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# Biologia # Genómica

Desvendando os Segredos das Formigas Lasius

Uma imersão no mundo das formigas Lasius e a sua identificação complicada.

Kristine Jecha, Guillaume Lavanchy, Tanja Schwander

― 8 min ler


Formigas Lasius: Formigas Lasius: Mistérios Genéticos Revelados formigas Lasius e hibridização. Novos métodos iluminam espécies de
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As formigas são criaturinhas pequenas, mas poderosas, que têm papéis importantes nos nossos ecossistemas. Entre os vários tipos de formigas, o gênero Lasius inclui um grupo bem diversificado de Espécies conhecidas por seus comportamentos interessantes e estruturas sociais. Este artigo dá uma olhada mais de perto nas formigas Lasius, sua classificação, os desafios para identificá-las e os métodos mais recentes para estudá-las de forma mais precisa.

O que é uma Espécie?

Na biologia, uma espécie é geralmente entendida como um grupo de organismos que podem se reproduzir entre si, mas que não costumam cruzar com outros grupos. Porém, quando se trata de identificar espécies, as coisas podem ficar complicadas. Os cientistas costumam se basear nas características físicas dos organismos para classificá-los, ao invés de seus comportamentos reprodutivos. Isso pode gerar confusão, principalmente entre espécies que parecem muito semelhantes, mas que são geneticamente distintas.

O Desafio de Identificar Formigas Lasius

O gênero Lasius é composto por 86 espécies diferentes e é encontrado principalmente na região Holártica, que inclui partes da Europa, Ásia e América do Norte. Muitas dessas espécies são difíceis de diferenciar, pois podem parecer quase idênticas. Isso torna o estudo delas, especialmente em amostragem populacional, um verdadeiro desafio. Se os cientistas não conseguem identificar as espécies com precisão, suas descobertas podem estar erradas.

Para complicar ainda mais, existem muitos casos de "espécies crípticas"-aquelas que parecem iguais, mas na verdade são espécies diferentes. Identificar essas espécies requer taxonomistas experientes que possam examinar traços físicos, o que pode levar tempo e requer muita experiência. É aqui que surge a necessidade de melhores formas de identificar essas formigas.

Entrando na Sequenciação de DNA

Uma maneira empolgante de identificar espécies é através da sequenciação de DNA, que usa informações genéticas para distinguir entre elas. O marcador genético mais usado para formigas é uma parte específica do gene mitocondrial chamada citocromo c oxidase I (COI). Esse gene muda rápido o suficiente para ajudar a diferenciar espécies, mas não tão rápido que perca a confiabilidade. Infelizmente, focar apenas nesse gene mitocondrial tem suas desvantagens.

O DNA mitocondrial é herdado da mãe, então não mostra a mistura que pode acontecer quando as espécies hibridizam ou cruzam. A Hibridização, que é o processo de diferentes espécies se acasalando e tendo descendentes, é mais comum do que se pensava. Analisando o DNA nuclear, os cientistas podem ter uma visão mais clara de como diferentes espécies interagem e quais padrões de hibridização podem estar ocorrendo. No entanto, esse método também tem seus desafios; sempre há o risco de Contaminação, que pode bagunçar os resultados.

A Necessidade de Novas Técnicas

Como identificar formigas Lasius pode ser bem complicado, há uma necessidade urgente de novos métodos para limpar os dados e garantir resultados precisos. O projeto de ciência cidadã Opération Fourmis ofereceu uma oportunidade perfeita para estudar essas formigas na Suíça. Coletando amostras de vários locais, os pesquisadores tinham como objetivo identificar as espécies com precisão.

No total, os pesquisadores coletaram mais de 3.000 formigas operárias e tentaram identificá-las usando taxonomistas especialistas. Eles planejaram combinar métodos tradicionais com técnicas genéticas modernas para garantir maior precisão.

Amostragem e Extração de DNA

Os pesquisadores coletaram formigas operárias do projeto Opération Fourmis e por meio de amostragem estruturada ao redor do cantão de Vaud na Suíça. Cerca de 10 operárias foram retiradas de cada colônia e preparadas para a extração de DNA. No final, eles tinham mais de 1.000 formigas operárias prontas para testes genéticos.

Para identificar essas formigas, os cientistas pegaram uma operária aleatória de cada colônia e usaram métodos para extrair DNA de suas pernas. Usando várias técnicas genéticas, eles seriam capazes de comparar os resultados da sequenciação de DNA com a identificação morfológica feita por especialistas.

Sequenciação Genética

Após a extração do DNA, foi realizada a sequenciação para ler o material genético. Os pesquisadores usaram duas técnicas principais: um método chamado sequenciação RAD para obter informações genéticas e a análise do gene COI para identificação de espécies.

A sequenciação de DNA foi realizada em instalações especializadas, onde protocolos específicos garantiram que material genético suficiente fosse amplificado para teste. O objetivo era obter sequências de DNA confiáveis que pudessem ser usadas para identificar quais espécies estavam presentes nas amostras.

Como a Contaminação Afeta os Resultados

Um dos maiores problemas descobertos durante o estudo foi a contaminação dos dados genéticos. Imagine tentar encontrar uma agulha em um palheiro, mas o palheiro está cheio de pedaços de outras agulhas de diferentes palheiros; essa é a contaminação em testes genéticos. Pode levar a suposições erradas sobre espécies ou até dar a impressão de hibridação onde não existe.

Para lidar com esse problema, os pesquisadores tiveram que desenvolver novos métodos para limpar os dados e garantir que refletissem apenas as formigas Lasius que estavam estudando. Eles usaram uma técnica chamada mapeamento competitivo, que envolve mapear as leituras de DNA das formigas Lasius contra os genomas de outras espécies de formigas para filtrar dados indesejados.

Controle de Qualidade: Fundamental

O controle de qualidade é essencial em qualquer estudo científico. Sem ele, os pesquisadores poderiam tirar conclusões erradas com base em dados contaminados ou de baixa qualidade. Os cientistas desenvolveram processos rigorosos para avaliar a qualidade de seus dados genéticos, garantindo que apenas resultados confiáveis fossem considerados.

Combinando várias estratégias para gerenciar a contaminação, eles visavam manter representações precisas da composição genética das formigas Lasius que haviam amostrado.

Identificando Espécies: Um Processo em Múltiplas Etapas

Depois de limpar os dados, os pesquisadores tinham como objetivo determinar a espécie das formigas individuais. Eles usaram técnicas como gráficos de Escalonamento Multidimensional (MDS) e um programa chamado ADMIXTURE para analisar relações genéticas e identificar a quais espécies as amostras pertenciam.

Essa abordagem permitiu que eles comparassem métodos tradicionais de identificação com análises genéticas, criando uma visão mais clara das espécies presentes em suas amostras. Quaisquer amostras que mostrassem sinais de ancestralidade híbrida também foram anotadas, oferecendo uma visão sobre a diversidade genética das populações.

Os Resultados: Uma Mistura

A análise encontrou que uma parte significativa das formigas poderia ser identificada corretamente com base em dados genéticos. De fato, várias correções foram feitas em identificações erradas iniciais, e amostras ambíguas puderam ser atribuídas a espécies específicas graças às informações genéticas.

Curiosamente, apenas um indivíduo híbrido foi identificado, mostrando que híbridos entre as espécies Lasius podem ser menos comuns do que se esperava. Essas descobertas iluminam as dinâmicas dentro do gênero Lasius e seus comportamentos de acasalamento.

Compreendendo a Hibridização

A hibridização pode levar a resultados fascinantes no reino animal. No caso das formigas Lasius, os pesquisadores descobriram que indivíduos híbridos frequentemente tinham predominantemente material genético de uma espécie enquanto carregavam mitocôndrias da outra espécie. Isso pode dar dicas sobre a história das interações entre as duas espécies.

O híbrido identificado tinha uma ancestralidade amplamente de uma espécie, mas seu gene COI estava alinhado com o da outra, indicando uma hibridização anterior entre as espécies.

O Papel dos Comportamentos Ecológicos

Vários comportamentos entre as diferentes espécies de Lasius podem influenciar a frequência com que elas hibridizam. Algumas espécies praticam parasitismo social, onde uma espécie invade a colônia da outra e toma conta. Você poderia pensar que esse contato próximo levaria a mais hibridação, mas o estudo não encontrou indivíduos híbridos entre espécies parasitas e hospedeiras. Isso sugere que podem existir barreiras impedindo essas “incompatibilidades” naturais.

Considerações Finais

O estudo sobre as formigas Lasius destaca os desafios e complexidades na identificação de espécies e na compreensão da hibridização. Usando métodos genéticos inovadores junto com técnicas tradicionais, os pesquisadores conseguiram navegar nas águas complicadas da identificação de espécies.

À medida que a ciência continua avançando, nossa compreensão do pequeno, mas significativo mundo das formigas também avança. Quem diria que criaturas tão minúsculas podiam ter tantos segredos?

No grande esquema das coisas, descobrir mais sobre essas formigas pode nos ajudar a entender melhor os ecossistemas e apreciar as vidas ocultas de criaturas que muitas vezes passam despercebidas. Então, da próxima vez que você ver uma formiga, lembre-se-ela pode ter mais histórias para contar do que você imagina!

Fonte original

Título: Decontaminating genomic data for accurate species delineation and hybrid detection in the Lasius ant genus

Resumo: Species identification and delineation by molecular methods has become a widely used technique and has revealed hybrids between species previously believed to be completely reproductively isolated. However, the application of molecular methods is associated with a risk of DNA contamination, which can result in the identification of false hybrids and generate inaccurate conclusions about the species identities and characteristics. Here, we generate and analyze a dataset of nuclear SNP data and mitochondrial DNA sequences from over 1,000 Lasius ants to accurately investigate the species delineation and hybridization proclivity within the genus. We describe an approach, based on a combination of competitive mapping and allelic depth ratio analysis, that allows us to identify DNA contaminations and filter them from large-scale datasets. By applying this approach to the Lasius ants, we are able to remove interspecific contamination, and to clearly delineate each species genetically as well as identify a hybrid individual between L. emarginatus and L. platythorax. SignificanceNext-generation sequencing enables large-scale studies of population structure, species delineation, and introgression for a wide range of taxa. However, the potential for cross- contamination during sample preparation is rarely considered, despite potential major impacts on the conclusions. Here, we develop a new decontamination pipeline and apply it to a large- scale genotyping dataset to study species delineation and hybridization in the ant genus Lasius. We find only one hybrid in a thousand individuals, a very different picture from the contaminated dataset. Testing for and removing contamination should be part of every population genomics study.

Autores: Kristine Jecha, Guillaume Lavanchy, Tanja Schwander

Última atualização: 2024-12-02 00:00:00

Idioma: English

Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.27.625433

Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.11.27.625433.full.pdf

Licença: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/

Alterações: Este resumo foi elaborado com a assistência da AI e pode conter imprecisões. Para obter informações exactas, consulte os documentos originais ligados aqui.

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