Simple Science

Hochmoderne Wissenschaft einfach erklärt

# Biologie# Genomik

Neue Techniken zur Behebung von Spleissfehlern bei genetischen Erkrankungen

Forschung zu EDSpliCE bietet Hoffnung, Splicing-Defekte bei genetischen Krankheiten zu korrigieren.

― 6 min Lesedauer


Fehler beim Spleissen inFehler beim Spleissen inder Genetik behebensplicing-basierten genetischenAnsätze zur Behandlung vonEDSpliCE zeigt vielversprechende
Inhaltsverzeichnis

Die richtige Spleissung ist super wichtig für die Produktion von ordentlichen mRNA-Transkripten in eukaryotischen Zellen. Das ist ein entscheidender Schritt, bevor die Übersetzung beginnt, bei der mRNA in funktionsfähige Proteine umgewandelt wird. Der Spleissprozess wird von einer Gruppe von Proteinen gesteuert, die als Spleissosom bekannt ist, das spezifische Sequenzen in der prä-mRNA erkennt. Diese Sequenzen signalisieren, wo die Introns (nicht-codierende Regionen) entfernt und wo die Exons (codierende Regionen) zusammengefügt werden sollen.

In den letzten Jahren haben Wissenschaftler immer mehr Genvarianten gefunden, die Krankheiten verursachen, indem sie die richtige Spleissung stören. Diese Varianten führen zur Bildung fehlerhafter Transkripte, was ein häufiger Grund für erbliche Störungen sein kann. Die Entdeckung dieser Varianten hat die Bedeutung einer ordentlichen Spleissung hervorgehoben und gezeigt, dass viele Krankheiten mit diesem Prozess zusammenhängen.

Therapeutische Ansätze zur Korrektur der Spleissung

Die Forschung zu Varianten, die die Spleissung beeinflussen, hat neue Wege für die Entwicklung innovativer Behandlungen eröffnet. Ein besonderer Fokus lag auf tief intronischen Varianten, die Pseudoexons aktivieren können und zusätzliche codierende Regionen hinzufügen, die die normale Proteinfunktion stören können. Antisense-Oligonukleotide (ASOs) und CRISPR/Cas9-Gendiagnose sind vielversprechende Methoden zur Lösung dieser Spleissprobleme.

ASOs funktionieren, indem sie sich an spezifische Sequenzen auf der prä-mRNA binden, die eine falsche Spleissung auslösen, und damit das Spleissosom daran hindern, diese Regionen zu erkennen. Das hilft, die richtige Bildung von reifer mRNA wiederherzustellen. Allerdings ist oft eine wiederholte Verabreichung von ASOs notwendig, weil ihre Wirkung nur vorübergehend ist.

CRISPR/Cas9 bietet eine dauerhaftere Lösung, indem es die Spleissfehler direkt in der DNA repariert. Aktuelle Methoden erfordern normalerweise zwei Leit-RNAs, um die genomischen Bereiche um tief intronische Varianten zu zielen, was das Risiko unbeabsichtigter Änderungen in der DNA, wie chromosomale Instabilität, erhöht.

Einführung einer neuen Bearbeitungsplattform: EDSpliCE

Um die bestehenden Methoden zu verbessern, haben Forscher eine neue Bearbeitungsplattform namens Enhanced-Deletion Splicing Correction Editing (EDSpliCE) entwickelt. Dieser innovative Ansatz zielt darauf ab, Spleissfehler, die durch tiefe intronische Varianten verursacht werden, zu beheben. EDSpliCE hat in ersten Tests bei erblichen Netzhauterkrankungen, die oft mit Spleissdefekten zusammenhängen, vielversprechende Ergebnisse gezeigt.

In den ersten Experimenten konzentrierten sich die Forscher auf mehrere krankheitsverursachende Varianten innerhalb der ABCA4- und USH2A-Gene, die für Zustände wie die Stargardt-Krankheit und das Usher-Syndrom bekannt sind. Diese Gene sind gross und daher schwer mit traditionellen Gentherapiemethoden, die auf viralen Vektoren basieren, zu targeten.

Wie EDSpliCE funktioniert

Die EDSpliCE-Plattform verwendet eine modifizierte Version des Cas9-Proteins, das mit einem anderen Protein namens TREX2 verbunden ist, das den Bearbeitungsprozess verbessert. Diese Modifikation erlaubt es EDSpliCE, grössere Deletionen in der DNA zu erzeugen und die Bereiche zu zielen, die für die Spleissfehler verantwortlich sind. Durch die Schaffung erheblicher Veränderungen in den Sequenzen wird verhindert, dass das Spleissosom die Pseudoexons im endgültigen mRNA-Transkript erkennt und einfügt.

Die Forscher verglichen EDSpliCE mit der Standard-Cas9-Methode und stellten fest, dass EDSpliCE in mehreren getesteten Varianten effizienter die normale Spleissung wiederherstellen konnte. Die neue Plattform hat das Potenzial gezeigt, Spleissdefekte in verschiedenen experimentellen Modellen zu korrigieren, was ihre Vielseitigkeit und Effizienz demonstriert.

Testen von EDSpliCE in Zellkulturen

Um die Wirksamkeit von EDSpliCE weiter zu bewerten, führten Wissenschaftler Experimente mit menschlichen Zelllinien, insbesondere HEK293T-Zellen, durch. Diese Tests beinhalteten die Co-Transfektion der Zellen mit Minigen-Konstrukten, die die mit den Zielvarianten verbundenen Spleissfehler nachahmen. Durch die Verwendung verschiedener Kombinationen von EDSpliCE und Standard-Cas9 konnten sie sehen, wie gut jede Methode die korrekte Spleissung wiederherstellte.

Die Ergebnisse zeigten, dass EDSpliCE die Standard-Cas9-Methode konstant übertraf und höhere Prozentsätze korrekt gespleisster Transkripte erreichte. In Fällen, in denen mehrere Leit-RNAs getestet wurden, erzielte EDSpliCE deutlich bessere Ergebnisse, was darauf hindeutet, dass die Hinzufügung von TREX2 den Bearbeitungsprozess verbessert.

Validierung in patientenabgeleiteten Zellen

Um die Forschung weiter voranzutreiben, testeten die Wissenschaftler EDSpliCE an Zellen, die aus Patienten mit spezifischen genetischen Erkrankungen stammen. Diese patientenabgeleiteten Fibroblasten, die die pathogenen Varianten tragen, wurden mit den EDSpliCE-Komponenten elektroporiert, und dann wurden die Bearbeitungsergebnisse analysiert.

Die Analysen zeigten, dass EDSpliCE effektiv Spleissfehler in diesen Patienten-Zellen behob und hohe Mengen korrekt gespleisster Transkripte erzeugte. Die Ergebnisse waren ermutigend und deuteten darauf hin, dass EDSpliCE das Potenzial hat, sich zu einer therapeutischen Methode zur Behandlung genetischer Störungen, die mit Spleissfehlern zusammenhängen, zu entwickeln.

Sicherheitsüberlegungen und Off-Target-Effekte

Ein wichtiger Aspekt der Genom-Editierung ist die Gewährleistung der Sicherheit der verwendeten Ansätze. Die Forscher bewerteten die möglichen Off-Target-Effekte von EDSpliCE. Sie führten Hochdurchsatz-Sequenzierung der bearbeiteten genomischen DNA durch, um zu überprüfen, ob unbeabsichtigte Änderungen ausserhalb der Zielregionen aufgetreten sind.

Die Ergebnisse zeigten, dass EDSpliCE ein vergleichbares Off-Target-Profil wie die Standard-Cas9-Methode aufwies, was darauf hindeutet, dass die neue Methode das Risiko unerwünschter Mutationen nicht signifikant erhöht. Ausserdem verringerten die grösseren und gezielteren Deletionen von EDSpliCE die Wahrscheinlichkeit chromosomaler Instabilität, was es zu einer sichereren Option für therapeutische Anwendungen macht.

Zukünftige Richtungen und Anwendungen

Die vielversprechenden Ergebnisse der EDSpliCE-Plattform deuten darauf hin, dass sie ein effektives Werkzeug zur Behandlung verschiedener genetischer Krankheiten werden könnte, die mit Spleissfehlern zusammenhängen, insbesondere solchen, die tiefe intronische Varianten betreffen. Die Fähigkeit, vorhersehbare und erhebliche Veränderungen in den Spleissmechanismen herbeizuführen, könnte es ermöglichen, massgeschneiderte Therapien zu entwickeln, die auf einzelne Patienten zugeschnitten sind.

Besonders Augenkrankheiten stellen ein Gebiet von grossem Interesse dar, da viele dieser Erkrankungen erblich sind und mit Spleissfehlern zusammenhängen. Die Entwicklung eines dualen AAV-Systems oder kleinerer Cas9-Orthologe könnte geeignete Liefermethoden für klinische Anwendungen erleichtern.

Fazit

Die Untersuchung der Spleissung und deren Zusammenhang mit genetischen Krankheiten eröffnet weiterhin wichtige Erkenntnisse zu potenziellen Therapien. Mit EDSpliCE machen Forscher einen grossen Schritt in Richtung effektiverer und sicherer Genom-Editierungslösungen zur Korrektur von Spleissfehlern. Während sie diese Technologie weiter verfeinern und klinischen Studien unterziehen, hofft man, neue Wege zur Behandlung erblicher Störungen zu bieten, die durch Spleissfehler verursacht werden, was letztendlich die Patientenresultate verbessert und die Gentherapie insgesamt voranbringt.

Durch kontinuierliche Forschung und Entwicklung steht EDSpliCE als vielversprechende Alternative zu bestehenden Methoden da und zeigt das Potenzial, das Management genetischer Störungen, die mit Spleissanomalien zusammenhängen, zu revolutionieren. Während die wissenschaftliche Gemeinschaft innovative Strategien wie EDSpliCE annimmt, sieht die Zukunft der genetischen Behandlung immer optimistischer aus und ebnet den Weg für zugänglichere und effektivere Interventionen für Menschen mit erblichen Erkrankungen.

Originalquelle

Titel: EDSpliCE, a CRISPR-Cas9 gene editing platform to rescue splicing, effectively corrects inherited retinal dystrophy-associated splicing defects

Zusammenfassung: BackgroundCorrect splicing of transcripts is essential to ensure the production of functional gene products in eukaryotic cells. Missplicing of transcripts has been identified as the underlying molecular mechanisms behind various disease-causing variants in a wide range of inherited genetic conditions. Achieving therapeutic splicing correction is possible through antisense oligonucleotide and CRISPR/Cas9 strategies. However, while antisense oligonucleotides offer effective modulation, they do not enable for permanent correction. On the other hand, current CRISPR/Cas9 approaches often rely on dual-gRNA-inducing deletion of larger pieces of DNA, containing the site(s) responsible for the splicing defect, particularly the elimination of pseudoexons, raising concerns about potential chromosomal instability. ResultsThe novel gene editing strategy, Enhanced-Deletion Splicing Correction Editing (EDSpliCE), just uses single gRNAs to effectively correct aberrant splicing caused by pseudoexon sequence inclusion into the mature mRNA. By employing Cas9 fused to a human exonuclease (TREX2), EDSpliCE achieves targeted enhanced deletions of sequences involved in pseudoexon recognition, thereby restoring correct splicing of the pre-mRNA. By addressing two isolated (ABCA4:c.5197-557G>T and USH2A:c.7595-2144A>G) and two clustered (ABCA4:c.5196+1013A>G and ABCA4:c.5196+1056A>G) pathogenic deep-intronic variants, we demonstrated effective splicing rescue in minigene assay employing distinct single gRNAs. Further validation in patient-derived fibroblasts for the common USH2A:c.7595-2144A>G variant confirmed consistent and high splicing correction. Additionally, the characterization of achieved gene editing affirmed the generation of enhanced deletions by EDSpliCE, revealed high directionality of editing events for all the single gRNAs tested in patient-derived fibroblasts and did not show higher off-target editing potential on selected loci. ConclusionsThe successful implementation of the EDSpliCE platform for splicing correction and modulation offers a promising and versatile gene editing approach to address splicing defects, potentially providing a safer option to existing gene editing strategies.

Autoren: Pietro De Angeli, S. Shliaga, A. Flores-Tufino, E. Roschi, S. Spaag, K. Stingl, L. Kuehlewein, B. Wissinger, S. Kohl

Letzte Aktualisierung: 2024-03-30 00:00:00

Sprache: English

Quell-URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.27.587013

Quell-PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.27.587013.full.pdf

Lizenz: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Änderungen: Diese Zusammenfassung wurde mit Unterstützung von AI erstellt und kann Ungenauigkeiten enthalten. Genaue Informationen entnehmen Sie bitte den hier verlinkten Originaldokumenten.

Vielen Dank an biorxiv für die Nutzung seiner Open-Access-Interoperabilität.

Mehr von den Autoren

Ähnliche Artikel