Verbesserung der medizinischen Bildsegmentierung mit DeepEdit
DeepEdit verbessert die Segmentierungsgenauigkeit für 3D-Medizinbilder, indem es Automatisierung und Benutzereingaben kombiniert.
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Inhaltsverzeichnis
Im Bereich der medizinischen Bildgebung ist der Prozess, spezifische Teile von Bildern zu identifizieren und zu umreissen, bekannt als Segmentierung, super wichtig. Besonders bei 3D-Bildern von Scans wie MRIs oder CTs. Das Problem ist, dass das Erstellen dieser Segmentierungen viel Zeit und Mühe für ausgebildete Fachleute kostet. Oft müssen sie durch riesige Mengen an Bildern gehen, um sie richtig zu beschriften. Dieser Prozess kann mühsam sein und ist nicht immer genau.
Der Bedarf an besserer Segmentierung
Automatische Segmentierungsmethoden helfen, den Prozess zu beschleunigen, aber sie brauchen trotzdem viele genau beschriftete Beispiele, um gut zu funktionieren. Diese Methoden nutzen fortschrittliche Computer-Algorithmen, um verschiedene Teile eines Bildes zu identifizieren. Trotzdem können Variationen zwischen Patienten, Unterschiede in der Bildaufnahme und Einschränkungen in den verfügbaren Trainingsdaten zu Fehlern führen. Daher suchen viele Forscher nach Möglichkeiten, diese automatischen Systeme zu verbessern.
Einführung von DeepEdit
DeepEdit ist eine neue Methode, die die Segmentierung von 3D-Medizinbildern einfacher und genauer machen soll. Diese Methode kombiniert zwei Ansätze: Automatische Segmentierung und semi-automatische Segmentierung, bei der der Nutzer interagiert. Das heisst, die Nutzer können die Ergebnisse nach Bedarf verfeinern, was es flexibel und benutzerfreundlich macht.
Wie DeepEdit funktioniert
DeepEdit funktioniert auf drei verschiedene Arten:
Automatische Segmentierung: Es kann ohne Benutzereingaben betrieben werden und bietet eine vollständig automatisierte Segmentierung. Das bietet einen guten Ausgangspunkt.
Semi-automatische Segmentierung: Nutzer können auf Teile des Bildes klicken, um den Computer zu leiten und ihm zu helfen, bessere Entscheidungen während des Segmentierungsprozesses zu treffen.
Verfeinerung: Nachdem eine erste Segmentierung abgeschlossen ist, können Nutzer klicken, um die Ergebnisse zu bearbeiten und präziser zu machen.
Diese neue Methode nutzt eine Mischung aus Trainingsstilen, von denen einige nicht auf Benutzereingaben angewiesen sind und andere Klicks simulieren, um dem Computer Anweisungen zu geben.
Vorteile von DeepEdit
DeepEdit kann viel Zeit für Kliniker und medizinische Forscher sparen. Da es sowohl automatische als auch nutzergestützte Segmentierung ermöglicht, kann es die Gesamtbelastung bei der Beschriftung medizinischer Bilder reduzieren. Diese Effizienz kann zu schnelleren Diagnosen und besserer Patientenversorgung führen.
Integration von aktivem Lernen
DeepEdit kann auch mit aktiven Lernstrategien verbunden werden. Das bedeutet, dass es beim Verarbeiten neuer Bilder die unsichersten zuerst identifizieren und sich auf diese konzentrieren kann. Das hilft, das Lernen und die Effizienz über die Zeit zu verbessern.
Leistungsevaluation
Um zu testen, wie gut DeepEdit funktioniert, wurde es an zwei verschiedenen Datensätzen evaluiert. Der erste Datensatz konzentrierte sich auf Prostatakrebs und betrachtete sowohl die gesamte Prostata als auch spezifische Läsionen. Der zweite Datensatz beinhaltete die Segmentierung verschiedener abdominaler Organe.
Prostata-Segmentierungsaufgaben
Bei den Versuchen zur Prostata-Segmentierung zeigten die Ergebnisse, dass DeepEdit eine hohe Genauigkeit beim Identifizieren sowohl der Prostata als auch der Läsionen darin erzielen konnte. Verschiedene Einstellungen wurden getestet, um zu sehen, wie sich weniger Benutzerinteraktion (Klicks) auf die Leistung auswirkt. Die Ergebnisse zeigten, dass etwas Benutzereingabe die Segmentierungsergebnisse erheblich verbesserte.
Segmentierung abdominaler Organe
In den Experimenten zu abdominalen Organen zeigte DeepEdit, dass es Organe genau segmentieren konnte, indem es ein ähnliches Setup verwendete. Auch hier führte die Kombination aus automatischer Verarbeitung und Benutzerklicks zu besseren Ergebnissen im Vergleich zu traditionellen Methoden.
Benutzerinteraktion und Klicksimulation
Ein wichtiges Merkmal von DeepEdit ist, wie es Benutzerinteraktion einbezieht. Es simuliert Klicks, um das System besser zu trainieren, was es ihm ermöglicht, von Benutzerinput zu lernen, selbst wenn realer Benutzerinput nicht verfügbar ist. Dieses Feature macht DeepEdit fähig, komplexe Segmentierungsaufgaben anzugehen, die nicht so einfach sind.
Flexibilität von DeepEdit
DeepEdit kann mehrere Arten von Segmentierungsaufgaben gleichzeitig erledigen. Diese Flexibilität ist besonders vorteilhaft in klinischen Umgebungen, in denen verschiedene Strukturtypen in einem Bild oder einer Reihe von Bildern identifiziert werden müssen. Kliniker können diese Methode nicht nur für gegenwärtige Aufgaben, sondern auch für zukünftige Aufgaben nutzen, was Zeit und Ressourcen spart.
Fazit
DeepEdit stellt einen bedeutenden Fortschritt im Bereich der medizinischen Bildsegmentierung dar. Durch die Kombination von automatischen und nutzergestützten Ansätzen bietet es eine robuste Lösung für Kliniker, die ihren Arbeitsablauf verbessern möchten. Die Fähigkeit, verschiedene Segmentierungsaufgaben gleichzeitig zu bewältigen und Aktives Lernen einzubeziehen, steigert seinen Wert in der medizinischen Bildgebung.
Mit DeepEdit können Fachkräfte im Gesundheitswesen eine bessere Genauigkeit bei der Bildanalyse, weniger Zeitaufwand für manuelle Segmentierung und letztlich verbesserte Patientenergebnisse erwarten. Die fortlaufende Entwicklung und Verfeinerung solcher Werkzeuge sind entscheidend für den Fortschritt der Medizintechnologie und dafür, dass Gesundheitsdienstleister die besten Ressourcen zur Verfügung haben.
Titel: DeepEdit: Deep Editable Learning for Interactive Segmentation of 3D Medical Images
Zusammenfassung: Automatic segmentation of medical images is a key step for diagnostic and interventional tasks. However, achieving this requires large amounts of annotated volumes, which can be tedious and time-consuming task for expert annotators. In this paper, we introduce DeepEdit, a deep learning-based method for volumetric medical image annotation, that allows automatic and semi-automatic segmentation, and click-based refinement. DeepEdit combines the power of two methods: a non-interactive (i.e. automatic segmentation using nnU-Net, UNET or UNETR) and an interactive segmentation method (i.e. DeepGrow), into a single deep learning model. It allows easy integration of uncertainty-based ranking strategies (i.e. aleatoric and epistemic uncertainty computation) and active learning. We propose and implement a method for training DeepEdit by using standard training combined with user interaction simulation. Once trained, DeepEdit allows clinicians to quickly segment their datasets by using the algorithm in auto segmentation mode or by providing clicks via a user interface (i.e. 3D Slicer, OHIF). We show the value of DeepEdit through evaluation on the PROSTATEx dataset for prostate/prostatic lesions and the Multi-Atlas Labeling Beyond the Cranial Vault (BTCV) dataset for abdominal CT segmentation, using state-of-the-art network architectures as baseline for comparison. DeepEdit could reduce the time and effort annotating 3D medical images compared to DeepGrow alone. Source code is available at https://github.com/Project-MONAI/MONAILabel
Autoren: Andres Diaz-Pinto, Pritesh Mehta, Sachidanand Alle, Muhammad Asad, Richard Brown, Vishwesh Nath, Alvin Ihsani, Michela Antonelli, Daniel Palkovics, Csaba Pinter, Ron Alkalay, Steve Pieper, Holger R. Roth, Daguang Xu, Prerna Dogra, Tom Vercauteren, Andrew Feng, Abood Quraini, Sebastien Ourselin, M. Jorge Cardoso
Letzte Aktualisierung: 2023-05-17 00:00:00
Sprache: English
Quell-URL: https://arxiv.org/abs/2305.10655
Quell-PDF: https://arxiv.org/pdf/2305.10655
Lizenz: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Änderungen: Diese Zusammenfassung wurde mit Unterstützung von AI erstellt und kann Ungenauigkeiten enthalten. Genaue Informationen entnehmen Sie bitte den hier verlinkten Originaldokumenten.
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