Segredos de Burkholderia thailandensis Revelados
Descubra como os genes de uma bactéria ajudam ela a sobreviver em ambientes que mudam.
Lillian C. Lowrey, Katlyn B. Mote, Peggy A. Cotter
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Índice
Burkholderia thailandensis é um tipo de bactéria que curte viver em lugares quentes e tropicais, tipo o Norte da Austrália e partes do Sudeste Asiático. Ela consegue se dar bem em ambientes úmidos como campos de arroz e precisa se adaptar a condições que mudam enquanto compete com outros organismos minúsculos por recursos.
Como muitos seres vivos, essa bactéria tem pedaços de DNA chamados sequências de inserção e transposons espalhados pelo seu material genético. Esses são basicamente caronas genéticas que podem pular de lugar e causar mudanças no organismo. Uma versão interessante dessa bactéria, conhecida como cepa E264, tem dois genes puladores quase idênticos que afetam uma parte específica do seu DNA, que tem 208,6 quilobases de comprimento.
A Região de 208,6 kb
Esse pedaço especial de DNA é crucial para a capacidade da bactéria de ter características diferentes. Ela consegue fazer cópias de si mesma, levando a variações na habilidade da bactéria de formar aglomerados pegajosos conhecidos como Biofilmes. Então, algumas células podem ter duplicatas dessa região, enquanto outras podem não ter.
A presença dessas duplicatas pode mudar claramente como as bactérias se comportam. Por exemplo, as bactérias com cópias duplicadas desse DNA conseguem formar biofilmes mais rápido do que aquelas sem elas. Isso significa que em certos ambientes, as bactérias Dup+ se saem melhor, enquanto as bactérias Dup- podem ir bem em outras situações.
Biofilmes: O Que São?
Biofilmes são tipo uma festa grudenta para as bactérias. Elas se fixam em superfícies e formam uma camada protetora, o que ajuda elas a sobreviver em condições difíceis. Imagine um monte de pessoas pequenas fazendo uma festa em casa – elas grudam umas nas outras, não saem e conseguem até se defender de coisas que podem tentar machucá-las, tipo antibióticos.
Para Burkholderia thailandensis, conseguir formar esses biofilmes rapidamente é super importante porque isso permite que elas se agarrem às superfícies e reúnam recursos de forma eficaz. As bactérias Dup+ conseguem fazer biofilmes visíveis em apenas 24 horas, enquanto as outras demoram bem mais. Essa habilidade dá uma vantagem competitiva para as células Dup+ em certas situações, enquanto as células Dup- se saem melhor em águas abertas onde não grudam tanto.
Procurando a Receita Secreta
Para descobrir quais genes na região de 208,6 kb são os verdadeiros campeões por trás dessa formação eficiente de biofilmes, os cientistas dividiram essa seção de DNA em partes menores. Eles queriam ver quais dessas seções ajudavam as bactérias a crescer em biofilmes robustos. Depois de muito teste e erro, eles descobriram que duplicar uma sub-região específica, chamada sub-região 4, permitia que as bactérias formassem esses biofilmes de forma eficiente.
A sub-região 4 contém 14 diferentes genes codificadores de proteínas. Alguns deles estão envolvidos na criação de estruturas chamadas pili, que ajudam as bactérias a grudarem nas superfícies. Outros estão ligados a sistemas regulatórios que ajudam as bactérias a responderem ao seu ambiente. Brincando com esses genes, os pesquisadores puderam determinar quais eram fundamentais para melhorar o crescimento do biofilme.
Os Grandes Nomes
A equipe descobriu que três genes da sub-região 4 se destacaram: aplFABCDE, iou, e bubSR. Cada um tinha seu papel, mas aplFABCDE e bubSR eram especialmente importantes. Quando eles deletaram esses genes, as bactérias tiveram dificuldades para formar biofilmes.
E aí, o que isso significa? Bem, com aplFABCDE e bubSR presentes em cópias duplicadas, as bactérias conseguiam crescer biofilmes eficientes. Mas se elas tivessem só o iou, a mágica não acontecia.
Formação Dinâmica de Biofilmes
Para garantir que as bactérias estavam realmente usando seus genes para formar biofilmes, os cientistas usaram algumas técnicas inteligentes. Eles criaram “cepas reporter” que brilhavam sob certas condições, facilitando ver quais bactérias tinham duplicado seu DNA. Essas cepas reporter ajudaram a entender quão bem cada combinação genética funcionava para a formação do biofilme.
Os pesquisadores notaram que as bactérias Dup+ eram melhores em grudar umas nas outras em biofilmes, enquanto as células Dup- não eram tão boas nisso. Isso apoia a ideia de que duplicar genes específicos dá às bactérias algumas vantagens competitivas sérias quando se trata de viver em um biofilme.
Táticas Secretas das Bactérias
Uma das ideias fascinantes que surgiram foi a noção de “cobertura de risco” (bet-hedging). Isso é como um plano B, onde as bactérias criam uma mistura de células para sobreviver em ambientes que podem mudar rapidamente. Então, ao produzir algumas células Dup+ e algumas Dup-, Burkholderia thailandensis consegue se adaptar ao que vier pela frente!
Se as condições mudarem rapidamente, ter os dois tipos na população poderia significar que pelo menos algumas bactérias sobrevivem. É como fazer uma festa com vários tipos de petiscos – se um tipo estragar, você ainda tem outras opções para beliscar.
BubSR: O Herói Desconhecido
Os cientistas foram mais fundos no mistério do par de genes bubSR. Parece que esse par ajuda a controlar o quão bem as bactérias conseguem formar aqueles biofilmes grudentos. BubSR faz parte de um sistema regulatório de dois componentes que atua como um interruptor, ligando ou desligando certos genes em resposta a mudanças ambientais.
BubSR precisa funcionar direitinho para o processo de formação eficiente de biofilmes. Se não estiver funcionando bem, as bactérias terão mais dificuldade de entrar no jogo do biofilme grudento. Quando outro experimento mostrou que bactérias com o bubSR desativado não conseguiam formar biofilmes, isso confirmou o quão importante esse par de genes é.
O Papel dos Promotores
Outra parte da história gira em torno de algo chamado promotores, que ajudam a ativar genes. A pesquisa identificou um Promotor na sequência de DNA antes do gene aplFABCDE. Quando essa parte estava ativa, ela fazia com que as bactérias produzissem as proteínas necessárias para construir biofilmes.
Com o promotor a todo vapor, a bactéria consegue aumentar a produção dos materiais necessários para a formação do biofilme. Os pesquisadores descobriram que mesmo quando as condições não eram perfeitas, se as bactérias tinham aquele promotor e os genes bubSR, ainda conseguiam formar biofilmes de forma eficaz.
Conclusão: A Moral da História
Resumindo, Burkholderia thailandensis usa uma mistura interessante de genética para se adaptar ao seu ambiente. Com a ajuda de genes específicos, ela consegue mudar como se comporta, especialmente na formação de biofilmes. Graças ao conceito de duplicação, cobertura de risco e os papéis regulatórios de genes específicos, essa bactéria mostra como a natureza pode ser inteligente.
Então, da próxima vez que você ver um ponto pegajoso na sua pia, lembre-se de Burkholderia thailandensis e suas maneiras inteligentes de grudar! Não se trata apenas de sobrevivência; é sobre prosperar em um mundo cheio de desafios. Assim como a gente, esses organismos minúsculos têm suas próprias estratégias para enfrentar as altas e baixas da vida, provando mais uma vez que a natureza é esperta e cheia de recursos.
Título: DNA duplication-mediated activation of a two-component regulatory system serves as a bet-hedging strategy for Burkholderia thailandensis
Resumo: Burkholderia thailandensis strain E264 (BtE264) and close relatives stochastically duplicate a 208.6 kb region of chromosome I via RecA-dependent recombination between two nearly identical insertion sequence elements. Because homologous recombination occurs at a constant, low level, populations of BtE264 are always heterogeneous, but cells containing two or more copies of the region (Dup+) have an advantage, and hence predominate, during biofilm growth, while those with a single copy (Dup-) are favored during planktonic growth. Moreover, only Dup+ bacteria form efficient biofilms within 24 hours in liquid medium. We determined that duplicate copies of a subregion containing genes encoding an archaic chaperone-usher pilus (aplFABCDE) and a two-component regulatory system (bubSR) are necessary and sufficient for generating efficient biofilms and for conferring a selective advantage during biofilm growth. BubSR functionality is required, as deletion of either bubS or bubR, or a mutation predicted to abrogate phosphorylation of BubR, abrogates biofilm formation. However, duplicate copies of the aplFABCDE genes are not required. Instead, we found that BubSR controls expression of aplFABCDE and bubSR by activating a promoter upstream of aplF during biofilm growth or when the 208.6 kb region, or just bubSR, are duplicated. Single cell analyses showed that duplication of the 208.6 kb region is sufficient to activate BubSR in 75% of bacteria during planktonic (BubSR OFF) growth conditions. Together, our data indicate that the combination of deterministic two-component signal transduction and stochastic, duplication-mediated activation of that TCS form a bet-hedging strategy that allows BtE264 to survive when conditions shift rapidly from those favoring planktonic growth to those requiring biofilm formation, such as may be encountered in the soils of Southeast Asia and Northern Australia. Our data highlight the positive impact that transposable elements can have on the evolution of bacterial populations. Author summaryTransposable elements naturally accumulate within genomes in all kingdoms of life. When present in the same orientation, a pair of homologous elements can act as substrates for DNA recombination reactions that can duplicate and delete intervening sequences - giving rise to genetically heterogenous populations. We showed here that Burkholderia thailandensis strain E264 uses this mechanism to amplify genes encoding a two-component regulatory system and an archaic chaperone usher pilus, priming the cells for rapid biofilm formation. The formation of a small subpopulation of biofilm-ready bacteria serves as a bet- hedging strategy, ensuring overall population survival should conditions change rapidly from those in which planktonic growth is optimal to those in which adherence and biofilm formation is required.
Autores: Lillian C. Lowrey, Katlyn B. Mote, Peggy A. Cotter
Última atualização: 2024-12-09 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.09.627470
Fonte PDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.12.09.627470.full.pdf
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