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MedSyn: Avanzando en la Creación de Datos Médicos Sintéticos

Un marco para generar notas clínicas sintéticas en el cuidado de la salud.

― 6 minilectura


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En el ámbito de la salud, conseguir suficientes datos para trabajar puede ser complicado, sobre todo cuando se trata de información de pacientes. Esto es muy importante porque la privacidad del paciente hay que tomarla en serio. Para abordar este problema, hemos desarrollado un nuevo marco llamado MedSyn. Este marco tiene como objetivo generar textos médicos sintéticos que pueden ayudar a los profesionales de la salud en su trabajo.

La necesidad de datos sintéticos

Hay muchas bases de datos médicas disponibles en inglés. Sin embargo, hay menos recursos en otros idiomas, especialmente para los países que no hablan inglés. Esta falta de datos dificulta que los investigadores puedan crear y probar nuevas herramientas en entornos médicos. Además, algunas enfermedades son raras, lo que significa que no aparecen a menudo en los Conjuntos de datos disponibles. Esto lleva a una representación desigual y hace que sea más difícil para los modelos hacer predicciones precisas.

El marco MedSyn

MedSyn es una herramienta que combina grandes modelos de lenguaje con un Grafo de Conocimiento Médico (MKG). El MKG contiene información médica útil que ayuda al modelo a generar notas clínicas más precisas. Usando modelos como GPT-4, MedSyn puede producir Notas Clínicas Sintéticas basadas en datos médicos reales. Esto permite a investigadores y proveedores de salud tener acceso a notas clínicas más variadas, lo que puede mejorar el entrenamiento de modelos de aprendizaje automático.

Características clave

  1. Incorporación de conocimiento médico: MedSyn utiliza el MKG para proporcionar información detallada sobre síntomas relacionados con varias enfermedades, lo que ayuda a crear notas sintéticas más significativas.
  2. Gran conjunto de datos: MedSyn genera una gran cantidad de notas clínicas sintéticas en ruso, cubriendo muchas clasificaciones de enfermedades definidas por el sistema de codificación ICD-10.
  3. Mejor rendimiento del modelo: Al usar datos sintéticos, MedSyn ha demostrado que puede mejorar la precisión de los modelos utilizados para predecir códigos de enfermedades, especialmente en casos complejos.

Entendiendo las notas clínicas

Las notas clínicas sirven como un registro de las interacciones del paciente con los proveedores de salud. Estas notas pueden incluir información variada como síntomas, historial médico y planes de tratamiento. Generar versiones sintéticas de estas notas puede llenar vacíos donde los datos reales pueden ser escasos, enfocándose especialmente en enfermedades o condiciones específicas.

Desafíos en la generación de notas clínicas

Crear notas clínicas sintéticas puede ser complicado. Algunos desafíos incluyen asegurar que las notas generadas contengan información médica realista sin revelar datos personales del paciente. Los primeros intentos de crear notas sintéticas a menudo dependían demasiado de formatos fijos o datos limitados, lo que no representaba con precisión la complejidad de las notas clínicas reales.

Uso de grafos de conocimiento médico

Los grafos de conocimiento médico son cruciales para proporcionar contexto y relaciones entre diferentes entidades médicas, como enfermedades, síntomas y medicamentos. Sin embargo, recursos similares son limitados en idiomas que no son inglés. En esta investigación, utilizamos una base de datos específica llamada WikiMed para construir una versión en ruso del MKG.

Colección y preparación de datos

Para entrenar los modelos de manera efectiva, creamos un conjunto de datos que consiste en varios textos médicos en ruso. También recopilamos notas clínicas y síntomas de conjuntos de datos médicos existentes para informar nuestro proceso de generación sintética. Este conjunto de datos diverso ayuda a mejorar la capacidad del modelo para producir notas clínicas de alta calidad.

Conjunto de datos de seguimiento de instrucciones

Construimos un conjunto de datos de seguimiento de instrucciones que incluye una amplia gama de ejemplos del campo médico. Este conjunto de datos se utilizó para ajustar nuestros modelos, haciéndolos mejores en la generación de notas clínicas que reflejan escenarios médicos del mundo real.

Generando notas clínicas

Para crear notas clínicas con MedSyn, muestreamos tanto síntomas de nuestro MKG como ejemplos reales de notas clínicas. Esto nos ayuda a producir textos sintéticos que son ricos en contenido y variedad. Al usar modelos como GPT-4 y LLaMA, podemos generar notas clínicas de alta calidad que se asemejan a lo que un proveedor de salud podría escribir.

Evaluación de notas generadas

Evaluamos nuestras notas sintéticas utilizando tanto la evaluación humana como predicciones basadas en modelos. Revisores humanos compararon las notas generadas con ejemplos clínicos reales para juzgar la calidad. Además, probamos qué tan bien funcionaron las notas sintéticas en tareas como predecir códigos de enfermedades.

Aplicación de datos sintéticos

Una de las principales aplicaciones de los datos sintéticos producidos por MedSyn es en el entrenamiento de modelos de aprendizaje automático para sistemas de apoyo a la decisión clínica. Con conjuntos de datos mejorados, estos modelos pueden proporcionar segundas opiniones fiables para los doctores, especialmente en casos de enfermedades raras.

Direcciones futuras

Aunque MedSyn muestra resultados impresionantes, aún hay necesidad de seguir trabajando para mejorar los textos generados. Posibles mejoras futuras incluyen expandir el MKG con más información médica detallada y desarrollar mejores algoritmos para asegurar que los datos sintéticos sigan siendo precisos y relevantes en un contexto clínico.

Consideraciones éticas

Usar datos sintéticos en entornos médicos plantea preguntas éticas. Es esencial asegurar que los datos sintéticos reflejen poblaciones de pacientes diversas y no estén sesgados. Además, es crucial protegerse contra violaciones de privacidad y mantener la transparencia sobre cómo se generan y utilizan los datos sintéticos.

Conclusión

MedSyn representa un gran avance en la generación de datos textuales médicos sintéticos. Este nuevo marco permite a investigadores y proveedores de salud acceder a una gran cantidad de notas clínicas sintéticas, mejorando su capacidad para trabajar con datos médicos. A medida que continuemos refinando este marco y asegurando su uso ético, MedSyn puede desempeñar un papel vital en la mejora de las prácticas de salud, especialmente en poblaciones que no hablan inglés.

Fuente original

Título: MedSyn: LLM-based Synthetic Medical Text Generation Framework

Resumen: Generating synthetic text addresses the challenge of data availability in privacy-sensitive domains such as healthcare. This study explores the applicability of synthetic data in real-world medical settings. We introduce MedSyn, a novel medical text generation framework that integrates large language models with a Medical Knowledge Graph (MKG). We use MKG to sample prior medical information for the prompt and generate synthetic clinical notes with GPT-4 and fine-tuned LLaMA models. We assess the benefit of synthetic data through application in the ICD code prediction task. Our research indicates that synthetic data can increase the classification accuracy of vital and challenging codes by up to 17.8% compared to settings without synthetic data. Furthermore, to provide new data for further research in the healthcare domain, we present the largest open-source synthetic dataset of clinical notes for the Russian language, comprising over 41k samples covering 219 ICD-10 codes.

Autores: Gleb Kumichev, Pavel Blinov, Yulia Kuzkina, Vasily Goncharov, Galina Zubkova, Nikolai Zenovkin, Aleksei Goncharov, Andrey Savchenko

Última actualización: 2024-08-04 00:00:00

Idioma: English

Fuente URL: https://arxiv.org/abs/2408.02056

Fuente PDF: https://arxiv.org/pdf/2408.02056

Licencia: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Cambios: Este resumen se ha elaborado con la ayuda de AI y puede contener imprecisiones. Para obtener información precisa, consulte los documentos originales enlazados aquí.

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