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# Biologie # Biophysik

Fortschritte bei monoklonalen Antikörperformulierungen

Wissenschaftler verbessern monoklonale Antikörper mit neuen Modellierungstechniken für bessere Behandlungen.

Tobias M. Prass, Kresten Lindorff-Larsen, Patrick Garidel, Michaela Blech, Lars V. Schäfer

― 6 min Lesedauer


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Inhaltsverzeichnis

Monoklonale Antikörper (mAbs) sind wie winzige, spezialisierte Soldaten in unserem Immunsystem. Die werden eingesetzt, um verschiedene Krankheiten zu bekämpfen, wie Asthma, Infektionen und sogar Krebs. Stell dir vor, sie sind sehr präzise Werkzeuge, die gezielt spezifische Probleme im Körper angreifen können. Bei vielen Behandlungen werden diese Antikörper unter die Haut injiziert, was es den Patienten erleichtert, sie zu Hause zu verabreichen. Diese Methode ist beliebt, weil sie Fahrten ins Krankenhaus spart und das Leben für alle Beteiligten etwas einfacher macht.

Die Herausforderung der Konzentration

Es gibt aber einen Haken. Damit diese Antikörper effektiv sind, müssen sie in hohen Dosen injiziert werden-typischerweise etwa 1 bis 10 Milligramm pro Kilogramm Körpergewicht. Das heisst, wenn du, sagen wir, 70 kg wiegst, könnte die Dosis etwa 700 mg betragen! Um das alles in eine kleine Spritze zu packen, müssen die Antikörper sehr konzentriert sein-normalerweise über 100 mg pro Milliliter.

Aber hier wird's tricky. Wenn viele dieser Antikörper nah beieinander gepackt sind, fangen sie an, miteinander zu interagieren, was zu Problemen führen kann. Diese enge Packung führt zu einer dicken Lösung, was das Injizieren erschwert. Eine hohe Viskosität bedeutet mehr Druck, wenn du die Flüssigkeit durch eine dünne Nadel drücken willst, was wehtun kann und das Ganze unangenehm macht. Das mag keiner!

Das Risiko des Klumpens

Ausserdem, wenn Antikörper zusammenklumpen oder an anderen Komponenten in der Lösung haften, kann das weitere Probleme für die Wirksamkeit der Behandlung und die Sicherheit des Patienten schaffen. Im schlimmsten Fall könnte das allergische Reaktionen oder sogar schwere Reaktionen wie Anaphylaxie auslösen. Gar nicht lustig!

Die aktuelle Situation mit Formulierungen

Zurzeit verlassen sich Wissenschaftler oft auf Ausprobieren, um die besten Kombinationen von Zutaten zu finden, um diese Proteinmedikamente zu stabilisieren. Diese Zutaten-oft als Exzipienten bezeichnet-können Salze, Aminosäuren und verschiedene Verbindungen beinhalten, die helfen, die Lösung stabil zu halten. Ein häufiger Kandidat auf diesem Gebiet ist Arginin, eine Aminosäure, die helfen kann, das Klumpen der Antikörper zu reduzieren und die Dicke der Lösung zu verringern.

Aber wie funktioniert Arginin? Naja, es kann etwas kompliziert sein, das auf der kleinen Skala zu untersuchen, wo diese Interaktionen passieren. Wissenschaftler nutzen oft Simulationen am Computer, um besser zu verstehen, wie sich die Dinge auf molekularer Ebene verhalten.

Das Simulationsspiel

Molekulardynamik (MD) Simulation ist wie ein Videospiel, bei dem Wissenschaftler beobachten können, wie Moleküle sich bewegen und über die Zeit interagieren. Es gibt einen Einblick hinter die Kulissen, was passiert, wenn man Antikörper mit Exzipienten wie Arginin mischt.

Die meisten bisherigen Studien, die sich auf Arginin konzentrierten, haben nur einen Teil des Antikörpers, bekannt als Fab-Domäne, betrachtet. Die Forschung hat gezeigt, dass bestimmte Teile der Antikörper stark mit Arginin interagieren, was zu besserer Stabilität und weniger Klumpen führen kann. Allerdings kann es sehr anspruchsvoll und langsam sein, Simulationen durchzuführen, die den gesamten Antikörper einbeziehen, was die Möglichkeiten der Forscher einschränkt.

Um den Prozess zu beschleunigen, können Wissenschaftler vereinfachte Modelle verwenden, die als grobkörnige (CG) Modelle bekannt sind. Statt jedes Atom im Detail zu betrachten, fassen CG-Modelle Atome in grösseren Einheiten zusammen, was die Berechnungen schneller und einfacher macht. So können Wissenschaftler grössere Systeme untersuchen und ein breiteres Verständnis dafür bekommen, wie die Dinge funktionieren.

Treffen wir Martini

Ein beliebtes CG-Modell heisst Martini. Dieses Modell gibt es schon eine Weile und hilft Forschern, Proteine und deren Interaktionen mit verschiedenen Verbindungen effektiver zu untersuchen. Mit der Veröffentlichung von Martini 3 wurde das Modell sogar noch besser, was die Interaktion von Proteinen verbessert, aber es gibt immer noch Raum für Verbesserungen.

Obwohl das Martini-Modell gut ist, hat es manchmal Schwierigkeiten mit bestimmten Proteinverhalten. Wenn Wissenschaftler zum Beispiel Proteine betrachten, die keine feste Form haben oder aus mehreren Teilen bestehen, kann das Modell etwas zu kompakt werden, was bedeutet, dass es nicht die ganze Geschichte darüber einfängt, wie die Proteine sich verhalten. Das ist ein bisschen so, als würde man versuchen, einen quadratischen Pfahl in ein rundes Loch zu stecken-es funktioniert einfach nicht perfekt.

Anpassung des Modells

Um diese Probleme zu lösen, entschieden die Forscher, einen neuen Ansatz zu entwickeln. Sie wollten das Martini-Modell verfeinern, um besser darzustellen, wie spezifische Exzipienten wie Arginin und Glutamat mit den Fab-Domänen von Antikörpern wie Trastuzumab (auch bekannt als Herceptin) und Omalizumab (bekannt als Xolair) interagieren.

Die Forscher entwickelten einen neuen Mapping-Ansatz, bei dem sie die Teile der Aminosäuren im CG-Modell genauer darstellten. Dieser neue Ansatz erlaubt es, edle Interaktionen besser zu modellieren, was entscheidend für die richtigen Ergebnisse ist.

Die Testphase

Sobald das neue Modell bereit war, führten sie Tests mit drei verschiedenen Lösungen durch. Sie sorgten dafür, dass die richtigen Mengen an Arginin und Glutamat enthalten waren, mit einigen zusätzlichen Ionen, um alles auszubalancieren. Dann verwendeten sie MD-Simulationen, um zu beobachten, wie die Dinge sich über die Zeit interagierten.

Nach den Simulationen verglichen die Forscher die Ergebnisse des neuen Modells mit den ursprünglichen detaillierten atomistischen Modellen. Sie wollten sehen, ob die neue Methode genau vorhersagen konnte, wie die Exzipienten mit den Antikörpern interagieren.

Korrelationen finden

Als sie die Daten betrachteten, fanden sie heraus, dass das neue Modell ziemlich gut die Ergebnisse der All-Atom-Simulationen abgebildet hat. Für Arginin waren die Kontaktzahlen ziemlich ähnlich und wiesen einen guten Korrelationskoeffizienten auf, was bedeutet, dass die Vorhersagen zuverlässig waren.

Die Ergebnisse für Glutamat waren jedoch etwas gemischter. Die Interaktionen waren nicht so stark, und das Modell hatte Schwierigkeiten, das spezifische Verhalten von Glutamat in allen Situationen einzufangen. Aber insgesamt verbesserte das neue Modell immer noch die Vorhersagen sowohl für Arginin als auch für Glutamat.

Zukünftige Implikationen

Dieses neu angepasste Modell eröffnet eine aufregende Möglichkeit für zukünftige Studien. Durch das Feinabstimmen der Interaktionsparameter können Forscher untersuchen, wie verschiedene Formulierungen die Leistung von monoklonalen Antikörpern beeinflussen könnten. Das könnte zu besseren Behandlungen, effizienteren Herstellungsprozessen und letztendlich zu gesünderen Patienten führen.

Fazit

Zusammenfassend lässt sich sagen, dass monoklonale Antikörper unglaublich hilfreich bei der Behandlung verschiedener Krankheiten sind, ihre Formulierungen aber komplex und herausfordernd sein können. Wissenschaftler arbeiten hart daran, diese Formulierungen zu verstehen und zu verbessern, indem sie verschiedene Methoden, einschliesslich fortschrittlicher Simulationen, einsetzen.

Das neue CG-Modell, das sie entwickelt haben, ist ein Schritt in die richtige Richtung, da es ihnen ermöglicht, Interaktionen genauer vorherzusagen und bessere Medikamente zu entwickeln. Also, auch wenn der Weg nach vorn einige Hürden hat, sieht es so aus, als sei die Wissenschaft bereit, die Herausforderungen der Antikörperformulierung anzugehen-eine Simulation nach der anderen!

Und wer weiss, vielleicht werden diese kleinen Soldaten eines Tages mit noch grösserer Präzision und Effektivität gegen Krankheiten antreten-dank der neugierigen Köpfe, die versuchen, die Geheimnisse von Proteinen und ihren Formulierungen zu entschlüsseln!

Originalquelle

Titel: Optimized Protein-Excipient Interactions in theMartini 3 Force Field

Zusammenfassung: High drug dosages required for biotherapeutics, such as monoclonal antibodies (mAbs), and the small volumes that can be administered to patients via subcutaneous injections pose challenges due to high-concentration formulations. The addition of excipients such as arginine to high-concentration protein formulations can increase solubility and reduce the tendency of protein particle formation. Studying high-concentration mAb systems with molecular dynamics (MD) simulations can provide microscopic insights into the mode of action of excipients but requires large system sizes and long time scales that are currently out of reach at the fully atomistic level. Computationally efficient coarse grained models such as the Martini 3 force field can tackle this challenge but require careful parametrization, testing, and validation. This study extends the popular Martini 3 force field towards realistic protein-excipient interactions of arginine and glutamate excipients, using the Fab domains of the therapeutic mAbs trastuzumab and omalizumab as model systems. A novel Martini 3 mapping of the amino acid excipients is introduced, which explicitly captures the zwitterionic character of the backbone. The Fab-excipient interactions of arginine and glutamate are characterized at the single-residue level concerning molecular contacts. The Martini 3 simulations are compared with results from all-atom simulations as a reference. Our findings reveal an overestimation of Fab-excipient contacts in the original Martini 3 force field, suggesting a too strong attraction between protein surface residues and excipients. Therefore, we reparametrized the protein-excipient interaction parameters in Martini 3 against all-atom simulations. The excipient interactions obtained with the new Martini 3 mapping and Lennard-Jones (LJ) interaction parameters, coined Martini 3-exc, agree closely with the all-atom reference data. This work presents an improved parameter set for mAb-arginine and mAb-glutamate interactions in the Martini 3 coarse grained force field, enabling large-scale simulations of high-concentration mAb formulations and the stabilizing effect of the excipients.

Autoren: Tobias M. Prass, Kresten Lindorff-Larsen, Patrick Garidel, Michaela Blech, Lars V. Schäfer

Letzte Aktualisierung: 2024-12-03 00:00:00

Sprache: English

Quell-URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.29.626008

Quell-PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.29.626008.full.pdf

Lizenz: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Änderungen: Diese Zusammenfassung wurde mit Unterstützung von AI erstellt und kann Ungenauigkeiten enthalten. Genaue Informationen entnehmen Sie bitte den hier verlinkten Originaldokumenten.

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