.
Avantages de PseudoSort dans diverses recherches
Le développement de PseudoSort marque une avancée notable dans le domaine du tri des spikes. Cette technique fournit aux chercheurs des informations plus nuancées sur l'activité neuronale. Elle est particulièrement précieuse pour étudier la dynamique des réseaux cérébraux complexes dans diverses conditions, y compris les maladies neurodégénératives.
Prochaines étapes dans la recherche
La recherche future se concentrera probablement sur l'amélioration de la précision des méthodes de tri des spikes comme PseudoSort. Cela pourrait impliquer l'utilisation de techniques avancées d'apprentissage automatique pour affiner davantage notre analyse des grands ensembles de données provenant des MEAs. L'objectif est de rendre ces méthodes largement accessibles, améliorant notre compréhension du fonctionnement du cerveau et faisant avancer l'étude des troubles neurologiques.
Conclusion
En résumé, les réseaux de microélectrodes représentent des outils importants en neurosciences, permettant une surveillance extensive de l'activité neuronale. Bien que des défis demeurent dans l'analyse des données, des méthodes innovantes comme PseudoSort ouvrent la voie à une meilleure compréhension des communications neuronales. L'examen de Tau et de ses effets sur l'activité neuronale illustre le potentiel de combiner technologie de pointe et recherche fondamentale, ouvrant des portes pour de futures découvertes en science du cerveau.
Titre: Machine learning-based spike sorting reveals how subneuronal concentrations of monomeric Tau cause a loss in excitatory postsynaptic currents in hippocampal neurons
Résumé: Extracellular recordings of neuronal activity constitute a powerful tool for investigating the intricate dynamics of neural networks and the activity of individual neurons. Microelectrode arrays (MEAs) allow for recordings with a high electrode count, ranging from 10s to 1000s, generating extensive datasets of neuronal information. Furthermore, MEAs capture extracellular field potentials from cultured cells, resulting in highly complex neuronal signals that necessitate precise spike sorting for meaningful data extraction. Nevertheless, conventional spike sorting methods face limitations in recognising diverse spike shapes, thereby constraining the full utilisation of the rich dataset acquired from MEA recordings. To overcome these limitations, we have developed a machine learning algorithm, named PseudoSort, which employs advanced self-supervised learning techniques, a distinctive density-based pseudo-labelling strategy, and an iterative fine-tuning process to enhance spike sorting accuracy. Through extensive benchmarking on large-scale simulated datasets, we demonstrate the superior performance of PseudoSort compared to recently developed machine learning-based (ML) spike sorting algorithms. We showcase the practical application of PseudoSort by utilising MEA recordings from hippocampal neurons exposed to subneuronal concentrations of monomeric Tau, a protein associated with Alzheimers disease (AD). Our results, validated against patch clamp experiments, unveil that monomeric Tau at subneuronal concentrations induces stimulation-dependent disruptions in both local and global activity of hippocampal neurons. Remarkably, patch clamp electrophysiology highlights the effect of combined Tau and neuronal stimulation treatment on excitatory postsynaptic currents, whereas PseudoSort excels in identifying neuronal clusters that exhibit diminished firing capacity following Tau treatment alone, i.e., in the absence of stimulation. This comprehensive approach validates the prowess of PseudoSort and unravels the intricate effects of Tau on neuronal activity, particularly in the context of AD.
Auteurs: Gabriele S Kaminski Schierle, M. Brockhoff, J. Träuble, S. Middya, T. Fuchsberger, A. Fernandez-Villegas, A. D. Stephens, M. Robbins, W. Dai, B. Haider, S. Vora, N. F. Läubli, C. F. Kaminski, G. G. Malliaras, O. Paulsen
Dernière mise à jour: 2024-03-04 00:00:00
Langue: English
Source URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.29.582792
Source PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.29.582792.full.pdf
Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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