Avanços na Produção de Vacinas de mRNA
Foque em melhorar as vacinas de mRNA e reduzir os subprodutos.
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Índice
- Processo de Produção de mRNA
- O Problema do DsRNA
- T7 RNA Polimerase e seu Papel
- Novas Tecnologias de Triagem
- Um Foco na Redução do dsRNA
- Processo de Triagem
- A Importância da Validação dos Resultados
- Otimizando a T7 RNAP
- Refinamentos e Descobertas Adicionais
- Avaliando o Impacto na Imunogenicidade
- Conclusão
- Fonte original
Nos últimos anos, uma nova onda de drogas baseadas em mRNA tá chamando bastante atenção, principalmente as vacinas de mRNA. Essas vacinas são uma abordagem nova pra proteger contra doenças e mostraram potencial em tratar várias condições. Diferente das vacinas tradicionais, as vacinas de mRNA têm benefícios únicos que as tornam uma opção interessante.
Um grande benefício é que as vacinas de mRNA podem ser desenhadas e feitas rapidinho. Isso porque elas não dependem das sequências genéticas específicas dos vírus que elas protegem. Assim, os cientistas conseguem desenvolver e produzir essas vacinas mais rápido e barato do que as vacinas mais antigas.
Além disso, as vacinas de mRNA podem ativar o sistema imunológico pra produzir moléculas importantes, chamadas citocinas, que ajudam a combater infecções. Isso significa que elas conseguem treinar o corpo pra responder de forma mais eficaz sem precisar de substâncias extras, conhecidas como adjuvantes, que costumam ser usadas nas vacinas tradicionais.
Processo de Produção de mRNA
Pra trazer as vacinas de mRNA pra prática, várias etapas são necessárias no processo de produção. Primeiro, os cientistas criam o próprio mRNA. Isso envolve começar com um modelo de DNA e usar uma enzima chamada RNA polimerase pra criar o mRNA através de um processo chamado transcrição. O mRNA resultante tem várias partes chave, incluindo a que vai fazer a proteína alvo e áreas específicas em ambas as extremidades que ajudam na estabilidade.
Depois que o mRNA é produzido, ele precisa ser purificado pra remover materiais indesejados que podem ter sido gerados durante o processo. Métodos comuns pra essa purificação incluem precipitação e cromatografia líquida de alta performance (HPLC). A HPLC é especialmente importante pra remover qualquer resquício de DNA ou outros subprodutos que podem interferir na eficácia do mRNA.
DsRNA
O Problema doDurante a produção de mRNA, um subproduto chamado dsRNA pode se formar. Esse subproduto pode ativar certos receptores no corpo que, embora façam parte da resposta imunológica, também podem causar estresse desnecessário no sistema. Quando o dsRNA se acumula, pode levar à produção de proteínas que talvez não sejam necessárias. Por isso, é crucial remover o dsRNA do produto final de mRNA, e embora a HPLC seja um método eficaz pra isso, pode adicionar tempo e custo ao processo de produção.
T7 RNA Polimerase e seu Papel
Um jogador chave no processo de produção de mRNA é a T7 RNA polimerase (T7 RNAP). Essa enzima é comumente usada pra sintetizar RNA porque consegue produzir altos rendimentos e funciona bem em ambientes laboratoriais.
No entanto, a T7 RNAP não é perfeita e pode criar subprodutos como fragmentos curtos ou indesejados de RNA durante a transcrição. Esses subprodutos podem contribuir para a formação de dsRNA, complicando ainda mais as coisas.
O processo de transcrição usando T7 RNAP acontece em três etapas principais: iniciação, alongamento e terminação. Durante a iniciação, a T7 RNAP reconhece regiões específicas do DNA pra começar a síntese de RNA. À medida que a cadeia de RNA se alonga, ela continua a adicionar nucleotídeos até chegar ao final do modelo de DNA.
Nos casos em que a T7 RNAP sofre terminação prematura, isso pode levar a cadeias de RNA encurtadas ou extensões inesperadas no final do RNA. Isso pode novamente aumentar os níveis de dsRNA, que são indesejados.
Novas Tecnologias de Triagem
Pra melhorar as propriedades da T7 RNAP e reduzir subprodutos indesejados, novas tecnologias como a triagem por gotas ativadas por fluorescência (FADS) surgiram. A FADS é um método de triagem de alto rendimento que permite que os pesquisadores classifiquem gotas contendo produtos de RNA com base na fluorescência. Essa tecnologia é vantajosa porque é rápida, sensível e econômica.
Na FADS, uma gota contém reagentes e células microbianas que expressam variantes da T7 RNAP. À medida que as gotas passam por um feixe de detecção, sua fluorescência é medida. Apenas aquelas com uma intensidade de fluorescência específica são classificadas para análise posterior, ajudando a identificar variantes que têm propriedades melhoradas.
Um Foco na Redução do dsRNA
O objetivo da pesquisa mencionada é encontrar maneiras de diminuir a quantidade de dsRNA indesejado produzido durante a síntese de mRNA. Os pesquisadores estão investigando variantes da T7 RNAP que tenham mutações projetadas pra ajudar a reduzir os níveis de dsRNA. Usando uma mistura de evolução direcionada e estratégias de design, eles visam criar uma enzima mais eficiente.
Pra triagem eficaz dessas variantes da T7 RNAP, os pesquisadores otimizaram um método que usa faróis moleculares-provas especializadas que podem se ligar a sequências de RNA específicas e emitir fluorescência. Isso permite monitorar em tempo real o rendimento e a qualidade do RNA.
Processo de Triagem
Ao desenvolver o sistema de triagem, os cientistas montaram experimentos usando diferentes modelos de DNA e T7 RNAP. Medindo a fluorescência dos faróis moleculares, eles puderam determinar quão bem cada variante de T7 RNAP funcionava e quanto dsRNA era gerado.
Através das rodadas iniciais de triagem, gotas positivas que exibiam fluorescência mais alta foram coletadas. Os pesquisadores analisaram essas gotas mais a fundo, identificando várias variantes mutantes da T7 RNAP que mostraram níveis mais baixos de dsRNA em comparação com o tipo selvagem. Alguns mutantes até mostraram melhorias na integridade do RNA, sugerindo que podem produzir uma saída de mRNA mais confiável.
A Importância da Validação dos Resultados
Após a triagem inicial, os pesquisadores visavam validar suas descobertas. Isso envolveu sequenciar o DNA das gotas positivas pra determinar quais mutações estavam presentes. Eles descobriram que mutações específicas apareceram com frequência em variantes bem-sucedidas, indicando sua potencial importância em reduzir os níveis de dsRNA.
Uma análise adicional mostrou que algumas variantes, embora promissoras em termos de baixo dsRNA, tinham atividade geral reduzida. Isso ressalta a necessidade de mais refinamento pra garantir que essas variantes possam produzir mRNA de alta qualidade enquanto minimizam subprodutos indesejados.
Otimizando a T7 RNAP
Na busca por T7 RNAPs mais eficazes, os pesquisadores focaram cada vez mais em vários locais distintos dentro da estrutura da enzima. Estudando como mutações nesses locais afetavam o desempenho da enzima, eles conseguiram criar versões da T7 RNAP que podem potencialmente funcionar de forma mais eficaz.
Eventualmente, os pesquisadores desenvolveram um método que usa uma abordagem de dupla sonda, medindo simultaneamente o rendimento e a qualidade do RNA. Essa abordagem ajuda a identificar as melhores variantes de T7 RNAP, garantindo que os mutantes escolhidos atendam tanto aos padrões de produtividade quanto de pureza.
Refinamentos e Descobertas Adicionais
Após triagem de mais de mil variantes, os pesquisadores identificaram vários mutantes que mostraram potencial ao gerar menos dsRNA enquanto mantinham boa produtividade geral. No entanto, algumas variantes que demonstraram menor dsRNA não corresponderam ao desempenho esperado, indicando interações complexas em jogo.
Através de uma combinação de abordagens, incluindo triagens adicionais de bibliotecas geradas por embaralhamento de DNA, os pesquisadores conseguiram encontrar variantes de T7 RNAP que consistentemente produziam níveis mais baixos de dsRNA.
Avaliando o Impacto na Imunogenicidade
Um aspecto importante da produção de mRNA é entender como os níveis de dsRNA afetam as respostas imunológicas. Os pesquisadores testaram suas diversas variantes de T7 RNAP em células pra avaliar a reação imunológica desencadeada pelos produtos de RNA.
Eles descobriram que, enquanto a T7 RNAP tipo selvagem produzia uma resposta imunológica robusta, muitas das variantes mutantes resultaram em respostas diminuídas. Essa descoberta é crucial pra garantir que o mRNA produzido pra fins terapêuticos ou de vacinação não provoque ativação imunológica desnecessária.
Conclusão
A pesquisa sobre drogas e vacinas baseadas em mRNA tá evoluindo rapidamente, com cientistas se esforçando pra otimizar os processos envolvidos na produção delas. Ao focar em melhorar o desempenho da T7 RNAP e reduzir subprodutos indesejados como o dsRNA, os pesquisadores buscam aumentar a eficácia das terapias de mRNA.
Através de métodos de triagem avançados e uma boa compreensão da biologia subjacente, o potencial para vacinas de mRNA seguras e eficazes continua a crescer, oferecendo esperança pra novos tratamentos e medidas preventivas contra várias doenças.
Título: FADS and semi-rational design modified T7 RNA polymerase reduced dsRNA production, with lower terminal transferase and RDRP activities
Resumo: T7 RNA polymerase (T7 RNAP) is the preferred tool for in vitro transcription (IVT), it synthesizes mRNA while accompanied by the generation of dsRNA by-products. This undesirable dsRNA triggers immune stress responses, compromises therapeutic efficacy, and raises safety concerns. To evolve T7 RNAP for reduced dsRNA, we pursued two complementary strategies. Firstly, the FADS (fluorescence-activated droplet sorting) based on molecular beacons was used to screen random libraries with diversity exceeding 105. Secondly, we constructed several single-site saturated libraries to facilitate the transition of T7 RNAP from the initiation to the elongation conformation. These libraries were screened using the traditional microplate-based dual-probe screening technique. Both approaches identified two dominant variants: Mut1 (V214A) and Mut7 (F162S/A247T) from FADS, Mut11 (K180E) and Mut14 (A70Q) from saturated libraries. Furthermore, the combinatorial mutant Mut17 (A70Q/F162S/K180E), generated via DNA shuffling, exhibited significantly reduced dsRNA production compared to the wild-type under various conditions, ranging from 0.18% to 1.80%, with a minimum value of 0.5 pg/g. Cell experiments confirmed that variants generated capped-mRNA with similar quality and quantity to the wild-type, while significantly reducing immune stress response in cells. These results indicate the compatibility and broad potential applications of these mutations. We then observed a close correlation between the production of dsRNA and the activities of T7 RNAP in terminal transferase and RDRP. Particularly, the terminal transferase activity appears to play a critical role in dsRNA generation. These findings align with the mechanism of dsRNA formation during IVT and provide new screening criteria for further evolution of T7 RNAP.
Autores: Xiang Liu, Q. Tang, S. Zhu, N. Hu, S. Yin, Y. Yang, Y. Teng, D. Song
Última atualização: 2024-05-31 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.23.595468
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.23.595468.full.pdf
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