CORTEX : Un nouveau cadre pour la simulation du cerveau
CORTEX utilise le supercalcul pour améliorer la simulation du cerveau et sa compréhension.
― 7 min lire
Table des matières
- C'est quoi la simulation du cerveau ?
- L'importance de l'intégration des données
- Le défi de l'échelle et de la complexité
- La puissance de calcul pour la simulation à grande échelle
- Limitations existantes
- CORTEX : les innovations clés
- La structure du cerveau
- Connexions éparses
- Simuler l'activité neuronale
- Décomposition de domaine
- Multithreading pour la vitesse
- Gestion de la surcharge de communication
- Évaluation de la performance
- Conclusion : L'avenir de CORTEX
- Source originale
- Liens de référence
CORTEX est un nouveau cadre créé pour simuler le cerveau humain en utilisant une technologie informatique avancée. Il tire parti du superordinateur Fugaku, l'un des ordinateurs les plus puissants au monde. CORTEX vise à aider les chercheurs à comprendre comment fonctionne le cerveau en leur permettant de voir et de tester des théories sur les activités cérébrales à grande échelle.
C'est quoi la simulation du cerveau ?
La simulation du cerveau est une méthode qui consiste à créer un modèle virtuel du cerveau. Ce modèle aide les scientifiques à rassembler des infos provenant de différentes études qui explorent ce qui se passe dans nos cerveaux. Le cerveau compte environ 86 milliards de Neurones, qui sont les cellules responsables de l'envoi et de la réception des signaux. Comprendre comment ces neurones se connectent et communiquent est vital pour saisir le fonctionnement global du cerveau.
L'importance de l'intégration des données
Ces dernières années, il y a eu plus de données sur le cerveau que jamais. Ces données proviennent de nombreuses études et expériences différentes. Pour que les scientifiques puissent pleinement apprécier comment le cerveau fonctionne, ils doivent combiner toutes ces infos en un seul modèle. Mais faire ça, c'est compliqué à cause de la taille et de la complexité des infos.
Le défi de l'échelle et de la complexité
Le cerveau humain est incroyablement complexe. Avec des milliards de neurones et des trillions de connexions entre eux, c’est difficile pour les chercheurs de comprendre le fonctionnement du cerveau par des méthodes classiques. L'expérimentation traditionnelle ou le travail théorique à elle seule ne peut pas fournir une image complète.
La simulation du cerveau propose une solution possible en offrant un aperçu de toutes les données disponibles, permettant aux scientifiques de voir comment différentes parties du cerveau fonctionnent ensemble.
La puissance de calcul pour la simulation à grande échelle
Avec les avancées en puissance de calcul, les scientifiques peuvent désormais simuler des modèles cérébraux beaucoup plus grands qu'avant. Le superordinateur Fugaku dispose d'une énorme puissance de traitement qui permet des simulations complexes de l'activité cérébrale.
L'objectif de ces simulations est de créer une reconstruction détaillée de la dynamique du cerveau. En reliant différentes couches d'informations - des cellules aux zones cérébrales - les chercheurs espèrent rendre leurs études plus systématiques et plus faciles à comprendre.
Limitations existantes
Actuellement, de nombreux outils de simulation cérébrale ont des limites en ce qui concerne la complexité de l'architecture du cerveau. Certaines techniques ont encore du mal avec les conflits de données, qui se produisent lorsque plusieurs processus essaient d'accéder aux mêmes données en même temps. Cela peut entraîner des erreurs et réduire la performance.
De plus, les outils existants pourraient ne pas gérer correctement les exigences de communication dans les simulations à grande échelle. Les processus impliqués dans la simulation du cerveau peuvent avoir une computation bien moindre par rapport à la communication, ce qui fait de la performance un domaine clé de préoccupation.
CORTEX : les innovations clés
CORTEX introduit plusieurs idées clés pour surmonter ces défis :
- Simplifier la Gestion des données : En décomposant des graphes complexes représentant les connexions cérébrales en sous-graphes plus gérables, CORTEX peut traiter les informations plus efficacement.
- Traitement parallèle : Le cadre utilise des processus parallèles pour gérer plusieurs simulations à la fois, ce qui aide à éviter les collisions de données et à accélérer les calculs.
- Optimiser la communication : Une stratégie de communication dédiée est mise en place pour améliorer la façon dont les données sont partagées entre différentes parties de la simulation, permettant un fonctionnement global plus fluide.
La structure du cerveau
Comprendre comment le cerveau est structuré est crucial pour une simulation efficace. Le cerveau est constitué de neurones reliés par des synapses. Les neurones communiquent entre eux en utilisant des impulsions électriques, aussi connues sous le nom de pics. Lorsqu'un neurone s'active, il envoie un potentiel d'action le long de son axone, et le signal peut être relayé à d'autres neurones via les synapses.
Ces réseaux de neurones peuvent être représentés à l'aide de graphes, où chaque neurone est un sommet et chaque synapse est une arête connectant deux neurones. Cette représentation graphique permet d'analyser le réseau du cerveau et son activité pendant les simulations.
Connexions éparses
Une des principales complexités dans la modélisation des simulations cérébrales est que les connexions entre neurones sont souvent éparses. Bien qu'il y ait des trillions de synapses, chaque neurone ne se connecte qu'à un nombre limité d'autres. Cette parcimonie peut rendre difficile pour les architectures informatiques traditionnelles de traiter efficacement les données.
CORTEX est conçu pour reconnaître cette propriété unique de l'architecture cérébrale, lui permettant d'allouer les ressources de manière plus efficace lors des simulations, ce qui améliore ainsi la performance.
Simuler l'activité neuronale
Le processus de simulation implique de mettre à jour les états des neurones au fil du temps selon des modèles mathématiques qui décrivent leur comportement. CORTEX utilise un modèle spécifique connu sous le nom de modèle Leaky Integrate-and-Fire (LIF). Ce modèle simplifie la compréhension de la façon dont les neurones se comportent et aide à gérer leurs interactions pendant les simulations.
Décomposition de domaine
Pour des simulations à grande échelle, la décomposition de domaine est essentielle. Cela signifie décomposer l'ensemble du modèle cérébral en parties plus petites qui peuvent être traitées indépendamment. CORTEX utilise un processus en deux étapes pour cela :
- Cartographie des zones et des processus : Cette étape consiste à diviser les neurones en fonction de leur emplacement par rapport aux différentes zones cérébrales, en veillant à ce que tous les neurones d'une zone particulière soient traités ensemble.
- Division multisection : Une subdivision supplémentaire a lieu dans ces zones, permettant un traitement encore plus efficace en s'attaquant mieux aux connexions locales.
Multithreading pour la vitesse
CORTEX utilise le multithreading pour améliorer la performance. En permettant à plusieurs threads de travailler sur différentes parties de la simulation simultanément sans interférence, le cadre peut gérer un grand volume de processus à la fois. Cette approche aide à éviter les retards et améliore l'efficacité computationnelle.
Gestion de la surcharge de communication
La surcharge de communication peut être un problème majeur dans les simulations à grande échelle. Quand de nombreux processus travaillent ensemble, le partage de données peut créer des ralentissements. Pour atténuer cela, CORTEX met en œuvre une technique où les pics (signaux) sont diffusés entre les processus de manière efficace, minimisant ainsi le besoin de communication constante.
Un thread dédié gère les tâches de communication, assurant que pendant que les calculs se déroulent dans une partie du cadre, les données peuvent être communiquées en arrière-plan, menant à une meilleure performance globale.
Évaluation de la performance
Pour voir à quel point CORTEX fonctionne bien, des comparaisons sont faites avec des cadres de simulation existants. Cela se fait en simulant les mêmes modèles et en évaluant des aspects comme la vitesse et l'utilisation de la mémoire.
De telles évaluations aident à comprendre l'efficacité de CORTEX, notamment lors de la simulation de modèles cérébraux à grande échelle, et garantissent que des améliorations sont continuellement apportées.
Conclusion : L'avenir de CORTEX
CORTEX représente une avancée significative dans notre capacité à simuler l'activité cérébrale et à comprendre sa fonction. Alors que la technologie continue d'évoluer, le potentiel pour des simulations encore plus complexes va croître.
Les améliorations futures pourraient inclure l'optimisation du cadre pour différents types de systèmes informatiques, ce qui pourrait le rendre adapté à diverses applications au-delà des capacités actuelles.
L'objectif ultime reste de construire un modèle complet du cerveau humain, fournissant des insights qui pourraient mener à des percées en neurosciences et dans des domaines connexes.
Titre: CORTEX: Large-Scale Brain Simulator Utilizing Indegree Sub-Graph Decomposition on Fugaku Supercomputer
Résumé: We introduce CORTEX, an algorithmic framework designed for large-scale brain simulation. Leveraging the computational capacity of the Fugaku Supercomputer, CORTEX maximizes available problem size and processing performance. Our primary innovation, Indegree Sub-Graph Decomposition, along with a suite of parallel algorithms, facilitates efficient domain decomposition by segmenting the global graph structure into smaller, identically structured sub-graphs. This segmentation allows for parallel processing of synaptic interactions without inter-process dependencies, effectively eliminating data racing at the thread level without necessitating mutexes or atomic operations. Additionally, this strategy enhances the overlap of communication and computation. Benchmark tests conducted on spiking neural networks, characterized by biological parameters, have demonstrated significant enhancements in both problem size and simulation performance, surpassing the capabilities of the current leading open-source solution, the NEST Simulator. Our work offers a powerful new tool for the field of neuromorphic computing and understanding brain function.
Auteurs: Tianxiang Lyu, Mitsuhisa Sato, Shigeki Aoki, Ryutaro Himeno, Zhe Sun
Dernière mise à jour: 2024-06-06 00:00:00
Langue: English
Source URL: https://arxiv.org/abs/2406.03762
Source PDF: https://arxiv.org/pdf/2406.03762
Licence: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Changements: Ce résumé a été créé avec l'aide de l'IA et peut contenir des inexactitudes. Pour obtenir des informations précises, veuillez vous référer aux documents sources originaux dont les liens figurent ici.
Merci à arxiv pour l'utilisation de son interopérabilité en libre accès.
Liens de référence
- https://connectome.marmosetbrainmapping.org/Paxinos_SC_matrix
- https://www.marmosetbrain.org/cell_density
- https://analytics.marmosetbrain.org/static/data/marmoset_brain_connectivity_1_0_interareal_distance_matrix.txt
- https://github.com/nest/nest-simulator/tree/master/pynest/examples/Potjans_2014
- https://www.top500.org/lists/top500/2023/11/
- https://www.r-ccs.riken.jp/en/fugaku/
- https://dataportal.brainminds.jp/3d-atlas-viewer-bma2023
- https://github.com/nest/nest-simulator/blob/master/pynest/examples/hpc
- https://nest-simulator.readthedocs.io/en/stable/faqs/faqs.html
- https://www.nvidia.com/en-us/data-center/h200/
- https://projects.preferred.jp/mn-core/en/