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Micróbios: A Equipe de Limpeza da Natureza Depois de Derramamentos de Óleo

Pesquisas mostram como microrganismos marinhos ajudam a degradar o óleo e restaurar ecossistemas.

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Índice

Todo ano, uma grande quantidade de petróleo acaba no oceano, o que levanta preocupações sobre os efeitos prejudiciais que isso pode ter na vida marinha e na saúde dos ecossistemas oceânicos. Esse petróleo vem tanto de fontes naturais quanto de atividades humanas. A presença de petróleo no oceano pode ser suficiente para cobrir uma vasta área com uma camada fina, afetando muitos organismos. O oceano também produz naturalmente gases como o Metano, que é um gás de efeito estufa forte. Estima-se que o oceano contribua com uma pequena porcentagem de metano para a atmosfera. Assim, quando microrganismos na água consomem petróleo e gases, eles trazem benefícios importantes para o meio ambiente, ajudando a manter a saúde marinha e capturando gases que, de outra forma, iriam para o ar.

Um evento marcante que destacou esse problema foi o derramamento de petróleo da Deepwater Horizon em 2010. Por vários meses, uma quantidade enorme de petróleo e gás foi liberada no Golfo do México. Como o vazamento aconteceu em águas profundas, os métodos habituais de limpeza do petróleo, como a luz do sol degradando-o ou a remoção física, não foram possíveis. Em vez disso, os microrganismos se tornaram a principal forma de mitigar os impactos do derramamento, quebrando o petróleo.

Embora já tenha havido alguns estudos sobre os Micróbios minúsculos nas águas profundas, ainda não sabemos muito sobre eles. Pesquisas mostraram que, quando as águas do Golfo foram contaminadas com petróleo, a diversidade desses microrganismos diminuiu em comparação com as águas não contaminadas. Essa mudança nos tipos e quantidades de micróbios presentes nas áreas afetadas pelo petróleo foi registrada. Certos grupos de micróbios prosperaram durante o derramamento, dependendo dos tipos de Hidrocarbonetos disponíveis. Por exemplo, um grupo de microrganismos dominou quando compostos mais leves estavam presentes, enquanto outros grupos os substituíram quando diferentes tipos de hidrocarbonetos se tornaram mais abundantes.

Apesar do tempo que passou desde o vazamento da Deepwater Horizon, ainda faltam informações detalhadas sobre como esses micróbios de águas profundas quebram hidrocarbonetos. Embora saibamos que o metano foi um dos hidrocarbonetos mais comuns liberados, ainda não entendemos completamente quais microrganismos específicos são responsáveis por isso. Diversos métodos mostraram que há uma diversidade de genes e transcrições relacionadas à oxidação do metano entre esses microrganismos, mas a identidade exata das bactérias envolvidas ainda não está clara. Outros hidrocarbonetos, como compostos de cadeia reta e aromáticos, também foram encontrados na área do vazamento, e alguns processos essenciais de degradação foram identificados, mas o conhecimento sobre quais micróbios participam desses processos é limitado.

Objetivos do Estudo

Há uma lacuna de conhecimento sobre as capacidades de degradação desses micróbios no Golfo do México e em outros lugares. O objetivo é reunir mais informações sobre o que microrganismos específicos conseguem fazer em termos de quebrar hidrocarbonetos. Isso envolve olhar para amostras coletadas anteriormente do vazamento da Deepwater Horizon e aplicar novas técnicas para montar dados sobre os microrganismos presentes nas amostras. Isso vai ajudar a preencher lacunas sobre como grupos específicos de microrganismos contribuem para a degradação de hidrocarbonetos no oceano.

Métodos

Coleta de Amostras

Em 2010, foi coletada água do mar no Golfo do México durante duas expedições de pesquisa. Essas amostras foram filtradas para isolar os micróbios presentes na água.

Extração de DNA e RNA

Os pesquisadores seguiram um procedimento específico para extrair DNA e RNA das amostras coletadas. O DNA e o RNA foram amplificados para aumentar a quantidade disponível para sequenciamento. Esse processo envolveu várias etapas, incluindo a ruptura das células microbianas, purificação do material resultante e preparação para sequenciamento.

Sequenciamento e Análise de Dados

O DNA e o RNA extraídos foram sequenciados usando tecnologia avançada que permitiu uma análise detalhada da comunidade microbiana presente nas amostras. A qualidade dos dados do sequenciamento foi verificada, e leituras de baixa qualidade foram removidas. Os dados restantes foram organizados em um quadro completo dos micróbios presentes nas amostras.

Análise Funcional

Assim que as sequências foram obtidas, os pesquisadores procuraram por diferentes genes que indicavam quais micróbios poderiam quebrar hidrocarbonetos. Isso envolveu comparar as sequências com bancos de dados conhecidos de genes microbianos.

Resultados

Diversidade e Abundância Microbiana

A análise revelou uma grande variedade de micróbios nas amostras do Golfo do México. Alguns dos grupos mais abundantes incluíram bactérias conhecidas por quebrar hidrocarbonetos. O estudo descobriu que micróbios específicos eram mais abundantes nas águas contaminadas em comparação com áreas não contaminadas.

Vias de Degradação de Hidrocarbonetos

A análise mostrou que certos micróbios estavam bem equipados para quebrar hidrocarbonetos gasosos como o metano. Por exemplo, genes específicos associados à oxidação do metano foram encontrados em grupos microbianos chave. Além disso, o estudo detectou evidências das capacidades microbianas para quebrar hidrocarbonetos de cadeia reta e aromáticos, que são compostos tóxicos frequentemente encontrados em petróleo.

Aquisição de Nutrientes

Os resultados indicaram que os micróbios também tinham a capacidade de adquirir nutrientes vitais como nitrogênio e fósforo, que são essenciais para seu crescimento e para manter os processos que permitem que eles quebrem hidrocarbonetos de forma eficiente. A presença de genes relacionados ao transporte de nutrientes sugere que esses micróbios estavam bem adaptados às condições do Golfo do México.

Fatores Ambientais que Influenciam a Atividade Microbiana

O estudo também descobriu que fatores ambientais, como temperatura e disponibilidade de nutrientes, provavelmente influenciaram a atividade microbiana. A presença de proteínas de choque térmico indica que esses micróbios estavam se adaptando às temperaturas frias do fundo do mar, o que pode afetar seu metabolismo e capacidades de degradação de hidrocarbonetos.

Discussão

Importância da Degradação Microbiana de Hidrocarbonetos

A degradação microbiana de hidrocarbonetos é essencial para manter a saúde do oceano, especialmente após vazamentos de petróleo. As descobertas destacam o papel significativo que os microrganismos nativos desempenham na quebra de compostos prejudiciais, levando à recuperação dos ecossistemas afetados.

Implicações para Futuros Vazamentos de Petróleo

Com uma melhor compreensão de quais micróbios conseguem degradar diferentes hidrocarbonetos, as respostas a futuros vazamentos de petróleo podem ser mais eficazes. Os resultados ressaltam a importância de monitorar comunidades microbianas após um derramamento de petróleo para avaliar suas capacidades e contribuições para a biorremediação.

Necessidade de Mais Pesquisa

Apesar dessas descobertas, ainda há muito a aprender sobre os mecanismos pelos quais esses micróbios quebram hidrocarbonetos. Mais pesquisa é necessária para entender as interações específicas entre diferentes grupos microbianos e como eles colaboram para degradar hidrocarbonetos em vários ambientes marinhos.

Relevância Global

As descobertas do Golfo do México podem fornecer insights aplicáveis a outras partes do mundo. Com os vazamentos de petróleo e a poluição por plásticos sendo questões ambientais urgentes, entender os mecanismos microbianos envolvidos na degradação de hidrocarbonetos pode ajudar a informar estratégias para gerenciar a poluição em uma escala global.

Conclusão

O estudo destaca o papel essencial que os micróbios desempenham na degradação de hidrocarbonetos no oceano. A capacidade de microrganismos específicos de metabolizar petróleo e gás não só ajuda a mitigar o impacto dos vazamentos, mas também contribui para a saúde geral dos ecossistemas marinhos. A pesquisa contínua é crucial para desenvolver estratégias eficazes para enfrentar futuros eventos de poluição e para aumentar nosso entendimento da ecologia microbiana no oceano.

Fonte original

Título: Novel, active, and uncultured hydrocarbon degrading microbes in the ocean

Resumo: Given the vast quantity of oil and gas input to the marine environment annually, hydrocarbon degradation by marine microorganisms is an essential ecosystem service. Linkages between taxonomy and hydrocarbon degradation capabilities are largely based on cultivation studies, leaving a knowledge gap regarding the intrinsic ability of uncultured marine microbes to degrade hydrocarbons. To address this knowledge gap, metagenomic sequence data from the Deepwater Horizon (DWH) oil spill deep-sea plume was assembled to which metagenomic and metatranscriptomic reads were mapped. Assembly and binning produced new DWH metagenome assembled genomes that were evaluated along with their close relatives, all of which are from the marine environment (38 total). These analyses revealed globally distributed hydrocarbon degrading microbes with clade specific substrate degradation potentials that have not been reported previously. For example, methane oxidation capabilities were identified in all Cycloclasticus. Further, all Bermanella encoded and expressed genes for non-gaseous n-alkane degradation; however, DWH Bermanella encoded alkane hydroxylase, not alkane 1-monooxygenase. All but one previously unrecognized DWH plume members in the SAR324 and UBA11654 coded for aromatic hydrocarbon degradation. In contrast, Colwellia were diverse in the hydrocarbon substrates they could degrade. All clades encoded nutrient acquisition strategies and response to cold temperatures, while sensory and acquisition capabilities were clade specific. These novel insights regarding hydrocarbon degradation by uncultured planktonic microbes provided missing data, allowing for better prediction of the fate of oil and gas when hydrocarbons are input to the ocean, leading to a greater understanding of the ecological consequences to the marine environment. ImportanceMicrobial degradation of hydrocarbons is a critically important process promoting ecosystem health, yet much of what is known about this process is based on physiological experiments with a few hydrocarbon substrates and cultured microbes. Thus, the ability to degrade the diversity of hydrocarbons that comprise oil and gas by microbes in the environment, particularly in the ocean, is not well characterized. Therefore, this study aimed to utilize non-cultivation based omics data to explore novel genomes of uncultured marine microbes involved in degradation of oil and gas. Analyses of newly assembled metagenomic data and metagenomic and metatranscriptomic read recruitment revealed globally distributed hydrocarbon degrading marine microbes with clade specific substrate degradation potentials that have not been previously reported. This new understanding of oil and gas degradation by uncultured marine microbes suggested that the global ocean harbors a diversity of hydrocarbon degrading Bacteria, that can act as primary agents regulating ecosystem health.

Autores: Olivia U Mason, K. L. Howe, J. Zaugg

Última atualização: 2024-01-21 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.01.20.576437

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.01.20.576437.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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