Nova Classe de Medicamentos Alvo de Proteínas Causadoras de Doenças
Desgradadores de cola molecular podem mudar a forma como tratamos doenças relacionadas a proteínas.
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Desgradadores de cola molecular são um novo tipo de medicamento que pode ajudar a quebrar proteínas específicas no corpo. Esses medicamentos funcionam juntando uma enzima chamada ligase E3 ubiquitina perto de uma proteína alvo. Quando elas ficam perto uma da outra, a ligase E3 consegue anexar pequenas proteínas chamadas ubiquitinas à proteína alvo, marcando-a para destruição pelo sistema de descarte de resíduos da célula, conhecido como proteassoma. Esse jeito de agir faz dos desgradadores de cola molecular uma opção empolgante para tratar doenças onde certas proteínas estão causando problemas.
Por que desgradadores de cola molecular?
Uma das razões pelas quais os desgradadores de cola molecular são considerados melhores que outros tipos de medicamentos, como os PROTACs, é que eles são menores. Medicamentos menores costumam ser mais fáceis para o corpo usar. Eles também podem aproveitar interações específicas entre proteínas que outros medicamentos não conseguem, permitindo que atinjam proteínas que seriam difíceis de alcançar. No entanto, a maioria dos desgradadores de cola molecular atuais foi encontrada por acaso ou por técnicas de triagem ampla, e projetá-los de uma forma focada ainda é um desafio.
Pesquisas recentes mostraram que pequenas mudanças em medicamentos existentes podem transformá-los em desgradadores de cola molecular. Isso é uma possibilidade empolgante porque significa que os cientistas podem criar novos medicamentos modificando os que já existem. Os pesquisadores também descobriram formas de identificar ligases E3 que podem ser alvo de moléculas especiais. Isso abriu novas possibilidades para criar desgradadores que podem ajudar em várias aplicações médicas.
Descobrindo novas alças químicas
Em estudos recentes, os cientistas tentaram encontrar mais alças químicas que poderiam ajudar a converter medicamentos comuns em desgradadores de cola molecular. Eles se concentraram em um composto chamado JQ1, que é conhecido por inibir uma proteína específica. Ao criar diferentes versões do JQ1 que poderiam reagir com aminoácidos específicos nas ligases E3, descobriram um novo composto chamado ML 1-50. Esse composto foi eficaz em degradar uma proteína chamada BRD4 em certos tipos de células.
Os pesquisadores descobriram que o ML 1-50 poderia reduzir os níveis de BRD4 de forma dependente da dose, ou seja, quantidades maiores do medicamento resultaram em reduções mais significativas na proteína alvo. Curiosamente, o ML 1-50 se saiu especialmente bem em degradar uma versão mais curta do BRD4, tornando-se um candidato promissor para estudos futuros. Os pesquisadores confirmaram que a ação do ML 1-50 dependia da atividade da ligase E3 DCAF16, que desempenha um papel crítico no processo de degradação.
Entendendo as ligases E3 e seu papel
As ligases E3 são componentes essenciais no processo de degradação de proteínas. Elas ajudam a anexar ubiquitina às proteínas alvo, marcando-as para destruição. Diferentes ligases E3 podem mirar proteínas diferentes, tornando-as essenciais para o design eficaz de medicamentos. Neste estudo, a DCAF16 foi identificada como a ligase E3 responsável pela ação do ML 1-50.
Os pesquisadores usaram diversas técnicas para confirmar que o ML 1-50 interagiu diretamente com a DCAF16. Eles descobriram que em células que não tinham a DCAF16, a degradação do BRD4 não poderia ocorrer, confirmando seu papel no processo. Essa descoberta destaca a importância de entender como diferentes medicamentos interagem com ligases E3 específicas.
Analisando outros alvos potenciais
Enquanto o BRD4 é um alvo bem estudado, os pesquisadores queriam saber se a mesma abordagem poderia funcionar para outras proteínas. Eles testaram a alça piperazina vinilsulfonila com outros medicamentos para ver se também poderia levar à degradação eficaz de outros alvos. Um experimento envolveu um medicamento chamado ribociclib, que geralmente é usado para inibir o CDK4, uma proteína envolvida no câncer. Depois de adicionar a nova alça química, os pesquisadores descobriram que ela poderia degradar o CDK4, embora não tão eficazmente quanto o ML 1-50 fez com o BRD4.
Além disso, eles testaram a alça em outras proteínas, como SMARCA2 e SMARCA4, e descobriram que ela também conseguia degradar esses alvos de forma eficaz. Isso sugere que a nova alça química tem uma aplicação ampla em diferentes proteínas.
Implicações mais amplas da pesquisa
A descoberta de uma alça química que permite a degradação de várias proteínas abre novas portas para o desenvolvimento de medicamentos. Isso sugere que pode ser possível criar novos tratamentos para várias doenças, especialmente cânceres, onde certas proteínas estão superativas ou mutadas. A capacidade de degradar proteínas problemáticas pode levar a melhores opções de tratamento que visam especificamente as causas subjacentes das doenças.
Além disso, a pesquisa indica que medicamentos existentes podem potencialmente ser transformados em desgradadores de cola molecular com modificações simples. Isso representa uma abordagem econômica e rápida para o desenvolvimento de medicamentos em comparação à criação de medicamentos totalmente novos do zero.
Limitações e considerações futuras
Apesar dos achados empolgantes, ainda existem desafios a serem superados. Embora os novos desgradadores tenham mostrado potencial em estudos de laboratório, sua eficácia em organismos vivos precisa de mais investigação. Os pesquisadores notaram que a potência e a seletividade dos novos compostos precisam melhorar antes que possam ser usados clinicamente.
Além disso, os cientistas devem continuar explorando as interações entre diferentes ligases E3 e suas proteínas alvo. Nem todos os desgradadores funcionarão através das mesmas ligases E3. Por exemplo, pesquisas anteriores descobriram que um desgradador diferente que mira o BRD4 agiu através da RNF126 em vez da DCAF16. Isso indica que uma compreensão mais profunda dessas interações é essencial para otimizar o design de medicamentos.
Conclusão
Em resumo, a pesquisa identifica novas formas de desenvolver desgradadores de cola molecular que podem efetivamente mirar e degradar proteínas específicas. Ao entender os papéis das ligases E3 como a DCAF16 e explorar novas alças químicas, os cientistas podem expandir as ferramentas disponíveis para o desenvolvimento de medicamentos, especialmente na terapia do câncer. A possibilidade de reaproveitar medicamentos existentes em degradadores eficazes apresenta uma oportunidade revolucionária para a saúde, abrindo caminho para tratamentos inovadores que visam proteínas que antes eram difíceis de alcançar. No entanto, mais estudos são necessários para abordar desafios relacionados à potência, seletividade e aplicação prática em ambientes clínicos.
Título: DCAF16-Based Covalent Handle for the Rational Design of Monovalent Degraders
Resumo: Targeted protein degradation with monovalent molecular glue degraders is a powerful therapeutic modality for eliminating disease causing proteins. However, rational design of molecular glue degraders remains challenging. In this study, we sought to identify a transplantable and linker-less covalent handle that could be appended onto the exit vector of various protein-targeting ligands to induce the degradation of their respective targets. Using the BET family inhibitor JQ1 as a testbed, we synthesized and screened a series of covalent JQ1 analogs and identified a vinylsulfonyl piperazine handle that led to the potent and selective degradation of BRD4 in cells. Through chemoproteomic profiling, we identified DCAF16 as the E3 ligase responsible for BRD4 degradation--an E3 ligase substrate receptor that has been previously covalently targeted for molecular glue-based degradation of BRD4. Interestingly, we demonstrated that this covalent handle can be transplanted across a diverse array of protein-targeting ligands spanning many different protein classes to induce the degradation of CDK4, the androgen receptor, BTK, SMARCA2/4, and BCR-ABL/c-ABL. Our study reveals a DCAF16-based covalent degradative and linker-less chemical handle that can be attached to protein-targeting ligands to induce the degradation of several different classes of protein targets.
Autores: Daniel K. Nomura, M. Lim, T. Do Cong, L. M. Orr, E. S. Toriki, A. C. Kile, J. W. Papatzimas, E. Lee
Última atualização: 2024-02-22 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.20.580683
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.02.20.580683.full.pdf
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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