Novo Método para Analisar DNA Antigo
Pesquisadores desenvolveram o TTNE pra estimar melhor os tamanhos das populações passadas usando DNA antigo.
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Índice
Nos últimos anos, os pesquisadores avançaram bastante no estudo do DNA antigo (aDNA). Essa coleção crescente de aDNA permite que os cientistas vejam como as populações mudaram e evoluíram ao longo do tempo, especialmente em áreas onde as condições de preservação foram ideais. Antes, esse tipo de pesquisa era possível principalmente para um pequeno número de espécies que se reproduzem rápido ou para populações selvagens específicas que já foram estudadas por um bom tempo. Mas agora, com as novas descobertas de várias regiões, incluindo o Reino Unido e a Dinamarca, os pesquisadores conseguem reunir informações mais detalhadas sobre populações passadas.
O Desafio de Analisar DNA Antigo
Existem vários métodos para analisar a história demográfica das populações usando dados genômicos modernos. Esses métodos ajudam a estimar mudanças no tamanho da população ao longo do tempo com base em informações genéticas de indivíduos atuais. Apesar disso, muitas técnicas não lidam bem com dados coletados em diferentes períodos. Muitas vezes, quando se analisa o DNA antigo de um único local, a análise foca nas mudanças na ancestralidade ou na frequência dos genes ao longo do tempo, sem considerar totalmente o fator tempo nos modelos. Como resultado, os pesquisadores podem perder insights importantes sobre a dinâmica populacional.
Um Novo Método Chamado TTNE
Estamos apresentando um novo método chamado TTNE que busca preencher essa lacuna. O TTNE permite uma estimativa mais precisa de como o tamanho da população mudou ao longo do tempo, considerando segmentos genéticos que os indivíduos compartilham devido aos seus ancestrais comuns recentes. Isso é importante para entender as Mudanças Demográficas em populações antigas.
O TTNE foi projetado para analisar dados de diferentes pontos no tempo, possibilitando acompanhar como o tamanho efetivo da população variou ao longo das gerações. Esse método foi testado através de simulações, mostrando que pode estimar bem o tamanho da população enquanto leva em conta possíveis erros nos dados.
Compreendendo IBD e Sua Importância
IBD, que significa identidade por descendência, se refere a segmentos genéticos que são idênticos entre indivíduos porque eles herdaram esses segmentos de um ancestral comum recente. A presença desses segmentos indica laços recentes entre indivíduos, tornando-os cruciais para estudar a história populacional. No passado, os pesquisadores desenvolveram vários métodos para usar dados de IBD de populações contemporâneas para entender as mudanças demográficas.
No entanto, a maioria desses métodos assume que todas as amostras são do mesmo período ou faz aproximações ao lidar com amostras de tempos diferentes. Isso pode levar a imprecisões na análise.
Como Funciona o TTNE
O TTNE foi especificamente projetado para superar as limitações dos métodos anteriores, modelando diretamente os aspectos relacionados ao tempo dos dados genéticos. Ele analisa o compartilhamento de IBD em diferentes pontos no tempo para fornecer insights sobre como o tamanho efetivo da população mudou. O método assume uma população que se cruza livremente, mas que passa por mudanças no tamanho ao longo do tempo.
Para implementar o TTNE, os pesquisadores começam estimando o comprimento dos segmentos de IBD com base na história demográfica. O método usa os comprimentos de IBD observados para inferir o tamanho efetivo da população em diferentes pontos no tempo. Ao maximizar a probabilidade dos dados observados, o TTNE pode produzir estimativas confiáveis do tamanho da população.
Avaliando o Desempenho do TTNE
Para avaliar como o TTNE funciona, os pesquisadores conduziram simulações com vários cenários demográficos. Eles examinaram como o TTNE se comportou em comparação com métodos tradicionais, especialmente em distinguir mudanças no tamanho da população ao longo do tempo. Os resultados mostraram que usar dados de múltiplos pontos no tempo permitiu uma representação mais precisa de como o tamanho da população flutuou, especialmente durante eventos demográficos significativos.
Nas simulações envolvendo uma população constante, o TTNE e outros métodos mostraram resultados semelhantes. No entanto, ao testar em períodos de mudanças populacionais rápidas, o TTNE superou os métodos tradicionais. Ele ofereceu uma visão mais clara da dinâmica populacional, incluindo aumentos ou declínios significativos.
Aplicações do TTNE
O TTNE foi aplicado para analisar populações antigas, como aquelas associadas à cultura Corded Ware e à migração anglo-saxônica na Grã-Bretanha. Ao estudar os indivíduos da cultura Corded Ware, os pesquisadores encontraram evidências de crescimento populacional significativo, consistente com os registros históricos.
Essa descoberta se alinha à compreensão de que a cultura Corded Ware experimentou um grande influxo de ancestralidade de populações das estepes, levando a uma grande troca genética na Europa.
Da mesma forma, para o período anglo-saxão, os pesquisadores compilaram dados genéticos de indivíduos no sudeste da Grã-Bretanha durante sua migração e compararam com dados do período medieval. Eles identificaram um aumento constante no tamanho da população até e durante a época da Peste Negra. Essa evidência reflete estimativas históricas de crescimento populacional durante o período medieval.
Importância dos Dados de Séries Temporais
A capacidade do TTNE de utilizar dados de diferentes pontos no tempo é sua principal força. Ao analisar segmentos de IBD, o TTNE captura mudanças no tamanho da população que poderiam ser perdidas por métodos que tratam todas as amostras como sendo do mesmo tempo. Essa abordagem abre novas possibilidades para examinar mudanças demográficas em áreas onde os registros históricos são limitados.
Limitações e Direções Futuras
Embora o TTNE ofereça várias vantagens, existem limitações a considerar. O modelo assume que a população está bem misturada e não leva em conta fatores como migração, seleção ou estrutura populacional que podem complicar a interpretação das mudanças demográficas.
À medida que a pesquisa continua a se expandir na análise de DNA antigo, o TTNE pode oferecer insights valiosos sobre a dinâmica populacional em todo o mundo. Com mais estudos utilizando dados de séries temporais, esperamos que o TTNE ajude a revelar tamanhos populacionais passados em regiões que não foram amplamente estudadas.
Conclusão
Em resumo, o TTNE representa um novo método promissor para estimar as trajetórias do tamanho populacional em estudos de DNA antigo. Ao focar nos segmentos de IBD e considerar o aspecto temporal dos dados genéticos, o TTNE fornece aos pesquisadores uma ferramenta poderosa para analisar mudanças demográficas em populações históricas. Esse avanço tem um grande potencial para desvendar as complexas histórias das populações humanas ao longo do tempo.
À medida que o campo da pesquisa em DNA antigo cresce, técnicas como o TTNE serão cruciais para construir uma imagem mais clara de como as populações humanas mudaram ao longo das gerações. Com a exploração e aplicação contínuas de dados de séries temporais, os pesquisadores podem iluminar a rica tapeçaria da história humana.
Título: Estimating effective population size trajectories from time-series Identity-by-Descent (IBD) segments
Resumo: Long, identical haplotypes shared between pairs of individuals, known as identity-by-descent (IBD) segments, result from recently shared co-ancestry. Various methods have been developed to utilize IBD sharing for demographic inference in contemporary DNA data. Recent methodological advances have enabled the screening for IBD in ancient DNA (aDNA) data, making demographic inference based on IBD also possible for aDNA. However, aDNA data typically have varying sampling times, but most demographic inference methods designed for modern data assume that sampling is contemporaneous. Here, we present TTNE (Time-Transect Ne), which models time-transect sampling to improve inference of recent effective population size trajectories. Using simulations, we show that utilizing IBD sharing in time series has increased resolution to infer recent fluctuations in effective population sizes compared to methods that only use contemporaneous samples. Finally, we developed an approach for estimating and modeling IBD detection errors in empirical IBD analysis. To showcase the practical utility of TTNE, we applied it to two time transects of ancient genomes, individuals associated with the Corded Ware Culture (CWC) and Medieval England. In both cases, we found evidence of a growing population, a signal consistent with archaeological records.
Autores: Yilei Huang, S. Carmi, H. Ringbauer
Última atualização: 2024-05-09 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.06.592728
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.06.592728.full.pdf
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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