Diversidade Genética em Fitoplâncton Marinho: Bathycoccus
Pesquisas mostram o papel crucial da diversidade genética no fitoplâncton Bathycoccus.
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Índice
- Explorando a Diversidade Genética do Fitoplâncton
- Desafios em Estudar a Diversidade do Fitoplâncton
- A Natureza Cosmopolita do Bathycoccus
- Pesquisando a Diversidade Intraspecífica do Bathycoccus
- Identificando Marcadores de Diversidade
- Entendendo as Taxas de Crescimento
- Influências Sazonais e Ambientais
- Conclusão: A Importância da Diversidade Genética
- Fonte original
- Ligações de referência
Fitoplâncton marinho é um grupo de plantinhas bem pequenas que vivem no oceano. Eles são super importantes porque produzem uma quantidade significativa do oxigênio da Terra e servem como a base da cadeia alimentar do oceano. Dentro desse fitoplâncton, tem tipos especiais, como as algas picoeucariotas, que são conhecidas pelo seu tamanho minúsculo e alta diversidade.
Em lugares com estações que mudam, as quantidades e tipos de fitoplâncton podem variar ao longo do ano. Às vezes, rolam aumentos repentinos nos números deles chamados de explosões de algas. Essas explosões desempenham um papel gigante na produção de oxigênio no oceano, por isso os cientistas estão curiosos pra saber mais sobre como o fitoplâncton se adapta ao ambiente e como a mudança climática afeta eles.
Diversidade Genética do Fitoplâncton
Explorando aAs novidades na tecnologia permitiram que os cientistas coletassem grandes quantidades de dados genéticos de diferentes tipos de fitoplâncton. Uma maneira de fazer isso é analisando genes específicos que ajudam a identificar diferentes espécies. Mas, muitas vezes, esses métodos não capturam detalhes importantes sobre as diferenças genéticas dentro de uma única espécie. Isso é um problema porque essas pequenas variações podem impactar muito como uma espécie sobrevive em várias condições. Por exemplo, uma espécie pode reagir de forma diferente a mudanças de temperatura, luz ou nutrientes por causa dessas pequenas diferenças genéticas.
Pesquisas mostraram que a variação dentro de uma espécie é essencial para a saúde ecológica. Quando as espécies perdem sua diversidade, elas ficam mais parecidas e menos capazes de lidar com mudanças ambientais. Nas diatomáceas, que são um tipo de fitoplâncton, variações internas ajudam elas a se adaptar a diferentes fatores ambientais.
Desafios em Estudar a Diversidade do Fitoplâncton
Pra estudar a diversidade genética do fitoplâncton, os cientistas precisam identificar e analisar muitos indivíduos de diferentes ambientes. Porém, isolar amostras suficientes pode ser um desafio, e muitas vezes, só algumas poucas são estudadas. No passado, os cientistas usaram marcadores genéticos específicos encontrados em alguns genes pra analisar indivíduos isolados, mas esses métodos podem ser bem limitados.
Novos métodos, como DNA Polimórfico Aleatório Amplificado (RAPD) e sequenciamento de DNA associado a sítios de restrição (RADseq), facilitaram a análise de muitos marcadores genéticos de uma espécie. Essas técnicas foram usadas pra estudar fitoplâncton durante explosões de algas, mas a maioria focou em identificar muitos indivíduos. Como resultado, a diversidade genética do fitoplâncton marinho ainda não tá bem registrada.
A Natureza Cosmopolita do Bathycoccus
Os picoeucariotos, como o Bathycoccus, são algas minúsculas que podem ser encontradas em todo o mundo, desde regiões tropicais até polares. Elas desenvolveram uma habilidade incrível de se adaptar a vários ambientes. Novas tecnologias de sequenciamento ajudaram os cientistas a saber mais sobre as diferenças entre as espécies de Bathycoccus, mas pouco se sabe sobre as variações genéticas dentro do Bathycoccus.
O Bathycoccus é um fitoplâncton comum em certas regiões, tipo o Mar Mediterrâneo, onde ele floresce de novembro a abril. Os cientistas estão curiosos pra saber se a população continua a mesma todo ano ou se muda. Eles querem saber se essas explosões são resultado de células que estavam enterradas nos sedimentos acordando ou se são células novas que estão sendo trazidas pelas correntes do oceano.
Pesquisando a Diversidade Intraspecífica do Bathycoccus
Pra entender melhor a diversidade genética do Bathycoccus, os pesquisadores usaram um método pra isolar cepas de diferentes regiões enquanto faziam sequenciamento do genoma inteiro. Isso envolve analisar todo o material genético de um organismo pra identificar qualquer mudança estrutural ou variações.
As cepas de algas foram obtidas de uma coleção de culturas e cultivadas em condições controladas pra estudar seu crescimento e diversidade. Amostras de água foram coletadas da Baía de Banyuls, e as células foram isoladas pra análise posterior. Filtrando a água e usando citometria de fluxo, os pesquisadores puderam determinar a quantidade e o tamanho do fitoplâncton presente.
Depois de isolar as células de Bathycoccus, os pesquisadores extraíram DNA pra analisar seu material genético. Técnicas como PCR (Reação em Cadeia da Polimerase) foram usadas pra amplificar regiões específicas do código genético pra análise posterior.
Identificando Marcadores de Diversidade
Pra identificar marcadores genéticos únicos que pudessem diferenciar cepas de Bathycoccus, os pesquisadores examinaram variações no material genético de várias cepas coletadas de diferentes locais. Usando tecnologia de sequenciamento de leitura longa, eles conseguiram descobrir variantes estruturais dentro do genoma. Essas variantes são úteis pra criar marcadores genéticos, que ajudam a identificar diferentes populações genéticas.
Das cepas de Bathycoccus estudadas, quatro principais marcadores de diversidade foram identificados. Esses marcadores permitiram que os pesquisadores categorizassem as diferenças genômicas entre as várias cepas. Organizand as cepas em genótipos multi-locus (MLGs), eles puderam ver como as diferentes cepas se relacionam entre si e com seus respectivos ambientes.
Taxas de Crescimento
Entendendo asPra avaliar como diferentes cepas de Bathycoccus crescem sob diferentes condições, os pesquisadores analisaram as taxas de crescimento monitorando o número de células ao longo de vários dias. Essas informações ajudam a entender quão bem certas cepas se adaptam a mudanças ambientais específicas, como variações de temperatura e luz.
Os resultados mostraram que algumas cepas se saíram melhor sob certas condições, sugerindo que elas podem ser ecologicamente distintas. No entanto, essa análise precisa de testes mais completos pra determinar se essas diferenças estão ligadas à diversidade genética ou a outros fatores ambientais.
Influências Sazonais e Ambientais
O estudo também focou nas implicações das mudanças sazonais nas populações de Bathycoccus na Baía de Banyuls. Através do acompanhamento das cepas presentes ao longo do tempo, os pesquisadores puderam reunir informações sobre a dinâmica dessas populações de fitoplâncton durante as explosões. A análise dos marcadores genéticos mostrou que a composição populacional e a diversidade genética podem mudar de ano pra ano.
Por exemplo, o momento da explosão e as cepas específicas presentes variaram entre os diferentes anos, sugerindo seja o surgimento de células dormentes do sedimento ou novas populações introduzidas por correntes oceânicas. Entender a relação entre esses processos ambientais e a diversidade genética é crucial pra compreender como o fitoplâncton responde à mudança climática.
Conclusão: A Importância da Diversidade Genética
Resumindo, o estudo do fitoplâncton Bathycoccus destaca a importância da diversidade genética pra sobrevivência e adaptação a vários ambientes. Ao desenvolver novos métodos pra analisar a diversidade intraspecífica, os pesquisadores estão melhor equipados pra acompanhar populações e entender a dinâmica ecológica em jogo.
À medida que a tecnologia continua avançando, os cientistas vão ter uma compreensão mais profunda da base genética da adaptação do fitoplâncton e do impacto das mudanças ambientais sobre esses organismos pequenos, mas vitais. Esse conhecimento tem implicações importantes para ecossistemas marinhos e a saúde global dos nossos oceanos.
Título: An INDEL genomic approach to explore population diversity of phytoplankton
Resumo: BackgroundAlthough metabarcoding and metagenomic approaches have generated large datasets on worldwide phytoplankton species diversity, the intraspecific genetic diversity underlying the genetic adaptation of marine phytoplankton to specific environmental niches remains largely unexplored. This is mainly due to the lack of biological resources and tools for monitoring the dynamics of this diversity in space and time. ResultsTo gain insight into population diversity, a novel method based on INDEL markers was developed on Bathycoccus prasinos (Mamiellophyceae), an abundant and cosmopolitan species with strong seasonal patterns. Long read sequencing was first used to characterise structural variants among the genomes of six B. prasinos strains sampled from geographically distinct regions in the world ocean. Markers derived from identified insertions/deletions were validated by PCR then used to genotype 55 B. prasinos strains isolated during the winter bloom 2018-2019 in the bay of Banyuls-sur-Mer (Mediterranean Sea, France). This led to their classification into eight multi-loci genotypes and the sequencing of strains representative of local diversity, further improving the available genetic diversity of B. prasinos. Finally, selected markers were directly tracked on environmental DNA sampled during 3 successive blooms from 2018 to 2021, showcasing a fast and cost-effective approach to follow local population dynamics. ConclusionsThis method, which involves (i) pre-identifying the genetic diversity of B. prasinos in environmental samples by PCR, (ii) isolating cells from selected environmental samples and (iii) identifying genotypes representative of B. prasinos diversity for sequencing, can be used to comprehensively describe the diversity and population dynamics not only in B. prasinos but also potentially in other generalist phytoplankton species.
Autores: Martine Devic, L. Dennu, J.-C. Lozano, C. Mariac, V. Verge, P. Schatt, F.-Y. Bouget, F. Sabot
Última atualização: 2024-06-05 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.02.09.527951
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.02.09.527951.full.pdf
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
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