Avanços em Few-Shot Learning para Imagens Médicas
Este estudo avalia métodos de aprendizado com poucos exemplos na classificação de imagens médicas.
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Índice
- Few-Shot Learning
- O Papel do FSL na Radiologia
- Metric Learning
- Self-Supervised Learning
- Necessidade de Avaliação Sistemática
- Principais Contribuições
- Modelo Geral de Metric Learning
- Visão Geral do Metric Learning
- Classificações Few-Shot
- Extratores de Características
- Adaptação de Domínio Auto-Supervisionada
- Algoritmos de Classificação
- Conjuntos de Dados Usados
- Visão Geral dos Resultados
- Conclusão
- Direções Futuras
- Fonte original
Deep Learning (DL) virou uma parada importante pra analisar imagens médicas. Com dados suficientes, o DL consegue fazer várias tarefas como os médicos, tipo diagnosticar doenças ou entender cenas médicas. Mas, os modelos tradicionais de DL precisam de uma porção de dados rotulados pra funcionar bem. Isso pode ser um problemão, especialmente na saúde, onde pegar e rotular dados pode custar caro.
Few-Shot Learning
Recentemente, o Few-Shot Learning (FSL) mostrou que é uma boa opção pra diminuir a necessidade de um monte de dados. FSL envolve métodos que permitem aos modelos aprenderem com só um punhado de exemplos. Esse lance pode ajudar a reduzir o tempo e a grana pra criar novas aplicações de DL, já que precisa de menos dados e menos recursos computacionais. Além disso, o FSL pode ser útil em áreas onde não tem muita informação disponível, tornando o DL aplicável a mais campos.
O Papel do FSL na Radiologia
A radiologia pode se beneficiar pra caramba do FSL. Uma aplicação comum do DL na radiologia é a classificação de imagens pra diagnósticos. Os sistemas conseguem identificar condições como tuberculose, tumores mamográficos ou avaliar a idade óssea. Essas ferramentas podem atuar como uma segunda opinião pros radiologistas, ajudando a acelerar o processo, reduzir erros e permitir que eles se concentrem em casos mais complexos. Quando se trata de doenças raras, como COVID-19, as técnicas de FSL se tornam especialmente úteis.
Metric Learning
Entre os métodos usados no FSL, o metric learning se mostrou eficaz. Embora o conceito já tenha um tempo, ele continua sendo um dos métodos de FSL mais fortes, muitas vezes ultrapassando abordagens mais complexas. O metric learning analisa como os pontos de dados são semelhantes ou diferentes entre si. Ele simplifica os dados, tornando mais fácil classificá-los com base nas distâncias entre eles.
Vários métodos de metric learning foram explorados, como Matching Networks e Prototypical Networks. Esses modelos têm o objetivo de entender as relações entre os pontos de dados. Na radiologia, o metric learning foi usado com sucesso em tarefas como classificar tumores cerebrais e identificar condições em raios-X de tórax.
Self-Supervised Learning
O crescimento do self-supervised learning trouxe mais potencial pro metric learning em imagens médicas. Esse aprendizado pega métodos não supervisionados pra resolver problemas que normalmente precisariam de dados rotulados. Um modelo auto-supervisionado consegue aprender preenchendo as lacunas ou encontrando semelhanças entre partes diferentes da mesma imagem. Como não precisa de dados rotulados, isso combina bem com o few-shot learning, permitindo um desempenho melhor mesmo quando os dados médicos rotulados são escassos.
Modelos auto-supervisionados mostraram eficácia em várias tarefas de imagem médica. Como o metric learning é flexível, ele pode facilmente incorporar modelos avançados auto-supervisionados em sua estrutura.
Necessidade de Avaliação Sistemática
Apesar da promessa do few-shot metric learning, ainda falta fazer avaliações sistemáticas. Muitas arquiteturas de modelo e métodos de treinamento podem influenciar os resultados. No entanto, não teve muita pesquisa comparando esses métodos especificamente em imagens médicas. Esse estudo tem o objetivo de avaliar um método baseado em Prototypical Networks em diferentes tarefas de classificação que envolvem imagens de raios-X.
Principais Contribuições
- Analisou quão eficaz o few-shot metric learning é em imagens médicas, especialmente na classificação de raios-X de COVID-19 e tuberculose.
- Avaliou vários modelos de redes neurais e classificadores pra ver como se saem em configurações de few-shot com vários desbalanceamentos de dados.
- Comparou diferentes arquiteturas treinadas em imagens normais com aquelas adaptadas pra imagens médicas, incluindo modelos especificamente desenhados pra isso.
- Ajustou alguns modelos avançados dentro de suas estruturas auto-supervisionadas usando um grande conjunto de dados de imagens de raios-X.
- Avaliou a eficácia da adaptação de domínio em várias classificações de doenças.
Modelo Geral de Metric Learning
O modelo geral de metric learning inclui dois componentes principais: um Extrator de Características e um classificador baseado em distância. O extrator processa uma imagem pra criar uma versão mais simples que mantém as informações importantes. O classificador então atribui rótulos com base nas distâncias entre esses pontos de dados simplificados.
Visão Geral do Metric Learning
O objetivo principal do metric learning é transformar cada amostra de dados em uma versão mais simples, enquanto mantém amostras semelhantes juntas e afasta as diferentes. Uma rede neural atua como o extrator de características, aprendendo a partir de dados rotulados ou não rotulados. O modelo então utiliza um classificador baseado em distância pra fornecer rótulos aos dados que chegam.
Classificações Few-Shot
As tarefas de classificação few-shot são frequentemente chamadas de tarefa k-shot N-way. Aqui, k indica quantos exemplos são fornecidos pra cada categoria, enquanto N define quantas classes são consideradas. Esse estudo examinou várias configurações de few-shot com diferentes faixas de exemplos pra testar a eficácia do modelo.
Pra avaliar o modelo, diferentes tarefas alvo foram utilizadas. Várias combinações de extratores de características e classificadores foram avaliadas em diferentes configurações de few-shot. Muitas situações de teste foram criadas pra minimizar efeitos aleatórios e aumentar a significância dos resultados.
Extratores de Características
O estudo usou tanto modelos gerais, que estão amplamente disponíveis, quanto modelos específicos de domínio pra tarefas de imagem médica. Arquiteturas conhecidas como ResNet e DenseNet foram avaliadas junto com modelos mais novos como DINO-ViT. O objetivo era utilizar os extratores de características mais eficazes pra alcançar os melhores resultados nas configurações de few-shot.
Adaptação de Domínio Auto-Supervisionada
O estudo também investigou os potenciais benefícios da adaptação de domínio auto-supervisionada. Essa abordagem pode, às vezes, ter resultados melhores do que o treinamento supervisionado tradicional. Ajustar certos modelos dentro de suas estruturas auto-supervisionadas permitiu que os pesquisadores avaliassem seu desempenho em várias tarefas de classificação de imagens médicas.
Algoritmos de Classificação
Vários métodos de classificação foram analisados, incluindo k-vizinhos mais próximos, centroide mais próximo e análise de componentes de vizinhança. Esses métodos focaram em quão bem conseguiam atribuir rótulos aos dados com base nas medidas de distância das características extraídas. Diferentes algoritmos mostraram níveis variados de eficácia e estabilidade em diferentes tarefas.
Conjuntos de Dados Usados
O estudo se baseou em múltiplos conjuntos de dados, incluindo aqueles com imagens de COVID-19 e tuberculose. O objetivo era criar tarefas de classificação binária, determinando se uma condição estava presente ou não. Várias divisões dos conjuntos de dados garantiram uma avaliação justa do desempenho do modelo.
Visão Geral dos Resultados
Os resultados destacaram variações de desempenho entre diferentes modelos e tarefas. Em muitas configurações, o modelo que usou DINO-ViT superou os outros, especialmente no reconhecimento de COVID-19. Curiosamente, modelos de domínio específicos e modelos mais antigos não sempre trouxeram as melhorias esperadas.
Além disso, os cenários few-shot permitiram insights mais profundos sobre como os classificadores reagiram sob várias condições de desbalanceamento de dados. O algoritmo do centroide mais próximo foi particularmente bem em várias tarefas, mostrando robustez contra tamanhos de conjunto de suporte variados.
Conclusão
Esse estudo traz à tona a eficácia do metric learning e dos métodos few-shot em imagens médicas. Embora os resultados não tenham alcançado o melhor desempenho de classificação em comparação com métodos tradicionais, eles oferecem uma abordagem direta que pode levar a melhorias com mais pesquisa e ajustes.
Direções Futuras
As descobertas apontam pra futuras avenidas pra melhorar o desempenho do modelo, incluindo a integração de técnicas mais avançadas como aprendizado em conjunto. A simplicidade dos métodos propostos deixa espaço pra experimentação, o que pode levar a uma eficácia ainda maior em aplicações reais de imagem médica.
Título: Deep metric learning for few-shot X-ray image classification
Resumo: Deep learning models have proven the potential to aid professionals with medical image analysis, including many image classification tasks. However, the scarcity of data in medical imaging poses a significant challenge, as the limited availability of diverse and comprehensive datasets hinders the development and evaluation of accurate and robust imaging algorithms and models. Few-shot learning approaches have emerged as a potential solution to address this issue. In this research, we propose to deploy the Generalized Metric Learning Model for Few-Shot X-ray Image Classification. The model comprises a feature extractor to embed images into a lower-dimensional space and a distance-based classifier for label assignment based on the relative distance of these embeddings. We extensively evaluate the model using various pre-trained convolutional neural networks (CNNs) and vision transformers (ViTs) as feature extractors. We also assess the performance of the commonly used distance-based classifiers in several few-shot settings. Finally, we analyze the potential to adapt the feature encoders to the medical domain with both supervised and self-supervised frameworks. Our model achieves 0.689 AUROC in 2-way 5-shot COVID-19 recognition task when combined with REMEDIS (Robust and Efficient Medical Imaging with Self-supervision) domain-adapted model as feature extractor, and 0.802 AUROC in 2-way 5-shot tuberculosis recognition task with domain-adapted DenseNet-121 model. Moreover, the simplicity and flexibility of our approach allows for easy improvement in the feature, either by incorporating other few-shot methods or new, powerful architectures into the pipeline.
Autores: Jakub Prokop, J. Montalt Tordera, S. Mohammadi, J. Jaworek-Korjakowska
Última atualização: 2023-08-29 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.08.27.23294690
Fonte PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2023.08.27.23294690.full.pdf
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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