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# Biologie# Microbiologie

Étudier les interactions des bactéries dans l'intestin

Des recherches montrent comment les bactéries intestinales influencent la santé chez C. elegans.

Robert Luallen, D. E. Rivera, K. Poirier, S. Moore, O. Nicolle, E. Morgan, J. F. Longares, A. Singh, G. Michaux, M.-A. Felix

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L'intestin abrite une grande variété de microbes, qui jouent un rôle crucial pour notre santé. Ces petits organismes aident à décomposer les aliments, soutiennent notre système immunitaire et gardent notre intestin en bon état de marche. Quand ces microbes ne sont pas équilibrés, ça peut entraîner des problèmes de santé comme l'obésité, la dépression et d'autres maladies.

Rôle des cellules intestinales dans la gestion des microbes

Les cellules qui tapissent nos intestins aident à gérer la communauté de microbes qui y vit. Elles représentent à la fois des défis et un soutien pour ces microbes. Par exemple, le corps peut repousser les bactéries nuisibles grâce à ses réponses immunitaires et en produisant des substances qui tuent les microbes. D'un autre côté, les cellules intestinales peuvent aussi relâcher des nutriments qui aident les bonnes bactéries à se développer.

La survie des bactéries dans nos intestins dépend beaucoup de leur capacité à s'accrocher aux parois intestinales. Certaines bactéries nuisibles, comme Salmonella et E. coli, peuvent s'attacher à ces parois, tout comme des bactéries bénéfiques comme les Lactobacilles. Des recherches suggèrent que les bactéries qui s'accrochent bien ont plus de facilité à évincer celles qui ne le peuvent pas. Donc, s'accrocher à la surface intestinale est crucial pour les bactéries essayant de s'établir dans l'intestin.

Utilisation de C. Elegans pour étudier les interactions intestinales

Les scientifiques utilisent souvent un petit ver appelé Caenorhabditis elegans, ou C. elegans, pour étudier comment l'hôte et les microbes interagissent dans l'intestin. Ce ver est facile à manipuler en laboratoire et ressemble aux intestins humains. Ses cellules sont agencées comme celles des mammifères, ce qui en fait un modèle utile pour la recherche. De plus, le corps de C. elegans est transparent, ce qui permet aux chercheurs d'observer facilement comment les microbes colonisent son intestin.

Dans la nature, les C. elegans sauvages peuvent rencontrer de nombreux microbes différents qui colonisent leurs intestins. Ceux-ci ont été étudiés pour comprendre comment ils interagissent entre eux et avec l'hôte. Une collection spécifique de microbes, appelée CeMbio, a été créée pour aider à ces études. Cependant, les chercheurs ont découvert que les microbes de cette collection n'étaient pas connus pour adhérer aux parois intestinales.

Trouver de nouvelles bactéries adhérentes

Grâce à divers efforts d'échantillonnage, les scientifiques ont identifié de nouvelles espèces bactériennes capables d'adhérer aux cellules intestinales de C. elegans. Ces microbes sont uniques parce qu'ils peuvent bien s'accrocher et rester dans l'intestin sans avoir besoin d'un approvisionnement constant de l'extérieur. Ils peuvent survivre et se multiplier dans l'environnement intestinal, ce qui est essentiel pour maintenir une communauté intestinale saine.

À partir de leurs études, les chercheurs ont découvert trois espèces bactériennes différentes qui adhéraient à la surface intestinale. Parmi elles, deux appartenaient à l'ordre Enterobacterales et une au groupe Rickettsiales. Chaque type de bactérie avait un impact différent sur la santé de l'hôte, allant d'effets neutres à nuisibles lorsqu'elles étaient présentes seules. Lorsque ces bactéries ont été testées ensemble, l'une des espèces bénéfiques a réussi à bloquer les bactéries nuisibles.

Étudier les effets sur la santé de l'hôte

Pour comprendre comment ces bactéries adhérentes affectent C. elegans, les scientifiques ont réalisé divers tests. Ils ont examiné la durée de vie des vers et le nombre de petits qu'ils produisaient. Les résultats ont montré qu'une des bactéries adhérentes, Ca. Lumenectis limosiae, était nuisible pour les vers en réduisant leur durée de vie reproductive et le nombre total de petits. En revanche, les deux autres bactéries, Ca. Enterosymbion pterelaium et Lelliottia jeotgali, n'ont pas significativement nui aux vers.

En utilisant un test de colorant bleu spécial, les chercheurs ont vérifié la fonction barrière de l'intestin. Chez les vers colonisés par Ca. Lumenectis limosiae, la paroi intestinale était plus faible, permettant au colorant de fuir dans le corps. Cependant, les vers colonisés par Lelliottia jeotgali n'ont pas montré cette fuite, indiquant un intestin plus sain.

Examiner les bactéries au microscope

Les chercheurs ont aussi utilisé un microscope électronique pour observer de près comment ces bactéries s'accrochaient aux cellules intestinales. Ils ont constaté que chez les vers infestés par Ca. Lumenectis limosiae, les microvillosités (petites projections sur la surface intestinale) étaient plus courtes et moins efficaces pour l'absorption des nutriments, montrant des signes de dommages. En revanche, les vers avec Lelliottia jeotgali avaient des microvillosités normales et maintenaient une meilleure santé intestinale.

Comment les bactéries se reproduisent et colonisent

Une caractéristique importante des microbes dans l'intestin est leur capacité à croître et créer des colonies. Les chercheurs ont mis au point une méthode pour voir comment ces bactéries se multiplient dans C. elegans. Ils ont découvert que Lelliottia jeotgali pouvait facilement coloniser tout l'intestin après une courte période d'exposition, tandis que Ca. Lumenectis limosiae mettait plus de temps à se répandre dans l'intestin.

Lelliottia jeotgali pouvait coloniser presque tous les vers à la fin de l'expérience, montrant qu'elle pouvait s'attacher avec succès et se développer à l'intérieur de l'hôte. Pendant ce temps, Ca. Lumenectis limosiae a commencé à coloniser à l'avant de l'intestin et s'est propagé vers l'arrière au fil du temps.

Compétition bactérienne et son impact

Avoir un mélange de bonnes et de mauvaises bactéries dans l'intestin peut affecter la survie des organismes. Lorsque des bactéries bénéfiques sont présentes, elles peuvent aider à protéger l'hôte des bactéries nuisibles. Lorsque les vers étaient exposés à Lelliottia jeotgali en premier, puis à Ca. Lumenectis limosiae, les bactéries nuisibles avaient beaucoup plus de mal à coloniser l'intestin.

Dans un autre scénario où les deux bactéries étaient introduites en même temps, les deux espèces ont réussi à persister et à coloniser l'intestin. Cela a montré que le timing et l'ordre de la colonisation bactérienne peuvent grandement influencer l'environnement intestinal.

Malgré la réduction de la colonisation des bactéries nuisibles lorsqu'elles étaient précédées par des bactéries bénéfiques, cela n'a pas conduit à des améliorations de la forme physique reproductive de l'hôte. Cela suggère que les impacts négatifs des bactéries nuisibles pourraient encore être significatifs, ou que les bactéries bénéfiques pourraient comporter certains risques cachés.

Conclusion

En résumé, les chercheurs ont découvert trois types de bactéries capables de s'accrocher à l'intestin de C. elegans. Deux de ces bactéries se sont montrées amicales et n'ont pas nui aux vers, tandis que l'autre était nuisible. Utiliser C. elegans comme modèle permet aux chercheurs d'observer facilement comment ces interactions se produisent en temps réel.

L'étude de la manière dont les bactéries adhèrent à l'intestin et comment elles se disputent de l'espace peut donner des idées pour maintenir un microbiome équilibré. Comprendre ces dynamiques pourrait aider à développer des stratégies pour promouvoir les bonnes bactéries intestinales et gérer les nuisibles. La recherche souligne la complexité des interactions hôte-microbe et ouvre la voie à de futures études qui pourraient améliorer la santé intestinale pour tous les êtres vivants.

Source originale

Titre: Dynamics of gut colonization by commensal and pathogenic bacteria that adhere to the intestinal epithelium

Résumé: Maintaining a healthy gut microbiome plays a critical role in avoiding gut-related pathologies. Bacterial adherence to the intestinal epithelium plays a vital role in niche establishment in the gut, as in vitro experiments and mathematical modeling suggest that adherence provides a strong competitive advantage over free-floating planktonic microbes. Currently, we lack the ability to study gut microbiome adherence in an in vivo model system. Through sampling natural populations of Caenorhabditis, we discovered three bacterial species that adhere to the intestinal epithelium of several wild Caenorhabditis isolates. When transferred to C. elegans, all three bacterial species colonized the entire anterior to posterior length of the intestine lumen. We isolated these bacterial species via in vitro growth or selective enrichment in the nematode gut and identified them as Lelliottia jeotgali, Candidatus Lumenectis limosiae, and Candidatus Enterosymbion pterelaium, the latter two representing new species. Adherent Ca. L. limosiae negatively affects host fitness, while Lelliottia jeotgali and Ca. E. pterelaium exhibited a neutral effect in our assays. We demonstrated that two of these species can actively proliferate in the intestine throughout the host lifespan, with Lelliottia jeotgali colonizing throughout the lumen simultaneously and Candidatus Lumenectis limosiae showing anterior-to-posterior directionality. In competition assays, animals pre-colonized with L. jeotgali significantly reduced colonization by pathogenic Ca. L. limosiae, but this effect was not seen when animals were colonized by both bacteria simultaneously. Strikingly, regardless of the colonization paradigm, populations exposed to both bacteria showed a near-identical mitigation of the pathogenic effects of Ca. L. limosiae. Altogether, these strains illustrate the capacity of microbiome bacteria to adhere, replicate, and establish a niche across the entire intestinal lumen in C. elegans and they present an opportunity to study bacterial adherence in the context of a whole, intact and transparent animal.

Auteurs: Robert Luallen, D. E. Rivera, K. Poirier, S. Moore, O. Nicolle, E. Morgan, J. F. Longares, A. Singh, G. Michaux, M.-A. Felix

Dernière mise à jour: 2024-10-24 00:00:00

Langue: English

Source URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.24.620080

Source PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.10.24.620080.full.pdf

Licence: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Changements: Ce résumé a été créé avec l'aide de l'IA et peut contenir des inexactitudes. Pour obtenir des informations précises, veuillez vous référer aux documents sources originaux dont les liens figurent ici.

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