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# Biologie # Immunologie

Revolutionierung der T-Zell-Therapie mit Mini-Bindern

Neue Strategien mit Mini-Ordnern zeigen vielversprechende Ansätze, um Krebszellen effektiv anzugreifen.

Kristoffer Haurum Johansen, Darian Stephan Wolff, Beatrice Scapolo, Monica L. Fernández Quintero, Charlotte Risager Christensen, Johannes R. Loeffler, Esperanza Rivera-de-Torre, Max D. Overath, Kamilla Kjærgaard Munk, Oliver Morell, Marie Christine Viuff, Alberte T. Damm Englund, Mathilde Due, Stefano Forli, Emma Qingjie Andersen, Jordan Sylvester Fernandes, Suthimon Thumtecho, Andrew B. Ward, Maria Ormhøj, Sine Reker Hadrup, Timothy P. Jenkins

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Inhaltsverzeichnis

T-Zellen sind eine Art von weissen Blutkörperchen, die eine wichtige Rolle im Immunsystem spielen. Sie sind darauf spezialisiert, Zellen zu erkennen und anzugreifen, die Anzeichen von Problemen zeigen, wie zum Beispiel solche, die von Viren befallen sind oder durch Krebs verändert wurden. Die Art und Weise, wie T-Zellen diese problematischen Zellen erkennen, geschieht durch ein einzigartiges Werkzeug, das sie besitzen und das T-Zell-Rezeptor (TCR) genannt wird. Dieser Rezeptor hilft T-Zellen herauszufinden, ob eine Zelle gesund ist oder nicht, indem er nach bestimmten Proteinfragmenten, bekannt als Peptide, sucht, die auf der Oberfläche dieser Zellen angezeigt werden.

Einfach gesagt, stell dir T-Zellen wie sehr wählerische Türsteher in einem Club vor. Sie lassen nur Leute (oder Zellen) rein, die den richtigen "Ausweis" haben. Wenn eine Zelle nicht den richtigen Ausweis zeigt, schmeisst die T-Zelle sie raus.

Die Herausforderung, die richtigen TCRs zu finden

Der Prozess, die richtigen TCRs zur Behandlung von Krankheiten wie Krebs zu finden, kann ziemlich herausfordernd sein. Wissenschaftler versuchen oft, TCRs zu finden, die gegen bestimmte Proteine wirksam sind, die auf der Oberfläche abnormer Zellen zu finden sind. Das beinhaltet die Auswahl und Erweiterung von T-Zellen von Patienten, die die richtigen TCRs haben. Allerdings kann dieser Prozess mühsam und kompliziert sein, besonders da die TCRs im Immunsystem eines Spenders nicht immer die beste Wahl für eine breitere Bevölkerung sind.

Ausserdem gibt es ein Problem namens Kreuzreaktivität, bei dem ein TCR ähnliche, aber nicht zielgerichtete Peptide erkennen könnte, was zu ungewollten Effekten führt. Das ist, als würde man seinen Türsteher dazu bringen, Ausweise zu überprüfen, aber manchmal lässt er Leute rein, die ein bisschen so aussehen, als würden sie dazugehören, was Chaos im Club verursacht.

Neue Ansätze für die T-Zell-Therapie

Um diese Herausforderungen zu überwinden, erforschen Wissenschaftler neue Strategien, um TCR-ähnliche Moleküle zu entwickeln, die die problematischen Proteine auf einfachere Weise anvisieren können. Diese Moleküle können in chimäre Antigenrezeptoren (CARs) umgewandelt werden, die T-Zellen helfen, Krebszellen effektiver zu erkennen und zu beseitigen.

Allerdings ist die Erstellung dieser TCR-ähnlichen Moleküle kein einfacher Spaziergang. Traditionelle Methoden können langsam sein und produzieren oft schwache Bindemittel, die nicht so gut funktionieren, wie erhofft. Einige Methoden beinhalten die Verwendung von Maus-Zellen zur Erstellung der TCRs, was die Vielfalt und Stärke der produzierten Antikörper einschränken kann. Andere moderne Ansätze nutzen Technologie, um zu simulieren, wie diese Moleküle interagieren, aber sie stehen dennoch vor Einschränkungen.

Die Rolle von computergestützten Werkzeugen in der TCR-Entwicklung

Fortschritte in der Informatik und strukturellen Modellierung haben neue Türen für Forscher geöffnet. Durch den Einsatz von computergestützten Werkzeugen können Wissenschaftler neue TCR-ähnliche Moleküle viel schneller entwerfen. Solche Werkzeuge können vorhersagen, wie ein entworfenes Molekül mit seinem Ziel interagiert, was es den Forschern ermöglicht, viele Designs zu durchforsten und sich auf die vielversprechendsten zu konzentrieren.

Zum Beispiel kann ein Werkzeug namens RFdiffusion verwendet werden, um potenzielle TCR-ähnliche Bindemittel in kurzer Zeit zu generieren. Dieses Werkzeug nutzt vergangene Daten, um neue Designs zu erstellen, die eine hohe Wahrscheinlichkeit haben, effektiv zu sein.

Entwurf gezielter Bindemoleküle

Eine interessante Fallstudie beinhaltete die Gestaltung von Bindemitteln für NY-ESO-1, ein Protein, das in vielen Tumorarten vorkommt, jedoch in normalen Geweben ausser im Hoden fehlt. Die Forscher konzentrierten sich auf den Teil des Proteins, der sicherstellt, dass die erzeugten Bindemittel gezielt das Protein selbst anvisieren und nicht nur den umgebenden Bereich.

Durch die Kombination von computergestützter Modellierung und experimenteller Validierung haben die Forscher 44 verschiedene Mini-Bindemittel erstellt, die auf ihre Fähigkeit getestet wurden, an das Zielprotein zu binden. In diesen Tests fiel ein bestimmtes Mini-Bindemittel, genannt NY1-B04, durch seine vielversprechenden Bindeeigenschaften auf.

Testen der Wirksamkeit von Mini-Bindemitteln

Um herauszufinden, ob Mini-Bindemittel wie NY1-B04 tatsächlich die Aufgabe erfüllen können, testeten die Forscher sie im Labor mit T-Zellen. Sie verbanden die Mini-Bindemittel mit T-Zellen und untersuchten, wie gut diese modifizierten T-Zellen Krebszellen erkennen und zerstören konnten, die das NY-ESO-1-Protein anzeigten.

In Labortests konnten mit NY1-B04 modifizierte T-Zellen Krebszelllinien effektiv abtöten. Das bedeutet, dass NY1-B04 als starker Kandidat für die Entwicklung zukünftiger Krebstherapien dienen könnte, wobei das Risiko off-target Effekte, die gesunde Zellen schädigen könnten, verringert wird.

Die aufregende Zukunft der Krebsimmuntherapie

Die Arbeiten an diesen Mini-Bindemitteln ebnen den Weg für rasante Fortschritte in der Krebsimmuntherapie. Einer der grössten Vorteile dieses Ansatzes ist, wie schnell neue Therapien entwickelt werden können. Im Gegensatz zu traditionellen Methoden, die Jahre dauern können, um eine brauchbare Behandlung hervorzubringen, ermöglicht dieser Ansatz den Wissenschaftlern, von der Gestaltung eines Bindemittels bis zu dessen Testbereitschaft in nur wenigen Wochen zu gelangen.

Darüber hinaus können die Methoden zur Erstellung dieser Mini-Bindemittel auch für andere Krankheiten adaptiert werden. Vom Anvisieren viraler Infektionen bis hin zur möglichen Behandlung von Autoimmunerkrankungen könnte die Idee, diese ingenieurtechnisch entwickelten Moleküle zu verwenden, weitreichende Auswirkungen haben.

Neoantigene: Eine neue Grenze

Forscher schauen sich auch Neoantigene an, das sind einzigartige Proteine, die aus Mutationen in Tumorzellen entstehen. Diese Neoantigene können als ideale Ziele für T-Zell-Therapien dienen, da sie in normalem Gewebe nicht vorhanden sind. Mit denselben Designstrategien haben Forscher begonnen, zu erkunden, wie Mini-Bindemittel für diese Neoantigene erstellt werden können.

Zum Beispiel zielten Wissenschaftler auf ein spezifisches Neoantigen im Zusammenhang mit Melanomen ab, das aus einer Mutation in einem Protein namens AKAP9 stammt. Durch die Nutzung computergestützter Werkzeuge haben sie erfolgreich Mini-Bindemittel entwickelt, die auf dieses Neoantigen abzielen. Das könnte Türen zu noch personalisierteren Krebstherapien öffnen, die auf individuelle Tumoren zugeschnitten sind.

Die breiteren Implikationen von Mini-Bindemitteln

Über das targeting von Krebs hinaus eröffnet die Vielseitigkeit von Mini-Bindemitteln auch Möglichkeiten für andere Anwendungen. Sie könnten potenziell eingesetzt werden, um virale Infektionen zu bekämpfen, indem sie Antigene anvisieren, die von infizierten Zellen präsentiert werden. Das könnte ein Game Changer für Krankheiten sein, die häufig mutieren, wie HIV oder Hepatitis C.

Ausserdem könnten Mini-Bindemittel in anderen therapeutischen Kontexten verwendet werden. Zum Beispiel könnten sie eingesetzt werden, um unerwünschte Immunantworten bei Autoimmunerkrankungen zu blockieren oder therapeutische Wirkstoffe direkt zu Zellen zu bringen, die eine Behandlung benötigen.

Fazit

Während sich die Technologie rund um Mini-Bindemittel weiterentwickelt, sieht die Zukunft für gezielte Therapien bei Krebs und darüber hinaus vielversprechend aus. Mit schnelleren Entwurfsprozessen und besseren Vorhersagewerkzeugen sind Forscher in der Lage, bedeutende Fortschritte darin zu machen, wie wir die Behandlung komplexer Krankheiten angehen.

Also, während die Welt auf den nächsten grossen Durchbruch wartet, krempeln die Wissenschaftler die Ärmel hoch, werden kreativ und arbeiten hart daran, sicherzustellen, dass, wenn es darum geht, störende Zellen zu bekämpfen, eine gut ausgerüstete T-Zelle bereit ist, mit einem vertrauenswürdigen Mini-Bindemittel an ihrer Seite. Schliesslich ist die Bekämpfung von Krankheiten ernsthaftes Geschäft, aber ein bisschen Humor und innovatives Denken können einen grossen Unterschied machen!

Originalquelle

Titel: De novo designed pMHC binders facilitate T cell induced killing of cancer cells

Zusammenfassung: The recognition of intracellular antigens by CD8+ T cells through T-cell receptors (TCRs) is central to adaptive immunity, enabling responses against infections and cancer. The recent approval of TCR-gene-edited T cells for cancer therapy demonstrates the therapeutic advantage of using pMHC recognition to eliminate cancer. However, identification and selection of TCRs from patient material is complex and influenced by the TCR repertoire of the donors used. To overcome these limitations, we here present a rapid and robust de novo binder design platform leveraging state-of-the-art generative models, including RFdiffusion, ProteinMPNN, and AlphaFold2, to engineer minibinders (miBds) targeting the cancer-associated pMHC complex, NY-ESO-1(157-165)/HLA-A*02:01. By incorporating in silico cross-panning and molecular dynamics simulations, we enhanced specificity screening to minimise off-target interactions. We identified a miBd that exhibited high specificity for the NY-ESO-1-derived peptide SLLMWITQC in complex with HLA-A*02:01 and minimal cross-reactivity in mammalian display assays. We further demonstrate the therapeutic potential of this miBd by integrating it into a chimeric antigen receptor, as de novo Binders for Immune-mediated Killing Engagers (BIKEs). BIKE-transduced T cells selectively and effectively killed NY-ESO-1+ melanoma cells compared to non-transduced controls, demonstrating the promise of this approach in precision cancer immunotherapy. Our findings underscore the transformative potential of generative protein design for accelerating the discovery of high-specificity pMHC-targeting therapeutics. Beyond CAR-T applications, our workflow establishes a foundation for developing miBds as versatile tools, heralding a new era of precision immunotherapy.

Autoren: Kristoffer Haurum Johansen, Darian Stephan Wolff, Beatrice Scapolo, Monica L. Fernández Quintero, Charlotte Risager Christensen, Johannes R. Loeffler, Esperanza Rivera-de-Torre, Max D. Overath, Kamilla Kjærgaard Munk, Oliver Morell, Marie Christine Viuff, Alberte T. Damm Englund, Mathilde Due, Stefano Forli, Emma Qingjie Andersen, Jordan Sylvester Fernandes, Suthimon Thumtecho, Andrew B. Ward, Maria Ormhøj, Sine Reker Hadrup, Timothy P. Jenkins

Letzte Aktualisierung: 2024-12-03 00:00:00

Sprache: English

Quell-URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.27.624796

Quell-PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.27.624796.full.pdf

Lizenz: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Änderungen: Diese Zusammenfassung wurde mit Unterstützung von AI erstellt und kann Ungenauigkeiten enthalten. Genaue Informationen entnehmen Sie bitte den hier verlinkten Originaldokumenten.

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