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# Biologia# Microbiologia

A Domesticação de Culturas de Inoculação de Queijo

Explorando como os humanos moldaram as bactérias do queijo ao longo de milhares de anos.

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Domesticação de BactériasDomesticação de Bactériasdo Queijo Reveladamoldaram os micróbios do queijo.Novas descobertas sobre como os humanos
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A domesticação é a forma como os humanos mudaram plantas e animais selvagens ao longo do tempo pra torná-los mais úteis. Esse processo ajudou as sociedades a crescer e se desenvolver, especialmente quando a agricultura começou. A domesticação de culturas e animais milhares de anos atrás teve um papel fundamental na história humana. Ajudou as pessoas a produzir mais comida do que precisavam, o que possibilitou o crescimento de áreas diferentes, como ciência e filosofia, além de mudar o ambiente em que vivemos.

Quando a gente pensa em domesticação, muitas vezes considera como as plantas e animais mudam fisicamente e geneticamente em relação aos seus ancestrais selvagens. Por exemplo, os animais domesticados podem ficar maiores ou produzir diferentes tipos de comida. Essa mudança facilitou a produção de um excedente de comida, que foi crucial pro desenvolvimento humano.

Conservação de Alimentos e Fermentação

Durante a era da agricultura primitiva, as pessoas também começaram a achar maneiras de conservar comida. Um método importante foi a fermentação, um processo que usa micro-organismos minúsculos pra transformar açúcares em ácidos. Esse método ajudou a criar coisas como vegetais fermentados, vinho e queijo. A fermentação reduz o pH dos alimentos, o que impede que eles estraguem e mantém micro-organismos indesejáveis longe.

Alimentos fermentados aparecem em várias formas pelo mundo e são uma parte importante da dieta de muitas pessoas. Esses alimentos costumam ser vistos como opções gostosas e saudáveis. Isso nos leva a uma pergunta importante: Os micro-organismos usados em alimentos fermentados também foram mudados ou domesticados pelos humanos? Se sim, como e quando isso aconteceu?

Domesticação Microbiana

Acredita-se amplamente que alguns dos micro-organismos usados na fermentação foram mantidos e selecionados pelos humanos por suas características desejáveis, como longa vida útil e bom sabor. A gente espera que esses micróbios domesticados mostrem certos sinais que os diferenciam dos seus parentes selvagens. No entanto, existem poucos casos bem documentados de domesticação microbiana, especialmente pra micro-organismos maiores como o fermento.

Por exemplo, o fermento usado na panificação e na produção de cerveja tem características genéticas e físicas que o tornam diferente das suas formas selvagens. Mas e as bactérias usadas na fermentação?

Por exemplo, Oenococcus oeni, uma bactéria usada na produção de vinho. Acredita-se que ela tenha evoluído rapidamente em relação aos seus ancestrais, mas não está claro quanto da evolução foi influenciada pelos humanos. Da mesma forma, algumas linhagens bacterianas do queijo não mostram sinais claros de domesticação, mesmo tendo se adaptado ao ambiente do leite.

Essa situação sugere que a maioria das bactérias ligadas a alimentos fermentados não foi estudada em profundidade. Uma possível razão pra isso é que, ao contrário das leveduras que têm sido cultivadas continuamente, muitas bactérias não foram tão rigorosamente selecionadas através de cultivo repetido nos alimentos.

O Estudo de Culturas de Queijo

Esse estudo busca entender se e como as bactérias iniciais do queijo foram domesticadas pelos humanos ao longo dos anos. Pra essa pesquisa, foram coletadas amostras de culturas de queijo modernas e históricas, especificamente da Suíça. Os pesquisadores analisaram mais de mil amostras e dados genéticos de diferentes culturas de queijo que ainda estão em uso hoje.

Ao examinar como essas comunidades bacterianas mudaram ao longo do tempo, os pesquisadores pretendiam identificar sinais de domesticação. Eles delinearam cinco marcas específicas de domesticação para as bactérias:

  1. Estabilidade Fenotípica: Isso significa que as bactérias mostram características consistentes ao longo do tempo, o que é esperado quando selecionadas pra preservar alimentos.

  2. Diversidade Microbiana Simples e Estável: Os tipos de bactérias nas culturas de queijo não devem ser muito complexos e devem permanecer consistentes devido ao cultivo repetido.

  3. Tempo de Evolução: As bactérias devem ter evoluído mais ou menos na mesma época em que os humanos começaram a fazer queijo.

  4. Decaimento do Genoma: Sinais de perda genética ou mudanças no DNA das bactérias devem ser evidentes, refletindo um ambiente estável.

  5. Adaptação aos Ambientes Alimentares: As bactérias devem mostrar uma redução nas suas habilidades, focando mais nas características relacionadas ao queijo.

Descobertas sobre Culturas de Queijo

Estabilidade Fenotípica

Um dos primeiros aspectos estudados foi a estabilidade das culturas de queijo ao longo do tempo. Os pesquisadores mediram como essas culturas conseguiam acidificar o ambiente, produzir lactato e manter um equilíbrio entre diferentes tipos de lactato. Eles descobriram que a capacidade de acidificação permaneceu alta e estável, indicando um desempenho consistente ao longo das décadas.

Composição da Comunidade Microbiana

Em seguida, a diversidade das comunidades microbianas nas culturas de queijo foi examinada. O estudo descobriu que a maioria das amostras tinha predominantemente apenas dois tipos de bactérias, o que sugeriu que as culturas eram simples e estáveis. Embora alguns sinais de variação tenham sido notados, a composição geral das espécies foi surpreendentemente consistente por quase cinquenta anos.

Origem das Bactérias do Queijo

O estudo também buscou relacionar a evolução dessas bactérias ao início da produção de queijo, há cerca de 7.000 anos. Ao analisar como essas bactérias e seus parentes se ramificaram, os pesquisadores identificaram que, embora as bactérias tenham origens antigas, as linhagens específicas que usamos agora provavelmente começaram a se desenvolver na mesma época em que os humanos começaram a fazer queijo.

Decaimento do Genoma

Os pesquisadores observaram que as bactérias mostraram sinais de decaimento do genoma, o que significa que elas perderam certos genes ao longo do tempo. Esse decaimento é comum em bactérias que prosperam em ambientes estáveis, como os processos de produção de queijo. A maioria dos genes perdidos foi devido à inserção de elementos genéticos móveis chamados transposons.

Redução da Amplitude de Nicho

Por fim, a amplitude de nicho das bactérias iniciais do queijo foi examinada. As bactérias no estudo mostraram uma capacidade reduzida de metabolizar uma variedade de fontes de carbono em comparação com seus parentes selvagens. Muitos genes associados à degradação de açúcares não lácteos se tornaram pseudogenes, indicando que essas características se tornaram menos importantes no ambiente da produção de queijo.

Conclusão sobre a Domesticação das Culturas de Queijo

Esse estudo fornece evidências de que as culturas iniciais de queijo realmente foram domesticadas pelos humanos por milhares de anos. Os resultados sugerem que as características dessas bactérias foram refinadas através da seleção contínua dos humanos, resultando em culturas estáveis e eficientes usadas na produção de queijo.

  1. Características Estáveis: As culturas produzem consistentemente ácidos e utilizam lactose.

  2. Comunidades Simples: A composição bacteriana permanece simples, dominada por algumas espécies.

  3. Origens Históricas: As linhagens datam dos primeiros dias da produção de queijo.

  4. Mudanças Genéticas Contínuas: Sinais de decaimento do genoma refletem adaptação ao método de produção de queijo.

  5. Ambiente Especializado: As bactérias se tornaram focadas na produção de queijo, indicando uma capacidade reduzida de prosperar fora desse contexto.

Os pesquisadores também notaram que pode haver mais a descobrir sobre a história desses micróbios. Ao analisar mais genomas e examinar micróbios de fontes lácteas e não lácteas, uma imagem mais clara da história da domesticação deles poderia surgir.

No geral, essa pesquisa ajuda a preencher lacunas no nosso conhecimento sobre como os humanos moldaram os micro-organismos que usamos na produção de alimentos, especialmente produtos fermentados como o queijo. Entender essa história pode dar uma ideia do futuro da comida e da relação contínua entre humanos e os micro-organismos que ajudam na criação de alimentos.

Fonte original

Título: Genomic and phenotypic imprints of microbial domestication on cheese starter cultures

Resumo: Domestication - the artificial selection of wild species to obtain variants with traits of human interest- was integral to the rise of civilization. During the neolithic, the oversupply of food enabled by the domestication of crop plants and farm animals was associated with the invention of food preservation strategies through microbial fermentation. However, it remains unclear whether fermented food microbes show similar signs of domestication by humans like plants or animals. Only a few eukaroytic have been studied so far in this respect (e.g., yeasts used in mantou or wine), whereas little is known for bacteria. Here, we tested if cheese starter cultures harbour typical hallmarks of domestication by characterising over 100 community samples and over 100 individual strains isolated from historical and modern traditional Swiss cheese starter cultures. We find that cheese starter cultures have low genetic diversity both at the species and strain-level and are taxonomically and phenotypically stable. Our analyses further suggest that the evolutionary origin of the bacteria in cheese starter cultures coincided with the start of cheesemaking as reported from archeological records. Finally, we find evidence for ongoing genome decay and pseudogenization via transposon insertion related to a reduction of their niche breadth. These characteristics suggest that cheese starter cultures were domesticated by humans before knowing about microbes, potentially starting as early as the neolithics Future work documenting the prevalence of these hallmarks across diverse fermented food systems and geographic regions will be key to unveiling the joint history of humanity with fermented food microbes.

Autores: Vincent Somerville, N. Thierer, R. S. Schmidt, A. Roetschi, L. Braillard, M. Haueter, H. Berthoud, N. Shani, U. von Ah, F. Mazel, P. Engel

Última atualização: 2024-03-19 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.19.585705

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.19.585705.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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