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# Biologie # Evolutionsbiologie

Langfristige COVID-19-Infektionen und Virusmutationen

Eine Studie zeigt Einblicke in die SARS-CoV-2-Mutationen während langanhaltender Infektionen.

Natalie Rutsinsky, Adi Ben Zvi, Ido Fabian, Shir T. Segev, Bar Jacobi, Sheri Harari, Suzy Meijers, Yael Paran, Adi Stern

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Inhaltsverzeichnis

COVID-19 hat der Welt einen heftigen Schlag versetzt, und das Virus, das es verursacht, SARS-CoV-2, hat seit dem Beginn der Verbreitung einige interessante Geschwister bekommen. Als es sich von Mensch zu Mensch bewegte, tauchten neue Versionen des Virus auf. Manche dieser neuen Versionen sind wie eine Verjüngungskur für das Virus, die sie ansteckender macht als die Originale. Die Weltgesundheitsorganisation hat sich eingeschaltet und diese neuen Versionen als Varianten von besorgniserregender Bedeutung eingestuft, weil sie möglicherweise gefährlicher für die öffentliche Gesundheit sein könnten.

Was geht da mit diesen Varianten?

Wissenschaftler denken, dass einige dieser neuen Versionen von Menschen stammen könnten, die schon lange infiziert sind – manchmal über 21 Tage! Wenn jemand eine chronische Infektion hat, kann das Virus bleiben und sich im Laufe der Zeit verändern. Solche langanhaltenden Infektionen sieht man oft bei Menschen mit geschwächtem Immunsystem, wie zum Beispiel bei Krebspatienten oder Leuten mit Erkrankungen wie AIDS. Aber keine Panik! Chronische Infektionen sind unter der Allgemeinbevölkerung immer noch ziemlich selten.

Interessanterweise hat eine aktuelle Studie ergeben, dass auch einige Leute ohne grössere Gesundheitsprobleme längere Infektionen haben könnten, aber das ist ziemlich selten. Selbst bei diesen Fällen haben die Forscher festgestellt, dass die meisten dieser chronischen Infektionen das Virus anscheinend nicht weiter verbreiten. Die Sorge bleibt jedoch, dass wenn es genug Fälle weltweit gibt, eine dieser Varianten potenziell ansteckend sein könnte.

Das Geheimnis schneller Veränderungen

Es gibt viel Aufregung darüber, wie schnell das Virus sich in diesen Langzeitinfektionen verändern kann. Einige Studien haben hervorgehoben, dass schnelle Veränderungen auftreten können, aber es ist immer noch unklar, ob das die Norm ist oder nur eine seltene Ausnahme. Es könnte sein, dass das Virus unter erheblichem Druck steht, sich zu verändern, oder dass es sich bei diesen Patienten einfach schneller mutiert. Um das wirklich herauszufinden, müssen die Forscher genau beobachten, wie sich verschiedene Versionen des Virus im Laufe der Zeit verhalten. Allerdings ist es nicht einfach, diese Veränderungen zu studieren. Wenn man Proben von kranken Menschen betrachtet, haben die Forscher oft mit hohen Fehlerquoten in den Tests zu kämpfen, was es schwierig macht, genaue Ergebnisse zu bekommen.

Um die Genauigkeit zu verbessern, treffen die Forscher oft zusätzliche Vorsichtsmassnahmen, wie zum Beispiel Mutationen in den Proben mehr als einmal zu überprüfen oder sich auf häufig auftretende Mutationen zu konzentrieren. Trotzdem können diese Methoden dazu führen, dass einige wichtige Informationen, besonders über seltene Mutationen, verloren gehen.

Unsere Studie

In dieser Studie haben wir eine Gruppe von neun Patienten untersucht, die über einen längeren Zeitraum mit SARS-CoV-2 infiziert waren. Unser Ziel war es, zuverlässige genetische Daten aus ihren Proben zu sammeln. Durch das Sequenzieren jeder Probe mehr als einmal haben wir die Genauigkeit unserer Ergebnisse erheblich verbessert. Das erlaubte uns, zu sehen, wie sich das Virus im Laufe der Zeit bei diesen Patienten mutierte, was zu einigen faszinierenden Beobachtungen führte.

Die Mutationsachterbahn

Zuerst haben wir geschaut, wie viele Mutationen an verschiedenen Stellen im genetischen Material des Virus auftraten. Wir haben festgestellt, dass bei niedrigen Mutationsfrequenzen die Verteilung gleichmässig war. Bei höheren Frequenzen traten die Mutationen jedoch häufiger an einer bestimmten Stelle auf. Das deutete darauf hin, dass diese Mutationen relevant waren und keine zufälligen Fehler aus dem Sequenzierungsprozess.

Als wir die genetische Vielfalt der Proben sowohl bei chronischen als auch bei akuten Infektionen untersuchten, fanden wir heraus, dass chronische Infektionen im Allgemeinen deutlich mehr Vielfalt aufwiesen. Je länger die Infektion dauerte, desto mehr Chancen hatte das Virus, sich zu verändern.

Ein genauerer Blick auf die Patienten

Dann haben wir uns jeden Patienten genauer angesehen. Obwohl einige Patienten länger infiziert waren, war die Menge an Veränderungen im Virus sehr unterschiedlich. Zum Beispiel zeigte ein Patient auch nach 35 Tagen keine signifikante Mutation, während ein anderer in kürzerer Zeit viele Veränderungen hatte.

Einer der Patienten, den wir untersucht haben, hatte eine langanhaltende Infektion, die 241 Tage dauerte. In der ersten Phase seiner Infektion änderte sich nicht viel, aber mit der Zeit bemerkten wir mehrere Mutationen in seinem Virus. Viele dieser Variationen könnten Veränderungen in der Funktionsweise des Virus und möglicherweise seiner Übertragbarkeit zur Folge haben.

Verstehen von synonymen und nicht-synonymen Mutationen

Die Mutationen, die wir verfolgt haben, können in zwei Kategorien unterteilt werden: synonyme und nicht-synonyme. Synonyme Mutationen sind wie harmlose Veränderungen, die die Funktionsweise von Proteinen nicht verändern. Nicht-synonyme Mutationen hingegen können die Interaktion des Virus mit dem Immunsystem des Körpers verändern.

Wir fanden heraus, dass die Rate der synonymen Mutationen bei allen Patienten mit früheren Schätzungen der viralen Mutationsrate aus anderen Studien übereinstimmte. Die Raten nicht-synonymer Mutationen variierten jedoch stark! Das deutet darauf hin, dass während einige Patienten dramatische Veränderungen im Virus erlebten, andere nicht viel Evolution erfuhren.

Das Geheimnis defekter Viren

Einige Mutationen, die wir verfolgt haben, wurden in niedrigen Frequenzen gefunden und schienen dem Virus nicht zu helfen. Bei einem bestimmten Patienten bemerkten wir viele Mutationen, die "defekt" zu sein scheinen. Das bedeutet, dass diese Mutationen dem Virus möglicherweise nicht helfen, zu überleben oder sich auszubreiten. Es könnte sein, dass dieser Patient mehrere Viren gleichzeitig infiziert hatte, was dazu führte, dass diese minderwertigen Mutationen übrigblieben.

Im krassen Gegensatz dazu gab es einen anderen Patienten, der bemerkenswerte Mutationen hatte, die dem Virus halfen, das Immunsystem zu umgehen. Diese Veränderungen standen im Zusammenhang mit der Fähigkeit des Virus, während der Infektion zu überleben und sich anzupassen.

Was lernen wir daraus?

Aus unserer Studie haben wir mehrere wichtige Erkenntnisse über SARS-CoV-2 gesammelt. Zuerst fanden wir heraus, dass während chronische Infektionen zu signifikanten Mutationen führen können, solche Fälle immer noch ziemlich selten sind. Die kleine Anzahl der Patienten in unserer Studie bedeutet, dass wir nicht annehmen können, dass dies für alle mit langanhaltenden Infektionen gilt.

Interessanterweise deuten die Mutationsmuster, die wir beobachtet haben, darauf hin, dass nicht alle chronischen Infektionen gleich sind. Faktoren wie die allgemeine Gesundheit des Patienten, ihre Immunantwort und die Behandlungen, die sie erhalten haben, spielten eine grosse Rolle dabei, wie schnell sich das Virus veränderte. Einige Patienten hatten sehr wenig Evolution, während andere viele Veränderungen zeigten, die zu neuen Varianten führen könnten.

Die Quintessenz

Das Auftreten neuer SARS-CoV-2-Varianten könnte oft von diesen seltenen Fällen langanhaltender Infektionen abhängen. Je besser wir diese Prozesse verstehen, desto besser können wir uns auf zukünftige Herausforderungen vorbereiten, die aus diesen Varianten entstehen könnten.

Die Reise, diese Viren zu studieren, hat gerade erst begonnen, und während wir noch viele Fragen haben, werden die Antworten helfen, unsere Reaktion auf COVID-19 und seine fortlaufenden Herausforderungen zu gestalten. Ausserdem ist es eine Erinnerung daran, wie knifflig diese kleinen Viren sein können! Also, während wir alle versuchen, das Virus in Schach zu halten, ist es auch eine gute Idee, ein Auge darauf zu haben, was es so treibt – denn man weiss ja nie, wann es uns wieder einen Streich spielt!

Originalquelle

Titel: Diverse patterns of intra-host genetic diversity in chronically infected SARS-CoV-2 patients

Zusammenfassung: In rare individuals with a severely immunocompromised system, chronic infections of SARS-CoV-2 may develop, where the virus replicates in the body for months. Sequencing of some chronic infections has uncovered dramatic adaptive evolution and fixation of mutations reminiscent of lineage-defining mutations of variants of concern (VOCs). This has led to the prevailing hypothesis that VOCs emerged from chronic infections. To examine the mutation dynamics and intra-host genomic diversity of SARS-CoV-2 during chronic infections, we focused on a cohort of nine immunocompromised individuals with chronic infections and performed longitudinal sequencing of viral genomes. We show that sequencing errors may cause erroneous inference of high genetic diversity, and to overcome this we used duplicate sequencing across patients and time-points, allowing us to distinguish errors from low frequency mutations. We further find recurrent low frequency mutations that we flag as most likely sequencing errors. This stringent approach allowed us to reliably infer low frequency mutations and their dynamics across time. We inferred a synonymous divergence rate of the virus of [~]2x10-6 mutations/base/day, consistent with the SARS-CoV-2 mutation rate estimated in tissue culture. The rate of non-synonymous divergence varied widely among the different patients. We highlight two patients with opposing patterns: in one patient the rate of divergence was zero, yet this patient harbored multiple presumably defective viruses at low frequencies throughout the infection. Another patient exhibited dramatic adaptive evolution, including clonal competition. Overall, our results suggest that the emergence of highly divergent variants from chronic infections is likely a very rare event and this emphasizes the need to better understand the conditions that allow such emergence events.

Autoren: Natalie Rutsinsky, Adi Ben Zvi, Ido Fabian, Shir T. Segev, Bar Jacobi, Sheri Harari, Suzy Meijers, Yael Paran, Adi Stern

Letzte Aktualisierung: 2024-12-16 00:00:00

Sprache: English

Quell-URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.23.624482

Quell-PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.23.624482.full.pdf

Lizenz: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Änderungen: Diese Zusammenfassung wurde mit Unterstützung von AI erstellt und kann Ungenauigkeiten enthalten. Genaue Informationen entnehmen Sie bitte den hier verlinkten Originaldokumenten.

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