LegoNet: Un Nuevo Enfoque para la Segmentación de Imágenes Médicas
LegoNet mejora la segmentación de imágenes en escaneos médicos usando técnicas innovadoras de bloques de construcción.
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Tabla de contenidos
En el campo de la imagen médica, identificar con precisión las áreas en las exploraciones es clave para el diagnóstico y la planificación del tratamiento. Los recientes avances en el aprendizaje profundo han introducido varias técnicas para mejorar la segmentación de imágenes, especialmente para estructuras complejas como los vasos sanguíneos. Este artículo habla de un nuevo enfoque llamado LegoNet, que utiliza distintos tipos de bloques de construcción para mejorar el proceso de segmentación en imágenes médicas.
Antecedentes
Tradicionalmente, la mayoría de los modelos de aprendizaje profundo para la segmentación de imágenes utilizan un tipo fijo de bloque de construcción que se mantiene igual en todo el modelo. Estos bloques generalmente solo cambian en sus parámetros, pero su estructura sigue siendo idéntica. Aunque este enfoque ha mostrado buenos resultados, hay potencial para mejorar aún más usando una mezcla de diferentes tipos de bloques.
LegoNet busca explorar esta idea combinando varios bloques de una manera que imita el ensamblaje de piezas de Lego. Al hacerlo, espera utilizar las fortalezas de cada tipo de bloque para mejorar el rendimiento en la identificación de estructuras específicas en escaneos médicos.
El Problema del RIMA
Un área específica de enfoque para LegoNet es la segmentación de la arteria mamaria interna derecha (RIMA) y su espacio circundante en escaneos de tomografía computarizada por angiografía (CTA). La RIMA es importante porque su condición puede reflejar la salud general de los vasos sanguíneos, especialmente en pacientes con problemas cardiovasculares. Esta área no ha sido ampliamente estudiada en imágenes, lo que la convierte en un objetivo significativo para nuevas investigaciones.
Arquitectura de LegoNet
LegoNet utiliza una combinación de tres tipos de bloques:
Bloque SE: Este bloque enfatiza las características importantes en la imagen, mejorando la capacidad del modelo para concentrarse en áreas específicas.
Bloque Swin: Conocido por su capacidad para capturar tanto detalles más grandes como más pequeños, el Bloque Swin ayuda al modelo a entender el contexto general de la imagen.
Bloque UX: Este bloque utiliza tamaños de núcleo grandes para analizar la imagen de una manera única, contribuyendo al rendimiento general del modelo.
Al alternar entre estos bloques, LegoNet puede crear una arquitectura más flexible y efectiva para la segmentación de imágenes.
Metodología
Recolección de Datos
Para probar la efectividad de LegoNet, se utilizaron dos conjuntos de datos principales:
Conjunto de Datos CTCA: Este conjunto incluyó 155 escaneos centrados en la arteria mamaria interna derecha, recolectados de diferentes hospitales.
Conjunto de Datos CTPA: Este conjunto tenía 112 escaneos y proporcionó datos adicionales para la prueba.
Ambos conjuntos de datos fueron sometidos a un preprocesamiento para estandarizarlos, asegurando que el modelo pudiera aprender efectivamente sin importar las diferencias en los escaneos.
Proceso de Entrenamiento
El modelo se entrenó usando un conjunto de imágenes y sus respectivas máscaras de verdad básica, que representan las áreas reales que deben ser identificadas. El entrenamiento involucró múltiples épocas, donde el modelo aprendía gradualmente a predecir las máscaras de segmentación basándose en las imágenes de entrada. Se midieron varias métricas, incluido el Coeficiente de similitud de Dice, que indica qué tan bien las predicciones del modelo coincidían con la verdad básica.
Resultados
LegoNet mostró resultados prometedores en comparación con modelos tradicionales. En el conjunto de datos CTCA, logró un coeficiente de similitud de Dice de 0.749, superando a otros modelos conocidos. Los resultados fueron consistentes en diferentes métricas, incluyendo precisión y recuperación, lo que confirmó aún más su efectividad en la identificación de la RIMA y el espacio perivascular.
En el conjunto de datos CTPA, el rendimiento fue un poco más bajo debido a la complejidad de los escaneos, aún así LegoNet superó a varios otros modelos, mostrando su robustez.
Evaluación de Variabilidad
Un aspecto significativo para validar el rendimiento del modelo fue evaluar la variabilidad en la segmentación humana en comparación con las predicciones del modelo. Expertos segmentaron imágenes en diferentes momentos para ver cuán consistentes eran sus resultados (variabilidad intra-observador) y compararon resultados de diferentes clínicos (variabilidad inter-observador).
También se analizó el acuerdo modelo-humano, destacando qué tan bien las predicciones de LegoNet se alineaban con las opiniones de expertos. Los resultados mostraron un fuerte acuerdo en la mayoría de los casos, indicando que el modelo podría servir como una herramienta confiable en entornos clínicos.
Validación Externa
Para establecer aún más su efectividad, LegoNet fue probado en conjuntos de datos externos recopilados de diferentes locaciones. El modelo mantuvo un alto nivel de precisión, logrando coeficientes de similitud de Dice alrededor de 0.935, lo que indica su fiabilidad en diferentes poblaciones.
Discusión
La flexibilidad de LegoNet, al usar diferentes estructuras de bloques, le permite aprender características más ricas y diversas de los datos. Esta capacidad es particularmente ventajosa en tareas de imagen complejas donde los modelos tradicionales pueden tener problemas. Los resultados del estudio sugieren que mezclar tipos de bloques puede conducir a un mejor rendimiento en segmentación, especialmente en escenarios médicos matizados.
Aunque LegoNet ha mostrado muchas fortalezas, aún hay áreas para mejorar. Estudios futuros podrían explorar la efectividad independiente de diferentes métodos de preentrenamiento y refinar aún más la arquitectura para mejorar el rendimiento aún más.
Conclusión
LegoNet representa un avance significativo en la segmentación de imágenes médicas, particularmente para la arteria mamaria interna derecha y las áreas circundantes. Al emplear una arquitectura única que alterna entre diferentes tipos de bloques, el modelo ha demostrado un rendimiento superior en comparación con enfoques tradicionales. Dada la importancia clínica de identificar con precisión las estructuras vasculares, LegoNet tiene potencial para aplicaciones prácticas en el diagnóstico y monitoreo de condiciones cardiovasculares. A medida que la investigación continúa, es probable que futuras mejoras y validaciones solidifiquen su posición como una herramienta de vanguardia en el campo de la imagen médica.
Título: LegoNet: Alternating Model Blocks for Medical Image Segmentation
Resumen: Since the emergence of convolutional neural networks (CNNs), and later vision transformers (ViTs), the common paradigm for model development has always been using a set of identical block types with varying parameters/hyper-parameters. To leverage the benefits of different architectural designs (e.g. CNNs and ViTs), we propose to alternate structurally different types of blocks to generate a new architecture, mimicking how Lego blocks can be assembled together. Using two CNN-based and one SwinViT-based blocks, we investigate three variations to the so-called LegoNet that applies the new concept of block alternation for the segmentation task in medical imaging. We also study a new clinical problem which has not been investigated before, namely the right internal mammary artery (RIMA) and perivascular space segmentation from computed tomography angiography (CTA) which has demonstrated a prognostic value to major cardiovascular outcomes. We compare the model performance against popular CNN and ViT architectures using two large datasets (e.g. achieving 0.749 dice similarity coefficient (DSC) on the larger dataset). We evaluate the performance of the model on three external testing cohorts as well, where an expert clinician made corrections to the model segmented results (DSC>0.90 for the three cohorts). To assess our proposed model for suitability in clinical use, we perform intra- and inter-observer variability analysis. Finally, we investigate a joint self-supervised learning approach to assess its impact on model performance. The code and the pretrained model weights will be available upon acceptance.
Autores: Ikboljon Sobirov, Cheng Xie, Muhammad Siddique, Parijat Patel, Kenneth Chan, Thomas Halborg, Christos Kotanidis, Zarqiash Fatima, Henry West, Keith Channon, Stefan Neubauer, Charalambos Antoniades, Mohammad Yaqub
Última actualización: 2023-06-06 00:00:00
Idioma: English
Fuente URL: https://arxiv.org/abs/2306.03494
Fuente PDF: https://arxiv.org/pdf/2306.03494
Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
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