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Apuntando a ARNT: Un nuevo enfoque en el tratamiento de enfermedades

La investigación sobre moléculas pequeñas que interrumpen las interacciones de ARNT podría llevar a nuevas terapias.

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Estudios recientes han mostrado un gran interés en atacar las interacciones de proteínas para tratar varias enfermedades. Un área clave de enfoque son los factores de transcripción, que son complejos que ayudan a controlar la expresión génica. Desarrollar Pequeñas Moléculas que puedan interrumpir estos complejos podría ayudar a tratar condiciones causadas por una expresión génica anormal.

Los factores de transcripción a menudo son vistos como difíciles de atacar con medicamentos. Esto se debe principalmente a que no tienen sitios obvios donde las pequeñas moléculas puedan engancharse fácilmente. Encontrar sustancias que puedan unirse específicamente a las grandes superficies planas de estas proteínas, que son importantes para sus interacciones con otras proteínas o ADN, es un gran desafío. Este artículo discutirá un factor de transcripción específico, llamado el transportador nuclear del receptor de hidrocarburos arilos (ARNT), y cómo se pueden usar pequeñas moléculas para interrumpir sus interacciones con otras proteínas.

¿Qué es ARNT?

ARNT es un tipo de factor de transcripción que juega un rol crítico en varias funciones biológicas. Tiene regiones específicas (llamadas dominios) que le ayudan a unirse al ADN y a otras proteínas. Se sabe que ARNT colabora con varias proteínas para formar complejos que pueden influir en procesos como la respuesta del cuerpo a niveles bajos de oxígeno o cómo trata sustancias extranjeras.

Hay dos vías principales que involucran a ARNT y que reaccionan a señales ambientales: la vía AHR y la vía HIF. La vía AHR ayuda al cuerpo a responder a contaminantes y otros compuestos, mientras que la vía HIF ayuda a las células a adaptarse a situaciones de bajo oxígeno. Si estas vías no funcionan correctamente, pueden llevar a enfermedades.

Importancia de ARNT en Enfermedades

Tanto la vía AHR como la vía HIF son cruciales para mantener funciones celulares saludables. La interrupción de estas vías ha sido relacionada con varias enfermedades, incluido el cáncer. Por ejemplo, cuando la vía AHR está sobreestimulada, puede conducir al crecimiento de tumores. Mientras tanto, un mal funcionamiento de la vía HIF puede resultar en condiciones como anemia e inflamación.

Las terapias tradicionales a menudo no atacan efectivamente estas vías. Sin embargo, algunas estrategias se enfocan específicamente en inhibir partes de la vía HIF. Un enfoque prometedor se centra en HIF-2α, una variante específica de la proteína HIF, que ha mostrado éxito clínico.

Coactivadores y Su Rol

ARNT trabaja junto a varios coactivadores, que son proteínas que ayudan a mejorar la función del factor de transcripción. Un grupo interesante de estos coactivadores se conoce como coactivadores de hélice enrollada (CCCs). Interactúan con ARNT y son fundamentales para activar los programas de expresión génica regulados por ARNT.

Al atacar la interacción entre ARNT y sus coactivadores con pequeñas moléculas, los investigadores podrían influir potencialmente en la actividad de los factores de transcripción en ambas vías, AHR y HIF, llevando a nuevas opciones terapéuticas para enfermedades.

Investigando Interacciones de Pequeñas Moléculas

Los investigadores han estado explorando pequeñas moléculas que pueden interactuar con la proteína ARNT. Han utilizado técnicas como la espectroscopía de resonancia magnética nuclear (RMN) para analizar cómo estas pequeñas moléculas se unen a ARNT. Este estudio ha revelado varios compuestos que pueden unirse específicamente a ARNT y potencialmente interrumpir sus interacciones con coactivadores.

Tres ligandos específicos-KG-548, KG-655 y KG-279-han mostrado promesa al unirse a diferentes sitios en ARNT. KG-548 fue identificado como un unidor de superficie, lo que significa que se adhiere a la superficie externa de la proteína, mientras que KG-655 demostró la capacidad de unirse tanto en la superficie como en el interior de la proteína. KG-279 se encontró principalmente que se unía dentro de la cavidad interna de ARNT.

Uniones Superficiales e Internas

KG-548 se une bien a la superficie de ARNT. Esta unión superficial es significativa porque puede interferir con la función de ARNT, potencialmente bloqueando su interacción con coactivadores como TACC3. Esta capacidad de interrumpir interacciones de proteínas en la superficie proporciona una herramienta valiosa para el desarrollo de medicamentos.

Por otro lado, KG-655 puede unirse tanto a la superficie como a la cavidad interna de ARNT. La unión interna puede permitir que KG-655 influya en la configuración de la proteína, potencialmente alterando su función de una manera diferente a la unión superficial.

Entendiendo los Modos de Unión

A través de varios experimentos, incluyendo RMN y simulaciones de dinámica molecular, los investigadores han reunido información sobre cómo estos ligandos interactúan con ARNT. Han confirmado que KG-548 se une a la superficie externa y promueve la formación de dímeros de ARNT. Esta dimerización es importante para su función en la expresión génica.

Se mostró que KG-655 tiene un modo de unión dual, lo que significa que puede unirse tanto a la superficie como a la cavidad dentro de ARNT. El hecho de que KG-655 también interactúe con residuos internos sugiere que puede influir en la función de la proteína de múltiples maneras.

KG-279 y la Unión Interna

KG-279 fue menos estudiado que los dos ligandos anteriores, pero también mostró un potencial significativo. Se une principalmente dentro de la cavidad interna de ARNT, sugiriendo que puede no interferir con interacciones superficiales de la misma manera que KG-548 o KG-655. Su capacidad para unirse internamente aún puede ofrecer valiosos conocimientos sobre cómo se puede modular ARNT para fines terapéuticos.

Implicaciones para el Desarrollo de Medicamentos

Los hallazgos sobre ARNT y sus interacciones con pequeñas moléculas abren nuevas posibilidades para el desarrollo de medicamentos. Al entender cómo interrumpir la función de ARNT a través de sus interacciones con coactivadores, los investigadores esperan crear nuevos tratamientos para varias enfermedades vinculadas a las vías AHR y HIF.

Al atacar específicamente la unión de pequeñas moléculas a ARNT, puede ser posible desarrollar medicamentos que modulen estas vías de manera más efectiva que los tratamientos actuales. Este enfoque podría llevar a terapias más precisas con menos efectos secundarios.

Conclusión

En resumen, atacar las interacciones de factores de transcripción como ARNT con pequeñas moléculas representa un área prometedora de investigación para desarrollar nuevas terapias. La capacidad de interrumpir estas interacciones podría ayudar a manejar enfermedades relacionadas con la expresión génica anormal.

Con la investigación continua sobre cómo ARNT interactúa con diferentes ligandos, es probable que los investigadores descubran formas más efectivas de manipular estas vías con fines terapéuticos. El trabajo realizado hasta ahora sienta una base emocionante para futuros estudios y tratamientos potenciales en el ámbito de la señalización celular y la regulación génica.

Fuente original

Título: Identification of Small Molecule Ligand Binding Sites On and In the ARNT PAS-B Domain

Resumen: Transcription factors are generally challenging to target with small molecule inhibitors due to their structural plasticity and lack of catalytic sites. Notable exceptions include several naturally ligand-regulated transcription factors, including our prior work with the heterodimeric HIF-2 transcription factor which showed that small molecule binding within an internal pocket of the HIF-2 PAS-B domain can disrupt its interactions with its dimerization partner, ARNT. Here, we explore the feasibility of similarly targeting small molecules to the analogous ARNT PAS-B domain itself, potentially opening a promising route to simultaneously modulate several ARNT-mediated signaling pathways. Using solution NMR screening of an in-house fragment library, we previously identified several compounds that bind ARNT PAS-B and, in certain cases, antagonize ARNT association with the TACC3 transcriptional coactivator. However, these ligands have only modest binding affinities, complicating characterization of their binding sites. We address this challenge by combining NMR, MD simulations, and ensemble docking to identify ligand-binding hotspots on and within the ARNT PAS-B domain. Our data indicate that the two ARNT/TACC3 inhibitors, KG-548 and KG-655, bind to a {beta}-sheet surface implicated in both HIF-2 dimerization and coactivator recruitment. Furthermore, while KG-548 binds exclusively to the {beta}-sheet surface, KG-655 can additionally bind within a water-accessible internal cavity in ARNT PAS-B. Finally, KG-279, while not a coactivator inhibitor, exemplifies ligands that preferentially bind only to the internal cavity. All three ligands promoted ARNT PAS-B homodimerization, albeit to varying degrees. Taken together, our findings provide a comprehensive overview of ARNT PAS-B ligand-binding sites and may guide the development of more potent coactivator inhibitors for cellular and functional studies.

Autores: Kevin H Gardner, X. Xu, J. Closson, L. P. Marcelino, D. C. Favaro, M. L. Silvestrini, R. Solazzo, L. T. Chong

Última actualización: 2024-06-08 00:00:00

Idioma: English

Fuente URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.11.03.565595

Fuente PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.11.03.565595.full.pdf

Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Cambios: Este resumen se ha elaborado con la ayuda de AI y puede contener imprecisiones. Para obtener información precisa, consulte los documentos originales enlazados aquí.

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