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Structures efficaces pour le traitement des chaînes

Découvre des méthodes efficaces pour gérer des chaînes avec des DAWGs et des arbres de suffixes.

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Table des matières

En informatique, on étudie des manières de travailler efficacement avec des chaînes de caractères, qui sont des séquences de caractères. Une structure importante pour gérer ces chaînes s'appelle un Directed Acyclic Word Graph (DAWG). Un DAWG est une représentation compacte de tous les suffixes d'une chaîne. Un suffixe, c'est simplement la dernière partie d'une chaîne, et un DAWG nous aide à identifier des motifs et des relations au sein d'une chaîne.

Qu'est-ce qu'un DAWG ?

On peut voir un DAWG comme une version simplifiée d'une structure de données connue sous le nom d'arbre des suffixes. Tandis qu'un arbre des suffixes peut prendre beaucoup de place parce qu'il liste tous les suffixes de manière explicite, un DAWG minimise ça en fusionnant les suffixes similaires. Cela veut dire que si deux suffixes partagent une fin commune, ils peuvent être représentés par un seul nœud dans le DAWG.

Comment construire un DAWG ?

Pour créer un DAWG pour une chaîne donnée, une approche est d'abord de construire un arbre des suffixes. Une fois qu'on a l'arbre des suffixes, on peut le parcourir et combiner les parties qui sont identiques. Ce processus de fusion est ce qui transforme un arbre des suffixes en DAWG.

Dans ce travail, on montre que cette construction peut être faite très rapidement, spécifiquement en temps linéaire par rapport à la longueur de la chaîne. C'est important parce que ça veut dire qu'on peut gérer de grandes chaînes efficacement.

Applications des DAWGS

Les DAWGs sont utilisés dans diverses applications, y compris la recherche et le traitement de texte. Par exemple, en utilisant un DAWG, on peut rapidement déterminer si une chaîne ou un motif existe dans un texte plus long, ce qui est utile dans des domaines comme les moteurs de recherche et les éditeurs de texte.

De plus, les DAWGs sont utiles pour identifier les mots absents minimaux (MAWS), qui sont les plus petites séquences de caractères qui n'apparaissent pas dans une chaîne donnée. Trouver ces mots peut être bénéfique dans des tâches comme la compression de données et l'analyse de séquences d'ADN.

L'arbre des suffixes et son importance

Un arbre des suffixes est une autre structure essentielle dans le traitement des chaînes. C'est une représentation en forme d'arbre où chaque nœud correspond à un suffixe de la chaîne.

Caractéristiques des arbres des suffixes

Chaque arête dans un arbre des suffixes est étiquetée avec une partie de la chaîne, et chaque chemin du racine à une feuille donne un suffixe différent. Les arbres des suffixes peuvent être assez grands, en particulier pour des chaînes plus longues, car ils listent explicitement tous les suffixes. Cependant, ils fournissent un accès rapide aux requêtes de sous-chaînes et peuvent être utilisés pour identifier rapidement des motifs dans les données.

Transformer les arbres des suffixes en DAWGs

Pour réduire l'espace utilisé par un arbre des suffixes, on peut le transformer en DAWG. Ce processus implique de fusionner les nœuds qui représentent les mêmes chemins suffixes.

On travaille aussi avec des variations d'arbres des suffixes, y compris des structures symétriques qui permettent de rechercher efficacement des motifs dans les deux directions, depuis le début et la fin de la chaîne.

Construire d'autres structures d'indexation

Nos découvertes sur les DAWGs mènent aussi à des avancées dans la construction d'autres structures d'indexation de texte. Par exemple, on peut créer des essais de suffixes de taille linéaire, qui sont une version plus compacte des arbres des suffixes, et des CDAWGs symétriques. Ces structures sont construites à partir des mêmes principes que les DAWGs et aident à organiser et rechercher efficacement dans les textes.

Arbres d'affixes

Un arbre d'affixes est une autre structure qui supporte les recherches de motifs bidirectionnelles. Il fusionne des caractéristiques de recherche en avant et en arrière dans le texte. Cette double capacité est particulièrement utile dans des applications qui nécessitent de rechercher des motifs dans les deux directions.

La construction des arbres d'affixes peut aussi être réalisée rapidement en utilisant les techniques utilisées pour la construction des DAWGs. En se concentrant sur la façon dont les nœuds sont liés et étiquetés dans le DAWG, on peut facilement traduire ces informations en un arbre d'affixes.

Mots absents minimaux (MAWs)

Les MAWs représentent les plus courtes séquences de caractères qui n'apparaissent pas dans une chaîne donnée. Identifier ces mots absents a diverses applications, surtout dans des domaines où le traitement et l'analyse de texte sont cruciaux.

Calcul efficace des MAWs

Notre étude inclut des méthodes pour calculer les MAWs efficacement. On introduit un algorithme qui nous permet de trouver ces mots en temps optimal, en supposant qu'on a déjà construit le DAWG trié par arêtes de la chaîne.

En parcourant les nœuds du DAWG et en vérifiant les arêtes sortantes, on peut déterminer quels caractères sont absents de la chaîne. De cette manière, on peut efficacement lister tous les mots absents minimaux sans avoir à rechercher exhaustivement dans l'ensemble de la chaîne.

Conclusion

En résumé, ce travail fournit des outils et des méthodes pour construire et utiliser efficacement les DAWGs, les arbres des suffixes et les arbres d'affixes pour le traitement des chaînes. Ces structures aident à rechercher rapidement des motifs et à déterminer des relations dans le texte.

En rationalisant ces constructions en temps linéaire, on ouvre des possibilités pour gérer des ensembles de données plus grands dans diverses applications, allant de la recherche de texte à la bioinformatique. Les techniques que nous avons développées améliorent non seulement les performances, mais posent aussi les bases pour de futures recherches dans le traitement des chaînes et les structures de données.

Cette exploration des DAWGs et des constructions connexes met en avant l'importance des algorithmes efficaces dans le domaine de l'informatique, surtout dans le traitement des données de chaîne.

Source originale

Titre: Linear-time Computation of DAWGs, Symmetric Indexing Structures, and MAWs for Integer Alphabets

Résumé: The directed acyclic word graph (DAWG) of a string $y$ of length $n$ is the smallest (partial) DFA which recognizes all suffixes of $y$ with only $O(n)$ nodes and edges. In this paper, we show how to construct the DAWG for the input string $y$ from the suffix tree for $y$, in $O(n)$ time for integer alphabets of polynomial size in $n$. In so doing, we first describe a folklore algorithm which, given the suffix tree for $y$, constructs the DAWG for the reversed string of $y$ in $O(n)$ time. Then, we present our algorithm that builds the DAWG for $y$ in $O(n)$ time for integer alphabets, from the suffix tree for $y$. We also show that a straightforward modification to our DAWG construction algorithm leads to the first $O(n)$-time algorithm for constructing the affix tree of a given string $y$ over an integer alphabet. Affix trees are a text indexing structure supporting bidirectional pattern searches. We then discuss how our constructions can lead to linear-time algorithms for building other text indexing structures, such as linear-size suffix tries and symmetric CDAWGs in linear time in the case of integer alphabets. As a further application to our $O(n)$-time DAWG construction algorithm, we show that the set $\mathsf{MAW}(y)$ of all minimal absent words (MAWs) of $y$ can be computed in optimal, input- and output-sensitive $O(n + |\mathsf{MAW}(y)|)$ time and $O(n)$ working space for integer alphabets.

Auteurs: Yuta Fujishige, Yuki Tsujimaru, Shunsuke Inenaga, Hideo Bannai, Masayuki Takeda

Dernière mise à jour: 2023-07-03 00:00:00

Langue: English

Source URL: https://arxiv.org/abs/2307.01428

Source PDF: https://arxiv.org/pdf/2307.01428

Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Changements: Ce résumé a été créé avec l'aide de l'IA et peut contenir des inexactitudes. Pour obtenir des informations précises, veuillez vous référer aux documents sources originaux dont les liens figurent ici.

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