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# Biología# Genómica

Nueva investigación sobre Pseudomonas aeruginosa en pacientes con bronquiectasias

Un estudio revela la diversidad genética de las bacterias en la bronquiectasia, lo que afecta los enfoques de tratamiento.

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La bronquiectasia es una enfermedad pulmonar que dura un buen rato y que hace que a la gente le cueste respirar bien. Quienes la padecen suelen tener una tos persistente, producen mucho moco y enfrentan infecciones pulmonares frecuentemente. Con el tiempo, esto puede hacer que su función pulmonar empeore y que disfruten menos de su vida diaria. La enfermedad ocurre porque las vías aéreas en los pulmones se ensanchan y dañan, lo que dificulta que el moco se elimine. Cuando el moco se acumula, puede causar infecciones e inflamación, empeorando el daño pulmonar en un ciclo sin fin.

Causas de la bronquiectasia

Hay dos tipos principales de bronquiectasia: fibrosis quística (FQ) y bronquiectasia no FQ. La fibrosis quística es una enfermedad genética rara causada por mutaciones específicas en los genes. En cambio, la mayoría de los casos de bronquiectasia no FQ no tienen causa conocida y no están relacionados con un solo gen. Desafortunadamente, mucha gente que tiene bronquiectasia no sabe por qué le dio.

Infecciones bacterianas y bronquiectasia

Las personas con bronquiectasia suelen tener infecciones pulmonares causadas por ciertas bacterias. Una bacteria común se llama Pseudomonas Aeruginosa. Investigaciones han mostrado que alrededor del 25% de los pacientes con bronquiectasia en Europa están infectados con esta bacteria. Las tasas de infección pueden variar según la región, siendo más altas en el sur de Europa que en el norte. Las infecciones por Pseudomonas aeruginosa están relacionadas con peores resultados de salud, aumentando el riesgo de hospitalizaciones y muerte en comparación con quienes no tienen estas infecciones.

Falta de investigación

La bronquiectasia no ha recibido tanta atención en la investigación comparada con otras enfermedades. Por eso, hay menos estudios que analicen la composición genética de Pseudomonas aeruginosa en pacientes con bronquiectasia en comparación con los que tienen fibrosis quística. Actualmente, solo dos estudios han examinado esta bacteria en pacientes con bronquiectasia de países únicos. Estos estudios revelaron que una variedad de cepas de Pseudomonas aeruginosa son responsables de infecciones, siendo solo unos pocos pacientes los que tienen infecciones causadas por la misma cepa.

Importancia de los estudios genómicos

Entender las Diferencias Genéticas de Pseudomonas aeruginosa en pacientes con bronquiectasia es clave porque esas diferencias pueden afectar cómo se comporta la bacteria en el cuerpo. En la fibrosis quística, por ejemplo, Pseudomonas aeruginosa a menudo sufre cambios genéticos que le ayudan a adaptarse al ambiente pulmonar, haciendo que sea más difícil de tratar. Aún no está claro si el mismo tipo de cambios genéticos ocurren en pacientes con bronquiectasia debido a la falta de datos.

Se necesitan estudios más amplios para explorar las infecciones por Pseudomonas aeruginosa en pacientes con bronquiectasia. Esto podría ayudar a mejorar las opciones de tratamiento para quienes están afectados.

Nuestro estudio

En nuestra investigación, utilizamos secuenciación genómica para examinar 2,854 muestras de Pseudomonas aeruginosa obtenidas de 180 pacientes con bronquiectasia durante un ensayo clínico para un tratamiento antibiótico específico. Nos enfocamos en las diferencias genéticas de las cepas de Pseudomonas aeruginosa encontradas en estos pacientes, especialmente antes de que recibieran cualquier tratamiento antibiótico.

Recolección y análisis de muestras

Recogimos muestras de esputo de los pacientes al inicio del ensayo clínico y las almacenamos a temperaturas muy bajas. Para aislar Pseudomonas aeruginosa de estas muestras, añadimos una solución especial a cada muestra e incubamos. Luego, extendimos las muestras en placas de agar específicas para fomentar el crecimiento de la bacteria. Una vez que formaron colonias, confirmamos la presencia de Pseudomonas aeruginosa usando una técnica llamada reacción en cadena de la polimerasa (PCR).

Extracción y secuenciación de ADN

Extraímos ADN de las bacterias aisladas y lo preparamos para la secuenciación usando varias técnicas de laboratorio. Luego, el ADN fue secuenciado usando tecnología avanzada, permitiéndonos obtener información genética completa sobre cada muestra.

Análisis de diferencias genéticas

Después de la secuenciación, revisamos la calidad de los datos genéticos y ensamblamos los genomas de las bacterias. Analizamos estos genomas para identificar patrones y variaciones. Se creó un árbol filogenético para visualizar las relaciones entre diferentes cepas bacterianas y las cepas de referencia.

Nuestro análisis mostró que la mayoría de las cepas de Pseudomonas aeruginosa pertenecían a dos grupos principales. Observamos que la mayoría de los pacientes estaban infectados con solo una cepa de la bacteria, lo que indica que la propagación de diferentes cepas podría no ser un factor significativo en las infecciones entre estos pacientes.

Diversidad dentro y entre pacientes

Descubrimos que la mayoría de las diferencias genéticas existían entre pacientes en lugar de dentro de pacientes individuales. Sin embargo, aún había evidencia que sugiere que la bacteria puede evolucionar dentro de los pulmones de un solo paciente. A través de nuestro análisis, identificamos ciertos genes que mostraron signos de adaptación al ambiente de la bronquiectasia.

Además, notamos que algunos pacientes mostraron niveles más altos de variación genética en sus infecciones bacterianas. Esta variación estaba relacionada con cambios genéticos en las bacterias que les permitieron sobrevivir mejor en los pulmones.

Hallazgos sobre la resistencia a antimicrobianos

También investigamos la presencia de genes relacionados con la resistencia a antibióticos en las muestras de Pseudomonas aeruginosa. La resistencia a antibióticos es una gran preocupación porque hace que tratar las infecciones sea más complicado. Nuestros resultados indicaron que algunos pacientes tenían bacterias que llevaban genes vinculados a la resistencia a múltiples tipos de antibióticos.

Mutaciones en genes específicos pueden hacer que las bacterias eviten los efectos de los antibióticos, complicando el tratamiento de las infecciones. Este hallazgo resalta la urgente necesidad de seguir investigando y mejorar las estrategias de tratamiento para pacientes con bronquiectasia.

Conclusión

Nuestro estudio ofrece nuevas perspectivas sobre la diversidad genética de las infecciones por Pseudomonas aeruginosa en pacientes con bronquiectasia. Aunque encontramos que la mayoría de los pacientes tienen infecciones causadas por una sola cepa, también hay una variación significativa entre diferentes pacientes. La bacteria también puede adaptarse al ambiente pulmonar de maneras únicas.

Los hallazgos de esta investigación son importantes ya que pueden ayudar a desarrollar tratamientos más efectivos. Entender cómo Pseudomonas aeruginosa evoluciona en bronquiectasia puede llevar a mejores estrategias de manejo y, en última instancia, mejorar la calidad de vida de los pacientes que sufren esta condición. Se necesita más investigación para profundizar nuestro entendimiento sobre esta relación compleja entre la bacteria y el ambiente pulmonar de la bronquiectasia.

Fuente original

Título: Global genomic diversity of Pseudomonas aeruginosa in bronchiectasis

Resumen: BackgroundPseudomonas aeruginosa is the dominant pathogen causing lung infections in people with both cystic fibrosis (CF) and bronchiectasis, associated with poorer outcomes. Unlike CF, bronchiectasis has been a neglected disease. More extensive genomic studies of larger bronchiectasis patient cohorts and within patient sampling are needed to improve understanding of the evolutionary mechanisms underpinning P. aeruginosa infections to guide novel and improved treatments. MethodsWe have performed genome sequencing of 2,854 P. aeruginosa isolates from 180 patients attending clinics worldwide to analyse the genomic diversity between and within patient infections. ResultsWe observed high genetic diversity between infections with low incidence of highly transmissible strains. Our genomic data provide evidence for the mutational targets driving P. aeruginosa evolution in bronchiectasis. Some functions found to gain mutations were comparable to CF, including biofilm and iron acquisition, whilst others highlighted distinct evolutionary paths in bronchiectasis such as pyocin production and resistance, and a novel efflux pump gene (PA1874). We also show a high incidence of antimicrobial resistance-associated mutations and acquired resistance genes, in particular multidrug efflux and fluoroquinolone resistance mechanisms. ConclusionsOur findings highlight important differences between P. aeruginosa infections in bronchiectasis and CF and provide evidence of the relatively minor role transmissible strains play in bronchiectasis. Our study provides a 10-fold increase in the available genomic data for these infections and is a global resource to improve our knowledge and understanding, to facilitate better patient outcomes. SummaryThe largest genomic study of Pseudomonas aeruginosa bronchiectasis isolates to-date, providing an unprecedented global genomic resource. We highlight important differences between bronchiectasis and cystic fibrosis, including key genes under selection.

Autores: Niamh E Harrington, A. Kottara, K. Cagney, M. J. Shepherd, E. M. Grimsey, T. Fu, R. C. Hull, D. Z. Childs, J. L. Fothergill, J. D. Chalmers, M. A. Brockhurst, S. Paterson

Última actualización: 2024-01-31 00:00:00

Idioma: English

Fuente URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.01.30.577916

Fuente PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.01.30.577916.full.pdf

Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Cambios: Este resumen se ha elaborado con la ayuda de AI y puede contener imprecisiones. Para obtener información precisa, consulte los documentos originales enlazados aquí.

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