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# Biologie # Comportement animal et cognition

Une nouvelle tech révolutionne la surveillance du comportement des macaques

MacqD utilise l'apprentissage automatique pour améliorer le suivi du comportement des macaques dans les recherches.

Genevieve Moat, Maxime Gaudet-Trafit, Julian Paul, Jaume Bacardit, Suliann Ben Hamed, Colline Poirier

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La technologie transforme La technologie transforme le suivi des macaques. pointe. des macaques avec des algorithmes de MacqD améliore le suivi du comportement
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Surveiller le comportement des animaux, c'est super important pour savoir s'ils sont heureux et en bonne santé. Avant, les scientifiques observaient les animaux en personne ou passaient des heures à regarder des vidéos, ce qui prenait beaucoup de temps et pouvait être biaisé. Heureusement, la technologie vient à la rescousse. L'Apprentissage automatique, une technologie qui permet aux ordinateurs d'apprendre et de prendre des décisions, aide maintenant les scientifiques à analyser le comportement des animaux plus rapidement et plus précisément.

Les primates, surtout les macaques, sont souvent étudiés parce qu'ils ressemblent aux humains à plein de niveaux. Mais voir ce que font les macaques, c'est pas toujours facile, surtout quand ils sont en couple ou cachés derrière des objets. Pour améliorer ça, les chercheurs ont créé un nouveau modèle appelé MacqD, qui est conçu pour repérer les macaques dans des vidéos, même quand ils sont partiellement cachés.

La Nécessité de Surveiller le Comportement Animal

Comprendre le comportement animal est essentiel pour plusieurs raisons comme assurer leur bien-être et étudier le fonctionnement de leur cerveau. Quand on remarque comment les animaux agissent, on peut deviner comment ils se sentent. Par exemple, si un macaque a l'air stressé ou anxieux, ça peut aider les scientifiques à modifier son environnement pour améliorer son bien-être.

Mais surveiller le comportement animal, c'est pas une mince affaire. Les méthodes traditionnelles, bien que utiles, demandent beaucoup de travail manuel et peuvent mener à des erreurs. Avec la technologie améliorée, les chercheurs espèrent simplifier ce processus pour obtenir des informations précises sans passer des heures à observer.

Le Rôle de l'Apprentissage Automatique

L'apprentissage automatique est de plus en plus utilisé pour analyser le comportement animal. En utilisant des vidéos d'animaux, les chercheurs peuvent entraîner des ordinateurs à reconnaître différentes actions et mouvements. Cela signifie qu'ils peuvent traiter d'énormes quantités de données en un temps record, comparé à ce qu'un humain ferait.

Les gens ont déjà utilisé l'apprentissage automatique avec succès pour suivre des animaux de laboratoire plus petits comme des souris et des mouches. Cependant, suivre des animaux plus gros comme les primates non humains pose des défis supplémentaires. Pour que ça marche, les scientifiques doivent s'assurer qu'ils peuvent trouver et suivre ces animaux dans les vidéos, même quand ils sont proches les uns des autres ou cachés.

Défis de Suivre les Macaques

Les macaques, en particulier les macaques rhésus, sont souvent étudiés parce que leurs cerveaux et comportements peuvent donner des informations pertinentes pour les humains. Mais les suivre, c'est pas aussi simple que ça en a l'air. Ils ont des corps flexibles, bougent beaucoup, et peuvent facilement être confondus, surtout s'ils ont des motifs de fourrure similaires.

Dans les tentatives récentes de suivre des macaques, certaines méthodes se sont concentrées sur la reconnaissance de leurs visages ou la détection de leurs corps dans les vidéos. Bien que certaines de ces méthodes aient montré des promesses, elles ont souvent échoué quand les choses se compliquaient - comme quand deux macaques étaient proches ou quand l'un d'eux était partiellement caché.

En gros, même s'il y a eu des progrès, le besoin d'une meilleure solution persiste.

Présentation de MacqD

Pour relever ces défis, les chercheurs ont développé MacqD, un modèle d'apprentissage automatique conçu pour détecter et reconnaître les macaques rhésus dans des vidéos prises dans leur environnement de logement. MacqD utilise une technologie spécifique appelée Mask R-CNN, qui est super pour identifier des objets dans des images.

MacqD a été spécialement conçu pour gérer les complexités de l'étude des macaques dans leurs cages, capturant leurs mouvements et interactions même dans des conditions difficiles, comme quand ils sont partiellement cachés ou qu'il y a des reflets dans la vitre.

Collecte de Données

Pour développer et tester MacqD, les chercheurs ont rassemblé des vidéos de macaques dans un centre de recherche. Ces vidéos ont été enregistrées avec des caméras installées pour capturer leurs activités quotidiennes. Le dispositif a été conçu pour que les macaques soient dans un environnement confortable avec beaucoup d'espace et de choses à jouer.

Les chercheurs ont collecté une variété de séquences vidéo sur plusieurs années, incluant un grand nombre de frames pour entraîner et tester MacqD efficacement. Ils ont veillé à ce que les vidéos comprennent différentes conditions d'éclairage, angles et scènes pour simuler fidèlement la vie réelle.

Annotation des Données

Une fois les vidéos collectées, les chercheurs ont dû marquer les positions des macaques dans chaque cadre. Ils ont utilisé des outils spéciaux pour créer des contours autour des animaux. Ces marquages ont aidé l'ordinateur à apprendre où se trouvaient les macaques et comment ils se déplaçaient.

En ayant des Annotations précises, MacqD a pu mieux apprendre et améliorer sa précision de détection. Les annotations ont été faites soigneusement, en s'assurant qu'elles mettaient en avant les macaques ciblés et ignoraient les autres animaux en arrière-plan.

Comment MacqD Fonctionne

MacqD fonctionne en analysant les cadres vidéo pour détecter où se trouvent les macaques. Il utilise des algorithmes avancés pour fournir une boîte autour de chaque macaque, s'assurant qu'il peut les suivre efficacement. La technique lui permet de différencier les animaux individuels, même quand ils sont proches ou qu'un est partiellement caché.

Le modèle opère en deux étapes : d'abord, il trouve des zones dans la vidéo où les macaques pourraient être, puis il zoome pour identifier chaque macaque plus précisément. Ce processus en deux étapes aide MacqD à atteindre une précision tout en gérant les défis de la vie réelle, comme les occlusions ou les reflets.

Expériences pour Tester MacqD

Pour voir comment MacqD se débrouillait, les chercheurs ont conduit plusieurs expériences. Ils l'ont testé sur différentes vidéos présentant à la fois des macaques individuels et des paires de macaques.

Expérience 1 : Détection de Macaque Unique

Dans la première expérience, MacqD a été mis à l'épreuve avec des vidéos de macaques individuels qui avaient déjà été utilisés pour l'entraînement. Les chercheurs ont mesuré à quel point il pouvait identifier chaque macaque par rapport à d'autres modèles et méthodes existants.

Le résultat a été franchement positif, avec MacqD montrant des taux de précision et de rappel élevés, ce qui signifie qu'il était très efficace pour repérer les macaques. Cette expérience a aidé à souligner les forces de MacqD dans la détection précise des macaques uniques, même dans des conditions difficiles.

Expérience 2 : Détection de Macaques en Paire

Dans la deuxième expérience, l'accent a été mis sur des paires de macaques dans la même cage. Le défi ici était plus grand car distinguer deux animaux en mouvement peut être compliqué.

Les chercheurs ont de nouveau testé MacqD contre d'autres modèles. Les résultats ont montré que MacqD pouvait toujours détecter efficacement les deux macaques en paire, démontrant sa robustesse dans des situations plus difficiles. Ce succès a encore mis en avant l'adaptabilité et l'efficacité de MacqD.

Ajout d'un Algorithme de Suivi

Pour voir si la performance de MacqD pouvait être améliorée encore plus, les chercheurs ont décidé d'ajouter un algorithme de suivi. Cet algorithme aide à garder une trace de l'endroit où un macaque se déplace d'un cadre vidéo à l'autre. L'idée était de réduire les détections manquées quand les macaques devenaient brièvement cachés.

Cependant, les résultats étaient mitigés. Dans certaines situations, le suivi a amélioré le rappel en capturant les détections manquées, tandis que dans d'autres cas, cela a légèrement baissé la précision à cause d'une augmentation des faux positifs. Cette variation a montré qu'ajouter un système de suivi pouvait améliorer les résultats, mais que ce n'était pas une solution universelle.

Généralisation de la Performance de MacqD

Un des aspects essentiels de MacqD est à quel point il peut s'adapter à de nouvelles situations. Les chercheurs l'ont testé non seulement sur des séquences du centre d'origine mais aussi sur des vidéos d'un centre de recherche différent.

MacqD a continué à bien performer, prouvant qu'il pouvait généraliser son apprentissage à de nouveaux environnements et animaux qu'il n'avait jamais vus auparavant. Cette capacité est cruciale car elle suggère que MacqD pourrait être utilisé dans une variété de contextes, ce qui en fait un outil précieux pour les chercheurs.

Conclusion

En résumé, MacqD est une solution novatrice et efficace pour surveiller le comportement des macaques en laboratoire. En utilisant des techniques avancées d'apprentissage automatique, il peut détecter et suivre les macaques avec précision, même dans des conditions difficiles.

Bien qu'il subsiste quelques défis, notamment en ce qui concerne les occlusions ou quand plusieurs macaques sont proches, MacqD montre beaucoup de promesses en tant qu'outil pour les chercheurs intéressés par l'étude du comportement animal. La combinaison d'une haute précision, d'adaptabilité et de facilité d'utilisation en fait un développement excitant dans la recherche sur le comportement animal.

Avec MacqD, les scientifiques peuvent passer moins de temps à regarder des vidéos et plus de temps à veiller au bien-être de leurs sujets de recherche poilus. Maintenant, si seulement ils pouvaient apprendre aux macaques à regarder les vidéos eux-mêmes !

Source originale

Titre: MacqD - A Deep Learning-based Model for Automatic Detection of Socially-housed Laboratory Macaques

Résumé: Despite advancements in video-based behaviour analysis and detection models for various species, existing methods are suboptimal to detect macaques in complex laboratory environments. To address this gap, we present MacqD, a modified Mask R-CNN model incorporating a SWIN transformer backbone for enhanced attention-based feature extraction. MacqD robustly detects macaques in their home-cage under challenging scenarios, including occlusions, glass reflections, and overexposure to light. To evaluate MacqD and compare its performance against pre-existing macaque detection models, we collected and analysed video frames from 20 caged rhesus macaques at Newcastle University, UK. Our results demonstrate MacqDs superiority, achieving a median F1-score of 99% for frames with a single macaque in the focal cage (surpassing the next-best model by 21%) and 90% for frames with two macaques. Generalisation tests on frames from a different set of macaques from the same animal facility yielded median F1-scores of 95% for frames with a single macaque (surpassing the next-best model by 15%) and 81% for frames with two macaques (surpassing the alternative approach by 39%). Finally, MacqD was applied to videos of paired macaques from another facility and resulted in F1-score of 90%, reflecting its strong generalisation capacity. This study highlights MacqDs effectiveness in accurately detecting macaques across diverse settings.

Auteurs: Genevieve Moat, Maxime Gaudet-Trafit, Julian Paul, Jaume Bacardit, Suliann Ben Hamed, Colline Poirier

Dernière mise à jour: 2024-12-23 00:00:00

Langue: English

Source URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.23.629644

Source PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.23.629644.full.pdf

Licence: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Changements: Ce résumé a été créé avec l'aide de l'IA et peut contenir des inexactitudes. Pour obtenir des informations précises, veuillez vous référer aux documents sources originaux dont les liens figurent ici.

Merci à biorxiv pour l'utilisation de son interopérabilité en libre accès.

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