Das Geheimnis der Neunaugenarten
Wissenschaftler untersuchen die Genetik von Fluss- und Bachneunaugen, um die Artenklassifikation zu bestimmen.
Ole K. Tørresen, Benedicte Garmann-Aarhus, Siv Nam Khang Hoff, Sissel Jentoft, Mikael Svensson, Eivind Schartum, Ave Tooming-Klunderud, Morten Skage, Anders Krabberød, Leif Asbjørn Vøllestad, Kjetill S. Jakobsen
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Inhaltsverzeichnis
- Die Herausforderung, Arten zu identifizieren
- DNA-Studien und Artbildung
- Proben sammeln
- Vorbereitung auf die Sequenzierung
- Die Genome zusammenstellen
- Genom-Assemblierungs-Metriken
- Die Genome vergleichen
- Das Syntenie-Puzzle
- Was bedeutet das für die Artenklassifizierung?
- Fazit
- Originalquelle
- Referenz Links
Süsswasserfische findet man an vielen Orten wie Seen, Flüssen und Bächen. Diese Fische reisen oft zwischen verschiedenen Zuhause, zum Beispiel von Flüssen zu Seen. Manche machen sogar Reisen zu salzigen Meeren! Diese besonderen Reisenden nennt man diadrome Fische. Unter ihnen zeigen viele Fische, besonders in Seen, die nach dem Rückzug der Gletscher entstanden sind, eine Vielzahl von Formen und Grössen. Einige Leute denken sogar, dass unterschiedliche Formen verschiedene Arten bedeuten können.
Die Herausforderung, Arten zu identifizieren
Zu identifizieren, was einen Fisch zu einer anderen Art macht, kann schwierig sein. Das gilt besonders für bestimmte Gruppen wie die Salmoniformes, zu denen Forellen, Saiblinge und Weissfische gehören. Die Verwirrung hört allerdings nicht nur bei Süsswasserfischen auf. Es gibt viele knifflige Beispiele in rein salzigen Gewässern, wo ähnliche Arten ebenfalls leben.
Eine knifflige Familie von Fischen sind die Neunaugen. Neunaugen können nicht-parasitische Süsswasserfische oder grössere, wandernde Fische sein, die anderen Fischen das Leben aussaugen. Zum Beispiel ist die europäische Fluss-Neunauge ein wandernder Fisch, während die Bach-Neunauge in Süsswasser bleibt und nach der Reifung nicht mehr frisst. Diese beiden sind eng verwandt, haben aber ganz unterschiedliche Lebensweisen.
Trotz vieler Studien, die ihre DNA untersucht haben, können Wissenschaftler nicht sicher sagen, ob diese Neunaugen separate Arten sind oder nur zwei Typen des gleichen Fisches. Die Larvenstadien von Fluss- und Bach-Neunauge sehen ähnlich aus, da beide mehrere Jahre damit verbringen, Nahrung vom Boden der Bäche zu filtern. Aber wenn sie erwachsen werden, ändert sich alles! Die Bach-Neunauge entwickelt Augen und einen Saugmund, hört auf zu essen und vollendet ihren Lebenszyklus im gleichen Süsswasser, in dem sie aufgewachsen ist. In der Zwischenzeit wandert die Fluss-Neunauge zu Seen oder ins Meer, frisst grössere Fische, bevor sie zu den Flüssen zurückkehrt, um sich zu paaren und zu sterben.
Eine brennende Frage bleibt: Sind die Unterschiede in ihrem Aussehen und Lebensstil das Ergebnis ihrer Genetik, oder können sie sich je nach Umgebung ändern?
DNA-Studien und Artbildung
Wissenschaftler haben verschiedene DNA-Studien an diesen Neunaugen durchgeführt, aber keine hat klare Unterschiede gefunden, die darauf hindeuten, dass sie verschiedene Arten sind. Einige Forscher glauben, dass die Fluss- und Bach-Neunaugen möglicherweise in unterschiedlichen Phasen der Artbildung sind, je nachdem, wo sie leben. Sie sind der Meinung, dass detailliertere Studien mit vollständiger Genomsequenzierung notwendig sind, um nicht nur kleine Änderungen in der DNA, sondern auch grössere strukturelle Veränderungen wie Umstellungen der Chromosomen zu beobachten.
Dafür ist es wichtig, hochwertige Referenzgenome für beide Neunaugen-Typen zu haben. Jüngste wissenschaftliche Arbeiten haben zwei detaillierte Chromosomen-Genome für die Fluss-Neunauge (Lampetra fluviatilis) und die Bach-Neunauge (Lampetra planeri) bereitgestellt. Mit fortschrittlicher Sequenzierungstechnologie haben die Forscher detaillierte Karten ihrer DNA erstellt.
Proben sammeln
Um die benötigte DNA zu bekommen, sammelten Wissenschaftler Neunaugenexemplare aus verschiedenen Orten in Skandinavien. Sie fingen die Fluss-Neunauge in Norwegen und die Bach-Neunauge in Schweden. Nach sorgfältiger Verarbeitung dieser Fische schickten die Forscher die Proben zur Analyse in ein Sequenzierungszentrum.
Vorbereitung auf die Sequenzierung
Im Labor wurde DNA aus dem Blut und den Geweben der Neunaugen extrahiert. Die Wissenschaftler folgten strengen Protokollen, um eine hochwertige DNA zu gewährleisten. Dies umfasste mehrere Schritte, einschliesslich der Reinigung der DNA und der Überprüfung ihrer Qualität, um die Genauigkeit im Sequenzierungsprozess sicherzustellen.
Als die DNA bereit war, sequenzierten die Forscher sie mit fortschrittlicher Technologie. Sie bereiteten Proben vor und sequenzierten sie mit speziellen Bibliotheken, die helfen, die DNA-Sequenzen genau aufzuzeichnen. Die Wissenschaftler verwendeten auch eine andere Methode, um die dreidimensionale Struktur der DNA der Neunaugen zu erfassen, was ihnen hilft zu verstehen, wie die DNA organisiert ist.
Die Genome zusammenstellen
Nach der Sequenzierung mussten die Forscher die Neunaugen-Genome zusammenstellen. Sie verwendeten verschiedene Software-Tools, um die DNA-Stücke basierend auf den erhaltenen Sequenzen zusammenzufügen. Das Ergebnis waren zwei separate Assemblierungen für jeden Neunaugen-Typ.
Die Gesamtlängen der vollendeten Genome waren beeindruckend, wobei die Assemblierung der Fluss-Neunauge grösser war als die der Bach-Neunauge. Auch die Qualität der Assemblierungen wurde auf Vollständigkeit und mögliche Fehler überprüft. Das ist entscheidend, denn ein hochwertiges Genom kann viel über die Genetik und Biologie eines Organismus enthüllen.
Genom-Assemblierungs-Metriken
Die Wissenschaftler sammelten verschiedene Metriken, um die Qualität ihrer assemblierte Genome zu bewerten. Sie fanden heraus, dass ihre Assemblierungen ziemlich vollständig waren, mit einem hohen Prozentsatz bekannter Gene. Diese starke Leistung bedeutet, dass sie ihren Ergebnissen beim Vergleich der beiden Neunaugen-Arten vertrauen können.
Die Genome vergleichen
Nachdem die Genome zusammengestellt waren, begannen die Forscher, die Genome der Fluss- und Bach-Neunauge zu vergleichen. Sie suchten nach Ähnlichkeiten und Unterschieden in ihren DNA-Sequenzen. Überraschenderweise fanden sie, dass die beiden Neunaugen-Typen viele Ähnlichkeiten teilten, was Fragen aufwarf, ob sie tatsächlich unterschiedliche Arten waren.
Die Wissenschaftler verglichen ihre Ergebnisse auch mit einer anderen Neunaugen-Art, der Meeres-Neunauge. Unterschiede in der Genanordnung und dem chromosomalen Layout wurden festgestellt, was auf evolutionäre Veränderungen hinweist, die im Laufe der Zeit stattgefunden haben.
Syntenie-Puzzle
DasEin interessanter Aspekt ihrer Forschung war das Studium der Syntenie, also der Erhaltung der Genordnung bei verwandten Arten. Beim Vergleich der Neunaugen stellten die Forscher fest, dass es viele erhaltene Genmuster gab, was darauf hinweist, dass die Neunaugen eine gemeinsame Vorfahren teilen. Sie beobachteten auch einige Unterschiede, insbesondere beim Blick auf die Meeres-Neunauge.
Die Forscher entdeckten, dass im Laufe der Zeit bedeutende Umstellungen von Genen aufgetreten waren, wobei einige Chromosomen mehr Veränderungen zeigten als andere. Das eröffnet eine grössere Diskussion darüber, wie Neunaugen sich entwickelt und an ihre Umgebungen angepasst haben.
Was bedeutet das für die Artenklassifizierung?
Die Ergebnisse werfen wichtige Fragen auf, wie wir Arten klassifizieren. Wenn die Fluss- und Bach-Neunaugen tatsächlich sehr ähnlich sind, könnten wir es mit einem Artkomplex zu tun haben, anstatt mit zwei separaten Entitäten. Die Forscher schlagen vor, dass zukünftige Studien Individuen aus verschiedenen Regionen Europas betrachten und Fische in verschiedenen Lebensstadien einbeziehen sollten, um ein klareres Bild ihrer Beziehung zu schaffen.
Fazit
Die Studie über Süsswasser-Neunaugen erweist sich als fesselnde Erkundung von Genetik, Evolution und den Feinheiten der Natur. Während die Forscher spannende Informationen aufgedeckt haben, bleiben viele Fragen unbeantwortet. Die Welt der Fische ist vielfältig und komplex, und während die Wissenschaftler weiterarbeiten, könnten wir vielleicht mehr darüber erfahren, wie diese Kreaturen in das grössere Gefüge des Lebens passen. Wer weiss, vielleicht haben wir eines Tages ein Neunaugen-Enzyklopädie!
Durch die sorgfältige Untersuchung der DNA setzen die Forscher die Geschichten dieser bemerkenswerten Fische zusammen. Mit Humor, Geduld und einer Prise Neugierde entfalten sie weiterhin die Geheimnisse, die direkt unter der Oberfläche schwimmen.
Originalquelle
Titel: Comparison of whole-genome assemblies of European river lamprey (Lampetra fluviatilis) and brook lamprey (Lampetra planeri)
Zusammenfassung: We present haplotype-resolved whole-genome assemblies from two individuals of the sister species the European river lamprey (Lampetra fluviatilis) and the brook lamprey (Lampetra planeri). The genome assemblies for L. fluviatilis consists of pseudo-haplotype one, spanning 1073 megabases and 963 megabases for pseudo-haplotype two. For L. planeri, the genome assemblies span 1049 megabases and 960 megabases for pseudo-haplotypes one and two, respectively. The river lamprey assemblies have been scaffolded into 82 pseudochromsomes for both pseudo-haplotypes, with the same number for L. planeri. All four haplotype assemblies were annotated, identifying 21,479 and 16,973 genes in pseudo-haplotypes one and two for L. fluviatilis, and 24,961 and 21,668 genes in pseudo-haplotypes one and two for L. planeri. A comparison of the genomes of L. fluviatilis and L. planeri, alongside a separate chromosome level assembly of L. fluviatilis from the UK, indicates that they form a species complex, potentially representing distinct ecotypes. This is further supported by phylogenetic analyses of the three reference Lampetra genomes in addition to sea lamprey.
Autoren: Ole K. Tørresen, Benedicte Garmann-Aarhus, Siv Nam Khang Hoff, Sissel Jentoft, Mikael Svensson, Eivind Schartum, Ave Tooming-Klunderud, Morten Skage, Anders Krabberød, Leif Asbjørn Vøllestad, Kjetill S. Jakobsen
Letzte Aktualisierung: 2024-12-26 00:00:00
Sprache: English
Quell-URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.06.627158
Quell-PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.06.627158.full.pdf
Lizenz: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Änderungen: Diese Zusammenfassung wurde mit Unterstützung von AI erstellt und kann Ungenauigkeiten enthalten. Genaue Informationen entnehmen Sie bitte den hier verlinkten Originaldokumenten.
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