Faire avancer l'identification des groupes de patients avec l'ACR
Améliorer l'identification des groupes de patients grâce à des systèmes innovants de récupération automatique de cohortes.
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Table des matières
- Le Défi des Données Patient à Long Terme
- Le Besoin de Systèmes Efficaces et Efficaces
- Approches de Récupération Automatique de Cohortes
- Raisonnement Longitudinal
- Construire des Systèmes Efficaces
- Évaluation des Systèmes ACR
- Conclusions et Résultats
- Importance des Systèmes Hybrides
- Avancer
- Conclusion
- Source originale
- Liens de référence
Identifier des groupes de Patients pour des tâches spécifiques de santé est super important dans le domaine médical. Ça inclut des trucs comme recruter des gens pour des essais cliniques et étudier des cas passés. Traditionnellement, ces processus impliquent de chercher à travers plein de données médicales et nécessitent souvent beaucoup de travail manuel, ce qui peut prendre un temps fou et mener à des erreurs.
Les récents développements en technologie moderne, surtout avec les grands modèles de langage (LLMs) et les techniques de recherche d'information, nous donnent de nouvelles façons d'améliorer ces systèmes. Pourtant, il y a encore des défis majeurs à surmonter. Ça inclut gérer de longues histoires de patients et s'assurer que les nouvelles solutions soient abordables et pratiques pour une utilisation quotidienne.
Cet article présente une tâche appelée Récupération Automatique de Cohortes (ACR) qui examine comment les LLMs et les systèmes spécialisés peuvent identifier des groupes de patients en fonction de leurs dossiers médicaux. L'objectif est de créer un test standard, un ensemble de questions exemples, et un cadre pour évaluer à quel point ces systèmes fonctionnent bien.
Le Défi des Données Patient à Long Terme
Les histoires médicales des patients peuvent être très complexes. Par exemple, un patient peut avoir plusieurs problèmes de santé documentés au fil du temps, souvent dans différents dossiers écrits par différents médecins. Les systèmes ACR doivent être capables de comprendre ces données à long terme efficacement pour répondre aux Requêtes avec précision.
Pour illustrer la complexité, imagine un patient dont le parcours comprend trois événements clés documentés à des moments différents : un médecin mentionne une propagation de cancer, un chirurgien réalise une opération, et plus tard un gynécologue documente une grossesse. Ces événements doivent être connectés logiquement pour comprendre la condition de santé du patient.
Si quelqu'un demande des infos sur des patientes atteintes de cancer du sein qui ont ensuite eu une grossesse, le système ACR devra considérer la chirurgie comme une partie critique de l'histoire du patient. Si la chirurgie a enlevé des organes nécessaires pour la grossesse, le système doit en tenir compte dans sa réponse.
De plus, les vrais dossiers médicaux sont souvent beaucoup plus compliqués, avec des milliers d'événements séparés, ce qui rend difficile pour les ordinateurs d'analyser et de raisonner à travers ces informations.
Le Besoin de Systèmes Efficaces et Efficaces
La colonne vertébrale de tout système ACR est sa capacité à récupérer les informations des patients efficacement. Les méthodes actuelles reposent souvent sur des requêtes de données structurées combinées avec une supervision humaine, ce qui peut être lent et sujet à erreur. Pour faire face au nombre croissant de patients et de dossiers médicaux, ces systèmes doivent fournir des résultats rapides et de haute qualité.
Certaines études se sont concentrées sur la conversion des exigences des essais cliniques en requêtes compatibles avec les machines, tandis que d'autres visent à s'assurer que les groupes de patients identifiés soient représentatifs et équitables. Cependant, il y a encore beaucoup de place pour améliorer, surtout en utilisant à la fois des données structurées et des dossiers médicaux non structurés.
Approches de Récupération Automatique de Cohortes
Pour relever ces défis, nous proposons une nouvelle tâche appelée Récupération Automatique de Cohortes (ACR). Cette tâche va au-delà du traditionnel appariement de patients pour des essais cliniques et creuse plus profondément dans les données à long terme.
Les Grands Modèles de Langage (LLMs) ont montré des promesses dans le domaine médical, mais leur efficacité doit encore être évaluée, surtout dans de grandes bases de données de patients. Nous avons exploré plusieurs méthodes, y compris l'utilisation des LLMs seuls et leur combinaison avec des techniques de raisonnement traditionnelles.
Une approche consiste à utiliser un LLM pour analyser et regrouper des documents de patients en formats exploitables. Lorsqu'une requête est reçue, le système récupère des documents pertinents et construit un groupe de patients à partir des données. Cette méthode, appelée 'retriever-only', peut être améliorée en ajoutant un 'reader' qui affine encore plus les résultats. Cette approche combinée est appelée 'retrieve-then-read'.
Raisonnement Longitudinal
Un des concepts clés dans l'ACR est le raisonnement longitudinal, qui implique de comprendre comment différents événements de la vie d'un patient se connectent au fil du temps. Ce type de raisonnement aide les systèmes à identifier si les patients répondent à des critères spécifiques sur une période prolongée.
Par exemple, si l'on considère un patient avec un diagnostic de cancer du sein, qui subit ensuite une chirurgie, et qui documente plus tard une grossesse, un raisonnement longitudinal efficace doit relier ces documents séparés et extraire des informations pertinentes qui reflètent avec précision le parcours de santé du patient au fil du temps.
Les systèmes ACR efficaces doivent être capables de découvrir et de résoudre des conflits dans les données, comme identifier quand un patient ne peut pas être considéré comme enceinte après certaines interventions chirurgicales.
Construire des Systèmes Efficaces
L'objectif principal de l'ACR est de développer des systèmes capables de récupérer les données des patients avec une grande précision et efficacité. Le système idéal devrait être capable de gérer des millions de dossiers patients et de répondre rapidement aux requêtes.
D'après nos découvertes, les méthodes utilisées dans les systèmes de récupération de cohortes actuels révèlent des lacunes importantes. Par exemple, les systèmes existants ont souvent du mal à maintenir des résultats de haute qualité lorsqu'il s'agit de gérer des données médicales complexes ou bruyantes.
Pour améliorer les conceptions passées, l'article propose d'utiliser une variété de techniques dans la récupération de données et le raisonnement qui pourraient conduire à des systèmes ACR plus efficaces et rapides.
Évaluation des Systèmes ACR
Pour assurer un moyen systématique d'évaluer l'efficacité des systèmes ACR, nous avons développé un cadre d'évaluation. La performance peut être mesurée par rapport à un jeu de données de requêtes conçues par des experts médicaux pour couvrir divers scénarios du monde réel.
L'évaluation porte sur la qualité de récupération, la cohérence, et la tendance du système à produire des faux positifs-des patients incorrectement inclus dans une cohorte. C'est crucial pour garantir que les systèmes ACR produisent des résultats fiables sans gaspiller des ressources sur des données incorrectes.
Dans cette démarche, nous catégorisons les requêtes en fonction de leur complexité et de la taille des cohortes de patients impliquées. Cette façon d'évaluer les systèmes aide à identifier les lacunes de performance et peut guider les futurs développements dans la technologie ACR.
Conclusions et Résultats
Les premiers tests des systèmes ACR proposés ont révélé des différences clé de performance. Les approches uniquement basées sur les LLMs ont montré un potentiel pour automatiser la récupération de cohortes de patients mais ont souvent eu du mal avec la cohérence et la précision.
En revanche, notre approche neuro-symbolique, qui combine le raisonnement traditionnel avec des modèles de langage modernes, a démontré une performance supérieure. Cette approche a efficacement tiré parti des connaissances médicales pour améliorer la récupération des données des patients, produisant des résultats plus précis.
À travers nos tests approfondis avec différentes requêtes patient, nous avons observé que bien que les LLMs puissent traiter et analyser rapidement les données des patients, ils peinent souvent à maintenir un raisonnement cohérent, surtout sous des requêtes complexes liées à des conditions de santé à long terme.
Importance des Systèmes Hybrides
Combiner les LLMs avec des techniques traditionnelles pourrait offrir une approche plus équilibrée pour l'ACR. Les professionnels de la santé recherchent souvent un système qui soit non seulement efficace mais aussi fiable, donc l'intégration des connaissances d'experts et de l'apprentissage automatique pourrait mener à des résultats améliorés.
Étant donné la complexité des dossiers médicaux et la nature à long terme des histoires de santé des patients, les systèmes hybrides qui peuvent tirer parti des forces des deux approches sont susceptibles de donner les meilleurs résultats.
Avancer
En regardant vers l'avenir de l'ACR, il est clair que le raffinement continu de ces systèmes est crucial. Incorporer des retours d'expérience de professionnels de santé, améliorer l'interprétabilité des modèles, et améliorer les outils pour limiter les incohérences et les erreurs seront des facteurs clés pour développer des systèmes de récupération plus fiables.
En abordant ces défis, nous pouvons mieux soutenir la prise de décision clinique et améliorer les soins aux patients, menant finalement à des traitements et interventions plus efficaces.
Conclusion
En résumé, la Récupération Automatique de Cohortes représente une avancée significative dans la façon dont les données médicales peuvent être utilisées pour l'identification des patients et la recherche clinique. Avec le potentiel d'améliorer considérablement la rapidité et la précision de l'identification des cohortes de patients, les systèmes ACR sont en passe de transformer la façon dont les prestataires de soins de santé abordent la recherche et les soins aux patients.
L'intégration continue des technologies modernes d'IA dans les pratiques de santé laisse entrevoir un avenir où la récupération précise de patients devient courante, soutenant une variété d'applications cliniques.
À travers des tests rigoureux et une évaluation, nous nous rapprochons de la réalisation du plein potentiel de ces systèmes, ce qui se traduira par de meilleurs résultats en santé et contribuera à l'avancement global de la recherche médicale.
Titre: ACR: A Benchmark for Automatic Cohort Retrieval
Résumé: Identifying patient cohorts is fundamental to numerous healthcare tasks, including clinical trial recruitment and retrospective studies. Current cohort retrieval methods in healthcare organizations rely on automated queries of structured data combined with manual curation, which are time-consuming, labor-intensive, and often yield low-quality results. Recent advancements in large language models (LLMs) and information retrieval (IR) offer promising avenues to revolutionize these systems. Major challenges include managing extensive eligibility criteria and handling the longitudinal nature of unstructured Electronic Medical Records (EMRs) while ensuring that the solution remains cost-effective for real-world application. This paper introduces a new task, Automatic Cohort Retrieval (ACR), and evaluates the performance of LLMs and commercial, domain-specific neuro-symbolic approaches. We provide a benchmark task, a query dataset, an EMR dataset, and an evaluation framework. Our findings underscore the necessity for efficient, high-quality ACR systems capable of longitudinal reasoning across extensive patient databases.
Auteurs: Dung Ngoc Thai, Victor Ardulov, Jose Ulises Mena, Simran Tiwari, Gleb Erofeev, Ramy Eskander, Karim Tarabishy, Ravi B Parikh, Wael Salloum
Dernière mise à jour: 2024-07-01 00:00:00
Langue: English
Source URL: https://arxiv.org/abs/2406.14780
Source PDF: https://arxiv.org/pdf/2406.14780
Licence: https://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/
Changements: Ce résumé a été créé avec l'aide de l'IA et peut contenir des inexactitudes. Pour obtenir des informations précises, veuillez vous référer aux documents sources originaux dont les liens figurent ici.
Merci à arxiv pour l'utilisation de son interopérabilité en libre accès.
Liens de référence
- https://docs.google.com/drawings/d/1gOOS_AzXITxa5JBVQ65haqfJSBSZ457QYmdmR1z4o_U/edit?usp=sharing
- https://openai.com/blog/new-and-improved-embedding-model
- https://openai.com/blog/new-embedding-models-and-api-updates
- https://huggingface.co/sentence-transformers/all-mpnet-base-v2
- https://huggingface.co/TimKond/S-PubMedBert-MedQuAD
- https://huggingface.co/pritamdeka/PubMedBERT-mnli-snli-scinli-scitail-mednli-stsb
- https://huggingface.co/TimKond/S-BioLinkBert-MedQuAD
- https://huggingface.co/pritamdeka/BioBERT-mnli-snli-scinli-scitail-mednli-stsb
- https://platform.openai.com/docs/api-reference/chat/create
- https://api.openai.com/v1/chat/completions