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# Ciências da saúde# Informatica sanitaria

Novas descobertas sobre sono e doença de Alzheimer

Pesquisas mostram a conexão entre sono e Alzheimer usando algoritmos de PNL.

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O Papel do Sono naO Papel do Sono naPesquisa sobre Alzheimerafeta a doença de Alzheimer.Ferramentas de PNL mostram como o sono
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A Doença de Alzheimer (DA) é uma forma comum de demência que afeta milhões de pessoas nos Estados Unidos. Atualmente, cerca de 5,7 milhões de americanos têm DA, e esse número deve subir para 13,8 milhões até 2050, conforme a população envelhece. Em 2015, mais de 110.000 mortes foram ligadas à DA, tornando-a uma das principais causas de morte, especialmente entre os mais velhos. Diferente de outras causas de morte como acidente vascular cerebral, a taxa de mortalidade por DA aumentou bastante.

Postergar o início da demência mesmo que por um ano poderia reduzir o número de pessoas afetadas pela DA e diminuir os custos de cuidados. Portanto, a intervenção precoce para reduzir o risco de DA é essencial pra uma saúde pública melhor.

Fatores Sociais e Comportamentais que Afetam a Saúde

Fatores sociais e comportamentais, conhecidos como determinantes sociais da saúde (DSS), têm um papel importante no risco de desenvolver DA. Esses fatores podem ser mudados e oferecem uma chance de diminuir o risco da doença. Um fator importante é o sono. Pesquisas mostram que o sono é crucial pra manter a saúde do cérebro à medida que as pessoas envelhecem.

Mas a relação entre sono e DA é complicada. Alguns estudos descobrem que problemas de sono, como dificuldade pra pegar no sono, sonolência excessiva durante o dia ou sono de má qualidade, podem aumentar o risco de desenvolver problemas cognitivos e podem ser sinais precoces de futura DA. Por outro lado, outros estudos não encontram conexão entre problemas de sono e declínio cognitivo. Além disso, pessoas com DA podem enfrentar problemas de sono devido à própria doença, então a relação entre sono e saúde cognitiva não é simples.

Apesar do crescente interesse em estudar como o sono impacta a DA, são necessários mais estudos de longo prazo com grupos grandes pra esclarecer essa relação. Um desafio em conduzir essa pesquisa é que os métodos tradicionais para coletar dados sobre sono e DA podem ser lentos e ineficientes.

O Papel dos Registros Eletrônicos de Saúde

Organizações de saúde coletam uma quantidade enorme de registros eletrônicos de saúde (RES), o que oferece uma chance de analisar grandes grupos de pacientes e entender tendências. Os RES têm sido usados em pesquisas sobre DA pra avaliar o uso de cuidados, identificar problemas de saúde e explorar disparidades de saúde. No entanto, as informações sobre sono ainda são pouco utilizadas em pesquisas sobre DA.

Um grande problema ao usar RES pra pesquisa sobre sono é que a maioria das informações sobre sono está escondida nas anotações dos médicos. Pra resolver isso, os pesquisadores têm utilizado Processamento de Linguagem Natural (PLN), uma tecnologia que ajuda a processar e entender a linguagem escrita. Embora o PLN tenha sido usado em muitos estudos de saúde, não existem algoritmos específicos criados pra coletar informações sobre sono das anotações de pacientes com DA.

Desenvolvendo Algoritmos para Extrair Informações sobre Sono

Em resposta a essa lacuna, pesquisadores criaram diferentes tipos de algoritmos de PLN pra facilitar a extração de informações relacionadas ao sono das anotações clínicas de pacientes com DA. Isso incluiu algoritmos baseados em regras, métodos de aprendizado de máquina e novos modelos de linguagem pra identificar problemas como ronco, sonolência diurna e duração do sono.

A equipe de pesquisa treinou e testou esses algoritmos usando anotações clínicas coletadas de um prestador de saúde. O algoritmo de PLN baseado em regras foi o que se saiu melhor na identificação de conceitos de sono nas anotações.

Coletando e Preparando Dados

Pra começar, a equipe definiu um grupo de pacientes diagnosticados com DA. Eles coletaram anotações clínicas desses pacientes durante um período de cinco anos. Após coletar os dados, eles os limparam pra garantir a precisão, removendo duplicatas e organizando as informações.

Em seguida, os pesquisadores precisavam encontrar informações relacionadas ao sono dentro das anotações. Eles realizaram uma busca por palavras-chave pra identificar documentos que contivessem discussões sobre sono e selecionaram uma parte desses pra análise mais profunda.

Criando um Conjunto de Dados Padrão

Pra garantir que as informações coletadas estavam corretas, uma amostra pequena de anotações clínicas foi revisada manualmente pra criar um conjunto de dados "padrão ouro". Estudantes de informática em saúde revisaram as anotações pra identificar menções de vários problemas relacionados ao sono, como ronco e problemas de sono. Os pesquisadores refinavam o processo de anotação até chegarem a um nível satisfatório de concordância entre os anotadores.

Construindo Algoritmos de PLN

Os pesquisadores criaram um algoritmo de PLN baseado em regras chamado nlp4sleep pra extrair informações sobre sono das anotações clínicas. Eles usaram terminologia médica estabelecida pra identificar palavras-chave relacionadas a problemas de sono. Ao analisar os dados, eles desenvolveram regras específicas que permitiram que o algoritmo localizasse com precisão os conceitos relacionados ao sono.

Além disso, treinaram modelos de aprendizado de máquina pra classificar os conceitos de sono. Diferentes tipos de modelos foram testados, incluindo Árvores de Decisão, Regressão Logística, K-Vizinhos Mais Próximos e Máquinas de Vetores de Suporte. Embora esses modelos mostrassem diferentes graus de sucesso, geralmente apresentavam dificuldades com falsos positivos, o que significa que às vezes identificavam incorretamente textos não relacionados como se fossem sobre sono.

Modelos de Linguagem e Melhorias

Pra melhorar os métodos de extração, os pesquisadores também exploraram modelos de linguagem mais avançados. Eles usaram um modelo conhecido como LLAMA2, que integrava processos de raciocínio pra entender e classificar melhor os conceitos de sono presentes nas anotações.

Esse modelo foi treinado com um conjunto de exemplos pra ajudá-lo a encontrar informações relacionadas ao sono dentro das narrativas clínicas. O modelo LLAMA2, especialmente quando ajustado, mostrou resultados promissores na identificação de problemas de sono e ofereceu um bom equilíbrio de sensibilidade (identificando corretamente problemas de sono) e especificidade (desconsiderando corretamente informações irrelevantes).

Avaliando o Desempenho dos Algoritmos

Os pesquisadores testaram o desempenho de seus algoritmos medindo a capacidade deles de identificar conceitos de sono com precisão. O algoritmo de PLN baseado em regras superou consistentemente os outros modelos, alcançando altas pontuações de sensibilidade e especificidade.

Embora modelos de aprendizado de máquina fornecessem algumas informações valiosas, eles estavam mais propensos a cometer erros. Essa variabilidade destacou os desafios de usar aprendizado de máquina em aplicações clínicas onde a precisão é crucial.

Analisando Erros

A equipe de pesquisa também realizou uma análise minuciosa dos erros cometidos pelo algoritmo de PLN baseado em regras. Eles descobriram que alguns erros surgiram de mal-entendidos no texto clínico ou de dificuldades em identificar corretamente negações, como quando uma anotação mencionava um paciente que não estava enfrentando problemas de sono.

A complexidade de como as anotações clínicas estão escritas, incluindo conceitos sobrepostos, dificultou ainda mais a extração de informações precisas.

Importância da Documentação Precisa

O estudo revelou que as informações relacionadas ao sono não são bem documentadas nas anotações clínicas. Muitos pacientes tinham pouca ou nenhuma informação registrada sobre seus problemas de sono, o que pode complicar a compreensão do panorama mais amplo do sono e DA.

Essa sub-documentação levanta questões sobre a confiabilidade do uso dos RES pra pesquisa e se os registros existentes podem realmente apoiar estudos que visam entender a relação entre sono e DA.

Desafios e Direções Futuras

Há vários desafios em andamento nessa área de pesquisa. Os critérios iniciais usados pra selecionar pacientes e coletar dados podem não ser ideais. O conjunto de dados anotados do estudo também era relativamente pequeno, o que afeta a generalização das descobertas.

Seguindo em frente, os pesquisadores planejam investigar métodos mais avançados pra recuperar informações relevantes sobre sono das anotações clínicas, focando em tornar o processo de coleta de dados mais eficiente.

Esse esforço pode contribuir significativamente pra entender a conexão crucial entre sono e DA. Como o sono é um fator de estilo de vida que pode ser modificado, mais pesquisas podem levar a intervenções melhores que abordem as perturbações do sono em pessoas com DA.

Ao construir ferramentas precisas e eficientes pra extrair informações relacionadas ao sono dos RES, os pesquisadores podem avançar na compreensão de como o sono afeta a saúde cognitiva, beneficiando, em última análise, aqueles afetados pela DA e condições semelhantes.

Conclusão

Em resumo, este estudo destaca o potencial do PLN pra extrair informações significativas sobre sono das anotações clínicas relacionadas à Doença de Alzheimer. O algoritmo de PLN baseado em regras se mostrou eficaz na identificação de conceitos de sono, superando outras abordagens. À medida que os pesquisadores continuam a refinar essas ferramentas, eles poderão entender melhor como o sono impacta a saúde cognitiva e desenvolver intervenções pra ajudar quem tem Doença de Alzheimer.

Fonte original

Título: Extraction of Sleep Information from Clinical Notes of Patients with Alzheimer's Disease Using Natural Language Processing

Resumo: ObjectiveAlzheimers Disease (AD) is the most common form of dementia in the United States. Sleep is one of the lifestyle-related factors that has been shown critical for optimal cognitive function in old age. However, there is a lack of research studying the association between sleep and AD incidence. A major bottleneck for conducting such research is that the traditional way to acquire sleep information is time-consuming, inefficient, non-scalable, and limited to patients subjective experience. Materials and MethodsA gold standard dataset is created from manual annotation of 570 randomly sampled clinical note documents from the adSLEEP, a corpus of 192,000 de-identified clinical notes of 7,266 AD patients retrieved from the University of Pittsburgh Medical Center (UPMC). We developed a rule-based Natural Language Processing (NLP) algorithm, machine learning models, and Large Language Model(LLM)-based NLP algorithms to automate the extraction of sleep-related concepts, including snoring, napping, sleep problem, bad sleep quality, daytime sleepiness, night wakings, and sleep duration, from the gold standard dataset ResultsRule-based NLP algorithm achieved the best performance of F1 across all sleep-related concepts. In terms of Positive Predictive Value (PPV), rule-based NLP algorithm achieved 1.00 for daytime sleepiness and sleep duration, machine learning models: 0.95 and for napping, 0.86 for bad sleep quality and 0.90 for snoring; and LLAMA2 with finetuning achieved PPV of 0.93 for Night Wakings, 0.89 for sleep problem, and 1.00 for sleep duration. DiscussionAlthough sleep information is infrequently documented in the clinical notes, the proposed rule-based NLP algorithm and LLM-based NLP algorithms still achieved promising results. In comparison, the machine learning-based approaches didnt achieve good results, which is due to the small size of sleep information in the training data. ConclusionThe results show that the rule-based NLP algorithm consistently achieved the best performance for all sleep concepts. This study focused on the clinical notes of patients with AD, but could be extended to general sleep information extraction for other diseases.

Autores: Yanshan Wang, S. Sivarajkumar, T. Y. C. Tam, H. Ahamed Mohammad, S. Viggiano, D. Oniani, S. Visweswaran

Última atualização: 2024-03-15 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.03.29.22273078

Fonte PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.03.29.22273078.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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