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Avanços nas Técnicas de Sequenciamento de Genoma

Novos métodos de sequenciamento de genoma melhoram a compreensão da genética e da medicina.

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Recentemente, novos métodos de sequenciamento de genoma tornaram mais fácil montar genomas inteiros, incluindo o genoma humano. Combinando várias tecnologias de sequenciamento, os cientistas conseguiram criar a primeira sequência completa de um genoma humano. Esse progresso é importante porque permite uma melhor compreensão da genética humana e pode levar a avanços na medicina e na biologia.

Novas Técnicas de Sequenciamento

Uma das principais tecnologias usadas é chamada Sequenciamento de leitura longa. Esse método permite que os cientistas leiam trechos maiores de DNA, ajudando a montar o genoma como um quebra-cabeça. Outro método, chamado sequenciamento nanopore ultra-longo, consegue ler trechos de DNA extremamente longos. Essas tecnologias possibilitaram montar uma visão completa do DNA humano, incluindo áreas difíceis de ler.

Para ter resultados ainda melhores, os pesquisadores usaram vários métodos de sequenciamento diferentes juntos. Por exemplo, eles combinaram o sequenciamento de leitura longa com outras técnicas para analisar cromossomos. Esses métodos permitem que os cientistas tenham uma visão mais clara de como os genes estão dispostos e de como funcionam. No entanto, usar múltiplas tecnologias de sequenciamento pode ser complicado e pode não ser facilmente acessível em todas as partes do mundo, especialmente em países em desenvolvimento.

Simplificando o Acesso ao Sequenciamento

Uma empresa desenvolveu uma nova ferramenta que permite realizar todos esses tipos de sequenciamento em uma única máquina. Isso facilita e barateia a coleta das informações necessárias para montar um genoma completo. O novo dispositivo é mais acessível do que as máquinas anteriores, mas ainda mantém resultados de alta qualidade, o que abre portas para um uso mais amplo em vários laboratórios ao redor do mundo.

Como Funciona o Sequenciamento

A tecnologia de sequenciamento nanopore funciona passando as fitas de DNA por um buraco minúsculo em uma membrana. Quando o DNA passa, ele muda a corrente elétrica, o que permite que a máquina leia a sequência do DNA. Essa leitura pode ser afetada por barulho e erros no sinal, por isso melhorias na tecnologia são tão importantes.

Para melhorar a Precisão, os cientistas desenvolveram métodos para ler ambas as fitas de uma molécula de DNA. Fazendo isso, eles podem ver se as leituras combinam, o que ajuda a esclarecer eventuais sinais conflitantes. Métodos anteriores nessa área tinham taxas de sucesso baixas, mas técnicas mais novas melhoraram dramaticamente, levando a leituras de alta qualidade.

Gerando Dados Precisos

Em estudos recentes, os pesquisadores geraram uma quantidade significativa de dados para um genoma humano de referência. Eles mediram como os dados capturavam as diferentes partes de DNA e descobriram que os métodos que desenvolveram estão funcionando de forma eficaz. Os resultados mostraram uma eficiência estável na conversão de sequências brutas em representações precisas do genoma.

À medida que a tecnologia continua a melhorar, a precisão das leituras aumentou, e o tamanho dos segmentos lidos também cresceu. Os resultados mais recentes mostraram que a maioria das leituras gerou dados de alta qualidade, o que significa que os pesquisadores podem confiar nas informações que estão coletando.

Montando um Genoma Humano Completo

Para avaliar como esses dados funcionam na montagem de um genoma humano, os pesquisadores realizaram vários testes usando diferentes níveis de Cobertura. Eles mediram quão completas eram as peças montadas e descobriram que podiam criar sequências contínuas de DNA que cobrem uma grande parte do genoma. Além disso, reconheceram sequências específicas que indicavam as extremidades dos cromossomos.

Ao comparar seus resultados com trabalhos anteriores, eles descobriram que sua montagem estava mais completa em certas áreas. No entanto, em algumas regiões, ainda havia sequências não resolvidas, especialmente em áreas repetitivas do genoma.

Desafios na Montagem

Um dos principais desafios na montagem do genoma humano envolve grandes seções que são repetitivas, especialmente em certos cromossomos. Algumas ferramentas têm dificuldade em montar essas regiões complexas de forma precisa. Contudo, os pesquisadores conseguiram completar algumas seções difíceis do genoma usando estratégias que analisavam ambas as fitas de DNA.

Em um dos estudos, eles conseguiram montar completamente um cromossomo que anteriormente era difícil de analisar devido à sua estrutura. Esse foi um feito notável, demonstrando o potencial de usar novas tecnologias de sequenciamento para superar desafios na montagem do genoma.

Expandindo Além dos Humanos

As técnicas desenvolvidas para sequenciar o genoma humano também foram aplicadas em culturas agrícolas importantes, como tomates e milho. Os pesquisadores conseguiram alcançar altos níveis de cobertura em ambas as plantas, levando a montagens detalhadas de seus genomas.

Nesses casos, os pesquisadores conseguiram resolver boa parte da informação genética, permitindo uma visão mais clara das sequências de DNA. Comparando esses resultados com genomas de referência existentes, ficou claro que as novas sequências eram de qualidade superior, oferecendo uma base melhor para futuras pesquisas e desenvolvimentos agrícolas.

Identificando Lacunas no Genoma

Ao procurar lacunas nas montagens de genoma das plantas, os pesquisadores identificaram regiões não resolvidas. Essas lacunas geralmente eram encontradas em áreas de repetição complexa, dificultando a montagem completa. As equipes observaram que alguns problemas apareceram em cromossomos específicos, refletindo áreas onde a coleta de dados pode ter enfrentado desafios.

A pesquisa incluiu curadoria manual, onde os cientistas refinavam as montagens e corrigiam quaisquer erros ou lacunas identificadas. Essa etapa foi crucial para garantir que os resultados finais fossem o mais precisos possível e consistentes com os genomas de referência existentes.

Melhorando a Qualidade das Montagens

As montagens concluídas mostraram alta precisão de consenso, significando que representavam com precisão o material genético da planta. No entanto, alguns erros permaneceram, especialmente em regiões onde a cobertura era baixa. Os cientistas perceberam que a maioria desses erros poderia ser rastreada até áreas específicas de DNA que eram difíceis de ler devido à sua estrutura.

O aprimoramento contínuo dos métodos de sequenciamento deve melhorar ainda mais a qualidade. Os pesquisadores esperam que, com os avanços contínuos, o sequenciamento se torne ainda mais simples e acessível para muitas aplicações diferentes.

Direções Futuras na Pesquisa Genômica

À luz desses avanços, os pesquisadores estão esperançosos sobre o futuro do sequenciamento de genoma. Eles acreditam que esses métodos não só oferecem uma compreensão mais completa da genética humana, mas também podem beneficiar a ciência agrícola. Tornando mais fácil e barato sequenciar genomas, os cientistas podem promover mais pesquisas e descobertas em várias áreas.

O potencial para medicina personalizada, culturas melhoradas, e uma compreensão mais profunda da genética traz promessas para o futuro. À medida que a tecnologia se desenvolve e se torna mais amplamente disponível, esses avanços podem levar a uma nova era de pesquisa genética e suas aplicações na sociedade.

Conclusão

O progresso feito no sequenciamento de genoma através do uso de novas tecnologias melhorou significativamente nossa capacidade de entender o material genético. Combinando vários métodos de sequenciamento e refinando técnicas de análise de dados, os pesquisadores estabeleceram as bases para estudos futuros que podem usar essas informações para enfrentar desafios globais em saúde e agricultura. À medida que as ferramentas se tornam mais acessíveis, as oportunidades para uma compreensão mais profunda da genética continuarão a se expandir.

Fonte original

Título: Gapless assembly of complete human and plant chromosomes using only nanopore sequencing

Resumo: The combination of ultra-long Oxford Nanopore (ONT) sequencing reads with long, accurate PacBio HiFi reads has enabled the completion of a human genome and spurred similar efforts to complete the genomes of many other species. However, this approach for complete, "telomere-to-telomere" genome assembly relies on multiple sequencing platforms, limiting its accessibility. ONT "Duplex" sequencing reads, where both strands of the DNA are read to improve quality, promise high per-base accuracy. To evaluate this new data type, we generated ONT Duplex data for three widely-studied genomes: human HG002, Solanum lycopersicum Heinz 1706 (tomato), and Zea mays B73 (maize). For the diploid, heterozygous HG002 genome, we also used "Pore-C chromatin contact mapping to completely phase the haplotypes. We found the accuracy of Duplex data to be similar to HiFi sequencing, but with read lengths tens of kilobases longer, and the Pore-C data to be compatible with existing diploid assembly algorithms. This combination of read length and accuracy enables the construction of a high-quality initial assembly, which can then be further resolved using the ultra-long reads, and finally phased into chromosome-scale haplotypes with Pore-C. The resulting assemblies have a base accuracy exceeding 99.999% (Q50) and near-perfect continuity, with most chromosomes assembled as single contigs. We conclude that ONT sequencing is a viable alternative to HiFi sequencing for de novo genome assembly, and has the potential to provide a single-instrument solution for the reconstruction of complete genomes.

Autores: Sergey Koren, Z. Bao, A. Guarracino, S. Ou, S. Goodwin, K. M. Jenike, J. Lucas, B. McNulty, J. Park, M. Rautianinen, A. Rhie, D. Roelofs, H. Schneiders, I. Vrijenhoek, K. Nijbroek, D. Ware, M. C. Schatz, E. Garrison, S. Huang, W. R. McCombie, K. H. Miga, A. H. J. Wittenberg, A. M. Phillippy

Última atualização: 2024-03-19 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.15.585294

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.15.585294.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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