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# Ciências da saúde# Medicina genetica e genomica

Investigando Fatores Genéticos na Fibrose Pulmonar Idiopática

Nova pesquisa explora os riscos genéticos relacionados à fibrose pulmonar idiopática.

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Ligações genéticas com aLigações genéticas com aFPI reveladaspotenciais para doenças pulmonares.Estudo identifica riscos genéticos
Índice

Fibrose Pulmonar Idiopática (FPI) é uma doença séria dos pulmões que faz o tecido pulmonar ficar grosso e rígido. Essa mudança é chamada de cicatrização, o que dificulta a transferência de oxigênio para o sangue. Por causa disso, quem tem FPI costuma ter dificuldades para respirar. Depois do diagnóstico, muitos pacientes têm uma expectativa de vida média de apenas 2 a 5 anos. Infelizmente, não tem muitos tratamentos com remédios disponíveis para ajudar esses pacientes.

Fatores de Risco para a FPI

Pesquisas identificaram tanto fatores ambientais quanto genéticos que podem aumentar o risco de desenvolver FPI. Apesar dessas descobertas, a causa exata da FPI ainda é um mistério.

Uma área interessante é a região do Antígeno Leucocitário Humano (HLA), que é importante para a resposta imunológica. Variações na Região HLA estão ligadas a várias doenças, incluindo doenças inflamatórias e respiratórias. Por exemplo, uma certa variação conhecida como HLA-DQB106:02 foi associada a um risco maior para um tipo específico de doença pulmonar chamada pneumonia intersticial idiopática fibrosante (fIIP). Além disso, outra variação, HLA-DRB115:01, foi encontrada com mais frequência em pacientes com FPI em comparação com aqueles sem a doença.

As razões por trás dessas associações não são claras. No entanto, alguns estudos sugerem que infecções respiratórias, como a COVID-19, podem desencadear ou piorar doenças pulmonares intersticiais como a FPI. Foi até sugerido que medicamentos antivirais poderiam ajudar a retardar a progressão da doença em pacientes com FPI.

Estudos Recentes sobre Variações HLA

Estudos recentes grandes sobre dados genéticos destacaram a complexidade da região HLA. Essa região tem muitas variações, tornando difícil interpretar variações individuais e exigindo métodos avançados para analisar os dados. Novas técnicas de imputação melhoraram a precisão dos dados genéticos na região HLA. Essas técnicas permitem que os pesquisadores estimem várias Variantes Genéticas, o que pode fornecer informações úteis para entender doenças como a FPI.

Análise de Dados Genéticos para FPI

Dada a possível ligação entre infecções e a resposta imune na FPI, foi realizado um estudo para analisar a região HLA em sete grupos diferentes de pessoas diagnosticadas com FPI. Esse estudo incluiu mais de 5.000 pacientes com a doença e mais de 27.000 controles. O objetivo era identificar novos riscos genéticos relacionados à FPI usando técnicas específicas para estimar variações genéticas na região HLA.

Participantes e Coleta de Dados

A análise envolveu dados de sete estudos separados, cada um focando em pacientes diagnosticados com FPI ou condições relacionadas. Os estudos incluíram CleanUP-UCD, Colorado, Genentech, IPF-JES, UK, US e UUS. Os pacientes foram diagnosticados com base em determinadas diretrizes médicas, e todos os estudos seguiram padrões éticos aprovados por comitês relevantes.

Os dados genéticos dos participantes foram coletados usando diferentes métodos, incluindo arranjos de SNP e sequenciamento de genoma inteiro. Esses dados foram filtrados para garantir qualidade, removendo indivíduos com base em vários fatores, incluindo ancestralidade genética e inconsistências. Essa etapa foi crucial para manter a integridade do estudo.

Imputação de Variantes Genéticas

Os pesquisadores buscaram identificar variações genéticas na região HLA imputando alelos clássicos de HLA e outras variantes nos dados. Para a maioria dos estudos, métodos de imputação avançados foram usados para estimar a variação genética com precisão. Esses métodos permitiram a inclusão de múltiplos tipos de dados genéticos, incluindo aminoácidos e polimorfismos de nucleotídeo único (SNPS).

Após a imputação dos dados, testes de associação foram realizados para determinar se variantes genéticas específicas estavam ligadas à FPI. Esses testes consideraram diferentes fatores estatísticos para garantir que os resultados fossem confiáveis e não influenciados por variação aleatória.

Resultados e Análise

No total, o estudo analisou 32.618 indivíduos, incluindo 5.159 casos de FPI e 27.459 controles. A análise focou em 44.713 variantes genéticas identificadas na região HLA.

Quatro variantes genéticas significativas atenderam ao critério de significância do estudo. Entre elas, a mais notável foi a SNP rs4947344, que está localizada entre dois genes HLA, HLA-DQB1 e HLA-DQA2. Essa variante foi associada a um risco aumentado de FPI. Outras variantes identificadas estavam localizadas entre diferentes genes e podem contribuir para a natureza complexa de como os fatores genéticos influenciam a doença.

No entanto, nenhuma dessas variantes apresentou resultados consistentes em todos os estudos, e a probabilidade de que essas descobertas pudessem ser replicadas em futuros estudos era baixa. Por exemplo, a possível ligação entre HLA-DQB1*06:02 e a FPI não se manteve quando testada em conjuntos de dados separados.

Limitações do Estudo

A pesquisa tem algumas limitações que precisam ser reconhecidas. Principalmente, o estudo focou apenas em indivíduos de ancestralidade europeia. Essa limitação significa que os resultados podem não se aplicar a outras populações. Além disso, a inconsistência dos resultados em diferentes estudos levanta questões sobre o papel das variações genéticas na contribuição para a FPI.

A complexidade da região HLA e suas interações com fatores ambientais também complicam os achados. Como a pesquisa examinou variantes genéticas individuais isoladamente, pode ter perdido o contexto mais amplo de como essas variantes interagem entre si e com a doença.

Conclusão

Essa análise buscou esclarecer os aspectos genéticos da FPI usando dados de múltiplos estudos. Embora quatro associações genéticas significativas tenham sido identificadas, os resultados mistos indicam que essas associações podem não ser fortes ou consistentes. Pesquisas futuras devem continuar a explorar os links entre fatores genéticos, infecções e FPI para entender melhor essa doença complexa.

O esforço de analisar dados genéticos em uma escala maior oferece insights valiosos sobre o potencial de descobrir novos fatores de risco para doenças como a FPI. No entanto, os pesquisadores devem ter em mente a necessidade de populações diversas em estudos e considerar a interação de vários fatores ao interpretar os resultados.

À medida que aprendemos mais sobre as bases genéticas da FPI, há esperança de que melhores estratégias de prevenção e tratamento possam ser desenvolvidas para ajudar aqueles afetados por essa condição desafiadora.

Fonte original

Título: Association study of human leukocyte antigen (HLA) variants and idiopathic pulmonary fibrosis

Resumo: IntroductionIdiopathic pulmonary fibrosis (IPF) is a chronic interstitial pneumonia marked by progressive lung fibrosis and a poor prognosis. Recent studies have highlighted the potential role of infection in the pathogenesis of IPF and a prior association of the HLA-DQB1 gene with idiopathic fibrotic interstitial pneumonia (including IPF) has been reported. Due to the important role that the Human Leukocyte Antigen (HLA) region plays in the immune response, here we evaluated if HLA genetic variation was associated specifically with IPF risk. MethodsWe performed a meta-analysis of associations of the HLA region with IPF risk in individuals of European ancestry from seven independent case-control studies of IPF (comprising a total of 5,159 cases and 27,459 controls, including the prior study of fibrotic interstitial pneumonia). Single nucleotide polymorphisms, classical HLA alleles and amino acids were analysed and signals meeting a region-wide association threshold p90% were considered significant. We sought to replicate the previously reported HLA-DQB1 association in the subset of studies independent of the original report. ResultsThe meta-analysis of all seven studies identified four significant independent single nucleotide polymorphisms associated with IPF risk. However, none met the posterior probability for replication criterion. The HLA-DQB1 association was not replicated in the independent IPF studies. ConclusionVariation in the HLA region was not consistently associated with risk in studies of IPF. However, this does not preclude the possibility that other genomic regions linked to the immune response may be involved in the aetiology of IPF.

Autores: Edward J. Hollox, B. Guillen-Guio, M. L. Paynton, R. J. Allen, D. P. W. Chin, L. J. Donoghue, A. Stockwell, O. C. Leavy, T. Hernandez-Beeftink, C. Reynolds, P. Cullinan, F. Martinez, CleanUP-IPF Investigators of the Pulmonary Trials Cooperative, H. L. Booth, W. A. Fahy, I. P. Hall, S. P. Hart, M. R. Hill, N. Hirani, R. B. Hubbard, R. J. McAnulty, A. B. Millar, V. Navaratnam, E. Oballa, H. Parfrey, G. Saini, I. Sayers, M. D. Tobin, M. K. B. Whyte, A. Adegunsoye, N. Kaminski, S.-F. Ma, M. E. Strek, Y. Zhang, T. E. Fingerlin, M. Molina-Molina, M. Neighbors, X. R. Sheng, Oldha

Última atualização: 2023-07-24 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.07.20.23292940

Fonte PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.07.20.23292940.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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