A Ameaça Oculta do Enterobacter na Saúde
Espécies de Enterobacter trazem sérios riscos de infecção em hospitais por causa da resistência a medicamentos.
Faith I. Oni, Ayorinde O. Afolayan, Anderson O. Oaikhena, Erkison Ewomazino Odih, Odion O. Ikhimiukor, Veronica O. Ogunleye, Aaron O. Aboderin, Olatunde F. Olabisi, Adewale A. Amupitan, Abayomi Fadeyi, Rasaki A. Raheem, Bashirat A. Olanipekun, Charles J. Elikwu, Oluwadamilola A. Sadare, Phillip O. Oshun, Oyinlola O. Oduyebo, Folashade Ojo, Abolaji T. Adeyemo, Ifeanyi E Mba, Abiodun Egwuenu, Tochi Okwor, Anthony Underwood, Silvia Argimón, Chikwe Ihekweazu, David M. Aanensen, Iruka N. Okeke
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Índice
- Onde Eles Costumam Ficar?
- O Problema Que Eles Causam
- Complexo Enterobacter cloacae
- Por Que A Identificação É Difícil
- A Solução: Sequenciamento do Genoma Completo
- A História Recente do Enterobacter
- Coletando Dados
- Re-Identificando os Bichos
- A Importância da Identificação Precisa
- Descobertas Sobre Resistência Antimicrobiana
- Diversidade das Espécies de Enterobacter
- Agregados e Surtos
- A Necessidade de Vigilância
- Distribuição Geográfica
- Enterobacter: O Novo Desafio Clínico
- O Futuro da Pesquisa sobre Enterobacter
- Conclusão
- Fonte original
- Ligações de referência
Enterobacter é um grupo de bactérias que a gente geralmente encontra nos intestinos de humanos e animais. Elas fazem parte de uma família maior chamada Enterobacteriaceae. Embora esses bichos sejam parte da nossa população intestinal natural, às vezes podem dar trabalho, causando infecções. Você pode pensar neles como aqueles convidados indesejados numa festa – aparecem do nada e podem fazer uma bagunça.
Onde Eles Costumam Ficar?
Você consegue achar Enterobacter em vários lugares além dos nossos intestinos. Eles gostam de relaxar em água, esgoto, solo e até nas plantas. A adaptabilidade deles faz com que estejam por toda parte, e é por isso que às vezes causam infecções em hospitais e outras áreas.
O Problema Que Eles Causam
As espécies de Enterobacter são conhecidas por causar várias infecções, especialmente em pessoas que já estão debilitadas ou doentes. Essas infecções podem aparecer em diferentes partes do corpo, como o trato urinário, feridas, pulmões e até na corrente sanguínea. A capacidade deles de resistir a vários remédios torna tudo mais complicado para os médicos que tentam tratar as infecções que eles causam. Pense neles como os “caras maus” do mundo bacteriano, circulando pelos hospitais e causando caos.
Complexo Enterobacter cloacae
Entre os diferentes tipos de Enterobacter, tem um grupo específico chamado complexo Enterobacter cloacae, que inclui várias espécies. Tem Enterobacter cloacae, Enterobacter asburiae e mais algumas. Identificar essas espécies pode ser bem complicado, o que dá dor de cabeça para os profissionais de saúde. É tipo tentar achar uma agulha num palheiro, mas a agulha fica mudando de forma!
Identificação É Difícil
Por Que AIdentificar essas bactérias com precisão não é fácil. Métodos tradicionais, como certos testes bioquímicos, muitas vezes não conseguem determinar o tipo específico de Enterobacter envolvido. Às vezes, podem até ser confundidos com outra coisa! Sistemas automatizados feitos pra ajudar na identificação também podem embaralhar as coisas. Isso pode levar a tratamentos errados, que é a última coisa que alguém quer.
A Solução: Sequenciamento do Genoma Completo
Uma solução moderna pra esse desafio de identificação é o sequenciamento do genoma completo (WGS). Essa técnica permite que os cientistas leiam todo o material genético das bactérias. O WGS é como ter uma lupa de alta tecnologia que mostra exatamente o que você tá lidando. Usando esse método, os pesquisadores conseguiram identificar espécies escondidas que antes eram confundidas com outros tipos. Isso tá abrindo um baú de informações sobre essas bactérias.
A História Recente do Enterobacter
Um estudo feito com espécies de Enterobacter isoladas de infecções sanguíneas em hospitais da Nigéria entre 2014 e 2020 trouxe descobertas surpreendentes. Os pesquisadores usaram WGS pra identificar as bactérias e aprender mais sobre elas. De milhares de amostras, uma pequena quantidade foi identificada como espécies de Enterobacter, destacando a importância desse grupo nas infecções hospitalares.
Coletando Dados
Os pesquisadores coletaram amostras de seis hospitais, examinando culturas de sangue que foram tiradas de pacientes. Eles juntaram informações básicas sobre cada isolado. Apesar da variedade de amostras, muitas estavam rotuladas de forma errada. Isso mostra a importância de uma identificação cuidadosa pra prevenir possíveis surtos.
Re-Identificando os Bichos
Depois de isolar as cepas de Enterobacter, os pesquisadores as limparam e re-identificaram usando métodos modernos. Eles também checaram a sensibilidade dessas cepas a vários Antibióticos. Usar sistemas atualizados ajudou a garantir que as informações coletadas fossem precisas. Os resultados estavam mais claros que dia ensolarado!
A Importância da Identificação Precisa
Descobrir a verdadeira identidade das espécies de Enterobacter envolvidas é crucial porque isso impacta as decisões de tratamento. Saber os detalhes sobre quais bactérias estão presentes ajuda os profissionais de saúde a escolherem os medicamentos certos pra combatê-las. Imagine ir a um restaurante e pedir o "especial do chef", e descobrir que eles não têm os ingredientes – isso é o que acontece quando você identifica mal as bactérias!
Descobertas Sobre Resistência Antimicrobiana
Uma das principais preocupações com Enterobacter é a resistência deles a antibióticos. O estudo identificou vários genes que contribuem pra essa resistência. Isso pode tornar o tratamento das infecções muito mais complicado. A presença desses genes de resistência é um sinal de que Enterobacter pode ser um cliente complicado, especialmente quando se trata de remédios.
Diversidade das Espécies de Enterobacter
O estudo revelou uma diversidade significativa entre as cepas de Enterobacter. Eles encontraram vários tipos e até algumas cepas novas que não tinham sido documentadas antes. Cada hospital tinha sua própria mistura única de espécies de Enterobacter, o que mostra a complexidade dessas bactérias.
Agregados e Surtos
Dois possíveis aglomerados de surtos foram detectados no estudo. Isso indica que as bactérias estavam se espalhando entre pacientes no mesmo hospital, o que é alarmante. Identificar esses aglomerados é essencial pra tomar medidas que impeçam mais infecções de se espalharem.
A Necessidade de Vigilância
As confusões que rolaram na identificação de Enterobacter destacam a necessidade de melhorar as práticas nos laboratórios. Não é só sobre ler um resultado; é sobre entender o que esses resultados significam pra atenção ao paciente. Com métodos aprimorados, os hospitais podem proteger melhor seus pacientes e prevenir o espalhamento de infecções.
Distribuição Geográfica
A pesquisa também analisou como as espécies de Enterobacter estão distribuídas pela Nigéria. Descobriram que diferentes áreas têm misturas diferentes dessas bactérias, tornando algumas regiões mais vulneráveis a infecções específicas. Mapear onde essas bactérias prosperam ajuda os profissionais de saúde a se prepararem e a responderem de forma eficaz.
Enterobacter: O Novo Desafio Clínico
A importância de lidar com as espécies de Enterobacter em ambientes clínicos não pode ser subestimada. À medida que mais cepas se tornam resistentes a antibióticos, a luta contra essas bactérias vai exigir vigilância constante e inovação. Não podemos baixar a guarda, ou podemos acabar em uma situação complicada!
O Futuro da Pesquisa sobre Enterobacter
As descobertas dessa pesquisa sugerem a necessidade de continuar a vigilância das espécies de Enterobacter nos cuidados de saúde. Entender como essas bactérias evoluem e se espalham é essencial para desenvolver melhores tratamentos e métodos de prevenção. É uma batalha que não vai ser fácil de ganhar, mas com determinação e as ferramentas certas, conseguimos fazer progressos.
Conclusão
As espécies de Enterobacter são bactérias traiçoeiras que podem causar problemas significativos, especialmente em ambientes de saúde. Elas são capazes de superar métodos diagnósticos tradicionais, tornando a identificação precisa um verdadeiro desafio. Mas com técnicas modernas como o sequenciamento do genoma completo, os pesquisadores estão começando a iluminar esses personagens complicados. O caminho à frente exige atenção contínua e adaptabilidade para combater a ameaça sempre presente que essas bactérias representam. Apenas lembre-se, manter um olho na gangue Enterobacter é crucial para um ambiente de saúde mais seguro!
Título: Whole genome Sequencing Reveals Enterobacter hormaechei as a key Bloodstream Pathogen in six tertiary care hospitals in southwestern Nigeria.
Resumo: Enterobacter spp. are an important cause of healthcare-associated bloodstream infections uncommonly reported in Africa. This study used whole genome sequencing (WGS) to characterise Enterobacter spp. from hospitals in Nigerias antimicrobial resistance (AMR) surveillance system. Blood-culture isolates of Enterobacter from six such tertiary-care hospitals recovered between 2014 and 2020 were re-identified and antimicrobial susceptibility-tested using VITEK2. Illumina technology provided whole genome sequences for genome nomenclature, antimicrobial resistance gene prediction, Single Nucleotide Polymorphism (SNP) phylogeny, and multi-locus sequence typing via publicly available bioinformatics pipelines. Initial biochemical delineation often misclassified Enterobacter, necessitating whole-genome sequencing for accurate classification. Among 98 Enterobacter received, Enterobacter hormaechei subspecies xiangfangensis predominated (43), followed by other E. hormachei subspecies (18), E. cloacae (26), E. roggenkampii (4), E. bugandensis (3), E. kobei (2), E. asburiae (1) and E. cancerogenous (1). Cephalosporins, aminoglycoside, chloramphenicol, macrolide, and carbapenem resistance in E. hormaechei was attributed to known resistance genes. They belonged to clusters III, IV, and VIII based on hsp60 typing and clades A, B, C, and D according to Sutton and Cos nomenclature. These isolates and other Enterobacter species recently reported from Nigeria reveal extensive E. hormaechei diversity, as well as clusters representing potential outbreaks. Enterobacter hormaechei, often misidentified and rarely reported from Nigeria, is this studys most common blood culture isolated Enterobacter spp. Uncovering underappreciated species as important bloodstream pathogens and retrospective detection of likely outbreaks emphasise the value of genomic surveillance in resource-limited settings. DATA SUMMARYAll sequence reads were submitted to the European Nucleotide Archive (ENA) under the project ID PRJEB29739 (https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB29739). Accessions can be found in Table S1. IMPACT STATEMENTAccurate identification of Enterobacter is essential in healthcare settings as misidentification can lead to selecting antimicrobials to the genus is intrinsically resistant resistant before susceptibility testing results are available. Also, misidentification can compromise microbiology support for infection prevention and control. We show that E. hormaechei, which is never reported from clinical laboratories in Nigeria, is frequently misidentified using conventional methods like tube- or strip biochemical testing and VITEK systems. Whole genome sequence data demonstrates that E. hormaechei and E. cloacae are the most common Enterobacter isolated from bloodstream infections in Nigeria. Enhanced identification methods for surveillance play pivotal roles in improving patient care, optimising antibiotic stewardship, and combating the evolving challenges posed by this pathogen. Overall, this study reveals the effectiveness of WGS in correctly identifying this important pathogen.
Autores: Faith I. Oni, Ayorinde O. Afolayan, Anderson O. Oaikhena, Erkison Ewomazino Odih, Odion O. Ikhimiukor, Veronica O. Ogunleye, Aaron O. Aboderin, Olatunde F. Olabisi, Adewale A. Amupitan, Abayomi Fadeyi, Rasaki A. Raheem, Bashirat A. Olanipekun, Charles J. Elikwu, Oluwadamilola A. Sadare, Phillip O. Oshun, Oyinlola O. Oduyebo, Folashade Ojo, Abolaji T. Adeyemo, Ifeanyi E Mba, Abiodun Egwuenu, Tochi Okwor, Anthony Underwood, Silvia Argimón, Chikwe Ihekweazu, David M. Aanensen, Iruka N. Okeke
Última atualização: 2024-12-02 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.02.626058
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.02.626058.full.pdf
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.
Obrigado ao biorxiv pela utilização da sua interoperabilidade de acesso aberto.
Ligações de referência
- https://www.protocols.io/view/ghru-genomic-surveillance-of-antimicrobial-resista-bp2l6b11kgqe/v4
- https://gitlab.com/antunderwood/bactinspector
- https://pathogen.watch/
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP017183.1
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NZ_CP009756.1
- https://arxiv.org/abs/1303.3997
- https://github.com/samtools/bcftools
- https://gitlab.com/antunderwood/fastadist
- https://www.protocols.io/view/ghru-genomic-surveillance-of-antimicrobial-resista-bpn6mmhe
- https://github.com/karubiotools/hsp60ECCtool
- https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/SAMEA7472464?show=reads
- https://github.com/ParBLiSS/FastANI
- https://pubmlst.org/bigsdb?db=pubmlst_ecloacae_seqdef
- https://itol.embl.de/tree/197211635839451656920611#
- https://github.com/TongZhou2017/itol.toolkit
- https://docs.ropensci.org/naijR/articles/nigeria-maps.html
- https://cran.r-project.org/web/packages/sf/index.html
- https://cran.r-project.org/web/packages/tmap/index.html
- https://cran.r-project.org/web/packages/feather/index.html