Simple Science

Ciência de ponta explicada de forma simples

# Informática# Visão computacional e reconhecimento de padrões# Inteligência Artificial

Avanços em Histopatologia Através de Técnicas de Deep Learning

Usando deep learning pra melhorar a classificação de doenças em histopatologia.

― 5 min ler


Deep Learning TransformaDeep Learning Transformaa Histopatologiadoenças com modelos avançados.Revolucionando a classificação de
Índice

A histopatologia é uma área que estuda doenças analisando tecidos sob um microscópio. Médicos e especialistas examinam esses tecidos pra identificar várias condições e doenças. Recentemente, a tecnologia deu grandes avanços pra ajudar nessas tarefas, especialmente com o uso de Aprendizado Profundo. O aprendizado profundo é uma parte da inteligência artificial que ensina os computadores a reconhecer padrões nos dados. Isso inclui reconhecer características em imagens, que pode melhorar o diagnóstico e o tratamento.

O Desafio dos Dados

Um desafio importante na histopatologia é a necessidade de uma grande quantidade de dados rotulados pra treinar modelos de aprendizado profundo. Rotular dados não é só demorado, mas também caro. É preciso de profissionais qualificados, como patologistas, pra rotular amostras de tecido com precisão. Além disso, algumas condições são bem raras, então não tem muito dado disponível pra treinar esses modelos de forma eficaz. Ter dados limitados aumenta o risco de overfitting, onde um modelo aprende a se sair bem com os dados de treino, mas falha em generalizar pra novos dados.

Uma Nova Abordagem

Pra resolver esses problemas, podemos usar um modelo de aprendizado profundo que já foi treinado em grandes conjuntos de dados pra extrair características importantes de novas imagens. Esse modelo ajuda a converter as imagens em um formato mais simples conhecido como embeddings. Esses embeddings contêm informações importantes sobre as imagens e são bem mais fáceis de trabalhar. Depois dessa conversão, modelos menores, chamados de cabeçotes de classificação, podem ser treinados pra realizar tarefas específicas, como detectar certas doenças.

Usar esse método tem várias vantagens:

  1. Eficiência: Podemos usar o mesmo modelo treinado pra tarefas diferentes.
  2. Menos Dados Necessários: Modelos menores precisam de menos dados rotulados pra treinar.
  3. Treinamento Mais Rápido: Modelos menores podem ser treinados bem mais rápido.

Processo de Seleção de Backbone

Pra garantir o melhor desempenho, precisamos escolher o modelo backbone certo que vai extrair as características de forma eficaz. Criamos um conjunto de dados feito de milhares de imagens de histopatologia da mama. Esse conjunto de dados ajuda a avaliar diferentes modelos backbone. Comparando vários modelos, identificamos o que funciona melhor pra imagens de histopatologia.

Nos nossos experimentos, descobrimos que backbones treinados em conjuntos de dados gerais, como o ImageNet, costumam ter um desempenho melhor do que aqueles treinados especificamente em imagens médicas. Essa descoberta sugere que a forma como os modelos foram treinados afeta muito seu desempenho em tarefas específicas.

Tarefas de Classificação

Aplicamos nossa abordagem a três tarefas principais de classificação:

  1. Microcalcificações: Esses são pequenos depósitos de cálcio nos tecidos que podem indicar câncer de mama.
  2. Metástase em Linfonodos: Isso envolve determinar se o câncer se espalhou para os linfonodos.
  3. Mitose: Isso se refere ao processo de divisão celular e é importante pra entender o comportamento do tumor.

Pra cada uma dessas tarefas, treinamos nossos cabeçotes de classificação usando os embeddings gerados pelo nosso backbone selecionado. Usando embeddings de vários níveis de zoom, conseguimos captar mais informações, ajudando a melhorar o desempenho do modelo.

Resultados das Tarefas de Classificação

Nosso método mostrou melhorias claras em todas as tarefas:

  • Para microcalcificações, teve um aumento de 29,1% na precisão.
  • Para detecção de metástase em linfonodos, vimos um aumento de 12,5%.
  • Na classificação de mitose, nosso método melhorou a precisão em 15,0%.

Essas melhorias demonstram que usar embeddings profundas e selecionar backbones com cuidado pode ajudar bastante nas tarefas de classificação em histopatologia.

Vantagens do Aprendizado de Características Profundas

O método de aprendizado de características profundas tem várias vantagens principais:

  • Tempos de Treinamento Mais Curtos: Em vez de levar horas, o treinamento agora pode levar apenas minutos.
  • Melhor Desempenho: Nossos modelos superam as abordagens tradicionais de aprendizado profundo, especialmente quando treinados em conjuntos de dados menores.
  • Flexibilidade com Múltiplas Entradas: Pode lidar com imagens tiradas em diferentes níveis de zoom de forma eficaz, capturando tanto o contexto geral quanto os detalhes finos.

Desafios da Aumento de Imagem

Uma dificuldade que enfrentamos foi em relação à aumento de imagem, que é uma técnica usada pra melhorar o conjunto de dados de treinamento adicionando mais variações. No aprendizado profundo tradicional, isso geralmente é feito em tempo real durante o treinamento. No entanto, como estamos trabalhando com embeddings, não conseguimos aumentar as imagens da mesma forma.

Pra contornar isso, aplicamos ruído diretamente nos embeddings durante o treinamento. Essa abordagem se mostrou eficaz e pode ajudar os modelos a se saírem melhor. Trabalhos futuros poderiam explorar outros métodos de aumento de embeddings pra aumentar ainda mais o desempenho.

Conclusão

Resumindo, nossa abordagem de aprendizado de características profundas oferece uma solução promissora pra tarefas de classificação em histopatologia. Ao extrair características significativas das imagens e treinar modelos menores, conseguimos superar desafios relacionados à escassez de dados e ao tempo de treinamento. Nosso processo de seleção de backbone identifica claramente quais modelos têm o melhor desempenho, levando a uma precisão melhor na identificação de doenças. Os resultados das nossas três tarefas destacam a eficácia desse método em melhorar o desempenho da classificação.

À medida que a patologia digital continua a evoluir, a integração de técnicas de aprendizado profundo como essas pode aumentar a precisão e eficiência diagnóstica, beneficiando tanto pacientes quanto profissionais de saúde. Isso é um avanço significativo no uso da tecnologia pra melhorar resultados de saúde, e ainda há muitas oportunidades a explorar nesse domínio.

Fonte original

Título: Classification in Histopathology: A unique deep embeddings extractor for multiple classification tasks

Resumo: In biomedical imaging, deep learning-based methods are state-of-the-art for every modality (virtual slides, MRI, etc.) In histopathology, these methods can be used to detect certain biomarkers or classify lesions. However, such techniques require large amounts of data to train high-performing models which can be intrinsically difficult to acquire, especially when it comes to scarce biomarkers. To address this challenge, we use a single, pre-trained, deep embeddings extractor to convert images into deep features and train small, dedicated classification head on these embeddings for each classification task. This approach offers several benefits such as the ability to reuse a single pre-trained deep network for various tasks; reducing the amount of labeled data needed as classification heads have fewer parameters; and accelerating training time by up to 1000 times, which allows for much more tuning of the classification head. In this work, we perform an extensive comparison of various open-source backbones and assess their fit to the target histological image domain. This is achieved using a novel method based on a proxy classification task. We demonstrate that thanks to this selection method, an optimal feature extractor can be selected for different tasks on the target domain. We also introduce a feature space augmentation strategy which proves to substantially improve the final metrics computed for the different tasks considered. To demonstrate the benefit of such backbone selection and feature-space augmentation, our experiments are carried out on three separate classification tasks and show a clear improvement on each of them: microcalcifications (29.1% F1-score increase), lymph nodes metastasis (12.5% F1-score increase), mitosis (15.0% F1-score increase).

Autores: Adrien Nivaggioli, Nicolas Pozin, Rémy Peyret, Stéphane Sockeel, Marie Sockeel, Nicolas Nerrienet, Marceau Clavel, Clara Simmat, Catherine Miquel

Última atualização: 2023-03-09 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://arxiv.org/abs/2303.05180

Fonte PDF: https://arxiv.org/pdf/2303.05180

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

Obrigado ao arxiv pela utilização da sua interoperabilidade de acesso aberto.

Artigos semelhantes