Cambios en el Microbioma Intestinal de Pacientes con COVID-19 en Uganda
Un estudio muestra diferencias en los microbiomas intestinales entre pacientes con COVID-19 y personas sanas.
Carolina Agudelo, David Patrick Kateete, Emmanuel Nasinghe, Rogers Kamulegeya, Christopher Lubega, Monica M Mbabazi, Noah Baker, Kathryn Lin, Chang C. Liu, Arthur Shem Kasambula, Edgar Kigozi, Kevin Komakech, John Mukisa, Kassim Mulumba, Patricia Mwachan, Brenda Sharon Nakalanda, Gloria Patricia Nalubega, Julius Nsubuga, Diana Sitenda, Henry Ssenfuka, Giana Cirolia, Jeshua T. Gustafson, Ruohong Wang, Moses Luutu Nsubuga, Fahim Yiga, Sarah A. Stanley, Bernard Ssentalo Bagaya, Alison Elliott, Moses Joloba, Ashley R. Wolf
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Tabla de contenidos
A finales de 2019, apareció un nuevo virus llamado SARS-CoV-2, causando una enfermedad llamada COVID-19. Este virus ha afectado a millones de personas en todo el mundo, llevándolos a diferentes resultados de salud, desde sin síntomas hasta enfermedades graves e incluso la muerte. La Organización Mundial de la Salud informa que ha habido cientos de millones de casos, con millones de muertes. En África, la situación ha sido un poco diferente, con menos casos reportados de lo esperado.
Una área de interés es cómo el Microbioma intestinal, la colección de bacterias y otros microbios que viven en nuestros intestinos, podría afectar cómo las personas responden a este virus. El microbioma intestinal puede ayudar a proteger contra infecciones de varias maneras, incluyendo competir con bacterias dañinas y apoyar el sistema inmunológico. La investigación ha demostrado que el microbioma intestinal puede impactar en cómo respondemos a infecciones respiratorias, pero la mayoría de los estudios se han centrado en poblaciones de países de altos ingresos. Es necesario entender cómo se ve afectado el microbioma intestinal en diferentes regiones, especialmente en África.
El Estudio
Este estudio analizó los microbiomas intestinales de personas en Uganda que tuvieron COVID-19 en comparación con individuos sanos que vivían en la misma área. El objetivo era descubrir si había diferencias en los tipos de bacterias presentes en pacientes de COVID-19 versus individuos sanos.
Los investigadores recolectaron muestras de heces de ambos grupos, lo que les permitió analizar los microbiomas intestinales. Encontraron que los microbiomas intestinales de las personas con COVID-19 eran menos diversos que los de los controles sanos. Un microbioma menos diverso puede indicar un ambiente intestinal menos saludable, lo que podría afectar cómo el cuerpo responde a las infecciones.
Recolección de Muestras
Antes de recopilar datos, los investigadores obtuvieron permiso de los comités éticos relevantes. Reunieron muestras de heces de pacientes con COVID-19 en Uganda, principalmente en la capital, Kampala, desde junio de 2020 hasta diciembre de 2022. El equipo también recolectó muestras de individuos sanos que vivían con estos pacientes, pero no los probaron para el virus debido a la escasez de pruebas en ese momento.
En total, extrajeron ADN de 190 muestras de heces. Después de controles de calidad, se utilizaron 126 muestras para un análisis más detallado, permitiendo a los investigadores estudiar los microbiomas intestinales en detalle.
Análisis del Microbioma Intestinal
El análisis se centró en entender las diferencias en los microbiomas intestinales entre pacientes de COVID-19 y controles sanos. Usaron técnicas avanzadas para identificar y comparar los tipos de bacterias presentes en cada muestra.
Los investigadores calcularon dos tipos de diversidad: diversidad alfa y diversidad beta. La diversidad alfa mira cuántas especies diferentes hay en una muestra, mientras que la diversidad beta mide cuán similares o diferentes son los microbiomas entre muestras. Descubrieron que los pacientes de COVID-19 tenían menor diversidad alfa, lo que significa que sus microbiomas intestinales eran menos complejos en comparación con los controles.
Además, los investigadores encontraron que los microbiomas intestinales de los pacientes con COVID-19 estaban más dispersos. Esto significa que, mientras que los de los individuos sanos eran más similares entre sí, los microbiomas de los individuos infectados variaban ampliamente. Esto sugiere que la presencia de COVID-19 podría afectar la salud intestinal de una manera que lleva a una mayor variabilidad.
Diferencias en Tipos de Bacterias
El estudio también examinó tipos específicos de bacterias presentes en los microbiomas intestinales. Identificaron que ciertas bacterias beneficiosas eran más comunes en los individuos sanos. Por ejemplo, tipos de bacterias llamadas Lactobacillus y Akkermansia se encontraron en mayor abundancia en el grupo saludable.
Por otro lado, dos tipos de bacterias, Enterococcus y Eggerthella, estaban significativamente más presentes en pacientes con COVID-19. Curiosamente, ninguno de los individuos sanos tenía Enterococcus en sus microbiomas intestinales, mientras que se encontró en un número notable de pacientes con COVID-19. Esto plantea preguntas sobre si la presencia de estas bacterias está relacionada con la gravedad de la enfermedad o si son simplemente un resultado de ella.
Papel de Enterococcus
Enterococcus a veces puede causar infecciones, especialmente en entornos hospitalarios. Su mayor presencia en pacientes con COVID-19 podría sugerir un vínculo entre la salud intestinal y la gravedad de COVID-19. Es importante considerar si esta relación es resultado de la enfermedad o si tener Enterococcus en el intestino puede hacer que las personas sean más susceptibles a la enfermedad grave.
Los investigadores comprobaron si el tratamiento con antibióticos podría estar influyendo en la presencia de Enterococcus en los microbiomas intestinales. Sin embargo, sus hallazgos indicaron que el uso de antibióticos no cambió significativamente la cantidad de Enterococcus presente entre pacientes con COVID-19. Esto sugiere que la presencia de Enterococcus no se debe meramente al tratamiento antibiótico.
Comparación con Otras Regiones
Para entender cómo se comporta Enterococcus en diferentes poblaciones, los investigadores compararon sus hallazgos con datos de estudios realizados en Estados Unidos. Encontraron que Enterococcus era menos común en individuos sanos de los estudios en EE.UU., lo que implica que factores locales, incluyendo el estilo de vida y los sistemas de salud, podrían jugar un papel en cómo se distribuyen las bacterias intestinales.
Implicaciones para Futuras Investigaciones
El estudio plantea preguntas importantes sobre el microbioma intestinal y su conexión con infecciones respiratorias como COVID-19. Entender cómo el microbioma intestinal interactúa con estas infecciones puede informar opciones de tratamiento y medidas preventivas.
Se necesita más investigación para aclarar si los cambios observados en el microbioma intestinal son una causa o una consecuencia de COVID-19. Estudios prospectivos podrían proporcionar información sobre si mantener un microbioma intestinal saludable puede mitigar los efectos de las infecciones respiratorias.
Conclusión
Esta investigación proporcionó evidencia de que los microbiomas intestinales de pacientes con COVID-19 en Uganda difieren significativamente de los de individuos sanos. La presencia de ciertas bacterias, incluyendo Enterococcus y Eggerthella, fue notablemente mayor en pacientes con COVID-19. Estos hallazgos sugieren que el microbioma intestinal podría jugar un papel en cómo las personas responden a este virus y que factores de salud locales podrían influir en estas relaciones.
Entender las interacciones entre la salud intestinal y las infecciones respiratorias puede llevar a nuevas estrategias para el tratamiento y la prevención. Más investigación centrada en poblaciones diversas mejorará nuestro conocimiento y ayudará a manejar enfermedades de manera efectiva.
Título: Gut colonization of Enterococcus species is associated with COVID-19 disease in Uganda
Resumen: BackgroundInfection with the COVID-19-causing pathogen SARS-CoV-2 is associated with disruption in the human gut microbiome. The gut microbiome enables protection against diverse pathogens and exhibits dysbiosis during infectious and autoimmune disease. Studies based in the United States and China have found that severe COVID-19 cases have altered gut microbiome composition when compared to mild COVID-19 cases. We present the first study to investigate the gut microbiome composition of COVID-19 cases in a population from Sub-Saharan Africa. Given the impact of geography and cultural traditions on microbiome composition, it is important to investigate the microbiome globally and not draw broad conclusions from homogenous populations. ResultsWe used stool samples in a Ugandan biobank collected from COVID-19 cases during 2020-2022. We profiled the gut microbiomes of 114 symptomatic individuals who tested positive for SARS-CoV-2 along with 76 household contacts who did not present any symptoms of COVID-19. The inclusion of healthy controls enables us to generate hypotheses about bacterial strains potentially related to susceptibility to COVID-19 disease, which is highly heterogeneous. Comparison of the COVID-19 patients and their household contacts revealed decreased alpha diversity and blooms of Enterococcus and Eggerthella in COVID-19 cases. ConclusionsOur study finds that the microbiome of COVID-19 individuals is more likely to be disrupted, as indicated by decreased diversity and increased pathobiont levels. This is either a consequence of the disease or may indicate that certain microbiome states increase susceptibility to COVID-19 disease. Our findings enable comparison with cohorts previously published in the Global North, as well as support new hypotheses about the interaction between the gut microbiome and SARS-CoV-2 infection.
Autores: Carolina Agudelo, David Patrick Kateete, Emmanuel Nasinghe, Rogers Kamulegeya, Christopher Lubega, Monica M Mbabazi, Noah Baker, Kathryn Lin, Chang C. Liu, Arthur Shem Kasambula, Edgar Kigozi, Kevin Komakech, John Mukisa, Kassim Mulumba, Patricia Mwachan, Brenda Sharon Nakalanda, Gloria Patricia Nalubega, Julius Nsubuga, Diana Sitenda, Henry Ssenfuka, Giana Cirolia, Jeshua T. Gustafson, Ruohong Wang, Moses Luutu Nsubuga, Fahim Yiga, Sarah A. Stanley, Bernard Ssentalo Bagaya, Alison Elliott, Moses Joloba, Ashley R. Wolf
Última actualización: 2024-09-30 00:00:00
Idioma: English
Fuente URL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.09.28.24314457
Fuente PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.09.28.24314457.full.pdf
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