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# Ciências da saúde# Oncologia

Insights sobre Subtipos de Câncer de Mama e Resultados

Um estudo revela a ligação entre a pureza dos subtipos e o prognóstico do câncer de mama.

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O câncer de mama não é só uma doença; tem vários tipos, cada um agindo de um jeito. Uma maneira de classificar esses tipos é através de um teste chamado PAM50 profiling, que analisa a expressão gênica de amostras tumorais. Esse teste ajuda a identificar diferentes categorias de câncer de mama, mostrando as diferenças nas características dos tumores e como o câncer se comporta.

Embora o PAM50 profiling dê uma boa visão geral, os cânceres individuais podem mostrar uma mistura de características de diferentes tipos. Às vezes, um tumor pode ter características de mais de um subtipo. Essa mistura pode influenciar como o câncer responde ao tratamento e sua perspectiva geral.

Avanços Recentes na Análise do Câncer de Mama

Antes, os pesquisadores exploraram como os dados de expressão gênica poderiam ajudar a entender melhor essas misturas. Eles criaram uma nova medida chamada Distance Ratio Criteria (DRC), que analisa quão semelhante um tumor Luminal A (um subtipo que é considerado ter uma melhor perspectiva) é em relação a outros tipos. Assim, conseguiram distinguir diferentes casos de Luma com base em quão relacionados eles eram a um câncer LumA típico.

Neste estudo, os pesquisadores foram além, usando uma técnica chamada semi-supervised non-negative matrix factorization (ssNMF) em dados gênicos extensos de vários grupos de câncer de mama. Isso permitiu que vissem como casos individuais se relacionavam com os quatro principais Subtipos de câncer de mama. Analisando muitos genes, puderam criar uma compreensão mais detalhada dos cânceres LumA, especialmente aqueles que mostravam características de outros tipos.

Grupos de Estudo

Os pesquisadores combinaram informações de dois grandes grupos de pesquisa sobre câncer de mama para formar sua população de estudo. Eles coletaram dados de mais de 3.000 casos no total, focando em quase 1.200 casos de LumA. Eles prepararam os dados com cuidado para garantir consistência entre os grupos.

Cada caso foi atribuído a um dos cinco subtipos PAM50 com base em métodos previamente estabelecidos, enquanto garantiam que quaisquer casos normais fossem excluídos do estudo. A análise se concentrou em entender como esses cânceres variavam entre si.

A Técnica ssNMF

A fatoração de matrizes não-negativa (NMF) é um método robusto para analisar dados gênicos. Ela permite que os pesquisadores desmembram a expressão gênica complexa em componentes mais simples que representam características subjacentes do tumor. A ssNMF melhora a NMF básica ao classificar cada caso em um dos subtipos PAM50 enquanto reconstrói os dados originais.

O método ssNMF ajuda a entender quanto de cada subtipo está presente em uma amostra de câncer. Neste estudo, os pesquisadores focaram nos casos de LumA para medir quão "puros" esses casos eram em termos de sua assinatura LumA. Eles analisaram as proporções de outros subtipos presentes em cada caso para classificá-los adequadamente.

Examinando Características Clínicas e Sobrevivência

Para saber se os casos de LumA com características de subtipos mistos tinham piores resultados do que os casos puros de LumA, os pesquisadores compararam várias características. Eles olharam para aspectos clínicos como idade no diagnóstico, tamanho do tumor, estágio e status do receptor hormonal. Também avaliaram características moleculares, incluindo escores de proliferação e prevalência de mutações.

Os resultados mostraram que os casos de LumA com menos pureza (mais características misturadas) tendiam a ser mais velhos, menos propensos a serem positivos para receptor hormonal, e mais propensos a ter tumores maiores e envolvimento de linfonodos. Esses casos mistos também tinham escores mais altos indicando uma maior chance de recorrência do câncer.

As análises mostraram uma tendência clara: quanto mais pura a assinatura LumA, melhores eram os resultados gerais para os pacientes. Isso sugere que ter um subtipo LumA puro está ligado a um melhor Prognóstico.

Análise Geral de Sobrevivência

O estudo também examinou como a sobrevivência variou entre os casos de LumA. Os pesquisadores usaram curvas de sobrevivência para visualizar as diferenças nos resultados com base na pureza dos subtipos. Eles encontraram uma diferença significativa entre os casos com a menor e a maior pureza, abrindo caminho para entender melhor as probabilidades de sobrevivência.

Pacientes com a maior pureza tinham um risco de mortalidade muito menor do que aqueles com pureza mais baixa. Essas descobertas sugerem que manter um perfil mais parecido com o LumA pode ter efeitos favoráveis na sobrevivência.

Olhando para Subtipos Alternativos

Os pesquisadores fizeram comparações adicionais entre casos de LumA puros e aqueles com características significativas de subtipos alternativos (LumB, HER2 ou Basal). Eles descobriram que casos com características de LumB ou HER2 tinham piores resultados em comparação aos casos puros de LumA. Isso significa que tumores que se misturaram com esses subtipos poderiam representar desafios maiores para os pacientes.

Curiosamente, os casos com características Basal mostraram um padrão diferente. Embora tivessem algumas características piores, suas taxas de sobrevivência geral não eram significativamente diferentes dos casos puros de LumA. Essa descoberta inesperada destaca a complexidade dos subtipos de câncer de mama e a necessidade de mais investigação.

Perspectivas sobre Características Tumorais

A pesquisa revelou que os tumores LumA podem exibir uma ampla gama de características com base em sua pureza de subtipo. Casos que eram mais parecidos com LumA mostraram melhores características clínicas e moleculares, enquanto aqueles que mostravam características significativas de outros subtipos enfrentavam um prognóstico mais desafiador.

Em particular, os casos de LumA misturados com LumB ou HER2 tinham escores piores para indicadores chave do comportamento do câncer, sugerindo que essas misturas poderiam complicar as opções de tratamento. Os dados mostraram que quanto mais um caso se parecia com um tumor LumA, melhor a probabilidade de resultados favoráveis.

Implicações para o Tratamento

Essas descobertas têm implicações significativas sobre como o câncer de mama é tratado. Saber que certos subtipos misturados nos casos de LumA podem levar a piores resultados enfatiza a necessidade de abordagens de tratamento personalizadas. É fundamental entender o perfil específico do tumor de um paciente para otimizar a terapia e melhorar as chances de sobrevivência.

Além disso, a complexidade da heterogeneidade intratumoral – a presença de várias características de câncer dentro do mesmo tumor – destaca a importância de testes abrangentes. Um único teste pode não captar a totalidade do comportamento do câncer, então usar múltiplas abordagens pode fornecer uma compreensão mais clara do tumor de um paciente.

Direções Futuras

O estudo sugere caminhos para futuras pesquisas, incluindo mergulhar mais fundo nas vias subjacentes que levam à mistura de subtipos. Explorando essas vias, os pesquisadores podem entender melhor como diferentes traços do câncer surgem e evoluem.

Usar técnicas avançadas, como sequenciamento de RNA de célula única, pode também ajudar a esclarecer como as células tumorais interagem e influenciam umas às outras. As percepções obtidas a partir de tais estudos poderiam refinar as estratégias de tratamento e levar a terapias mais eficazes.

Conclusão

Em resumo, o estudo traz à tona a complexa paisagem dos tipos de câncer de mama e como os perfis gênicos podem melhorar nossa compreensão do comportamento tumoral. Destaca a importância da pureza do subtipo na previsão de resultados e a necessidade de abordagens de tratamento personalizadas com base em perfis moleculares detalhados. Ao entender melhor as complexidades do câncer de mama, os pesquisadores podem, em última análise, trabalhar para melhorar o atendimento ao paciente e as taxas de sobrevivência.

Fonte original

Título: Quantification of Subtype Purity in Luminal A Breast Cancer Predicts Clinical Characteristics and Survival

Resumo: PurposePAM50 profiling assigns each breast cancer to a single intrinsic subtype based on a bulk tissue sample. However, individual cancers may show evidence of admixture with an alternate subtype that could affect prognosis and treatment response. We developed a method to model subtype admixture using semi-supervised non-negative matrix factorization (ssNMF) of whole transcriptome data and associated it with tumor, molecular, and survival characteristics for Luminal A (LumA) samples. MethodsWe combined TCGA and METABRIC cohorts and obtained transcriptome, molecular, and clinical data, which yielded 11,379 gene transcripts in common, and 1,179 cases assigned to LumA. We used ssNMF to compute the subtype admixture proportions of the four major subtypes - pLumA, pLumB, pHER2 and pBasal - for each case and measured associations with tumor characteristics, molecular features, and survival. ResultsLuminal A cases with low pLumA transcriptomic proportion were likelier to have non-luminal pathology, higher clinical and genomic risk factors, and lower overall survival (log rank P < 10-5), independent of age, stage, and tumor size. We found positive associations between pHER2 and HER2-positivity by IHC or FISH; between pLumB and PR negativity; and between pBasal and younger age, node positivity, TP53 mutation, and EGFR expression. Predominant basal admixture, in contrast to predominant LumB or HER2 admixture, was not associated with shorter survival. ConclusionsBulk sampling for genomic analyses provides an opportunity to expose intratumor heterogeneity, as reflected by subtype admixture. Our results elucidate the striking extent of diversity among LumA cancers and suggest that determining the extent and type of admixture holds promise for refining individualized therapy. LumA cancers with a high degree of basal admixture appear to have distinct biological characterstics that warrant further study.

Autores: Amit Sethi, N. Kumar, P. H. Gann, S. McGregor

Última atualização: 2023-03-01 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.02.27.23286511

Fonte PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.02.27.23286511.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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