O Impacto da Conjugação de Plasmídeos na Resistência a Antibióticos
Analisando como o compartilhamento de plasmídeos afeta a disseminação da resistência a antibióticos em bactérias.
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Índice
- O que é Conjugação de Plasmídeos?
- O Desafio dos Surtos de Resistência a Antibióticos
- O Papel da Filogenética
- Limitações da Análise Filogenética Tradicional
- O Problema da Reconstituição de Plasmídeos
- A Importância da Resistência a Carbapenemas
- Investigando Taxas de Conjugação
- Análise do Conjunto de Dados
- Metodologia
- Resultados da Análise
- Variabilidade Dentro do Paciente vs. Entre Pacientes
- Implicações para a Saúde Pública
- Conclusão
- Direções Futuras
- Fonte original
- Ligações de referência
A conjugação de plasmídeos é um processo que permite que as bactérias compartilhem material genético umas com as outras. Essa troca pode rolar entre células bacterianas não relacionadas e desempenha um papel crucial na disseminação da Resistência a Antibióticos. Quando as bactérias adquirem genes de resistência, isso pode deixar as infecções mais difíceis de tratar. Entender como esses genes de resistência se espalham por meio da conjugação de plasmídeos é vital para a saúde pública.
O que é Conjugação de Plasmídeos?
Plasmídeos são pequenos pedaços circulares de DNA que existem independentemente do DNA principal das bactérias. Eles podem carregar genes que dão vantagem às bactérias, como resistência a antibióticos. Por meio da conjugação, os plasmídeos podem se mover de uma bactéria para outra, mesmo entre espécies diferentes. Essa capacidade complica o rastreamento de surtos de resistência a antibióticos, porque a mesma resistência pode aparecer em várias cepas bacterianas em um único paciente.
O Desafio dos Surtos de Resistência a Antibióticos
Quando há um aumento nas infecções causadas por bactérias resistentes a antibióticos, os oficiais de saúde pública categorizam isso como um surto. Normalmente, esses surtos são identificados pela ocorrência excessiva de um tipo de resistência em uma infecção bacteriana específica. No entanto, quando a resistência é transportada por plasmídeos, ela pode aparecer em várias cepas bacterianas dentro de um único paciente. Isso torna difícil avaliar o surto de forma precisa, já que a resistência pode não se originar de uma única cepa, mas sim ser espalhada por conjugação.
Filogenética
O Papel daA filogenética é um método que ajuda os cientistas a entenderem as relações entre diferentes bactérias estudando sua composição genética. Essa técnica pode ser útil para rastrear surtos. Analisando as semelhanças genéticas das bactérias envolvidas, os pesquisadores podem obter insights sobre como essas infecções se espalham ao longo do tempo. Usar dados epidemiológicos junto com essas análises genéticas pode fornecer mais contexto para a dinâmica do surto.
Limitações da Análise Filogenética Tradicional
Quando se trata de resistência a antibióticos mediada por plasmídeos, os métodos tradicionais de análise das relações bacterianas podem não funcionar de forma eficaz. Isso se deve ao fato de que os plasmídeos podem introduzir mudanças nas bactérias sem serem a razão principal para sua evolução. Em vez de estudar os hospedeiros bacterianos, analisar os plasmídeos diretamente pode dar uma visão mais clara das mudanças genéticas e como elas afetam a resistência a antibióticos.
O Problema da Reconstituição de Plasmídeos
Reconstituir sequências de plasmídeos a partir de dados de sequenciamento de leitura curta apresenta dificuldades. Devido à sua natureza circular e à presença de sequências repetidas, os plasmídeos podem ser difíceis de analisar de forma eficaz. Até recentemente, as tecnologias de sequenciamento de leitura longa não eram precisas o suficiente para análises eficazes. No entanto, novas técnicas, como o sequenciamento híbrido, oferecem soluções. Ainda assim, para plasmídeos bem conservados como o pOXA-48, os pesquisadores podem trabalhar com dados de leitura curta para tentar a reconstituição do plasmídeo.
A Importância da Resistência a Carbapenemas
Os carbapenemas são uma classe de antibióticos considerados como última opção para tratar infecções graves. A resistência a esses antibióticos tem crescido, levando a Organização Mundial da Saúde a priorizar o desenvolvimento de novos tratamentos. Entender como os plasmídeos que carregam genes de resistência a carbapenemas se espalham entre as bactérias é fundamental para desenvolver estratégias que controlem sua transmissão.
Investigando Taxas de Conjugação
Apesar da importância da conjugação na disseminação da resistência, as taxas de conjugação em ambientes do mundo real ainda são incertas. Enquanto experimentos de laboratório avaliaram quais plasmídeos conjugam mais frequentemente, traduzir esses resultados para cenários epidemiológicos da vida real é desafiador. Saber com que frequência genes de resistência codificados por plasmídeos aparecem em vários hospedeiros bacterianos dentro do mesmo indivíduo poderia ajudar nas estratégias de saúde pública.
Análise do Conjunto de Dados
Para entender melhor a dinâmica da resistência codificada por plasmídeos, um conjunto de dados de sequências de Enterobacterales foi analisado. Esse conjunto incluiu sequências de pacientes com pelo menos duas amostras, com pelo menos uma contendo o gene de resistência OXA-48. A análise tinha como objetivo discernir com que frequência os mesmos plasmídeos apareciam em diferentes hospedeiros bacterianos dentro do mesmo paciente e quão frequentemente variantes diferentes de plasmídeos eram encontradas.
Metodologia
Os pesquisadores desenvolveram um pipeline para extrair sequências de plasmídeos confiáveis a partir de dados de leitura curta, garantindo que pequenas mudanças genéticas não fossem ignoradas. Eles então alinharam as sequências de plasmídeos reconstituídas a um plasmídeo de referência para identificar diferenças. Comparando essas sequências, eles puderam classificá-las como idênticas ou diferentes.
Resultados da Análise
O estudo revelou que um número significativo de pacientes carregava sequências de plasmídeos idênticas em diferentes hospedeiros bacterianos. No entanto, uma pequena porcentagem de pacientes tinha variantes diferentes do plasmídeo, sugerindo múltiplas aquisições de plasmídeos em vez de transferência direta de genes por conjugação.
Variabilidade Dentro do Paciente vs. Entre Pacientes
Os pesquisadores compararam sequências de plasmídeos do mesmo paciente com aquelas de diferentes pacientes. Analisando suas distâncias genéticas, eles visavam determinar se as semelhanças observadas eram devido a aquisições separadas ou eventos de conjugação. Os resultados indicaram que plasmídeos idênticos eram comuns dentro dos pacientes, apontando para um papel substancial da conjugação na disseminação da resistência.
Implicações para a Saúde Pública
Entender a dinâmica da transmissão de plasmídeos dentro dos pacientes é essencial para investigações de saúde pública. Se a maioria dos pacientes carrega o mesmo plasmídeo em diferentes hospedeiros bacterianos, isso sugere que analisar apenas uma amostra por paciente poderia fornecer informações significativas sobre o surto. Essa descoberta enfatiza a necessidade de estratégias de amostragem abrangentes para avaliar com precisão a disseminação da resistência a antibióticos.
Conclusão
Resumindo, a conjugação de plasmídeos influencia significativamente a disseminação da resistência a antibióticos entre as bactérias. Ao entender como esses plasmídeos circulam dentro dos pacientes e com que frequência são trocados entre diferentes hospedeiros bacterianos, os oficiais de saúde pública podem desenvolver estratégias mais eficazes para gerenciar e investigar surtos. À medida que a compreensão da dinâmica dos plasmídeos evolui, isso pode levar a práticas aprimoradas para lidar com a resistência a antibióticos no sistema de saúde.
Direções Futuras
Pesquisas contínuas sobre o comportamento dos plasmídeos e os mecanismos de conjugação serão cruciais para a saúde pública. Avanços em tecnologias de sequenciamento e técnicas de análise de dados irão aprimorar ainda mais nossa compreensão de como os plasmídeos contribuem para a resistência a antibióticos. Esse conhecimento é chave para desenvolver intervenções que possam conter a proliferação de bactérias resistentes e melhorar os resultados para os pacientes.
Título: Plasmid conjugation drives within-patient plasmid diversity
Resumo: Plasmids are well known vehicles of antimicrobial resistance (AMR) genes dissemination. Through conjugation, plasmid-encoded AMR genes are spread among neighbouring bacteria, irrespective of their strain or even their species. This process is very concerning from a public health perspective, as plasmid-borne AMR gene outbreaks are often not confined to single species or strains and are therefore more difficult to be fully uncovered. At the moment, the impact of plasmid conjugation on within-patient plasmid diversity is not well understood. In this work we will tackle the role of conjugation on within-patient plasmid diversity using a dataset of carbapenemase-producing Enterobacterales (CPEs). The dataset of 256 sequences from 115 patients was sampled across England over 30 months. Each patient has more than one sequence, with at least one sequence carrying an OXA-48 gene, a well-known plasmid-borne carbapenemase-encoding gene. If more than one sequence carries the OXA-48 gene, they are carried on different bacterial hosts. Using a hybrid de novo-on-reference assembly pipeline, we were able to reconstruct the full OXA-48 plasmid from short read sequencing data for 232 of the 256 sequences. Of the 115 patients, 83 (72%) of patients had an identical OXA-48 plasmid in two or more sequences. Only 2 patients carried very different (>200 SNPs) alleles of the OXA-48 plasmid, probably from separate acquisitions. Our study shows that when more than one bacterial host carrying an OXA-48 plasmid is found in a patient, it is most likely that the same plasmid has been shared via conjugation. The event of separate acquisition of different plasmids in different bacterial hosts is highly unlikely in our dataset. Data StatementWe use data provided by Hopkins et al 2022 [16]. The data can be accessed from the National Center for Biotechnology Information (NCBI) and can be found at Bioproject Accession no. PRJNA788733. None of the data used was synthetically generated. Impact StatementConjugative plasmids are well known vessels of horizontal gene transfer, with a prominent role in the spread of antimicrobial resistance genes among different bacterial species or strains. At the epidemiological level, conjugation combined with sequencing a single colony per patient, results in plasmids outbreaks carrying antimicrobial resistance genes being found in different bacterial species and strains in different patients, potentially eluding surveillance protocols based on same bacterium/same resistance scheme. In this study we analyse within-patient plasmid diversity in a dataset with more than one sequence per patient. Only two patients show clear genomic signs of separate plasmids acquisition, while 83 patients share identical plasmids in different bacterial hosts. This points out to a very strong role of plasmid conjugation in shaping within-patient plasmid diversity.
Autores: Fan Grayson, Leo Loman, Toby Nonnenmacher, Diane Pople, Jack Pollard, David Williams, Bharat Patel, Luke Hounsome, Katie L Hopkins, Julie Robotham, Alice Ledda
Última atualização: 2024-09-29 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.27.615342
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.27.615342.full.pdf
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
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