Avanços na Produção de Etanol Usando Levedura
A pesquisa foca em melhorar o K. marxianus pra produzir etanol de forma mais eficiente.
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Índice
A mudança climática é um grande problema que fez os cientistas buscarem novas maneiras de criar biocombustíveis. Esses combustíveis podem ajudar a diminuir os efeitos nocivos das emissões causadas pela queima de combustíveis fósseis. O Etanol é o biocombustível mais comum que usamos hoje, e ele é principalmente feito de plantas como cana-de-açúcar e amido. Mas, fazer etanol assim compete com a produção de alimentos, ou seja, podemos acabar usando terras e recursos que poderiam cultivar comida pra galera. Por isso, os pesquisadores estão explorando outras opções pra produzir etanol que não tirem espaço das culturas alimentares.
Fontes Alternativas para Produção de Etanol
Uma maneira de produzir etanol sem competir por recursos alimentares é usar subprodutos da indústria, como o soro de leite, que tem bastante lactose, e materiais vegetais chamados de biomassa lignocelulósica. O fermento é uma parte importante do processo que transforma açúcares em etanol. Um tipo comum de fermento usado pra isso se chama Saccharomyces cerevisiae, que é conhecido por ser muito bom em transformar açúcares como a glicose em etanol.
Como o Fermento Funciona na Produção de Etanol
Com altos níveis de açúcar, S. Cerevisiae muda a forma como usa os açúcares, focando na fermentação ao invés da respiração. Isso é conhecido como Metabolismo de sobrecarga. Isso significa que S. cerevisiae consegue criar etanol mesmo quando tem oxigênio por perto. Mas, S. cerevisiae não consegue usar alguns tipos de açúcares que estão em outros materiais, como a lactose do soro. Além disso, ele não lida bem com altas temperaturas, o que pode ser um problema pra fazer etanol da biomassa lignocelulósica, já que esse processo geralmente rola em temperaturas mais altas.
Por outro lado, Kluyveromyces marxianus é um tipo de fermento que aguenta temperaturas mais altas e também consegue fermentar açúcares como lactose e xilose. Embora consiga produzir etanol, ele tem dificuldades com níveis altos de etanol, o que limita seu uso na produção de etanol. Os cientistas estão trabalhando pra entender como K. marxianus responde ao estresse causado por altos níveis de etanol e como criar cepas desse fermento que consigam lidar melhor com isso.
Pesquisa sobre Estresse do Fermento e Etanol
A maioria das pesquisas sobre como o fermento responde ao estresse do etanol focou em S. cerevisiae. Sabe-se bem menos sobre K. marxianus, e muito do que se entende vem de estudos de fermentos relacionados. A resposta ao estresse do etanol pode ser diferente entre essas espécies. Por exemplo, quando S. cerevisiae enfrenta estresse por etanol, ele aumenta certos componentes na membrana celular, enquanto a resposta de K. marxianus varia dependendo da cepa e das condições em que está. Além disso, diferentes genes são ativados ou desativados em ambas as espécies durante esse estresse.
O metabolismo, ou como um organismo converte comida em energia, pode ser estudado com um método chamado análise de balanço de fluxo, onde os cientistas criam modelos detalhados dos processos metabólicos. Esses modelos podem mostrar como mudanças na expressão dos genes afetam a habilidade do organismo de processar açúcares em etanol. Ao construir um modelo pra K. marxianus, os pesquisadores podem examinar como esse fermento se comporta sob diferentes condições, especialmente quando exposto ao etanol.
Construindo um Modelo para K. marxianus
Pra criar um modelo mais preciso pro metabolismo de K. marxianus, os pesquisadores incluíram fatores como a eficiência e a concentração das enzimas. Isso ajuda a fazer previsões melhores sobre como o fermento vai se comportar em diferentes situações. Os pesquisadores fizeram experimentos alimentando K. marxianus com vários açúcares, como glicose e lactose, e compararam os resultados com o que o modelo previu com base nos dados coletados.
Simulando tanto culturas em lotes normais quanto ambientes específicos, eles puderam ver como o fermento processava açúcares e quão rápido produzia etanol. Descobriram que K. marxianus se comporta de forma diferente de S. cerevisiae, especialmente na forma como usa oxigênio e como produz etanol.
Encontrando Genes Chave
Na pesquisa deles, os cientistas também olharam quais genes eram importantes durante o estresse por etanol. Eles usaram dados de estudos publicados anteriormente pra encontrar conexões entre a expressão gênica e a resposta ao estresse. Ao analisar como diferentes genes reagiam à exposição ao etanol ao longo do tempo, conseguiram identificar quais eram críticos pra ajudar K. marxianus a lidar com isso.
Essa análise mostrou que, quando exposto a altos níveis de etanol, certos processos nas células do fermento mudam significativamente. Eles observaram que o sistema responsável por gerenciar proteínas tinha um papel central durante o estresse por etanol.
Fatores de Transcrição
Efeitos de DesligarEm seguida, os pesquisadores queriam ver o que aconteceria se desligassem genes específicos que regulam outros genes, conhecidos como fatores de transcrição. Observando como remover esses genes afetou as taxas de crescimento e a atividade metabólica, puderam determinar quais fatores eram mais importantes pra tolerância ao etanol.
Alguns fatores de transcrição mostraram ter um impacto negativo significativo no crescimento quando removidos, especialmente um que está envolvido na função mitocondrial e outro que afeta a síntese de aminoácidos. Essa informação é valiosa porque ajuda a identificar possíveis alvos pra melhorar a capacidade de K. marxianus de produzir etanol.
Modelos Específicos para Condições
Os pesquisadores também criaram modelos baseados em diferentes condições de crescimento pra ver como mudanças na expressão gênica afetavam o metabolismo do fermento. Isso envolveu integrar os dados de expressão gênica com o modelo metabólico que eles criaram antes, permitindo que vissem quão eficientemente K. marxianus poderia produzir etanol em diferentes situações.
As descobertas desses modelos específicos mostraram que o fermento tinha baixas taxas de crescimento e características metabólicas distintas sob alta exposição ao etanol. Os modelos indicaram que certas vias metabólicas estavam mais ativas, o que se alinhou com observações experimentais anteriores.
Conclusão
A pesquisa sobre K. marxianus trouxe insights de como esse fermento pode ser usado pra produzir etanol de forma mais eficaz. Ao entender como ele responde ao estresse por etanol e quais genes estão envolvidos, os cientistas podem trabalhar pra desenvolver cepas que sejam melhores pra produção de etanol. Abordagens que combinam modelagem metabólica com análise genética abrem caminho pra novas estratégias na produção de biocombustíveis, contribuindo, no fim das contas, pra métodos mais sustentáveis frente à mudança climática. Esse trabalho abre a porta pra mais estudos que buscam tornar os biocombustíveis uma alternativa mais viável e eficiente aos combustíveis fósseis.
Título: Multi-omics data and model integration reveal the main mechanisms associated with respiro-fermentative metabolism and ethanol stress responses in Kluyveromyces marxianus
Resumo: Kluyveromyces marxianus is a yeast capable of fermenting sugars into ethanol and growing at high temperatures (>37{o}C). However, it is less tolerant to ethanol than Saccharomyces cerevisiae, which limits its application in second-generation ethanol production. Since the mechanisms of ethanol stress response are still poorly described, especially compared to S. cerevisiae, we used an integrative multi-omics approach, combining transcriptomics, coexpression networks, gene regulation, and genome-scale metabolic modelling to gain insights about these mechanisms. Through metabolic modelling, we predicted the occurrence of a respiro-fermentative metabolism and its onset as the dilution rate increased. From gene coexpression networks, we detected that the protein quality control system is a main mechanism involved in the ethanol stress response. Further, we identified key regulators in the ethanol stress response, such as HAP3, MET4, and SNF2, and assessed how disturbances in their gene expression affect cellular metabolism. We also found that amino acid metabolism, membrane lipid metabolism, and ergosterol exhibit increased metabolic flux under the explored conditions. These findings provide useful cues to develop and implement genetic and metabolic engineering strategies to enhance ethanol tolerance.
Autores: Wendel Silveira, M. Ferreira
Última atualização: 2024-06-09 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.06.597719
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.06.06.597719.full.pdf
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