鯨類の遺伝的変化:進化が明らかに
研究によると、鯨類が遺伝子の進化を通じて水中生活に適応する方法が明らかになったよ。
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生き物が時間と共にどう変わるか、特にその特徴に関しての研究は、進化を学ぶ人たちにとって大きな目標なんだ。科学者たちは、多くの異なる種の完全な遺伝子構成を調べることができていて、これによって異なる特徴がどう発展するのかをもっと学べるチャンスが得られる。生命の歴史は、種が進化し適応する様子を示す自然の実験の連続として見ることができる。例えば、いくつかの生き物は、癌のような病気に抵抗する特徴を発達させてきた。このプロセスがどう機能するかを学ぶことで、健康や医学に関する手がかりが得られるかもしれない。
種の適応
脊椎動物の歴史の中で、いくつかの動物は新しい場所、例えば海に移ってきた。これが彼らの外見や行動に大きな変化をもたらした。これらの変化を研究することで、科学者たちは種に見られる違いの遺伝的基盤についてもっと知ることができる。
面白い例として、特定の陸上動物、すなわち四肢動物が何度も水中での生活に移行したことが挙げられる。中でも、クジラやイルカ、いわゆる鯨類は、約5000万年前に海での生活に適応し始めた。時間が経つにつれ、これらの動物は完全に水中で生活するようになり、海や川の多様な環境で暮らすようになった。
陸上から水中へ移るには大きな適応が必要だった。動物は重力や温度差、新しい種類の細菌、感覚の変化、体内の水分調整といった課題に適応しなきゃいけなかった。現代の技術によって、科学者たちはこれらの適応を遺伝学的な視点から研究することができ、鯨類が水中生活に移行した方法についての光を当てている。
いくつかの研究では、特定の遺伝子を失うことが種が時間とともに変化し進化する方法になることが示されている。この遺伝子の喪失が動物が新しい環境に適応するのに役立つかもしれない。
イオンチャネルの役割
イオンチャネルは、特定のイオンが出入りすることを許す細胞膜の重要なタンパク質で、多くの身体機能にとって不可欠なんだ。人間やマウスでは、これらのタンパク質のかなりの数が特定されている。それらは様々なプロセスに必要で、チャネルオパチーと呼ばれる異なる医学的状態にも関連している。だから、これらを研究するのは特に興味深い。
様々な身体機能における重要性を考えると、特に水中への適応で多くのプロセスが変化した鯨類において、イオンチャネルがどのように進化してきたのかを探る価値がある。
研究の目的
この研究は、鯨類の進化の中でイオンチャネルがどのように変化したかを詳しく調べることを目指している。まず、特別なプロセスを設けて、異なる種のゲノムに存在するイオンチャネルに関するデータを収集・分析した。この情報を集めた後、研究者たちは遺伝子間の関係を探り、一部の遺伝子がポジティブな変化を受けたか、どれくらいの頻度で遺伝子がコピーを得たり失ったりしているのかを見てみた。
結果は、鯨類は他の哺乳類と比べて一般的にタンパク質コーディング遺伝子が少ないけど、その中でイオンチャネルに関連した遺伝子の割合が高いことを示している。特に、心臓の健康、運動、視覚、神経系の重要な機能に関連するいくつかのイオンチャネルにはポジティブな変化の兆候が見られた。
研究方法
系統樹設計
研究チームは、分析に多様な哺乳類種を含めるところから始めた。これには、歯のあるクジラの7種(バンドウイルカやシャチなど)と2種のヒゲクジラ、さらにカバ、牛、犬、人間など他のグループからの代表も含まれている。この多様性がイオンチャネルにおける進化の変化を包括的に理解するのに役立った。
研究者たちは、各種のタンパク質生成指示(遺伝子配列)を公的な遺伝子データベースから集めた。イオンチャネルが典型的に見られる細胞膜を横断する特定の数のセクションを持つタンパク質に焦点を当てた。
潜在的なイオンチャネルを特定した後、科学者たちは特別なソフトウェアを使ってその構造と分類を既知のカテゴリーに基づいて分析した。これによって、研究のために各種のイオンチャネルのリストを編纂することができた。
相同性推測
イオンチャネルを特定した後、チームは種間で類似の遺伝子を探した。共通の祖先を持つ遺伝子のグループを確立することで、これらのチャネルがどのように進化してきたかを特定するのに役立った。ポジティブな選択を受けている遺伝子の兆候を探ることも含まれていて、これが水中生活への適応を示唆しているかもしれない。
主要な発見
イオンチャネルの注釈と相同性
分析の結果、鯨類は他の哺乳類に比べて全体的にタンパク質コーディング遺伝子の数が少ないことが明らかになった。しかし、相対的にイオンチャネルの数が多く、総遺伝子の中でかなりの割合を占めている。
興味深いことに、いくつかの遺伝子は失われた一方で、鯨類は特定の遺伝子ファミリーの拡大も示していて、遺伝子の喪失と獲得が進化を形作ってきたことを示唆している。
イオンチャネルのポジティブ選択
調査したイオンチャネルの中で、心臓、運動、視覚、神経系の機能に関連するいくつかがポジティブ選択の兆候を示した。これは、鯨類が環境で直面するユニークな課題を反映している。
例えば、心臓の機能の変化は、ダイビング中の動物が長時間水中で活動するストレスを管理するために重要だ。心臓の健康に関連するイオンチャネル、特にSCN5A遺伝子は、鯨類が水中生活に適応するのを助けるかもしれない重要な変化を示している。
心臓関連の遺伝子に加えて、運動に関与するイオンチャネルもポジティブな変化を受けていることがわかった。鯨類が効率的に泳ぐよう進化したため、これらのチャネルは筋肉機能において重要な役割を果たしていると思われる。
視覚の変化も注目すべき点だ。彼らの目は水中でのパフォーマンスを良くするために適応し、周囲を広く見るための位置にシフトした。特定の視覚に関与するイオンチャネルもかなり進化していることが確認された。
加速した遺伝子回転
研究は、鯨類の遺伝子回転が他の哺乳類に比べて速いことも強調した。これは、鯨類系統におけるイオンチャネルの進化が特にダイナミックだったことを示唆していて、多くの遺伝子が時間とともにコピーを得たり失ったりしていることを示している。
結果は、鯨類のイオンチャネルに関連する特定の遺伝子が拡大したことを示している。例えば、TMEM37遺伝子のようなもの。しかし、鯨類には完全に存在しない遺伝子も見つかっていて、これは進化の中での遺伝子喪失の歴史を示している。
要するに、この研究は水中での生活のために必要な適応が、鯨類の遺伝子構成に大きな変化をもたらしてきたことを強調している。そんな異なる環境で繁栄する能力は、イオンチャネルの進化する機能にリンクできる。
結論
この研究は、鯨類における遺伝子と進化の複雑な関係を明らかにしている。結果は、陸上から水中への移行が彼らの遺伝的な風景を深く形作ってきたことを示唆している。
分析は、鯨類が他の哺乳類に比べてタンパク質コーディング遺伝子が少ないけど、イオンチャネルの割合が高いことを示している。多くのこれらのイオンチャネルは、心臓機能、運動、視覚、神経プロセスに関連する重要な適応に結びついている。
この研究は、鯨類の中での遺伝子回転の動的な性質を強調していて、遺伝子の喪失と拡大のパターンが彼らの進化の歴史を物語る。未来には、鯨類がどのように海の生活に適応してきたのか、遺伝子レベルでの変化を解明するさらなる研究が期待される。この研究は、鯨類のユニークな特性が何百万年もかけてどのように発展してきたのかを理解するための堅実な基盤を提供し、多様な種における進化の謎を明らかにする上で遺伝学的研究の重要性を強調している。
タイトル: Evolution of ion channels in cetaceans: A natural experiment in the tree of life
概要: Cetaceans could be seen as a natural experiment within the tree of life in which a mammalian lineage changed from terrestrial to aquatic habitats. This shift involved extensive phenotypic modifications, which represent an opportunity to explore the genetic bases of phenotypic diversity. Furthermore, the availability of whole genome sequences in representative species of all main cetacean groups means that we are in a golden age for such studies. Among the different molecular systems that maintain cellular homeostasis, ion channels are crucial for the proper physiological functioning of all living species. This study aims to explore the evolution of ion channels during the evolutionary history of cetaceans. To do so, we created a bioinformatic pipeline to annotate the repertoire of ion channels in the genome of the species included in our sampling. Our main results show that cetaceans have on average, fewer protein-coding genes and a higher percentage of annotated ion channels than non-cetacean mammals. Signals of positive selection were detected in ion channels related to the heart, locomotion, visual and neurological phenotypes. Interestingly, we predict that the NaV1.5 ion channel of most toothed whales (odontocetes) is sensitive to tetrodotoxin (TTX), similar to NaV1.7, given the presence of tyrosine instead of cysteine, in a specific position of the ion channel. Finally, the gene turnover rate of the cetacean crown group is more than three times faster than non-cetacean mammals.
著者: Juan Opazo, C. Uribe, M. Nery, K. Zavala, G. Mardones, G. Riadi
最終更新: 2024-04-22 00:00:00
言語: English
ソースURL: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.06.15.545160
ソースPDF: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.06.15.545160.full.pdf
ライセンス: https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/
変更点: この要約はAIの助けを借りて作成されており、不正確な場合があります。正確な情報については、ここにリンクされている元のソース文書を参照してください。
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