Como Efeitores Bacterianos Manipulam Células Hospedeiras
Estudo revela como a Legionella pneumophila altera as funções das células hospedeiras.
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Índice
- Entendendo a Legionella pneumophila
- O Desafio de Caracterizar os Efetores
- Desenvolvendo Métodos para Identificar Características Chave
- Enriquecendo Mutantes Funcionais
- Insights dos Testes de Efetores Específicos
- Descobrindo Funções em Outras Proteínas Efetoras
- Análise do SdbA e Seu Potencial de Função
- Conclusão sobre Estudos de Função de Efetores Bacterianos
- Fonte original
- Ligações de referência
Patógenos bacterianos conseguem manipular as células do hospedeiro usando uma variedade de proteínas chamadas Efetores. Essas proteínas são injetadas na célula do hospedeiro por máquinas especializadas. Um exemplo famoso é o Legionella pneumophila, uma bactéria que causa uma forma grave de pneumonia conhecida como doença dos Legionários. Essa bactéria vive em água doce e consegue se replicar dentro de protozoários. Vale destacar que a L. Pneumophila tem mais de 330 efetores diferentes que podem influenciar os processos celulares do hospedeiro.
Entendendo a Legionella pneumophila
A L. pneumophila mira principalmente nas células imunológicas dos humanos. Uma vez dentro do hospedeiro, esses efetores conseguem mudar a forma como as células do hospedeiro funcionam. Eles podem alterar processos celulares como transporte de materiais, modificação de proteínas e manejo de resíduos. Essa manipulação ajuda a bactéria a sobreviver e se multiplicar no hospedeiro, escapando dos sistemas de defesa do corpo.
O Desafio de Caracterizar os Efetores
Apesar do grande número de efetores que a L. pneumophila produz, muitos deles não são bem compreendidos. Os pesquisadores enfrentam dificuldades em identificar os papéis específicos dessas proteínas devido a dois desafios principais. Primeiro, há uma sobreposição significativa nas Funções dos efetores. Segundo, muitas dessas proteínas não têm padrões ou características reconhecíveis que possam indicar sua função.
Um estudo que analisou várias espécies de Legionella descobriu que apenas metade dos efetores preditos tinha características identificáveis. As sequências de aminoácidos dessas proteínas nem sempre fornecem indicações claras sobre o que elas fazem. No entanto, alguns efetores são semelhantes a proteínas bem conhecidas, dando algumas pistas aos pesquisadores sobre suas funções.
Desenvolvendo Métodos para Identificar Características Chave
Para melhorar o entendimento desses efetores, os pesquisadores tentaram encontrar partes críticas dessas proteínas que são essenciais para sua função. Uma abordagem envolveu fazer mudanças aleatórias nas proteínas efetoras e depois observar quais mudanças afetavam sua capacidade de funcionar corretamente. Cerca de 10% dos efetores conseguiram inibir significativamente o crescimento de leveduras, o que os tornou candidatos adequados para esse estudo.
A ideia era criar mutações aleatórias nas proteínas efetoras e depois selecionar aquelas que resultaram em perda de função. No entanto, é importante identificar quais mutações realmente afetaram a função do efetor. A maioria das mutações pode ocorrer em várias áreas de um gene, algumas das quais podem não ser relevantes.
Enriquecendo Mutantes Funcionais
Para garantir que os pesquisadores se concentrassem em mutações significativas, um método específico foi utilizado para vincular as proteínas efetoras a um marcador que poderia indicar mutações bem-sucedidas. Esse marcador era um gene que precisava da presença do efetor para que as células de levedura crescessem. Ao selecionar as células que conseguiam crescer em meios específicos, os pesquisadores podiam enriquecer para mudanças importantes nas proteínas efetoras.
Usando essa abordagem, os pesquisadores testaram três efetores específicos da L. pneumophila que impactam o crescimento de leveduras. Os achados ajudaram a identificar regiões importantes dessas proteínas relevantes para sua função, incluindo locais ativos e outras áreas significativas.
Insights dos Testes de Efetores Específicos
Um dos primeiros efetores testados foi o SdbB, que é conhecido por inibir significativamente o crescimento de leveduras. A equipe de pesquisa criou uma biblioteca de mutantes e testou os efeitos de várias mutações. Foi encontrado que, embora muitas mutações pudessem ser identificadas, apenas algumas eram responsáveis por alterar a capacidade do SdbB de inibir o crescimento de leveduras.
Os resultados mostraram que mutações específicas se concentraram em regiões chave da proteína. Essas áreas significativas incluíam aquelas que se acreditava serem importantes para a função com base em sua posição na estrutura da proteína.
Descobrindo Funções em Outras Proteínas Efetoras
Outro efetor estudado foi o RavK, que também reduz o crescimento de leveduras. Essa proteína, caracterizada como uma metaloprotease, pode cortar certas proteínas nas células do hospedeiro. Assim como o SdbB, o RavK passou por Mutagênese aleatória para encontrar mutações críticas. Novamente, várias mutações que afetavam a função foram identificadas, principalmente focando nas partes iniciais da proteína relacionadas ao seu local ativo.
Esses achados confirmaram o local ativo esperado do RavK. Este trabalho demonstrou que o método poderia identificar com sucesso áreas funcionais chave em proteínas bem caracterizadas.
Análise do SdbA e Seu Potencial de Função
Outro efetor, o SdbA, não tem uma função conhecida. Estudos anteriores sugeriram que o SdbA poderia ajudar a bactéria a sobreviver dentro das células hospedeiras. Testes no SdbA resultaram na identificação de várias mutações concentradas em regiões específicas da proteína. Essa pesquisa também mostrou que a parte C-terminal do SdbA poderia atuar como uma glicosiltransferase, um tipo de enzima que ajuda a anexar moléculas de açúcar a outras moléculas.
Testes adicionais confirmaram que o fragmento do SdbA poderia realmente atuar como uma glicosiltransferase, mostrando que ele pode interagir com certos doadores de açúcar. Essa descoberta fornece uma visão mais clara do papel potencial do SdbA no contexto da infecção bacteriana.
Conclusão sobre Estudos de Função de Efetores Bacterianos
A pesquisa destaca como é importante estudar efetores bacterianos para entender como eles podem manipular as células hospedeiras. A abordagem combinada de mutagênese aleatória e seleção por proteínas de comprimento total provou ser eficaz na identificação de áreas críticas dentro das proteínas efetoras. Essa pesquisa abre a porta para a exploração de outros efetores que podem desempenhar papéis significativos em infecções bacterianas.
Ao identificar essas áreas funcionais, os pesquisadores podem entender melhor como bactérias como a L. pneumophila afetam as células humanas. Esse conhecimento é essencial para o desenvolvimento de novos tratamentos e estratégias para combater doenças bacterianas. As descobertas desses estudos fornecem uma base valiosa para trabalhos futuros na área de microbiologia e doenças infecciosas.
Título: A random mutagenesis screen enriched for missense mutations in bacterial effector proteins.
Resumo: To remodel their hosts and escape immune defenses, many pathogens rely on large arsenals of proteins (effectors) that are delivered to the host cell using dedicated translocation machinery. Effectors hold significant insight into the biology of both the pathogens that encode for them and the host pathways that they manipulate. One of the most powerful systems biology tools for studying effectors is the model organism, Saccharomyces cerevisiae. For many pathogens, the heterologous expression of effectors in yeast is growth inhibitory at a frequency much higher than housekeeping genes, an observation ascribed to targeting conserved eukaryotic proteins. Abrogation of yeast growth inhibition has been used to identify bacterial suppressors of effector activity, host targets, and functional residues and domains within effector proteins. We present here a yeast-based method for enriching for informative, in-frame, missense mutations in a pool of random effector mutants. We benchmark this approach against three effectors from Legionella pneumophila, an intracellular bacterial pathogen that injects a staggering >330 effectors into the host cell. For each protein, we show how in silico protein modeling (AlphaFold2) and missense- directed mutagenesis can be combined to reveal important structural features within effectors. We identify known active site residues within the metalloprotease RavK, highly conserved residues in SdbB, and previously unidentified functional motifs within the C-terminal domain of SdbA. We show that this domain has structural similarity with glycosyltransferases and exhibits in vitro activity consistent with this predicted function.
Autores: Alexander W Ensminger, M. L. Urbanus, T. M. Zheng, A. N. Khusnutdinova, D. Banh, H. O. Mount, A. Gupta, P. J. Stogios, A. Savchenko, R. R. Isberg, A. F. Yakunin
Última atualização: 2024-03-19 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.14.585084
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.14.585084.full.pdf
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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