Avanços na Descoberta de Medicamentos Através do Aprendizado de Máquina
Novo método melhora previsões no desenvolvimento de medicamentos usando dados combinados de diferentes áreas.
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Índice
- O Papel do Aprendizado de Máquina na Descoberta de Medicamentos
- A Importância dos Dados
- Prevendo Efeitos Usando Dois Domínios
- Métodos Tradicionais de Aprendizado por Transferência
- Uma Nova Abordagem: Rede Neural de Passagem de Mensagem Simbiótica
- Como Funciona a SMPNN?
- Comparação de Desempenho
- Aplicações no Mundo Real
- Desafios e Direções Futuras
- Conclusão
- Fonte original
- Ligações de referência
Nos últimos anos, os cientistas têm procurado maneiras novas de descobrir medicamentos de forma mais eficiente. Um método promissor é usar modelos de computador que ajudam a explorar e analisar milhões de compostos químicos diferentes. Esse método pode economizar tempo e recursos no desenvolvimento de novos tratamentos para doenças.
O Papel do Aprendizado de Máquina na Descoberta de Medicamentos
Aprendizado de máquina é um tipo de inteligência artificial que ajuda os computadores a aprenderem com Dados. Na descoberta de medicamentos, os cientistas podem usar aprendizado de máquina para prever como diferentes compostos vão se comportar. Ao examinar propriedades químicas, os pesquisadores conseguem entender melhor quais compostos podem funcionar como medicamentos. Mas, criar um modelo confiável exige um grande conjunto de dados de compostos conhecidos e seus efeitos. Isso pode ser um desafio, já que nem todos os compostos foram testados em laboratório.
A Importância dos Dados
Dados são cruciais em qualquer pesquisa científica, especialmente na descoberta de medicamentos. Os pesquisadores muitas vezes dependem de conjuntos de dados existentes que têm informações sobre como certos compostos se saem. Porém, a disponibilidade de dados de alta qualidade pode variar muito entre diferentes áreas. Por exemplo, pode ser mais fácil coletar dados sobre os efeitos de compostos em bactérias do que em fungos ou outros organismos. Isso levanta uma questão importante: como os pesquisadores podem aproveitar ao máximo os dados que têm enquanto tentam prever como compostos vão se comportar em áreas com dados limitados?
Prevendo Efeitos Usando Dois Domínios
Para lidar com esse desafio, os cientistas podem usar uma técnica chamada aprendizado por transferência. Isso envolve pegar conhecimento de uma área (ou domínio) onde têm muitos dados e aplicá-lo a outra área onde têm menos informações. Por exemplo, os pesquisadores podem ter um grande conjunto de dados sobre como um certo composto afeta bactérias. Eles poderiam usar essa informação para prever como aquele composto poderia se sair contra fungos.
Métodos Tradicionais de Aprendizado por Transferência
Tradicionalmente, as abordagens de aprendizado por transferência focaram em treinar modelos usando dados de um domínio e depois ajustá-los para um segundo domínio. No entanto, esses métodos geralmente enfrentam limitações, e o sucesso pode variar dependendo da complexidade de ambos os domínios.
Uma Nova Abordagem: Rede Neural de Passagem de Mensagem Simbiótica
Em resposta a essas limitações, os pesquisadores desenvolveram um novo método chamado Rede Neural de Passagem de Mensagem Simbiótica (SMPNN). Essa abordagem permite que diferentes modelos treinados com dados de dois domínios separados se comuniquem e trabalhem juntos. Criando novas vias de troca de informações, a SMPNN pode ajudar a resolver potenciais conflitos entre modelos que podem surgir devido a diferentes fontes de dados.
Como Funciona a SMPNN?
A SMPNN combina essencialmente modelos de diferentes domínios, permitindo que compartilhem insights entre si. Fazendo isso, os pesquisadores podem aproveitar os pontos fortes de ambos os modelos, levando a previsões melhores sobre como compostos vão se comportar em certas situações.
Ao aplicar a SMPNN, os pesquisadores coletam dados de ambos os domínios e realizam experimentos adicionais. Assim, conseguem demonstrar quão bem o novo modelo prevê a atividade antifúngica de um composto com base em sua atividade antibacteriana.
Comparação de Desempenho
Para verificar a eficácia da abordagem SMPNN, os pesquisadores a compararam com métodos tradicionais de aprendizado por transferência. Os resultados mostram que a SMPNN superou os métodos padrão ao fornecer previsões mais consistentes e precisas. Isso sugere que a fusão de modelos de diferentes domínios pode levar a um desempenho geral melhor na previsão do comportamento de compostos.
Aplicações no Mundo Real
A pesquisa focou principalmente em prever a atividade antifúngica com base em dados bacterianos. Isso é significativo porque tanto bactérias quanto fungos são alvos essenciais para o desenvolvimento de medicamentos. A capacidade de aproveitar o conhecimento de bactérias pode acelerar a busca por tratamentos Antifúngicos.
O método SMPNN é versátil e pode ser aplicado a outras áreas científicas além da descoberta de medicamentos. Pode ser benéfico em campos como ciência ambiental, onde dados podem ser limitados para certos organismos ou condições.
Desafios e Direções Futuras
Embora a SMPNN apresente uma abordagem promissora para a descoberta de medicamentos e integração de dados, há desafios que os pesquisadores devem enfrentar. Um problema chave é a necessidade de dados de alta qualidade de ambos os domínios. Sem um conjunto de dados robusto, as previsões feitas pela SMPNN podem não ser confiáveis.
Pesquisas futuras podem se concentrar em enriquecer conjuntos de dados e melhorar os processos de aprendizado por transferência. Ao refinar esses modelos e expandir suas aplicações, os pesquisadores podem continuar a avançar na descoberta de medicamentos e potencialmente levar a inovações no desenvolvimento de tratamentos.
Conclusão
O método SMPNN representa um passo empolgante na descoberta de medicamentos. Ao misturar dados de múltiplos domínios, ele pode ajudar os cientistas a fazer previsões sobre compostos de forma mais precisa e eficiente. À medida que o campo continua a evoluir, abordagens como a SMPNN provavelmente desempenharão um papel crucial na descoberta de novos tratamentos e na resolução de questões médicas não respondidas. Essa inovação em aprendizado de máquina e integração de dados pode mudar a forma como os pesquisadores abordam a descoberta de medicamentos nos próximos anos.
Título: Symbiotic Message Passing Model for Transfer Learning between Anti-Fungal and Anti-Bacterial Domains
Resumo: Machine learning, and representation learning in particular, has the potential to facilitate drug discovery by screening billions of compounds. For example, a successful approach is representing the molecules as a graph and utilizing graph neural networks (GNN). Yet, these approaches still require experimental measurements of thousands of compounds to construct a proper training set. While in some domains it is easier to acquire experimental data, in others it might be more limited. For example, it is easier to test the compounds on bacteria than perform in-vivo experiments. Thus, a key question is how to utilize information from a large available dataset together with a small subset of compounds where both domains are measured to predict compounds' effect on the second, experimentally less available domain. Current transfer learning approaches for drug discovery, including training of pre-trained modules or meta-learning, have limited success. In this work, we develop a novel method, named Symbiotic Message Passing Neural Network (SMPNN), for merging graph-neural-network models from different domains. Using routing new message passing lanes between them, our approach resolves some of the potential conflicts between the different domains, and implicit constraints induced by the larger datasets. By collecting public data and performing additional high-throughput experiments, we demonstrate the advantage of our approach by predicting anti-fungal activity from anti-bacterial activity. We compare our method to the standard transfer learning approach and show that SMPNN provided better and less variable performances. Our approach is general and can be used to facilitate information transfer between any two domains such as different organisms, different organelles, or different environments.
Autores: Ronen Taub, Tanya Wasserman, Yonatan Savir
Última atualização: 2023-04-14 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://arxiv.org/abs/2304.07017
Fonte PDF: https://arxiv.org/pdf/2304.07017
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.
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Ligações de referência
- https://doi.org/10.1038/418453a
- https://doi.org/10.1038/s41573-019-0024-5
- https://doi.org/10.1007/978-1-4419-1428-6
- https://doi.org/10.1038/nature14539
- https://doi.org/10.1021/acs.jcim.5b00559
- https://doi.org/10.1021/acs.jcim.9b00237
- https://doi.org/10.1186/s40537-016-0043-6
- https://doi.org/10.1186/s13321-020-00430-x
- https://doi.org/10.1109/TNNLS.2023.3250324
- https://doi.org/10.1007/978-3-030-40245-7
- https://doi.org/10.1016/j.ymeth.2020.05.009
- https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.9b00959
- https://doi.org/10.1016/j.aiopen.2021.01.001
- https://doi.org/10.1021/acs.jmedchem.9b02147