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# Biologie# Genomik

Klebsiella pneumoniae: Verfolgung der Antibiotikaresistenz

Die genetischen Faktoren hinter der Antibiotikaresistenz von K. pneumoniae verstehen.

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K. pneumoniae und seineK. pneumoniae und seineWiderstandsbedrohungpneumoniae.hinter der Antibiotikaresistenz bei K.Untersuchung genetischer Faktoren
Inhaltsverzeichnis

Klebsiella pneumoniae ist eine Bakterienart, die Infektionen bei Menschen verursachen kann. Ein Problem mit diesem Bakterium ist, dass es oft gegen ein gängiges Antibiotikum namens Ampicillin resistent ist. Diese Resistenz entsteht, weil K. pneumoniae ein Enzym namens SHV produziert, das zu einer Gruppe von Enzymen gehört, die β-Laktamasen genannt werden. Diese Enzyme bauen die Antibiotika ab, die eigentlich die Bakterien töten sollen.

Wie die Resistenz entsteht

Das SHV-Enzym ist Teil des Chromosoms der Bakterien, und seine Existenz macht K. pneumoniae resistent gegen Ampicillin. Deshalb empfehlen Gesundheitsorganisationen in Europa, dass Labore keine Tests zur Ampicillin-Resistenz bei K. pneumoniae durchführen, da die Ergebnisse wahrscheinlich falsch sein werden.

Das Gen, das für die Produktion des SHV-Enzyms verantwortlich ist, heisst BlaSHV und befindet sich normalerweise im Chromosom der Bakterien. Allerdings kann dieses Gen auch auf kleinen, runden DNA-Stücken, die Plasmide genannt werden, wandern. Diese Plasmide können die Resistenz auf andere Bakterienarten übertragen. Als sich das SHV-Enzym entwickelte, entstanden verschiedene Versionen davon, die manchmal Resistenz gegen stärkere Antibiotika wie Cephalosporine der dritten Generation ermöglichen.

Ein wichtiger Aspekt dieser Resistenz ist die Überproduktion einiger SHV-Enzyme, wie SHV-2 und SHV-12, die ihre Fähigkeit verbessern, Antibiotika abzubauen. Oft finden Forscher das blaSHV-Gen in Bakterien, die keine K. pneumoniae sind, und diese Gene sind auf mobilen Elementen, die ihnen erlauben, schnell zwischen verschiedenen Bakterienarten zu verbreiten.

Evolution der SHV-Enzyme

Die Geschichte des SHV-Enzyms geht bis 1972 zurück, als es erstmals in einer anderen Bakterienart namens Escherichia coli identifiziert wurde. Seitdem wurden mehrere Versionen dieses Enzyms in K. pneumoniae und anderen Bakterien gefunden. In einer Studie aus 1979 fanden Forscher heraus, dass das blaSHV-1-Gen im Chromosom mehrerer K. pneumoniae-Stämme lokalisiert war, wobei einige Kopien auch auf Plasmiden vorkamen.

Im Laufe der Jahre haben Wissenschaftler zahlreiche Varianten des SHV-Enzyms identifiziert, jede mit eigenen Eigenschaften. Einige dieser Varianten gab es vorher nicht, und die neueren könnten den Bakterien Resistenz gegen verschiedene Antibiotika verleihen. Forscher haben gezeigt, dass bestimmte Veränderungen im Enzym, speziell an bestimmten Stellen im genetischen Code, entweder zu einer erhöhten Resistenz oder zu Änderungen in der Art der betroffenen Antibiotika führen können.

Die Bedeutung einer korrekten Klassifizierung

Die genaue Klassifizierung der verschiedenen Allele oder Versionen des blaSHV-Gens ist entscheidend. Falsche Klassifizierungen können zu Missverständnissen über den Resistenzmechanismus der Bakterien führen, was wiederum die Behandlungsentscheidungen beeinflussen kann. Missinterpretationen treten häufig auf, wenn ein Stamm von K. pneumoniae das blaSHV-Gen trägt, aber möglicherweise auch andere resistente Gene hat. Diese Situation erschwert das Verständnis seines Resistenzprofils.

Jüngste Forschungen haben eine klarere Verbindung zwischen spezifischen Mutationen im blaSHV-Gen und der Funktion des Enzyms hergestellt. Durch die Untersuchung verschiedener K. pneumoniae-Stämme haben Wissenschaftler eine Datenbank erstellt, die hilft, diese resistenten Gene basierend auf ihrer Aktivität zu klassifizieren.

Datensammlung zu K. pneumoniae

Um K. pneumoniae und seine Resistenzmechanismen besser zu verstehen, haben Forscher eine grosse Anzahl von Bakterienproben aus verschiedenen Quellen wie Menschen, Tieren und der Umwelt gesammelt. Diese Informationen wurden über einen Zeitraum aus vielen Ländern zusammengestellt, was es den Forschern ermöglicht hat, sie gründlich zu analysieren.

Die Genome von 3.999 K. pneumoniae-Isolaten wurden sequenziert und mit ihren bekannten Resistenzmustern verglichen. Diese Kombination aus genetischen Daten und Tests zur Antibiotika-Empfindlichkeit lieferte ein präziseres Verständnis dafür, wie verschiedene Versionen des blaSHV-Gens die Resistenz beeinflussen.

Phylogenetische Analyse

Forscher haben fortschrittliche Techniken verwendet, um die genetischen Beziehungen zwischen den verschiedenen blaSHV-Allelen zu analysieren. Indem sie schauen, wie ähnlich oder unterschiedlich diese Gene sind, können sie sehen, wie sie sich im Laufe der Zeit entwickelt haben. Einige Variationen haben sich unabhängig in verschiedenen Bakterienstämmen gebildet, was auf eine komplexe evolutionäre Geschichte hinweist.

Diese Analyse zeigte, dass die ursprüngliche Version des blaSHV-Gens, genannt blaSHV-1, wahrscheinlich der Vorfahr anderer Varianten ist. Die Wissenschaftler konnten erkennen, dass viele neuere Versionen des Enzyms aus dieser ursprünglichen Form hervorgegangen sind, und einige hatten das Chromosom von K. pneumoniae verlassen und sind in Plasmide gewandert, was ihnen erlaubt hat, sich auf andere Bakterienarten zu verbreiten.

Der genetische Kontext der Resistenz

Zu untersuchen, wo die blaSHV-Allele im Genom lokalisiert sind, ist ebenfalls wichtig. Einige befinden sich im Chromosom, während andere auf Plasmiden gefunden wurden. Das Verständnis dieses genetischen Kontexts hilft zu erklären, wie Resistenz verbreitet sich und entwickelt.

Bestimmte Versionen des blaSHV-Gens sind von genetischen Elementen umgeben, die ihnen helfen, zwischen Bakterien zu wandern, was zur Verbreitung der Resistenz beiträgt. Durch das Studium dieser umgebenden Sequenzen gewinnen Forscher mehr Einblicke darin, wie Antibiotika-Resistenzgene bestehen bleiben und sich verbreiten.

Beziehungen zwischen Genotyp und Phänotyp

Um die Beziehung zwischen der genetischen Zusammensetzung und den Resistenztendenzen von K. pneumoniae zu entschlüsseln, haben Forscher deren genetische Informationen mit den Ergebnissen von Antibiotika-Empfindlichkeitstests verglichen. Dadurch konnten sie vorhersagen, wie gut verschiedene Stämme auf Behandlungen reagieren würden, basierend auf ihrem genetischen Profil.

Diese Analyse brachte zutage, dass spezifische Mutationen im blaSHV-Gen mit der Resistenz gegen verschiedene Antibiotika korrelieren. Beispielsweise waren Allele mit bestimmten Mutationen konstant mit Resistenzen gegen Cephalosporine der dritten Generation verbunden, während andere keine solche Assoziation zeigten.

Die Rolle der Kopienanzahl

Es wurde auch festgestellt, dass die Anzahl der Kopien des blaSHV-Gens im bakteriellen Genom die Resistenz beeinflussen kann. Einige K. pneumoniae-Stämme besitzen mehrere Kopien des blaSHV-Gens, was zu höheren Resistenzlevels führen kann.

Wissenschaftler haben gezeigt, dass Stämme mit einer höheren Kopienzahl dieses Gens eher resistent gegen Antibiotika sind. Dieses Verständnis der Beziehung hilft zu klären, warum einige Bakterien Behandlungen besser standhalten können als andere.

Fazit und zukünftige Richtungen

Die Untersuchung von K. pneumoniae und seinen Resistenzmechanismen ist entscheidend für die Verbesserung der Behandlungsmöglichkeiten bei Infektionen, die durch diese Bakterien verursacht werden. Die Ergebnisse betonen die Notwendigkeit einer genauen Klassifizierung der Resistenzgene und die Wichtigkeit des Teilens von Daten über bakterielle Resistenzen.

Mit zunehmender Verfügbarkeit von Daten durch Kooperationen und gemeinsame Ressourcen wird das Verständnis dieser Resistenzmechanismen weiter wachsen. Dies wird helfen, bessere Strategien zur Bekämpfung von Infektionen und zur Bekämpfung der Antibiotikaresistenz weltweit zu entwickeln.

Durch kontinuierliche Forschung hoffen Wissenschaftler, die Variationen in anderen verwandten Genen zu untersuchen, um weitere Einblicke in die Resistenzmechanismen zu gewinnen. Zu verstehen, wie sich Resistenz verbreitet und entwickelt, wird letztlich die Bemühungen unterstützen, die Wirksamkeit von Antibiotika zu erhalten und die Ergebnisse für die Patienten zu verbessern.

Der Kampf gegen Antibiotikaresistenz, insbesondere bei problematischen Bakterien wie K. pneumoniae, bleibt ein wichtiges Thema für die öffentliche Gesundheit. Durch ein tieferes Verständnis der genetischen Faktoren können Gesundheitsdienstleister die Herausforderungen, die von resistenten Infektionen ausgehen, besser bewältigen.

Bedeutung fortlaufender Forschung und Zusammenarbeit

Die sich entwickelnde Natur von K. pneumoniae und seiner Antibiotikaresistenz macht kontinuierliche Forschung und Zusammenarbeit zwischen Wissenschaftlern, Gesundheitsdienstleistern und Gesundheitsbehörden notwendig. Datenfreigabe und globale Kooperation sind entscheidend, um Resistenzen zu bekämpfen und die Wirksamkeit bestehender und zukünftiger Antibiotika sicherzustellen.

Da die Herausforderungen durch bakterielle Infektionen zunehmen, wird es wichtig sein, durch Forschung, Überwachung und Innovation wachsam zu bleiben, um die öffentliche Gesundheit zu schützen und sicherzustellen, dass effektive Behandlungen für bakterielle Infektionen verfügbar bleiben.

Originalquelle

Titel: Diversity, functional classification and genotyping of SHV β-lactamases in Klebsiella pneumoniae

Zusammenfassung: Interpreting phenotypes of blaSHV alleles in Klebsiella pneumoniae genomes is complex. While all strains are expected to carry a chromosomal copy conferring resistance to ampicillin, they may also carry mutations in chromosomal blaSHV alleles or additional plasmid-borne blaSHV alleles that have extended-spectrum {beta}-lactamase (ESBL) activity and/or {beta}-lactamase inhibitor (BLI) resistance activity. In addition, the role of individual mutations/amino acid changes is not completely documented or understood. This has led to confusion in the literature and in antimicrobial resistance (AMR) gene databases (e.g., NCBIs Reference Gene Catalog and the {beta}-lactamase database (BLDB)) over the specific functionality of individual SHV protein variants. Therefore, identification of ESBL-producing strains from K. pneumoniae genome data is complicated. Here, we reviewed the experimental evidence for the expansion of SHV enzyme function associated with specific amino-acid substitutions. We then systematically assigned SHV alleles to functional classes (wildtype, ESBL, BLI-resistant) based on the presence of these mutations. This resulted in the re-classification of 37 SHV alleles compared with current assignments in NCBIs Reference Gene Catalog and/or BLDB (21 to wildtype, 12 to ESBL, 4 to BLI-resistant). Phylogenetic and comparative genomic analyses support that; i) SHV-1 (encoded by blaSHV-1) is the ancestral chromosomal variant; ii) ESBL and BLI-resistant variants have evolved multiple times through parallel substitution mutations; iii) ESBL variants are mostly mobilised to plasmids; iv) BLI-resistant variants mostly result from mutations in chromosomal blaSHV. We used matched genome-phenotype data from the KlebNET-GSP Genotype-Phenotype Group to identify 3,999 K. pneumoniae isolates carrying one or more blaSHV alleles but no other acquired {beta}-lactamases, with which we assessed genotype-phenotype relationships for blaSHV. This collection includes human, animal, and environmental isolates collected between 2001 to 2021 from 24 countries across six continents. Our analysis supports that mutations at Ambler sites 238 and 179 confer ESBL activity, while most omega-loop substitutions do not. Our data also provide direct support for wildtype assignment of 67 protein variants, including eight that were noted in public databases as ESBL. We reclassified these eight variants as wildtype, because they lack ESBL-associated mutations, and our phenotype data support susceptibility to 3GCs (SHV-27, SHV-38, SHV-40, SHV-41, SHV-42, SHV-65, SHV-164, SHV-187). The approach and results outlined here have been implemented in Kleborate v2.4.1 (a software tool for genotyping K. pneumoniae from genome assemblies), whereby known and novel blaSHV alleles are classified based on causative mutations. Kleborate v2.4.1 was also updated to include ten novel protein variants from the KlebNET-GSP dataset and all alleles in public databases as of November 2023. This study demonstrates the power of sharing AMR phenotypes alongside genome data to improve understanding of resistance mechanisms. Impact statementSince every K. pneumoniae genome has an intrinsic SHV {beta}-lactamase and may also carry additional mobile forms, the correct interpretation of blaSHV genes detected in genome data can be challenging and can lead to K. pneumoniae being misclassified as ESBL-producing. Here, we use matched K. pneumoniae genome and drug susceptibility data contributed from dozens of studies, together with systematic literature review of experimental evidence, to improve our understanding of blaSHV allele variation and mapping of genotype to phenotype. This study shows the value of coordinated data sharing, in this case via the KlebNET-GSP Genotype-Phenotype Group, to improve our understanding of the evolutionary history and functionality of blaSHV genes. The results are captured in an open-source AMR dictionary utilised by the Kleborate genotyping tool, that could easily be incorporated into or used to update other tools and AMR gene databases. This work is part of the wider efforts of the KlebNET-GSP group to develop and support a unified platform tailored for the analysis and interpretation of K. pneumoniae genomes by a wide range of stakeholders. Data summaryBlaSHV allele sequences and class assignments are distributed with Kleborate, v2.4.1, DOI:10.5281/zenodo.10469001. Table S1 provides a summary of blaSHV alleles, including primary accessions, class-modifying mutations, and supporting evidence for class assignments that differ from NCBIs Reference Gene Catalog or BLDB. Whole genome sequence data are publicly available as reads and/or assemblies, individual accessions are given in Table S2; corresponding genotypes and antibiotic susceptibility phenotypes and measurements are available in Tables S3 and S4, respectively.

Autoren: Kathryn E Holt, K. K. Tsang, M. M. C. Lam, R. R. Wick, K. L. Wyres, M. A. Bachman, S. Baker, K. Barry, S. Brisse, S. Campino, A. Chiaverini, D. M. Cirillo, T. G. Clark, J. Corander, M. Corbella, A. Cornacchia, A. Cuenod, N. D'Alterio, F. Di Marco, P. Donado-Godoy, A. Egli, R. Farzana, E. J. Feil, A. Fostervold, C. L. Gorrie, Y. Gütlin, B. Hassan, M. A. K. Hetland, L. N. M. Hoa, L. T. Hoi, B. Howden, O. O. Ikhimiukor, A. W. Jenney, H. Kaspersen, F. Khokhar, T. Leangapichart, M. Ligowska-Marzeta, I. H. Löhr, S. W. Long, A. J. Mathers, A. G. McArthur, G. Nagaraj, Oaikhe

Letzte Aktualisierung: 2024-04-05 00:00:00

Sprache: English

Quell-URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.05.587953

Quell-PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.05.587953.full.pdf

Lizenz: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

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