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Alvo ARNT: Uma Nova Abordagem no Tratamento de Doenças

Pesquisas sobre pequenas moléculas que interrompem as interações do ARNT podem levar a novas terapias.

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Estudos recentes mostraram um grande interesse em focar nas interações de proteínas para tratar várias doenças. Uma área chave é a dos fatores de transcrição, que são complexos que ajudam a controlar a expressão gênica. Desenvolver pequenas moléculas que podem interromper esses complexos pode ajudar a tratar condições causadas por expressões gênicas anormais.

Os fatores de transcrição costumam ser vistos como difíceis de serem alvos de medicamentos. Isso acontece principalmente porque eles não têm locais óbvios onde pequenas moléculas podem facilmente se conectar. Encontrar substâncias que possam se ligar especificamente às superfícies grandes e planas dessas proteínas, que são importantes para suas interações com outras proteínas ou DNA, é um desafio complicado. Este artigo vai discutir um fator de transcrição específico, chamado transportador nuclear do receptor de hidrocarbonetos arila (ARNT), e como pequenas moléculas podem ser usadas para interromper suas interações com outras proteínas.

O que é ARNT?

ARNT é um tipo de fator de transcrição que desempenha um papel crítico em várias funções biológicas. Ele tem regiões específicas (chamadas de domínios) que ajudam a se ligar ao DNA e outras proteínas. O ARNT é conhecido por se juntar a várias proteínas para formar complexos que podem influenciar processos como como o corpo responde a níveis baixos de oxigênio ou como ele lida com substâncias estranhas.

Existem duas principais vias envolvendo o ARNT que reagem a sinais ambientais: a via AHR e a via HIF. A via AHR ajuda o corpo a responder a poluentes e outros compostos, enquanto a via HIF ajuda as células a se adaptarem a situações de baixo oxigênio. Se essas vias não funcionam corretamente, podem levar a doenças.

Importância do ARNT na Doença

Tanto as vias AHR quanto HIF são cruciais para manter funções celulares saudáveis. A interrupção dessas vias está ligada a várias doenças, incluindo câncer. Por exemplo, quando a via AHR é superestimulada, pode levar ao crescimento de tumores. Enquanto isso, o funcionamento inadequado da via HIF pode resultar em condições como anemia e inflamação.

Terapias tradicionais muitas vezes não conseguem atingir efetivamente essas vias. No entanto, algumas estratégias se concentram especificamente em inibir partes da via HIF. Uma abordagem promissora foca no HIF-2α, uma variante específica da proteína HIF, que mostrou sucesso clínico.

Coativadores e Seu Papel

O ARNT trabalha ao lado de vários coativadores, que são proteínas que ajudam a aumentar a função do fator de transcrição. Um grupo interessante desses coativadores é conhecido como coativadores em espiral (CCCs). Eles interagem com o ARNT e são críticos para ativar os programas de expressão gênica regulados pelo ARNT.

Ao direcionar a interação entre o ARNT e seus coativadores com pequenas moléculas, os pesquisadores poderiam potencialmente influenciar a atividade dos fatores de transcrição tanto nas vias AHR quanto HIF, levando a novas opções terapêuticas para doenças.

Investigando Interações com Pequenas Moléculas

Pesquisadores têm explorado pequenas moléculas que podem interagir com a proteína ARNT. Eles usaram técnicas como ressonância magnética nuclear (NMR) para analisar como essas pequenas moléculas se ligam ao ARNT. Este estudo revelou vários compostos que podem se ligar especificamente ao ARNT e potencialmente interromper suas interações com coativadores.

Três ligantes específicos-KG-548, KG-655 e KG-279-mostraram promessas em se ligar a diferentes locais do ARNT. O KG-548 foi identificado como um ligante de superfície, ou seja, se conecta à superfície externa da proteína, enquanto o KG-655 demonstrou a capacidade de se ligar tanto na superfície quanto dentro da proteína. O KG-279 foi encontrado principalmente ligando-se dentro da cavidade interna do ARNT.

Ligações Superficiais e Internas

O KG-548 se liga bem à superfície do ARNT. Essa ligação superficial é significativa porque pode interferir na função do ARNT, potencialmente bloqueando sua interação com coativadores como TACC3. Essa capacidade de interromper interações de proteínas na superfície fornece uma ferramenta valiosa para o desenvolvimento de medicamentos.

Por outro lado, o KG-655 pode se ligar tanto à superfície quanto à cavidade interna do ARNT. A ligação interna pode permitir que o KG-655 influencie a configuração da proteína, potencialmente alterando sua função de uma maneira diferente da ligação superficial.

Compreendendo os Modos de Ligação

Por meio de vários experimentos, incluindo NMR e simulações de dinâmica molecular, os pesquisadores coletaram informações sobre como esses ligantes interagem com o ARNT. Eles confirmaram que o KG-548 se liga à superfície externa e promove a formação de dímeros de ARNT. Essa dimerização é importante para sua função na expressão gênica.

O KG-655 mostrou ter um modo de ligação dual, ou seja, pode se ligar tanto à superfície quanto à cavidade interna do ARNT. O fato de o KG-655 também se envolver com resíduos internos sugere que ele pode influenciar a função da proteína de várias maneiras.

KG-279 e Ligação Interna

O KG-279 foi menos estudado do que os dois ligantes anteriores, mas mostrou potencial significativo também. Ele se liga principalmente dentro da cavidade interna do ARNT, sugerindo que pode não interferir nas interações superficiais da mesma forma que o KG-548 ou KG-655. Sua capacidade de se ligar internamente ainda pode oferecer insights valiosos sobre como o ARNT pode ser modulado para fins terapêuticos.

Implicações para o Desenvolvimento de Medicamentos

As descobertas sobre o ARNT e suas interações com pequenas moléculas abrem novas possibilidades para o desenvolvimento de medicamentos. Ao entender como interromper a função do ARNT através de suas interações com coativadores, os pesquisadores esperam criar novos tratamentos para várias doenças ligadas às vias AHR e HIF.

Ao direcionar especificamente a ligação de pequenas moléculas ao ARNT, pode ser possível desenvolver medicamentos que modulem essas vias de forma mais eficaz do que os tratamentos atuais. Essa abordagem pode levar a terapias mais precisas com menos efeitos colaterais.

Conclusão

Em resumo, focar nas interações de fatores de transcrição como o ARNT com pequenas moléculas representa uma área promissora de pesquisa para o desenvolvimento de novas terapias. A capacidade de interromper essas interações pode ajudar a gerenciar doenças relacionadas à expressão gênica anormal.

Com a investigação contínua sobre como o ARNT interage com diferentes ligantes, os pesquisadores provavelmente descobrirão maneiras mais eficazes de manipular essas vias para fins terapêuticos. O trabalho realizado até agora estabelece uma base empolgante para futuros estudos e potenciais tratamentos no campo da sinalização celular e regulação gênica.

Fonte original

Título: Identification of Small Molecule Ligand Binding Sites On and In the ARNT PAS-B Domain

Resumo: Transcription factors are generally challenging to target with small molecule inhibitors due to their structural plasticity and lack of catalytic sites. Notable exceptions include several naturally ligand-regulated transcription factors, including our prior work with the heterodimeric HIF-2 transcription factor which showed that small molecule binding within an internal pocket of the HIF-2 PAS-B domain can disrupt its interactions with its dimerization partner, ARNT. Here, we explore the feasibility of similarly targeting small molecules to the analogous ARNT PAS-B domain itself, potentially opening a promising route to simultaneously modulate several ARNT-mediated signaling pathways. Using solution NMR screening of an in-house fragment library, we previously identified several compounds that bind ARNT PAS-B and, in certain cases, antagonize ARNT association with the TACC3 transcriptional coactivator. However, these ligands have only modest binding affinities, complicating characterization of their binding sites. We address this challenge by combining NMR, MD simulations, and ensemble docking to identify ligand-binding hotspots on and within the ARNT PAS-B domain. Our data indicate that the two ARNT/TACC3 inhibitors, KG-548 and KG-655, bind to a {beta}-sheet surface implicated in both HIF-2 dimerization and coactivator recruitment. Furthermore, while KG-548 binds exclusively to the {beta}-sheet surface, KG-655 can additionally bind within a water-accessible internal cavity in ARNT PAS-B. Finally, KG-279, while not a coactivator inhibitor, exemplifies ligands that preferentially bind only to the internal cavity. All three ligands promoted ARNT PAS-B homodimerization, albeit to varying degrees. Taken together, our findings provide a comprehensive overview of ARNT PAS-B ligand-binding sites and may guide the development of more potent coactivator inhibitors for cellular and functional studies.

Autores: Kevin H Gardner, X. Xu, J. Closson, L. P. Marcelino, D. C. Favaro, M. L. Silvestrini, R. Solazzo, L. T. Chong

Última atualização: 2024-06-08 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.11.03.565595

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.11.03.565595.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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