Avançando a Pesquisa em Saúde Pediátrica com Dados de EHR
O algoritmo MUGS melhora a compreensão das doenças pediátricas através dos registros eletrônicos de saúde.
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Índice
- O Papel dos Registros Eletrônicos de Saúde
- Grafos de Conhecimento na Pesquisa em Saúde
- Abordando Lacunas de Conhecimento Pediátrico
- Testando o Algoritmo MUGS
- Perspectivas sobre a Saúde Pediátrica
- Visualizando Grafos de Conhecimento
- Avaliando a Abordagem MUGS
- Direções Futuras
- Conclusão
- Fonte original
- Ligações de referência
Os testes clínicos são uma maneira chave de coletar provas sobre como diagnosticar e tratar doenças. Quando se trata de estudar doenças, estudos prospectivos que acompanham grupos de pessoas ao longo do tempo são cruciais para descobrir o que causa essas doenças. No entanto, realizar testes clínicos, especialmente para crianças, pode ser muito desafiador. Esses testes precisam de muito tempo e recursos, e há questões legais e éticas a mais para considerar quando se trabalha com crianças.
Apesar dos sérios problemas de saúde enfrentados por crianças, o número de testes clínicos especificamente para pacientes Pediátricos é surpreendentemente baixo. Essa falta de testes gera uma lacuna nos dados e na compreensão de como várias doenças afetam as crianças. Para piorar, muitos testes em crianças não recrutam suficientes participantes ou terminam antes da hora.
Diante desses desafios, os registros eletrônicos de saúde (EHR) podem ser um recurso valioso. Os sistemas de EHR armazenam uma quantidade enorme de informações sobre pacientes, incluindo diagnósticos, exames laboratoriais e medicamentos. Os pesquisadores estão agora encontrando maneiras de usar esses dados para estudar tratamentos e cuidados com os pacientes.
O Papel dos Registros Eletrônicos de Saúde
Os EHRs fornecem uma quantidade extensa de informações que podem ajudar os pesquisadores de várias maneiras. Por exemplo, eles podem ajudar a avaliar como os tratamentos estão se saindo ou como diferentes estratégias de cuidados funcionam. No entanto, lidar com esses dados pode trazer seus próprios desafios.
Um passo crucial é selecionar um grupo de pacientes a partir dos dados do EHR que atendam a critérios específicos do estudo. É aqui que os fenótipos computáveis entram em cena. Essas são definições padronizadas que ajudam a identificar casos de doenças com base em características do paciente, como demografia, sintomas e exames.
Criar essas definições a partir do grande número de características nos EHRs pode ser demorado e exige um conhecimento aprofundado de medicina. Para doenças que não são bem compreendidas, selecionar as características certas pode ser ainda mais difícil. Isso levou a pesquisas focadas em extrair características médicas úteis dos EHRs.
Grafos de Conhecimento na Pesquisa em Saúde
Os pesquisadores estão desenvolvendo métodos para facilitar e tornar mais eficaz a extração de conhecimento médico. Grafos de conhecimento são um desses métodos, ajudando a organizar e representar dados de uma forma que torna mais fácil entender as relações entre diferentes conceitos médicos.
No entanto, muitos dos gráficos de conhecimento existentes são construídos usando dados de pacientes adultos, o que não captura totalmente os aspectos únicos do cuidado de saúde pediátrico. Existem diferenças significativas em como as doenças se apresentam e são tratadas em crianças em comparação com adultos. Por exemplo, as crianças podem precisar de doses de medicamentos diferentes, e seu crescimento e estágios de desenvolvimento afetam sua saúde.
Criar grafos de conhecimento especificamente para pacientes pediátricos a partir de dados de EHR é complicado. A maioria das visitas pediátricas é para check-ups de rotina, e isso torna os dados disponíveis escassos em comparação com os registros de saúde de adultos. As diferenças na forma como os registros de saúde são estruturados para adultos e crianças trazem mais desafios.
Abordando Lacunas de Conhecimento Pediátrico
Para enfrentar esses desafios, os pesquisadores sugerem transferir conhecimento dos sistemas de saúde gerais para preencher as lacunas nos dados pediátricos. Isso envolve usar dados estruturados do EHR, como códigos diagnósticos e informações de prescrições, para criar relações entre diferentes Códigos Médicos. Ao analisar como os códigos coocorrem, os pesquisadores podem desenvolver grafos de conhecimento que sejam mais adequados para pacientes pediátricos.
Um novo algoritmo chamado MUlti-source Graph Synthesis (MUGS) foi introduzido para ajudar a aprender e refinar as representações desses códigos médicos, especialmente quando os dados pediátricos são escassos. O algoritmo MUGS usa dados de sistemas de saúde pediátricos e gerais para criar representações mais precisas dos códigos médicos para crianças.
O MUGS divide a representação de um código em três partes: efeito de grupo (comum a várias instâncias), efeito de código sobreposto (compartilhado entre sistemas) e efeito de código-sítio (específico de um sistema particular). Essa abordagem permite que os pesquisadores extraiam informações de diferentes configurações de saúde, ajudando a aumentar a precisão das descobertas.
Testando o Algoritmo MUGS
Os pesquisadores avaliaram como o algoritmo MUGS se saiu em comparação com outros métodos existentes. Ele foi testado com dados de dois hospitais: um que atende principalmente adultos e outro que foca em cuidados pediátricos. Analisando os dados, eles puderam ver quais métodos eram mais eficazes em representar com precisão os códigos de saúde pediátrica.
Os resultados mostraram que o MUGS tinha uma vantagem distinta sobre outros métodos devido à sua habilidade de reconhecer as intricadas relações entre os códigos médicos pediátricos. Essa capacidade foi crucial para identificar códigos associados a doenças específicas, como epilepsia e hipertensão pulmonar (PH).
Perspectivas sobre a Saúde Pediátrica
Usando o MUGS, os pesquisadores conseguiram destacar diferenças e semelhanças em como as doenças se apresentam em pacientes pediátricos em comparação com adultos. Por exemplo, eles observaram que certas condições e tratamentos que estão intimamente relacionados em crianças podem não ter as mesmas relações em adultos.
Essa distinção é crucial para entender melhor a saúde pediátrica e melhorar como as doenças são diagnosticadas e tratadas em crianças. Por exemplo, alguns medicamentos usados em crianças podem agir de forma diferente do que em adultos, e isso deve ser levado em conta ao gerenciar tratamentos.
Visualizando Grafos de Conhecimento
Para tornar as descobertas mais acessíveis, os pesquisadores desenvolveram um aplicativo fácil de usar que permite a visualização de grafos de conhecimento pediátricos com base nas incorporações do MUGS. Este app serve como uma ferramenta para profissionais de saúde obterem insights sobre doenças pediátricas e melhorarem os cuidados com os pacientes através de uma melhor compreensão dos dados.
Avaliando a Abordagem MUGS
O desempenho do MUGS foi rigorosamente avaliado através de vários métodos. O mais importante, o algoritmo foi comparado com outros métodos estabelecidos para avaliar sua capacidade de classificar pacientes pediátricos de forma eficaz e identificar códigos médicos relevantes.
Vários critérios foram usados para determinar o sucesso, e as descobertas indicaram que o MUGS superou outros métodos significativamente. Ao focar em dados pediátricos, a abordagem MUGS proporcionou uma imagem mais clara das relações entre códigos, melhorando nossa compreensão de condições de saúde específicas.
Direções Futuras
Apesar dos resultados promissores, os pesquisadores reconheceram oportunidades para melhorias. Uma limitação notável do algoritmo MUGS é que ele assume que a dimensão das incorporações deve ser a mesma em diferentes sistemas de saúde, o que pode não ser ideal. Trabalhos futuros poderiam se concentrar em permitir diferentes dimensões de incorporações para diferentes conjuntos de dados.
Além disso, os métodos existentes para avaliação eram um tanto limitados, e há potencial para ampliar a seleção de rótulos padrão-ouro usados para validação. Isso melhoraria a avaliação de quão bem o MUGS se sai no geral.
Outra área para expansão envolve a incorporação de dados não estruturados, como notas clínicas, que poderiam fornecer insights adicionais. Ao aproveitar um conjunto de dados mais abrangente, os pesquisadores poderiam desenvolver modelos ainda mais detalhados para entender doenças pediátricas.
Conclusão
Em conclusão, o algoritmo MUGS apresenta uma solução robusta para o desafio de analisar dados de saúde pediátrica a partir de EHRs. Ao transferir efetivamente conhecimento de sistemas adultos, o algoritmo não só melhora como entendemos as relações entre doenças em crianças, mas também ajuda no desenvolvimento de melhores estratégias de diagnóstico e tratamento.
Essa pesquisa tem o potencial de impactar significativamente os cuidados de saúde pediátricos, melhorando a forma como analisamos e utilizamos registros eletrônicos de saúde. À medida que algoritmos e métodos mais sofisticados forem desenvolvidos, há esperança por melhores cuidados para os pacientes e melhores resultados de saúde para crianças enfrentando várias condições médicas. O esforço contínuo para refinar e aprimorar a abordagem MUGS desempenhará um papel crucial em fazer avanços na pesquisa e prática de saúde pediátrica.
Título: Multi-Source Graph Synthesis (MUGS) for Pediatric Knowledge Graphs from Electronic Health Records
Resumo: The wealth of valuable real-world medical data found within Electronic Health Record (EHR) systems is particularly significant in the field of pediatrics, where conventional clinical studies face notably high barriers. However, constructing accurate knowledge graphs from pediatric EHR data is challenging due to its limited content density compared to EHR data for the general population. Additionally, knowledge graphs built from EHR data primarily covering adult patients may not suit the unique biomedical characteristics of pediatric patients. In this research, we introduce a graph transfer learning approach aimed at constructing precise pediatric knowledge graphs. We present MUlti-source Graph Synthesis (MUGS), an algorithm designed to create embeddings for pediatric EHR codes by leveraging information from three distinct sources: (1) pediatric EHR data, (2) EHR data from the general population, and (3) existing hierarchical medical ontology knowledge shared across different patient populations. We break down these code embeddings into shared and unshared components, facilitating the adaptive and robust capture of varying levels of heterogeneity across different medical sites through meticulous hyperparameter tuning. We assessed the quality of these code embeddings in recognizing established relationships among pediatric codes, as curated from credible online sources, pediatric physicians, or GPT. Furthermore, we developed a web API for visualizing pediatric knowledge graphs generated using MUGS embeddings and devised a phenotyping algorithm to identify patients with characteristics similar to a given profile, with a specific focus on pediatric pulmonary hypertension (PH). The MUGS-generated embeddings demonstrated resilience against negative transfer and exhibited superior performance across all three tasks when compared to pediatric-only approaches, multi-site pooling, and semantic-based methods. MUGS embeddings open up new avenues for evidence-based pediatric research utilizing EHR data.
Autores: Tianxi Cai, M. Li, X. Li, K. Pan, A. Geva, D. Yang, S. M. Sweet, C.-L. Bonzel, V. A. Panickan, X. Xiong, K. D. Mandl
Última atualização: 2024-01-16 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.01.14.24301302
Fonte PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.01.14.24301302.full.pdf
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
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