Aumentando o Diagnóstico Genético com Evidências Funcionais
Aprimorando o diagnóstico genético ao melhorar a classificação e o suporte das evidências funcionais.
Rehan M. Villani, Bronwyn Terrill, Emma Tudini, Maddison E. McKenzie, Corrina C. Cliffe, Christopher N. Hahn, Ben Lundie, Tessa Mattiske, Ebony Matotek, Abbye E. McEwen, Sarah L. Nickerson, James Breen, Douglas M. Fowler, John Christodoulou, Lea Starita, Alan F. Rubin, Amanda B. Spurdle
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Índice
O Diagnóstico Genético é super importante pra descobrir as causas de condições herdadas. Ele possibilita um tratamento melhor e apoio pra quem sofre com doenças genéticas. Mas classificar a importância das variações genéticas pode ser complicado. Muitas pessoas que poderiam ter doenças herdadas não conseguem um diagnóstico molecular claro. Esse problema precisa da nossa atenção, porque mais evidências precisam ser incluídas no processo de classificação pra melhorar os resultados.
Diretrizes para Classificação
Pra ajudar com esse desafio de classificação, especialistas criaram diretrizes. O American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) e a Association for Molecular Pathology (AMP) bolaram regras que estão sendo usadas no mundo todo. Uma dessas regras diz que os pesquisadores podem usar dados de estudos funcionais já estabelecidos pra apoiar a classificação das variantes genéticas.
Recomendações adicionais de um grupo chamado ClinGen oferecem mais orientações. Eles sugerem que, na hora de olhar os resultados dos Testes funcionais, é essencial verificar se os testes são adequados e determinar quão fortes são as evidências. Se as evidências forem fortes o suficiente, isso pode até mudar como uma variante genética é classificada.
O Valor da Evidência Funcional
A evidência funcional é crucial porque não depende de ter informações de pessoas afetadas. Na verdade, ela pode ser coletada antes de alguém ver uma variante em um ambiente clínico. Isso significa que tem o potencial de ajudar muita gente.
O ClinGen tem painéis especializados chamados Variant Curation Expert Panels (VCEPs) que desenvolvem diretrizes específicas com base em genes. Essas diretrizes VCEP mostraram ser mais eficazes do que as diretrizes básicas. Todas as especificações aprovadas estão disponíveis pra qualquer um ver. Porém, pesquisas mostraram que pode haver diferenças na forma como a evidência funcional é aplicada entre esses painéis de especialistas.
Na Austrália e na Nova Zelândia, uma plataforma chamada Shariant permite que laboratórios compartilhem informações sobre variantes genéticas. Essa plataforma descobriu que a evidência funcional foi usada apenas em dez por cento das classificações das variantes genéticas. Felizmente, novos métodos e ferramentas estão facilitando a obtenção de dados funcionais, o que pode ajudar no diagnóstico de doenças.
O Estudo
Pra entender melhor como os profissionais da área se sentem sobre a avaliação da evidência funcional, foi realizado um estudo interessante. Esse estudo analisou quão bem os especialistas em diagnóstico genômico na Australásia entendem e usam a evidência funcional. Eles queriam descobrir que tipo de treinamento e apoio esses profissionais precisam pra melhorar o uso da evidência funcional.
Uma pesquisa foi criada e compartilhada entre várias organizações de genética. Ela tinha como objetivo coletar informações sobre demografia, experiência com curadoria de variantes, necessidades educacionais e atitudes gerais dos participantes. A pesquisa foi aprovada por um comitê de ética relevante.
Coletando Evidência Funcional
Em uma revisão das diretrizes VCEP até julho de 2024, os pesquisadores analisaram de perto os tipos de testes funcionais mencionados. Eles reuniram testes específicos e as recomendações para seu uso. O estudo encontrou uma grande quantidade de testes mencionados, cobrindo milhares de variantes. A maioria desses testes não era de alta produtividade, ou seja, eram mais tradicionais em termos de coleta de dados.
Analisando os Resultados da Pesquisa
A pesquisa recebeu respostas de trinta e três profissionais de diagnóstico genômico. Esse grupo incluía cientistas e clínicos de genética, todos com experiência na curadoria de variantes. Em média, os participantes tinham doze anos de experiência nessa área.
No entanto, quando se tratou de confiança na interpretação de testes funcionais, os resultados variaram bastante. Por exemplo, metade dos participantes se sentia confortável com modelos animais, mas menos se sentiam da mesma forma em relação a outros tipos de testes. Muitos participantes não estavam cientes das recomendações e recursos disponíveis para eles.
Quando questionados sobre as barreiras para usar evidência funcional, os respondentes identificaram a falta de familiaridade com testes específicos e a dificuldade em encontrar dados funcionais. Em contrapartida, eles identificaram educação e diretrizes adicionais como maneiras potenciais de melhorar sua capacidade de usar evidência funcional. A maioria dos participantes expressou desejo por mais treinamento e sugeriu materiais de orientação de especialistas como um recurso útil.
O que os Participantes Pensam
A pesquisa visava coletar feedback sobre barreiras, facilitadores e recursos de treinamento preferidos. Os participantes foram bem claros sobre o que acreditavam que poderia impedi-los de usar evidência funcional de forma eficaz. A maioria concordou que a falta de familiaridade com certos testes era uma barreira chave, enquanto muitos também queriam mais educação e métodos mais claros pra melhorar seu uso da evidência funcional.
Conclusões das Especificações VCEP
A revisão das especificações VCEP mostrou que muitas diretrizes destacaram a necessidade de testes específicos. Das 34 especificações, dezenove mencionaram publicações específicas cobrindo trinta e três genes, levando a um total de 226 testes sendo citados. É uma boa variedade, mas destaca a necessidade de compartilhamento de conhecimento entre os profissionais.
A Importância de Aumentar o Uso da Evidência Funcional
Melhorar a forma como a evidência funcional é incluída no diagnóstico genético é vital pra aproveitar ao máximo os testes genéticos. Os resultados da pesquisa sugerem que muitos profissionais não têm confiança pra avaliar dados funcionais. Eles expressaram preferências claras por orientação de especialistas e ferramentas que poderiam ajudar na prática deles.
Muitos profissionais ou não usaram as recomendações existentes ou estavam simplesmente desinformados sobre elas. Isso revela uma lacuna significativa que precisa ser abordada. O desejo por orientação de especialistas e melhores ferramentas indica que uma comunicação mais eficaz e o compartilhamento de recursos são críticas.
Conclusão
Os resultados da pesquisa destacam a necessidade de tornar a evidência funcional mais acessível e aumentar a conscientização entre todos os níveis de experiência na área. A maioria dos participantes indicou que documentos de orientação de especialistas seriam benéficos.
Dado que os participantes mostraram menos conforto com testes de alta produtividade, é essencial promover a cooperação entre especialistas internacionais. Compartilhar não apenas dados funcionais, mas também recursos e treinamento, vai longe em melhorar a prática clínica.
No geral, esse estudo destaca a importância de orientação, ferramentas e educação para profissionais da área de genética pra maximizar o uso da evidência funcional. Afinal, quanto mais soubermos, melhor podemos ajudar quem precisa. E esse tipo de conhecimento pode levar a resultados bem legais—meio que nem achar a meia perdida numa pilha de lavanderia que te deixou confuso!
Fonte original
Título: Consultation informs strategies to improve functional evidence use in variant classification
Resumo: To determine if a variant identified by diagnostic genetic testing is causal for disease, applied genetics professionals evaluate all available evidence to assign a clinical classification. Experimental assay data can provide strong functional evidence for or against pathogenicity in variant classification, but appears to be underutilised. We surveyed genetic diagnostic professionals in Australasia to assess their application of functional evidence in clinical practice. Results indicated that survey respondents are not confident to apply functional evidence, mainly due to uncertainty around practice recommendations. Respondents also identified need for support resources, educational opportunities, and in particular requested expert recommendations and updated practice guidelines to improve translation of experimental data to curation evidence. As an initial step, we have collated a list of functional assays recommended by 19 ClinGen Variant Curation Expert Panels as a source of international expert opinion on functional evidence evaluation. Additional support resources for diagnostic practice are in development.
Autores: Rehan M. Villani, Bronwyn Terrill, Emma Tudini, Maddison E. McKenzie, Corrina C. Cliffe, Christopher N. Hahn, Ben Lundie, Tessa Mattiske, Ebony Matotek, Abbye E. McEwen, Sarah L. Nickerson, James Breen, Douglas M. Fowler, John Christodoulou, Lea Starita, Alan F. Rubin, Amanda B. Spurdle
Última atualização: 2024-12-06 00:00:00
Idioma: English
Fonte URL: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.12.04.24318523
Fonte PDF: https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2024.12.04.24318523.full.pdf
Licença: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
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