Fortschritte bei der Videoverfolgung für Studien zum Tierverhalten
Video-Tracking-Technologie hilft Forschern, das Verhalten von Tieren nicht-invasiv zu beobachten.
― 6 min Lesedauer
Inhaltsverzeichnis
Video-Tracking ist ein nützliches Tool, um zu studieren, wie Tiere sich in ihrer natürlichen Umgebung verhalten. Mit Video können Forscher wichtige Details über die Bewegungen von Tieren, ihre Geschwindigkeit, Körperposition und wie sie miteinander interagieren, ohne Stress oder Schaden zu verursachen, beobachten. Diese Methode ist oft einfacher und effektiver im Vergleich zu anderen Techniken, wie dem Anbringen von RFID-Tags oder GPS-Geräten, die invasiv sein können. Ausserdem ist Video-Tracking besonders hilfreich für sehr kleine Lebewesen, wie Insektenlarven, die mit anderen Methoden schwer zu untersuchen sind.
Vorteile des Video-Trackings
Die Nutzung von Video-Tracking-Technologie ermöglicht es Forschern, eine Menge Daten über einzelne Tiere oder Tiergruppen zu sammeln. Dazu gehört, wie oft sie sich bewegen, wo sie ihre Zeit verbringen und wie sie sozial agieren. Die gesammelten Informationen können Wissenschaftlern helfen, verschiedene Aspekte des Verhaltens und der Biologie von Tieren zu verstehen. Es gibt viele Video-Tracking-Programme für Forscher, die jeweils ihre eigenen Stärken und Schwächen haben.
Diese Programme können für verschiedene Tierarten verwendet werden. Zum Beispiel sind einige Software speziell für die Untersuchung von Nagetieren konzipiert, während andere besser für aquatische Tiere geeignet sind. Kommerzielle Software-Pakete sind verbreitet, können aber teuer sein, da sowohl Hardware- als auch Softwarekäufe erforderlich sind. Es gibt auch kostenlose Optionen, obwohl diese nicht immer so zuverlässig sein können.
Arten von verfügbarer Software
Es gibt mehrere bekannte Video-Tracking-Programme, die Forscher für die Untersuchung des Tierverhaltens verwenden können. Beispiele sind EthoVision, TopScan und Smart Video Tracking für Landtiere, während Programme wie Lolitrack für aquatische Kreaturen genutzt werden. Diese kommerziellen Werkzeuge sind beliebt, weil sie viele Funktionen bieten, aber sie können teuer sein. Forscher mit einem begrenzten Budget suchen möglicherweise nach kostenloser Software, die für bestimmte Aufgaben entworfen wurde, aber diese haben oft eingeschränkte Fähigkeiten oder sind möglicherweise nicht so präzise.
Kostenlose Programme können nützliche Funktionen bieten, wie das Verfolgen der Bewegungen mehrerer Tiere oder die Verwendung von Markierungen zur Vereinfachung der Analyse. Viele dieser Tools wurden jedoch nicht umfassend getestet im Vergleich zu etablierteren Programmen. Daher könnten sie in bestimmten detaillierten Messungen fehlen oder nur unter bestimmten Bedingungen oder in speziellen Umgebungen gut funktionieren.
Neue Entwicklungen in der Tracking-Software
In letzter Zeit haben einige Video-Tracking-Software damit begonnen, künstliche Intelligenz zu nutzen, um effektiver Tierbewegungen und -verhalten zu erkennen. Diese Fortschritte können beeindruckende Ergebnisse liefern, basieren jedoch oft auf spezifischen Tierarten zum Trainieren der Programme. Das bedeutet, dass ein Programm, das auf einem Tier trainiert wurde, möglicherweise nicht gut mit einer anderen Spezies funktioniert.
Trotz dieser Herausforderungen haben kostenlose und Open-Source-Softwareoptionen an Beliebtheit gewonnen, da sie Forschern ermöglichen, die Werkzeuge an ihre eigenen Bedürfnisse anzupassen. Diese Anpassungsfähigkeit wird durch eine aktive Community erreicht, die die Software unterstützt und verbessert. Allerdings ist oft ein gewisses Mass an Programmierkenntnissen erforderlich.
Spezifische Beispiele für Video-Tracking-Anwendungen
Ein Beispiel für eine spezifische Anwendung ist die Untersuchung von Ratten mit einem Modell der Parkinson-Krankheit. Forscher haben eine neue Software namens TrAQ entwickelt, die darauf ausgelegt ist, die Bewegungen dieser Ratten zu verfolgen. Dieses Tool ist benutzerfreundlich und ermöglicht eine einfache Verfolgung einzelner Tiere über einen längeren Zeitraum hinweg, wobei Daten über ihr Verhalten während Tests bereitgestellt werden.
Durch die Analyse von Videoaufzeichnungen kann TrAQ automatisch die Bewegungen der Tiere verfolgen, einschliesslich wie oft sie sich in eine bestimmte Richtung drehen, was in der Parkinson-Forschung entscheidend ist. Die Software funktioniert, indem sie Videoaufnahmen nimmt und Algorithmen anwendet, um die Positionen der Körperteile des Tieres zu identifizieren. Dies kann Forschern helfen, ein klareres Bild davon zu bekommen, wie die Krankheit motorische Fähigkeiten und Verhalten beeinflusst.
Funktionen der TrAQ-Software
TrAQ ist so konzipiert, dass es einfach zu bedienen ist, sodass Forscher Videos mit minimalem Aufwand analysieren können. Es besteht aus zwei Hauptbereichen: dem Tracker und dem Analyzer. Der Tracker konzentriert sich darauf, die Bewegungen und Positionen des Tieres basierend auf den Videobildern zu erkennen, während der Analyzer diese Daten nimmt und nützliche Ausgaben erzeugt, wie Bewegungsgeschwindigkeit und -richtung.
Der Tracker kann Videos verarbeiten, indem er Hintergrundgeräusche entfernt und sich ausschliesslich auf das Tier konzentriert. Das bedeutet, dass selbst unter schwierigen Bedingungen, wie wenn andere Objekte im Video die Ergebnisse verwirren könnten, die Software die Bewegungen des Tieres genau verfolgen kann.
Der Analyzer nimmt dann die Rohdaten der Verfolgung und erstellt klare und informative Ausgaben. Forscher können visuelle Darstellungen der Daten sehen, wie z. B. Heatmaps, die zeigen, wo das Tier die meiste Zeit verbringt, sowie numerische Daten, die für weitere Analysen exportiert werden können.
Vorteile der Nutzung von TrAQ
TrAQ ist vorteilhaft für die Untersuchung von Tierverhalten, da es den Prozess vereinfacht. Forscher können die Software mit nur wenigen Klicks ausführen, um mehrere Videos zu analysieren, was Zeit und Aufwand spart. Ausserdem können die generierten Daten ihnen helfen, Ergebnisse über verschiedene Studien hinweg zu vergleichen, was zu besseren Einblicken in das Tierverhalten und neurodegenerative Krankheiten führt.
Die Software unterstützt verschiedene Videoformate, was sie vielseitig für unterschiedliche Forschungseinstellungen macht. Sie kann nicht nur Nagetiere, sondern auch Fische und kleine Krebstiere verfolgen, dank ihrer anpassungsfähigen Natur.
Einschränkungen und Herausforderungen
Trotz ihrer vielen Vorteile hat TrAQ einige Einschränkungen. Momentan kann es nur ein Tier zur Zeit verfolgen und hat Schwierigkeiten mit mehreren Arenen im selben Video. Die Software arbeitet auf der Grundlage visueller Erkennung, was Herausforderungen mit sich bringen kann, wenn Tiere ungewöhnliche Haltungen oder Formen einnehmen.
Ein weiteres Problem ist die Ausführungszeit. Bei hochauflösenden Videos kann TrAQ Daten möglicherweise nicht in Echtzeit verarbeiten, was für bestimmte Experimente ein Nachteil sein könnte. Die allgemeine Geschwindigkeit ist jedoch für viele Forschungsprojekte grundsätzlich akzeptabel.
Fazit
Zusammenfassend stellt die Video-Tracking-Software, wie TrAQ, einen spannenden Fortschritt in der Untersuchung des Tierverhaltens dar. Sie bietet eine nicht-invasive Möglichkeit, wertvolle Daten darüber zu sammeln, wie Tiere mit ihrer Umgebung und miteinander interagieren. Obwohl es Einschränkungen gibt, sind die Vorteile der Nutzung solcher Technologien für die Verhaltensforschung klar. Während Forscher weiterhin Video-Tracking-Methoden entwickeln und verbessern, werden die Möglichkeiten, das Tierverhalten zu verstehen, noch weiter zunehmen.
Titel: TrAQ: a novel, versatile, semi-automated, two-dimensional motor behavioural tracking software
Zusammenfassung: We present TrAQ, a new MATLAB-based two-dimensional tracking software for Open Field video analysis of unmarked single animal, featuring minimum user intervention. We developed TrAQ with the purpose to automatically count the in-plane rotations, an important parameter in the 6-hydroxydopamine hemiparkinsonian rat model and in many rodent models of neurodegenerative diseases, a very time-consuming manual task for highly trained human operators. In addition, TrAQ allows automatic recognition of the animal within a user defined arena providing a quantitative measurement of the body centroid and the two extremities positions. A full range of quantitative kinematic behavioral parameters are automatically calculated, and the optional shape erosion feature adds usage flexibility. TrAQ, free and non-species-specific application, was quantitively tested with rodents and on a qualitative basis with zebrafish, and invertebrate animal models. Quantitative results were successfully validated against a commercial software (for tracking) and manual annotation (for rotations in an hemiparkinsonian rat model). This is a widely used model in preclinical research to study postural instability and motor asymmetry. TrAQ allows the characterization of motor asymmetry using non-invasive tools, thus appreciating the spontaneous Open Field behaviour of unmarked single animal, with minimum user intervention.
Autoren: Davide Di Censo, I. Rosa, B. Ranieri, T. DiLorenzo, M. Alecci, T. M. Florio, A. Galante
Letzte Aktualisierung: 2024-05-05 00:00:00
Sprache: English
Quell-URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.05.592556
Quell-PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.05.592556.full.pdf
Lizenz: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
Änderungen: Diese Zusammenfassung wurde mit Unterstützung von AI erstellt und kann Ungenauigkeiten enthalten. Genaue Informationen entnehmen Sie bitte den hier verlinkten Originaldokumenten.
Vielen Dank an biorxiv für die Nutzung seiner Open-Access-Interoperabilität.