Abordando a Mudança de Domínio em Patologia Digital
Técnicas pra melhorar o desempenho do modelo em diferentes condições de imagem.
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Índice
- O que é Mudança de Domínio?
- Importância na Patologia Digital
- O Conceito de Generalização de Domínio Reativa
- Entendendo o Aprendizado Profundo
- Principais Diferenças em Patologia Digital vs. Imagens Naturais
- Explorando a Robustez à Mudança de Domínio em Visão Computacional
- Tipos de Mudanças de Domínio
- Fontes de Mudança de Covariáveis em Patologia Digital
- Diferentes Abordagens para Generalização de Domínio
- Importância do Aumento de Dados
- Aprendizado Auto-supervisionado
- Alinhamento de Recursos
- Treinamento em Tempo de Teste (TTT)
- Abordagem Experimental para TTT
- O Papel do SimCLR
- Conclusão
- Fonte original
- Ligações de referência
No campo da patologia digital, que envolve examinar amostras de tecido usando técnicas de imagem avançadas, um desafio comum é a diferença na qualidade e características das imagens devido a vários fatores. Coisas como diferentes métodos de coloração e equipamentos de digitalização podem mudar a aparência das imagens. Essas diferenças podem confundir modelos de computador que foram treinados para analisar essas imagens, levando a erros.
Frequentemente, ao construir esses modelos, os pesquisadores assumem que os dados usados durante o teste são semelhantes aos dados usados durante o treinamento. No entanto, em aplicações do mundo real, isso nem sempre é verdade. Esse fenômeno é conhecido como "Mudança de Domínio". Um modelo que vai bem durante o treinamento pode ter dificuldade quando enfrenta novas imagens que não parecem exatamente iguais.
A grande questão aqui é como tornar os modelos melhores em lidar com essas mudanças sem precisar de muitos rótulos ou anotações novas para cada cenário diferente. Isso é especialmente crucial na patologia, onde os dados podem ser escassos ou caros de coletar. É aqui que entram as técnicas que se adaptam a essas mudanças no momento do teste, em vez de durante o treinamento.
O que é Mudança de Domínio?
Mudança de domínio ocorre quando os dados de teste vêm de um ambiente diferente dos dados de treinamento. Isso pode acontecer simplesmente porque diferentes scanners ou métodos de coloração foram usados. Por exemplo, um modelo treinado com imagens de um scanner pode ter um desempenho ruim em imagens de outro scanner, mesmo que contenham o mesmo tipo de tecido. Entender e lidar com mudanças de domínio é essencial para construir modelos confiáveis que possam ser usados em vários contextos.
Conforme a tecnologia continua a melhorar, a implementação de modelos de aprendizado de máquina em cenários do mundo real se tornou mais comum. Isso traz a necessidade de os modelos generalizarem bem para novos dados imprevistos, em vez de apenas se saírem bem no conjunto de treinamento. Muitos pesquisadores agora estão focando no conceito de generalização de domínio, onde o objetivo é treinar modelos que possam se adaptar a novas condições sem treinamento adicional.
Importância na Patologia Digital
No domínio da histopatologia, que envolve diagnosticar doenças através da análise de tecidos, a mudança de domínio pode ocorrer com frequência. Por exemplo, diferentes laboratórios podem usar diferentes scanners ou técnicas de coloração, levando a variações na qualidade das imagens que podem confundir algoritmos de aprendizado de máquina. Anotações, ou rótulos usados para treinar modelos, costumam ser caras e demoradas de criar, tornando impraticável a coleta de novos rótulos para cada variação possível.
Por causa dos altos custos associados à anotação de dados em histopatologia, ter modelos que podem generalizar bem se torna ainda mais crítico. Isso poderia significar que, em vez de re-treinar um modelo do zero para cada novo laboratório ou scanner, os pesquisadores podem usar uma técnica que permite que os modelos se ajustem durante a fase de teste.
O Conceito de Generalização de Domínio Reativa
Generalização de domínio reativa refere-se a técnicas que ajustam dinamicamente a novas distribuições de dados durante o teste. Isso é diferente dos métodos tradicionais que dependem de modelos serem treinados com variações ou mudanças específicas em mente. Uma abordagem chave dentro da generalização de domínio reativa é conhecida como treinamento em tempo de teste.
O Treinamento em Tempo de Teste (TTT) funciona permitindo que um modelo que foi treinado em um domínio se adapte a um novo domínio usando uma tarefa secundária de auto-supervisão durante o teste. A esperança é que, ao aprender com essa tarefa secundária, o modelo possa melhorar seu desempenho na tarefa principal para a qual foi originalmente treinado.
Entendendo o Aprendizado Profundo
Aprendizado profundo é uma área específica dentro do aprendizado de máquina que envolve o uso de algoritmos conhecidos como redes neurais. Essas redes consistem em camadas de neurônios artificiais, que processam informações de forma semelhante ao cérebro humano. O aprendizado profundo se tornou popular devido ao seu sucesso em várias áreas, incluindo a medicina, onde é usado para analisar imagens e fazer previsões.
O objetivo de um modelo de aprendizado profundo é aprender padrões a partir dos dados. Quando treinados corretamente, esses modelos podem fazer previsões sobre novos dados que eles não haviam visto antes. No entanto, eles podem ter dificuldades quando os novos dados diferem significativamente dos dados de treinamento, resultando em uma situação conhecida como fragilidade. Isso significa que até pequenas mudanças na entrada podem levar a grandes erros na saída.
A tese abordará diferentes métodos usados para melhorar a capacidade dos modelos de lidar com mudanças de domínio, tornando-os mais robustos contra mudanças inesperadas nos dados.
Principais Diferenças em Patologia Digital vs. Imagens Naturais
Imagens de patologia digital, especificamente Imagens de Lâmina Inteira (WSIs), são bem diferentes das imagens naturais mais comuns usadas em muitos estudos de visão computacional. WSIs são geralmente muito maiores em tamanho e podem ser processadas em vários níveis de magnificação. Enquanto imagens naturais costumam conter alguns objetos claros, WSIs apresentam muitas células e estruturas, exigindo um exame cuidadoso para identificar padrões importantes.
Conjuntos de dados anotados para imagens naturais são frequentemente abundantes, enquanto em histopatologia, adquirir novas anotações pode ser desafiador. Além disso, WSIs podem ter artefatos e variações únicas que não são normalmente vistas em imagens naturais, complicando os desafios no desenvolvimento de modelos para esse domínio.
Explorando a Robustez à Mudança de Domínio em Visão Computacional
O conceito de generalização e robustez está intimamente ligado à mudança de domínio. Generalização refere-se a quão bem um modelo se sai em novos dados não vistos, enquanto robustez descreve a capacidade de um modelo de manter o desempenho apesar de pequenas mudanças ou ruídos nos dados de entrada.
Mudanças de domínio introduzem alterações maiores e mais padronizadas que podem afetar o desempenho de um determinado modelo. Em essência, um modelo precisa generalizar não apenas para dados diversos, mas também para diferentes domínios ou situações que ele não encontrou antes.
Para construir modelos eficazes em patologia digital, é vital entender como vários tipos de mudanças de domínio ocorrem e como abordar essas questões.
Tipos de Mudanças de Domínio
Existem diferentes tipos de mudanças de domínio que podem afetar o desempenho do modelo:
Mudança Anterior: Ocorre quando a distribuição geral de classes muda entre os dados de treinamento e os de teste. Por exemplo, se um modelo é treinado com amostras de uma população com baixa prevalência de doenças, pode ter dificuldades quando aplicado a uma população com uma taxa de doenças mais alta.
Mudança de Conceito: Isso acontece quando os rótulos atribuídos aos pontos de dados mudam entre o treinamento e o teste. Por exemplo, se certos casos de uma doença são classificados como saudáveis nos dados de treinamento, mas deveriam ser classificados como doentes no teste, isso pode levar a erros.
Mudança de Covariáveis: Isso ocorre quando as características mudam enquanto mantém as distribuições de classe as mesmas. Um exemplo relevante para a patologia pode envolver diferentes scanners que podem produzir saídas de cor variadas, apesar de analisarem os mesmos tipos de tecidos.
Entender essas mudanças permite que os pesquisadores projetem modelos melhores que possam suportar essas variações durante a implementação.
Fontes de Mudança de Covariáveis em Patologia Digital
O processo de coleta de dados para modelos em patologia envolve várias etapas que podem introduzir mudanças, ou mudanças de covariáveis, nas imagens. Começando pela extração de tecido até os processos de coloração e digitalização, cada etapa pode causar variações na aparência da imagem final. As diferenças nos protocolos ou equipamentos podem impactar significativamente as saídas, que, por sua vez, podem afetar o desempenho do modelo.
Essas variações podem ser ampliadas pela presença de artefatos que podem ocorrer durante o processo de imagem. Embora alguns artefatos possam ser removidos facilmente, o foco principal permanece nas variações mais amplas que são mais complexas.
Diferentes Abordagens para Generalização de Domínio
Pesquisas sugeriram várias abordagens para a generalização de domínio, cada uma com seus próprios pontos fortes e fracos. Essas podem ser classificadas em três categorias principais:
Manipulação de Dados: Isso envolve mudar os dados de entrada para melhorar a robustez. Técnicas como Aumento de Dados ajudam fornecendo exemplos variados, garantindo que o modelo encontre um conjunto rico de entradas durante o treinamento.
Aprendizado de Representação Invariante ao Domínio: Essa abordagem tem como objetivo criar representações que sejam consistentes em diferentes domínios. Técnicas como treinamento adversarial buscam alcançar isso minimizando discrepâncias entre os domínios.
Modificações na Estratégia de Aprendizado: Esta categoria envolve alterar a estratégia de treinamento para melhorar a generalização do modelo. Exemplos incluem Aprendizado Auto-Supervisionado e meta-aprendizado, que podem aumentar a adaptabilidade do modelo.
Importância do Aumento de Dados
O aumento de dados é uma estratégia popular que aumenta a quantidade e diversidade do conjunto de dados de treinamento. Ao aplicar transformações que mantêm os rótulos iguais, os modelos podem ser treinados em uma gama mais ampla de entradas. Essa prática ajuda a reduzir o sobreajuste, onde um modelo se sai bem nos dados de treinamento, mas mal nos dados não vistos.
Para a patologia digital, aumentos podem ser personalizados para imitar variações comuns, como alterar a coloração ou simular condições que podem ocorrer em configurações do mundo real. Assim, os modelos podem aprender a ser mais resilientes a mudanças semelhantes durante os testes.
Aprendizado Auto-supervisionado
O aprendizado auto-supervisionado é uma abordagem inovadora que permite que os modelos aprendam com dados não rotulados, criando tarefas a partir dos próprios dados. Isso pode ser particularmente útil quando os dados rotulados são escassos. Tarefas pré-texto podem ser projetadas para ajudar o modelo a aprender características úteis que podem ser aplicadas posteriormente à tarefa principal, melhorando a generalização.
No contexto da patologia digital, tarefas auto-supervisionadas podem incluir prever níveis de magnificação de amostras de tecido ou separar componentes de coloração. Essas tarefas guiam o modelo a aprender sobre a estrutura e as informações presentes nas imagens, resultando em melhor desempenho quando ajustado a dados rotulados reais.
Alinhamento de Recursos
Técnicas de alinhamento de recursos se concentram em reduzir o impacto das mudanças de covariáveis. Esses métodos visam harmonizar características em diferentes domínios, minimizando discrepâncias. Abordagens como correspondência de histograma buscam mapear eficientemente as características de um domínio para outro enquanto mantêm informações relevantes.
Os métodos de alinhamento podem ser divididos em dois tipos: alinhamento de dados de entrada e alinhamento de representação interna. O último se concentra em garantir que o processamento interno do modelo esteja bem alinhado entre os domínios, o que é crítico para um desempenho robusto.
Treinamento em Tempo de Teste (TTT)
O Treinamento em Tempo de Teste é uma abordagem destinada a adaptar modelos durante o teste usando tarefas auto-supervisionadas. Isso permite que o modelo se ajuste e se alinhe ao novo domínio. Ao otimizar os parâmetros do modelo por meio de uma tarefa secundária durante o teste, espera-se que a tarefa principal também mostre um desempenho melhorado.
Essa técnica é particularmente atraente para aplicações em patologia digital, onde os modelos podem ser implantados em ambientes variados sem a necessidade de re-treinamento em cada novo conjunto de dados. O TTT permite uma forma de ajuste em tempo real, tornando possível lidar com mudanças imprevistas nas características da imagem.
Abordagem Experimental para TTT
A eficácia do Treinamento em Tempo de Teste na melhoria do desempenho do modelo pode ser avaliada em vários cenários experimentais. O modelo pode ser treinado em uma tarefa específica enquanto é exposto a mudanças no domínio durante o teste. Ao analisar os resultados, os pesquisadores podem determinar quão bem o modelo se adapta em diferentes condições e identificar as estratégias mais eficazes.
Além disso, diferentes tarefas secundárias podem ser testadas para ver qual fornece a melhor adaptabilidade na tarefa principal. Compreender os pontos fortes e fracos de determinadas tarefas secundárias pode ajudar na otimização do TTT para aplicações futuras.
O Papel do SimCLR
SimCLR é uma estrutura de aprendizado contrastivo auto-supervisionado que mostrou potencial em melhorar a robustez do modelo. Ao comparar diferentes visões da mesma imagem por meio de aumentos, o SimCLR ajuda a aprender representações eficazes. Esse método pode ser empregado junto com o Treinamento em Tempo de Teste para melhorar a adaptabilidade durante os testes.
O SimCLR aprimora a capacidade do modelo de diferenciar entre imagens semelhantes e diferentes, permitindo melhor generalização para dados não vistos. Incorporar essa técnica no TTT poderia levar a um desempenho melhorado, especialmente em cenários desafiadores.
Conclusão
Na busca por soluções eficazes para a mudança de domínio na patologia digital, várias técnicas foram exploradas. O Treinamento em Tempo de Teste se destaca como uma abordagem promissora para adaptar modelos de aprendizado de máquina durante os testes. Embora existam desafios em encontrar as tarefas secundárias certas e otimizar o desempenho, os potenciais benefícios do TTT para facilitar a implantação mais suave em configurações diversas são significativos.
À medida que a pesquisa avança, a necessidade de técnicas eficazes de generalização de domínio se torna ainda mais crítica, particularmente em campos onde os dados são escassos e a precisão é fundamental. Ao continuar investigando métodos que permitam um desempenho robusto em vários domínios, os pesquisadores podem ajudar a garantir que os modelos de aprendizado de máquina na patologia digital sejam tanto confiáveis quanto eficazes em aplicações do mundo real.
Título: Adaptive Domain Generalization for Digital Pathology Images
Resumo: In AI-based histopathology, domain shifts are common and well-studied. However, this research focuses on stain and scanner variations, which do not show the full picture -- shifts may be combinations of other shifts, or "invisible" shifts that are not obvious but still damage performance of machine learning models. Furthermore, it is important for models to generalize to these shifts without expensive or scarce annotations, especially in the histopathology space and if wanting to deploy models on a larger scale. Thus, there is a need for "reactive" domain generalization techniques: ones that adapt to domain shifts at test-time rather than requiring predictions of or examples of the shifts at training time. We conduct a literature review and introduce techniques that react to domain shifts rather than requiring a prediction of them in advance. We investigate test time training, a technique for domain generalization that adapts model parameters at test-time through optimization of a secondary self-supervised task.
Autores: Andrew Walker
Última atualização: 2023-05-08 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://arxiv.org/abs/2305.05100
Fonte PDF: https://arxiv.org/pdf/2305.05100
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.
Obrigado ao arxiv pela utilização da sua interoperabilidade de acesso aberto.
Ligações de referência
- https://diagnosticpathology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13000-021-01126-y
- https://www.youtube.com/watch?v=1tqA_gWUjkM
- https://docs.google.com/presentation/d/1gShz9ah5v4N6Jmsl-HGzsKxb0dSzxg1Lb4ZE3k15jGY/edit#slide=id.g123ef5bb0f0_0_0
- https://diglib.eg.org/bitstream/handle/10.2312/COMPAESTH.COMPAESTH05.111-122/111-122.pdf?sequence=1&isAllowed=n