Mejorando los Registros Electrónicos de Salud con la Herramienta EHR-QC
Un nuevo conjunto de herramientas mejora la calidad y la estandarización de los registros de salud electrónicos.
― 7 minilectura
Tabla de contenidos
- Importancia de la Calidad de los datos
- Desafíos de Estandarización
- El Papel de los Modelos de Datos Comunes
- Introduciendo el EHR-QC Toolkit
- Funcionalidad del EHR-QC Toolkit
- Mapeo de Conceptos y Estandarización de Terminología
- Preprocesamiento de Datos para Análisis
- Abordando los Datos Faltantes y los Valores Atípicos
- Conclusión
- Fuente original
- Enlaces de referencia
Los Registros Electrónicos de Salud (EHR) son versiones digitales de las gráficos en papel de los pacientes. Contienen un montón de información de salud importante, como detalles personales, resultados de pruebas, tratamientos y notas de los médicos. Los EHR se han vuelto muy populares en hospitales y clínicas, facilitando a los médicos e investigadores el acceso y uso de datos de salud. Esta información puede ser útil para muchas cosas, como rastrear brotes de enfermedades, analizar tendencias de salud y estudiar la efectividad de tratamientos. Sin embargo, también hay desafíos con los EHR, especialmente en lo que respecta a la calidad y consistencia de los datos.
Importancia de la Calidad de los datos
Un gran problema con los EHR es que los datos pueden tener errores o estar incompletos. Esto incluye información faltante, errores en las entradas y discrepancias entre diferentes sistemas. Tales problemas pueden llevar a conclusiones incorrectas cuando los investigadores analizan los datos. Por ejemplo, si se registra incorrectamente el peso de un niño, puede resultar en dosis de medicamentos peligrosas. Para resolver estos problemas, los investigadores han creado varias herramientas y marcos para mejorar la calidad de los datos de los EHR. Sin embargo, muchas de estas herramientas solo funcionan con tipos específicos de datos y no abordan todos los errores que pueden ocurrir.
Desafíos de Estandarización
Otro gran problema con los datos de EHR es la falta de estandarización. Diferentes hospitales y clínicas usan diferentes formatos y términos para describir la misma información. Esto dificulta la combinación de datos de diferentes fuentes. Por ejemplo, si un hospital registra el diagnóstico de un paciente como "ataque al corazón" y otro como "infarto de miocardio", los investigadores pueden no darse cuenta de que están hablando de la misma condición sin una forma de comparar los términos.
Para mejorar la situación, los investigadores están trabajando en formas de estandarizar los datos de EHR. Esto incluye crear formatos comunes para los datos y usar un lenguaje consistente entre diferentes sistemas. Al hacer que los datos de EHR sean más uniformes, es más fácil analizarlos y compartirlos entre diferentes proveedores de salud.
El Papel de los Modelos de Datos Comunes
Una forma de estandarizar los datos de EHR es el desarrollo de Modelos de Datos Comunes (CDMs). Estos modelos proporcionan una estructura sobre cómo se deben organizar los datos, facilitando la comparación y análisis. El Modelo de Datos Comunes de la Asociación de Resultados Médicos Observacionales (OMOP-CDM) es un ejemplo de esto. Permite a las organizaciones de salud convertir sus formatos de datos únicos en una versión estandarizada, facilitando la investigación y colaboración en diferentes lugares.
Sin embargo, convertir datos en este formato estándar puede ser complicado. Muchas herramientas existentes son específicas para ciertos formatos y pueden no ser lo suficientemente flexibles para adaptarse a diferentes necesidades. Esto ha llevado al desarrollo de herramientas y métodos más versátiles para ayudar con el proceso de conversión de datos.
Introduciendo el EHR-QC Toolkit
Para ayudar a abordar los desafíos de la estandarización de datos de EHR y control de calidad, se ha desarrollado un nuevo conjunto de herramientas llamado EHR-QC. Este toolkit tiene como objetivo automatizar el proceso de preparación de datos de EHR para la investigación. El EHR-QC incluye características para estandarizar formatos de datos, asegurar la precisión de los conceptos clínicos y proporcionar exhaustivas verificaciones sobre la calidad de los datos.
El toolkit consta de dos partes principales: el Pipeline de Estandarización y el Pipeline de Preprocesamiento. El Pipeline de Estandarización se centra en convertir los datos de EHR en un formato estándar, preparándolos para el análisis. El Pipeline de Preprocesamiento ayuda a los investigadores a examinar los datos en busca de errores y prepararlos para un uso posterior.
Funcionalidad del EHR-QC Toolkit
El EHR-QC toolkit permite a los usuarios introducir datos de diversas fuentes, ya sea de bases de datos existentes o archivos planos estándares. Los usuarios pueden configurar configuraciones específicas para personalizar el proceso según sus necesidades. Esta flexibilidad significa que el toolkit puede adaptarse a diferentes tipos y formatos de datos de EHR.
Una de las funciones principales del EHR-QC es la migración de datos al esquema OMOP-CDM. Este proceso garantiza que los datos de EHR se conviertan de manera correcta y consistente. El toolkit puede importar datos, mapearlos a términos estándar y exportarlos en el formato deseado. Durante el proceso, se implementan diversas verificaciones para asegurar que los datos permanezcan precisos y que se aborden cualquier discrepancia.
Mapeo de Conceptos y Estandarización de Terminología
Una parte crucial de la estandarización de datos de EHR implica mapear conceptos clínicos a un vocabulario común. Esto significa que los términos utilizados en diferentes sistemas de EHR deben alinearse con terminologías estándar, como las utilizadas para medicamentos y enfermedades. El EHR-QC toolkit incluye un método innovador para el mapeo automatizado de conceptos. Esta técnica combina múltiples enfoques para mejorar la precisión del mapeo de términos clínicos, al mismo tiempo que maximiza la cobertura de los conceptos que se están analizando.
El toolkit utiliza una combinación de técnicas de coincidencia difusa y evaluaciones de similitud semántica para encontrar las mejores coincidencias entre términos clínicos en diferentes sistemas. Al refinar estos mapeos, los investigadores pueden alinear mejor sus datos con los estándares establecidos, haciendo que los análisis sean más sólidos y fiables.
Preprocesamiento de Datos para Análisis
Además de estandarizar formatos de datos, el EHR-QC toolkit incluye funciones de preprocesamiento para un análisis exploratorio exhaustivo y aseguramiento de calidad. Estas funciones ayudan a los usuarios a identificar y abordar cualquier anomalía en los datos de EHR, como información faltante y valores atípicos.
Las características de exploración de datos brindan a los usuarios informes que resumen las características clave de los datos de EHR. Estos informes incluyen información sobre valores faltantes, distribuciones y otras métricas importantes. Al visualizar estos datos, los investigadores pueden detectar rápidamente problemas potenciales que podrían necesitar corrección antes de realizar análisis más detallados.
Abordando los Datos Faltantes y los Valores Atípicos
Manejar los datos faltantes es un aspecto significativo para asegurar la calidad de los datos. El EHR-QC toolkit incorpora varios métodos para tratar entradas faltantes, permitiendo a los usuarios elegir el mejor enfoque según las características del conjunto de datos. Al probar diferentes técnicas de imputación, el toolkit puede identificar el método más efectivo para llenar los vacíos en los datos.
De igual manera, el toolkit también ofrece herramientas para detectar y abordar valores atípicos en los datos. Utilizando técnicas estadísticas avanzadas, puede identificar valores extremos que pueden sesgar los resultados del análisis. Esto permite a los investigadores aplicar correcciones o eliminar puntos de datos problemáticos, asegurando que la calidad general de los datos se mantenga alta.
Conclusión
El EHR-QC toolkit representa un gran avance en la gestión de los registros electrónicos de salud. Al automatizar los procesos de estandarización, control de calidad y preparación de datos, proporciona una solución integral para investigadores y proveedores de salud. La capacidad de convertir datos de EHR a un formato estandarizado facilita una mejor colaboración y análisis entre diferentes entornos de atención médica.
A medida que la atención médica continúa desarrollándose y la investigación basada en datos se vuelve más prevalente, herramientas como EHR-QC jugarán un papel crítico en asegurar que los registros electrónicos de salud sean precisos, fiables y útiles para mejorar la atención al paciente. En última instancia, este toolkit no solo mejora la eficiencia de la investigación, sino que también contribuye a mejores resultados en salud y a un sistema de salud más integrado.
Título: EHR-QC: A streamlined pipeline for automated electronic health records standardisation and preprocessing to predict clinical outcomes
Resumen: The adoption of electronic health records (EHRs) has created opportunities to analyze historical data for predicting clinical outcomes and improving patient care. However, non-standardized data representations and anomalies pose major challenges to the use of EHRs in digital health research. To address these challenges, we have developed EHR-QC, a tool comprising two modules: the data standardization module and the preprocessing module. The data standardization module migrates source EHR data to a standard format using advanced concept mapping techniques, surpassing expert curation in benchmarking analysis. The preprocessing module includes several functions designed specifically to handle healthcare data subtleties. We provide automated detection of data anomalies and solutions to handle those anomalies. We believe that the development and adoption of tools like EHR-QC is critical for advancing digital health. Our ultimate goal is to accelerate clinical research by enabling rapid experimentation with data-driven observational research to generate robust, generalisable biomedical knowledge. HighlightsO_LIEHR-QC accepts EHR data from a relational database or as a flat file and provide an easy-to-use, customized, and comprehensive solution for data handling activities. C_LIO_LIIt offers a modular standardization pipeline that can convert any EHR data to a standardized data model i.e. OMOP-CDM. C_LIO_LIIt includes an innovative algorithmic solution for clinical concept mapping that surpasses the current expert curation process. C_LIO_LIWe have demonstrated that the imputation performance depends on the nature and missing proportion, hence as part of EHR-QC we included a method that searches for the best imputation method for the given data. C_LIO_LIIt also contains an end-to-end solution to handle other anomalies such as outliers, errors, and other inconsistencies in the EHR data. C_LI
Autores: Sonika Tyagi, Y. Ramakrishnaiah, N. Macesic, A. Peleg
Última actualización: 2023-06-02 00:00:00
Idioma: English
Fuente URL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.05.30.23290765
Fuente PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.05.30.23290765.full.pdf
Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
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